View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6914_low_2 (Length: 1017)

Name: NF6914_low_2
Description: NF6914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6914_low_2
NF6914_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-1009)||(20550071-20551062)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (376-782)||(37075296-37075702)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 858; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 858; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 1009
Target Start/End: Original strand, 20550071 - 20551062
Alignment:
Q  2 acattcagttaaaggagatgaaaattcaacaaatctaagtttgttagtgtgaatcaaataaacgtaaagtttgacaacagtttcattttcaaatgatgcc 101  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20550071 acattcagttaaaggagaagaaa-ttcaacaaatctaagtttgttggtgtgaatcaaataaacgtaaagtttgacaatagtttcattttcaaatgatgcc 20550169  T
Q  102 taagataatctgaggcattgcaattccagaacaactctcaaatattattannnnnnnccnnnnnnnttgttaaaggtccaaggaactgaagaaaacccct 201  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||       |||||||||||||||||              |||    
T  20550170 taagataatctgaggcatcgcaattccagaacaactctcaaatattattatttttt-ccaaaaaaattgttaaaggtccaagg--------------cct 20550254  T
Q  202 taaagagctcaaagctacaacaaatagaaactagacataacacactgatgttgaagtagaagagagaaaacttcaaaacgatattagaagatgaatggaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550255 taaagagctcaaagctacaacaaatagaaactagacataacacactgatgttgaagtagaagagagaaaacttcaaaacgatattagaagatgaatggaa 20550354  T
Q  302 tttgatagaataaaccgattaagtaatcatgataaactagagtaaaacataacactgattttgaaatgccaaaaactcacgtgccatggccatcgccatc 401  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550355 tttgatagaataaaccagttaagtaatcatgataaattagagtaaaacataacactgattttgaaatgacaaaaactcacgtgccatggccatcgccatc 20550454  T
Q  402 aaagggagaagcatagtcttgagacatattaaaaattcccctggttatagcagatgctgcgaagtgtcgtgccccaacaagtttcctattgcaagagcca 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550455 aaagggagaagcatagtcttgagacatattaaaaattcccctggttatagcagatgctgcgaagtgtcgtgccccaacaagtttcctattgcaagagcca 20550554  T
Q  502 gatggaaaatcacgagtaacctcgcagataccagaaaaatgagcaggaacaggatacggattttcagatttactatcgctaaaactagggtgtgttggat 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550555 gatggaaaatcacgagtaacctcgcagataccagaaaaatgagcaggaacaggatacggattttcagatttactatcgctaaaactagggtgtgttggat 20550654  T
Q  602 ctatgccggtgtcaaccaacccaataacaactccttctccggctgtttcaaatccaccattttgagaccatgctccttgtggaagacccaaaaattgtgg 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20550655 ctatgccggtgtcaaccaacccaataacaactccttctccggctgtttcaaatccaccattttgagaccatgctccttgtggcagacccaaaaattgtgg 20550754  T
Q  702 agtatgtgtagttgcacttctaacagaaaaatccaaaaccacattggcaacttcattgctccatgatagcctctctgccttcataattcagtaaattcga 801  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550755 agtatgtgtagttgcagttctaacagaaaaatccaaaaccacattggcaacttcattgctccatgatagcctctctgccttcataattcagtaaattcga 20550854  T
Q  802 aagtcaagaatacatttgttaaagcaaatgaaacaaaaataaaataaggaagtagtagtgttgaactatgtagcaccaacacttctcattaaagacatgt 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550855 aagtcaagaatacatttgttaaagcaaatgaaacaaaaataaaataaggaagtagtagtgttgaactatgtagcaccaacacttctcattaaagacatgt 20550954  T
Q  902 atggtgtctgataccaacgtgacattgacaagtgtggttatattcaatttttccgttttattaaattttgtccggtgttaacctgttagtgtcatgtttg 1001  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20550955 atggtgtctgataccgacgtgacattgacaagtgtggttatattcaatttttccgttttattaaattttgaccggtgttaacctgttagtgtcatgtttg 20551054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 376 - 782
Target Start/End: Original strand, 37075296 - 37075702
Alignment:
Q  376 actcacgtgccatggccatcgccatcaaagggagaagcatagtcttgagacatattaaaaattcccctggttatagcagatgctgcgaagtgtcgtgccc 475  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   || | ||     | ||| ||||| |||||||||||||||||||| || || || || |    
T  37075296 actcacgtgccatgtccatcaccatcaaagggagaagcactatcctcagttgagtcaaacattcctctggttatagcagatgctgcaaaatgacgggctc 37075395  T
Q  476 caacaagtttcctattgcaagagccagatggaaaatcacgagtaacctcgcagataccagaaaaatgagcaggaacaggatacggattttcagatttact 575  Q
    ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||  |||||||| ||    | |||| ||| ||||||      
T  37075396 caacaagcttcctattgcaggaaccggatggaaaatccggagtaacctcacaggtgccagaaaaccgagcaggagcattgaatggatgttcggatttatc 37075495  T
Q  576 atcgctaaaactagggtgtgttggatctatgccggtgtcaaccaacccaataacaactccttctccggctgtttcaaatccaccattttgagaccatgct 675  Q
    |||   |||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||  |||||   | ||||||||| || |||||||| |||||   |||| |||| |||    
T  37075496 atcagcaaaactagggtgtgtatgatcaatgccagtgtcaacaaatgcaatagtgattccttctccagcagtttcaaacccacctgattgaaaccaagct 37075595  T
Q  676 ccttgtggaagacccaaaaattgtggagtatgtgtagttgcacttctaacagaaaaatccaaaaccacattggcaacttcattgctccatgatagcctct 775  Q
    || ||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||  | |||| ||||||| |||    
T  37075596 ccctgtggcagacctaagaactgtggagtgtgtgttgttgcagatcttacagaaaaatccaaaaccacattggacacttctcttctccttgatagcttct 37075695  T
Q  776 ctgcctt 782  Q
    |||||||    
T  37075696 ctgcctt 37075702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University