View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6914_high_2 (Length: 797)
Name: NF6914_high_2
Description: NF6914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6914_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 784
Target Start/End: Original strand, 56168518 - 56169285
Alignment:
| Q |
17 |
atcacaggatcagagggagattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
116 |
Q |
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| T |
56168518 |
atcacaagatcagagggagattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
56168617 |
T |
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| Q |
117 |
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216 |
Q |
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56168618 |
gatgtggctcatgttatcaactatgatatgcctgggaatattgaaatgtacacccatcgtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggcta |
56168717 |
T |
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| Q |
217 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatga |
316 |
Q |
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| T |
56168718 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatga |
56168817 |
T |
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| Q |
317 |
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416 |
Q |
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56168818 |
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56168917 |
T |
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| Q |
417 |
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516 |
Q |
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56168918 |
tatatgcgtattgcaggtaataatatcaatgaacattttactagtgatgcttaggagcctaatatgtgcggttatatataggatcgtgtataaagttcaa |
56169017 |
T |
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| Q |
517 |
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616 |
Q |
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| T |
56169018 |
ttaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatggctgactagagttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataatt |
56169117 |
T |
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| Q |
617 |
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716 |
Q |
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56169118 |
ttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggcattaacgtttgtcttatgcctattatgatataatgctttttatcatttcactttagtgtttgt |
56169217 |
T |
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| Q |
717 |
cttttatgattttgtttatcactttctctaggctgtgctaacctattttatgtaaatttgctgatgtc |
784 |
Q |
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56169218 |
cttttatgattttgtttatcactttctctaggctgtgctaacctattttatgtaaatttgctgatgtc |
56169285 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 707192 - 706522
Alignment:
| Q |
17 |
atcacaggatcagagggagattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
116 |
Q |
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| T |
707192 |
atcacaggatcagagggaaattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
707093 |
T |
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| Q |
117 |
gatgtggctcatgttatcaactatgatatgcctgggaatattgaaatgtacacccatcgtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggcta |
216 |
Q |
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707092 |
gatgtggctcatgttatcaactatgatatgcctgggaatattgaaatgtacacccatcgtattgggcgtaccggccgtgcaggaaagacgggtgtggcta |
706993 |
T |
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| Q |
217 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatga |
316 |
Q |
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| T |
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caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacatgaattggcaaggcatga |
706893 |
T |
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| Q |
317 |
agcttccaaattcaagccaggatctattcctgacagaccacctaggcgaaatgacactgtttttgcccattagagaactttcttttgaggtttaaaggca |
416 |
Q |
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| T |
706892 |
agcttccaaattcaagccaggatctattcccgacagaccacctaggcgaaacgacactgtttttacccattagagaactttc--ttgaggtttaaaggca |
706795 |
T |
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| Q |
417 |
tatatgcgtattgcaggtaataatatcaatgaacattttgctagtgatgcttaggagcctaatatgtgcggttatatataggatcgtgtataaagttcaa |
516 |
Q |
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| T |
706794 |
tatatgcatattgcaggta--aatatcaatgaatattttgcaagtgatgcttaggagcctaatatgtgcgattatatataggatcttgtatgaaattcaa |
706697 |
T |
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| Q |
517 |
ttaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatgcctgactagagttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataatt |
616 |
Q |
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ttaaggcattccttttgtcctgatatcattgccattgctattgttatgcctgactagagttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgatagtt |
706597 |
T |
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617 |
ttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggcattaacgtttgtcttatgcctattatgatataatgctt |
691 |
Q |
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706596 |
ttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggtgttaatctttgttttatgcttattatgatataatgctt |
706522 |
T |
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