View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6914_high_27 (Length: 255)

Name: NF6914_high_27
Description: NF6914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6914_high_27
NF6914_high_27
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (43-233)||(22580914-22581104)
chr7 (52-221)||(7678763-7678933)
chr7 (4-45)||(22581368-22581409)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (44-218)||(3755664-3755838)
chr8 (44-213)||(2601762-2601929)
chr8 (197-233)||(17782341-17782376)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (69-218)||(11421771-11421920)
chr6 (44-169)||(33670526-33670651)
chr6 (52-233)||(23256364-23256544)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (44-220)||(53976856-53977022)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (132-221)||(450481-450569)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (61-158)||(112188-112286)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (89-213)||(9450929-9451052)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (142-214)||(4664634-4664706)
chr2 (52-213)||(28447832-28447997)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (47-213)||(16117586-16117752)
chr5 (142-233)||(26454335-26454427)
chr5 (138-233)||(25632714-25632807)
[»] scaffold0321 (1 HSPs)
scaffold0321 (47-156)||(13887-13995)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 43 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 22581104 - 22580914
Alignment:
Q  43 attgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaactt 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22581104 attgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaaccctaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaactt 22581005  T
Q  143 gattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22581004 gattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 22580914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 52 - 221
Target Start/End: Original strand, 7678763 - 7678933
Alignment:
Q  52 cttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaa-atgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattacta 150  Q
    |||||||| |||||| ||||  |||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7678763 cttgagaaacaagtcatctccaaaaccctaataacctaatgctaaaatctagcaaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaactaacttgattacta 7678862  T
Q  151 tgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 221  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7678863 tgtgatcttaaccaaacaaacttgattaagtcacaaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 7678933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 22581409 - 22581368
Alignment:
Q  4 aagttaatgtttcgtctttgaatttgtatgcatccgttaatt 45  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22581409 aagttaatgtttcgtctttgaatttgtatgcatcggttaatt 22581368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 218
Target Start/End: Original strand, 3755664 - 3755838
Alignment:
Q  44 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 143  Q
    ||||||| |||||||| |||||  |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  3755664 ttgagttgcttgagaaacaagtgatctctcaaaccctaagaacctaatgctaaaatctagcaaaaatgtaacgaacttcataataaacaaaactaacttg 3755763  T
Q  144 attactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaa 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3755764 attactatgtcatcttaaccaaacaaacttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaa 3755838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 44 - 213
Target Start/End: Original strand, 2601762 - 2601929
Alignment:
Q  44 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 143  Q
    ||||||| || ||||| |||||| |||||||||||  ||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||    
T  2601762 ttgagttgctcgagaaacaagtcatctctcaaaccttaacaacctagtgctaaaaattagcaaaaatgtaactaactt-tcaacaaacaaaactaacttg 2601860  T
Q  144 attactatgtgatcttaaccaaacaaccttg-attaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaa 213  Q
    |||||||| |||  |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2601861 attactatatga--ttaatcaaacaaacttgaattaaatcactaatcaattatgctaacttgaattaacaa 2601929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 233
Target Start/End: Original strand, 17782341 - 17782376
Alignment:
Q  197 ctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 233  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17782341 ctaacttgaattaacaa-ctaacatcctcccttaatt 17782376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 69 - 218
Target Start/End: Original strand, 11421771 - 11421920
Alignment:
Q  69 ctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattactatgtgatcttaaccaaaca 168  Q
    |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11421771 ctctcaaatcctaacaacctaatgctaaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaactaacttgattactatgtgatcttaaccaaaca 11421870  T
Q  169 accttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaa 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11421871 aacatgattaagtcactaatcacttgttctaacttgaattaacaaactaa 11421920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 33670651 - 33670526
Alignment:
Q  44 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 143  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  33670651 ttgagttgcttgagaaacaagtcatctctcaaaccctaacaacataatgctaaaatctagcaaaaatgtaactaatttcataacaaacaaaactaacttg 33670552  T
Q  144 attactatgtgatcttaaccaaacaa 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  33670551 attactatgtgatcttaaccaaacaa 33670526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 52 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 23256544 - 23256364
Alignment:
Q  52 cttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaat-gtaactaacttcataacaaacaa-aattaacttgattact 149  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||| ||| | ||  |||||| ||||     
T  23256544 cttgagaaacaagtcatctctcaaaacctaactaccttatgctaaaatctagcaaaaacagtaacaaacta-ataaccaactataagcaacttggttaca 23256446  T
Q  150 atgtgatcttaaccaaacaa-ccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 233  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  23256445 atgtgtt-ttaaccaaacaagccttgattaaaacactaatcaactatactaacttgaatta--aaaccaacatcctcccttaatt 23256364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 44 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 53977022 - 53976856
Alignment:
Q  44 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 143  Q
    ||||||| | |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||     
T  53977022 ttgagttgcatgagaaacaagtcatctctcaaaccctaacaacctaatgctaaaatctagca----------taacttcataacaaacaaaattaactta 53976933  T
Q  144 attactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaaca 220  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53976932 attagtatgtgatcttaaccaaacaaacttgattaagtcactaatcatttattctaacttgaattaataaactaaca 53976856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 132 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 450569 - 450481
Alignment:
Q  132 aaaattaacttgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  450569 aaaattaacttgattactatgtgatcttaagcaaacaaa-ttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 450481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 112286 - 112188
Alignment:
Q  61 caagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaa-tgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattactatgtgatct 158  Q
    |||||| ||||  |||||| || ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  112286 caagtcatctccaaaaccctaataacctaatgctaaaatctaacaaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaactaacttgattactatgtgatct 112188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 9451052 - 9450929
Alignment:
Q  89 aatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttg-attaagtcactaa 187  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||    
T  9451052 aatgctaaaaacaagcaaaactgtaactaacttt-taacaaccaaaactaacttgattactatgtgat-ttaatcaaacaaacttgaattaaatcactaa 9450955  T
Q  188 tcacttattctaacttgaattaacaa 213  Q
    ||| |||| |||||||||| ||||||    
T  9450954 tcaattatgctaacttgaaataacaa 9450929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 142 - 214
Target Start/End: Original strand, 4664634 - 4664706
Alignment:
Q  142 tgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaa 214  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  4664634 tgattactaagtgatcttaatcaaacaaccttgattaaatcactaaacagatattctaacttgaattaacaaa 4664706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 28447997 - 28447832
Alignment:
Q  52 cttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaa-tgtaactaacttcataacaaacaaaat-----taacttgat 145  Q
    |||||||| |||||| |||| ||||||| ||| |||| ||| ||||| | |||||||  |||||| |||||  ||||||||||| |     |||||||||    
T  28447997 cttgagaaacaagtcatctcccaaaccctaactaccttatgctaaaagcaagcaaaatctgtaacaaacttt-taacaaacaaattaaaactaacttgat 28447899  T
Q  146 tactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaa 213  Q
    |||||| |||| ||||||||  |  ||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  28447898 tactatatgat-ttaaccaacaagacttgattaaatcactaatcaactatactaacttgaattaacaa 28447832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 47 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 16117752 - 16117586
Alignment:
Q  47 agtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaat-taacttgat 145  Q
    |||| |||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||||||  ||||| || ||  |||||||| |||| |||||||||    
T  16117752 agttgcttgaggaacaagtcatctctcaaaccccaactaccttatgctaaaatcaagcaaaaccgtaacaaagtt-ttaacaaactaaatctaacttgat 16117654  T
Q  146 tactatgtgatcttaaccaaacaa-ccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaa 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||  ||  ||| |||||||||||||    
T  16117653 tactatgtgat-ttaaccaaacaagttttgattaaatcactaatcaactacactatcttgaattaacaa 16117586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 233
Target Start/End: Original strand, 26454335 - 26454427
Alignment:
Q  142 tgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaatta-acaaactaacatcctcccttaatt 233  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||   |||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||   |||||||| |||||||||||||    
T  26454335 tgattactatgtgatcttaatcaaacagttttgactaagtcactgaacacttattcaaacttgaattattaaaactaacttcctcccttaatt 26454427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 25632807 - 25632714
Alignment:
Q  138 aacttgattactatgtgatcttaaccaaacaa-ccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 233  Q
    |||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  25632807 aacttggttactatgtgtt-ttaaccaaacaagccttgattaaaacactaatcaactatactaacttgaatta--aaactaacatccttccttaatt 25632714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0321 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0321
Description:

Target: scaffold0321; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 156
Target Start/End: Original strand, 13887 - 13995
Alignment:
Q  47 agtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaac-aaaattaacttgat 145  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||  |||| ||| ||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| ||| |||| |||||||||    
T  13887 agttgcttgagaaacaagtcatctctcaaaccctaattaccttatg-taaaaacaagcaaaactgtaacaaacttt-taacgaaccaaaactaacttgat 13984  T
Q  146 tactatgtgat 156  Q
    |||||||||||    
T  13985 tactatgtgat 13995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University