View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6916_high_4 (Length: 315)

Name: NF6916_high_4
Description: NF6916
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6916_high_4
NF6916_high_4
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (17-309)||(31562817-31563109)
chr6 (25-290)||(33262357-33262616)
chr6 (17-249)||(33387877-33388109)
chr6 (55-290)||(33271556-33271782)
chr6 (17-288)||(33644560-33644825)
chr6 (17-291)||(33304207-33304475)
chr6 (25-229)||(28870242-28870446)
chr6 (21-249)||(33285321-33285552)
chr6 (18-142)||(9166485-9166609)
chr6 (17-151)||(33398795-33398929)
chr6 (17-288)||(33057301-33057554)
chr6 (25-143)||(33409709-33409827)
chr6 (197-288)||(33398957-33399042)
chr6 (191-248)||(33409869-33409926)
chr6 (17-65)||(33358656-33358704)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (17-295)||(367-639)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (17-295)||(6113-6385)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (17-156)||(31499201-31499340)
chr4 (17-227)||(31472625-31472835)
chr4 (17-229)||(31479081-31479293)
chr4 (89-151)||(31157018-31157080)
chr4 (246-287)||(31157172-31157213)
chr4 (178-226)||(31504269-31504317)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-156)||(17441014-17441147)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 17 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 31563109 - 31562817
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563109 aaatactgcacaacatacaaagccaatgatatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 31563010  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563009 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 31562910  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgtagtccaccatttcttctcac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31562909 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgtagtccaccatttgttctcac 31562817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 290
Target Start/End: Original strand, 33262357 - 33262616
Alignment:
Q  25 cacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttgatccaatt 124  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||| |||| |||||||||  |||||     |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  33262357 cacaacatagaaagccaatgatattattgttattatcatgcataataggagtttggtctactggtattgaatcacccatgctctgattgttgatccaact 33262456  T
Q  125 cggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatgaaaatgtc 224  Q
     ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | ||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  33262457 tggtatttcatttcctggactaacaatttgaaactcatccaaataagtagggtaggattgttggtatgcttgaatgaattgtgtcgtccatgaaaatgtc 33262556  T
Q  225 atgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgta 290  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||      ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  33262557 atgctactgcaacgttccctctcac------ccaattttggacagttgaaaatgaccaatcctgta 33262616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 249
Target Start/End: Original strand, 33387877 - 33388109
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||  |||  |    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33387877 aaatactgcacaacatagaaagccaatgatattattgttattgtcatgcataataggcaatttgtctattagtattgaatcacccatgctctgattgttg 33387976  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |  |||||| |||| |  ||| ||||||||||||||||  ||| | | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  33387977 atccaactcggtatttcacttcctgtagtaacaatttgaatcgtatcaaaataggcagggtaggtttgtcggtttgccttaataaattgtgtcatccatg 33388076  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcac 249  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  33388077 aaaatgtcatgctactgcaacactccctatcac 33388109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 55 - 290
Target Start/End: Original strand, 33271556 - 33271782
Alignment:
Q  55 tattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttgatccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatg 154  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||   | ||||||    
T  33271556 tattatcatgcatagcagaagagaattctattggtatcgaatcacccatgctctgattgttgatccaacttggtatttcacttcctggagttataatatg 33271655  T
Q  155 aaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatgaaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctca 254  Q
    |||||||| ||||         || || || || | |||| |||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||  |||    
T  33271656 aaactcattcaaa---------taagattgcgggtttgccataatgaattgtatcatccatgaaaatgtcaagctactgcaacgttccctctcacagtca 33271746  T
Q  255 gccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgta 290  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  33271747 gccaattttggacagttgaaaatgaccaatcctgta 33271782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 33644825 - 33644560
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||  ||||||    |||||| ||||||||| |||||  || |||||||||    
T  33644825 aaatactgcacaacatacaaatccaatgatattattgttattgtcatgcataataggagattcgtctatttgtattgaataacccacactttgattgttg 33644726  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||   ||||| |||  |  ||| || ||||  |||||||| ||| | | ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  33644725 atccaacttggtatttcacttcctggagttacaatttgagtcctatcaaagtaggttgggtaggattgtaggtttgcctgaatgaattgtatcatccatg 33644626  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctg 288  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||      ||||||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  33644625 aaaatgtcatgctcctgcaacgttccctctcac------ccaattttgaacagttgaaaatgaccaatcctg 33644560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 291
Target Start/End: Original strand, 33304207 - 33304475
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||  ||||||    |||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  33304207 aaataccgcacaacatagaaagccaatgatataattgttattgtcatgcataataggagatcggtctatttgtattgaatcacccacgctcttattgttg 33304306  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||  |||||| |||| |  ||| ||  | | ||||||||| ||||  | ||||| ||||||||||| || |||||    
T  33304307 atccaaattggtatttcatttcctggagtaacaatttgaatccaatcaaaggacgtagggtaggattgtgagtttgcctcaatgaattgtgtcaaccatg 33304406  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgtag 291  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||||      ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  33304407 aaaatgtcatgctactgcaacgttccctctcac------ccaattttggacagttgaaaatgaacaatcctgtag 33304475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 28870446 - 28870242
Alignment:
Q  25 cacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttgatccaatt 124  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||  |||  ||||||    |||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |    
T  28870446 cacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatttataataggagattcgtctatttgtattgaaccacccatgctctgattgttaatccaact 28870347  T
Q  125 cggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatgaaaatgtc 224  Q
     ||||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||| || ||||||| ||| | ||||||  ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  28870346 tggtatttcacttcctggagtaacaatattaaacgcatccaaatagacaaggtaggattgtcggtatgcccgaatgaattgtttcatccatgaaaatgcc 28870247  T
Q  225 atgct 229  Q
    |||||    
T  28870246 atgct 28870242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 249
Target Start/End: Original strand, 33285321 - 33285552
Alignment:
Q  21 actgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttgatcc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||  ||||||    |||||||||||||||  ||||| ||| ||||| || ||||    
T  33285321 actgcacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatgcataataggagatctgtctattggtattgaactacccacgctctgattattaatcc 33285420  T
Q  121 aattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaatag---gcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatga 217  Q
    || | ||||||||||||||||||  ||||||||||| | | || ||  ||   ||||||||  ||||| | |||||||  |||||||||  |||||||||    
T  33285421 aacttggtatttcacttcctggagtaacaatatgaatcccttcaaataaggacgcagggtaaaagtgttggtatgcctggatgaattgtatcatccatga 33285520  T
Q  218 aaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcac 249  Q
    ||||| |||||| |||||| | ||||| ||||    
T  33285521 aaatgccatgctactgcaacgttccctttcac 33285552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Original strand, 9166485 - 9166609
Alignment:
Q  18 aatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||  |||||  |  ||||||||||| ||| || ||| |||  |||||||||    
T  9166485 aatactgcacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatgcataataggagttaggtctattggtatcgaaccatccacgctccgattgttga 9166584  T
Q  118 tccaattcggtatttcacttcctgg 142  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||    
T  9166585 tccaacttggtatttcaattcctgg 9166609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 151
Target Start/End: Original strand, 33398795 - 33398929
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatgg-tatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||| | | |||| |||| |||||||||| |||||| |  |||||| |||||||||||||||  |  ||||||||    
T  33398795 aaatactgcacaacatacaaagt-aatggctctgattgttattatcatgcatagcaggagataggtctatttgtattgaatcacccacacactgattgtt 33398893  T
Q  116 gatccaattcggtatttcacttcctggaacaacaat 151  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  33398894 gatccaacttggtatttcacttcctggaataacaat 33398929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 288
Target Start/End: Original strand, 33057301 - 33057554
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||| ||| ||||  |||||||||| ||  ||||||    ||||||| |||||||| |||||| || |||||||||    
T  33057301 aaatgctgcacaacatacaataccaatgatattattgtcattgtcatgcctaataggagatcggtctattgctattgaataacccatcctctgattgttg 33057400  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  ||| || |||| ||||         | ||   ||||  |||| | ||||||||||||||||  |||||||     
T  33057401 atccaacttggtatttcacttcctggattaactatttgaatctca---------gaag---aggaacgtgggtttgccttaatgaattgtttcatccata 33057488  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctg 288  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||      ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  33057489 aaagtgtcatgctcctgcaatgttccctctcac------ccaattttggacagttgaaaatgagcaatcctg 33057554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 143
Target Start/End: Original strand, 33409709 - 33409827
Alignment:
Q  25 cacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttgatccaatt 124  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||  |||  ||||||    || |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  33409709 cacaacttacaaagccaataatattattgttattgtcatttataacaggagattcatcaattgatattgaagcacccacgctctgattgttgatccaact 33409808  T
Q  125 cggtatttcacttcctgga 143  Q
     ||||||||||||||||||    
T  33409809 tggtatttcacttcctgga 33409827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 288
Target Start/End: Original strand, 33398957 - 33399042
Alignment:
Q  197 aatgaattgtgccatccatgaaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctg 288  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||      ||||||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  33398957 aatgaattgtatcatccatgaaaatgtcatgctactgcaacgttccctctcac------ccaattttgaacagttgaaaatgaccaatcctg 33399042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 248
Target Start/End: Original strand, 33409869 - 33409926
Alignment:
Q  191 tgccttaatgaattgtgccatccatgaaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctca 248  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  33409869 tgcctgaatgaaatgtgccatccatgaaattgtgatgctactgcaacgttccctctca 33409926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 65
Target Start/End: Original strand, 33358656 - 33358704
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgc 65  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  || |||| |||||||||||    
T  33358656 aaatactgcacaacatacaaaaccaatgacattattgttattgtcatgc 33358704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Original strand, 367 - 639
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||  ||||||    |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  367 aaatactgcacaaaatacaaagccaatgatattattcttattgtcatgtataacaggagattcgtctattagtattgaaccacccatgctctgattgttg 466  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||| |||||| | |  |||||| ||| | | ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  467 atccagcttggtatttcacttcctggagtaacaatttgaagctcatacaaatacggaccgtaggattgttggtttgcctgaatgaattgtttcatccatg 566  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgtagtcca 295  Q
    ||||||| ||||| || |||   ||||||||||      ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  567 aaaatgttatgctactacaacattccctctcac------ccaattttggacagttgaaaatgaccaatcctttagtcca 639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Original strand, 6113 - 6385
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||  ||||||    |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  6113 aaatactgcacaaaatacaaagccaatgatattattcttattgtcatgtataacaggagattcgtctattagtattgaaccacccatgctctgattgttg 6212  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||| |||||| | |  |||||| ||| | | ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  6213 atccagcttggtatttcacttcctggagtaacaatttgaagctcatacaaatacggaccgtaggattgttggtttgcctgaatgaattgtttcatccatg 6312  T
Q  217 aaaatgtcatgctcctgcaatgctccctctcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcctgtagtcca 295  Q
    ||||||| ||||| || |||   ||||||||||      ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6313 aaaatgttatgctactacaacattccctctcac------ccaattttggacagttgaaaatgaccaatcctttagtcca 6385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 31499340 - 31499201
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||   |||||  | |||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||     
T  31499340 aaatactgcacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatggataatgggagatgagtctattcgtattgaatcacccttgctctgattctta 31499241  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaa 156  Q
    | |||| | | ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  31499240 aaccaacttgatatttcacttcctggagtaacaatatgaa 31499201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31472835 - 31472625
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||| ||||||||| | | |||||| ||| |||| ||||||||||||||   |||||  | |||| | |||| ||||||||| || | |||||||||    
T  31472835 aaatactacacaacatatacaaccaatgatattattgttattgtcatgcataatgggagatgagtctaatcgtatcgaatcacccttgttctgattgttg 31472736  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||  |||||| ||||    |||  || || ||||| |||| ||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  31472735 aaccaacttggtatttcacttcctggagtaacaatctgaattatatcataacagtcagggaaggattgtggatttgcctgaatgagttgtatcatccatg 31472636  T
Q  217 aaaatgtcatg 227  Q
    |||||||||||    
T  31472635 aaaatgtcatg 31472625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 31479293 - 31479081
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| | ||| |||| ||||||| ||||||   |||||  | |||||| ||||| ||| |||| |||| |||||||||    
T  31479293 aaatactacacaacatacacagccaacgatattattgttattgtcgtgcataatcggagaagaatctattcgtattaaattacccttgctctgattgttg 31479194  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaaactcatccaaataggcagggtaggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatg 216  Q
    | |||| | || |||||||| ||||||  |||||| |||| |  |||  |  || || || || | ||| | | ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  31479193 aaccaacttggcatttcactacctggagtaacaatttgaaccctatcagaggagtcatgggagaattgtcggtttgcctgaatgaattgtatcatccatg 31479094  T
Q  217 aaaatgtcatgct 229  Q
    |||||||||||||    
T  31479093 aaaatgtcatgct 31479081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 151
Target Start/End: Original strand, 31157018 - 31157080
Alignment:
Q  89 tattgaatcacccatgctatgattgttgatccaattcggtatttcacttcctggaacaacaat 151  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||| |||| | |||||||||||||| |||| ||||||    
T  31157018 tattgaatcaccctcgctctgattgttgaaccaaattggtatttcacttccaggaataacaat 31157080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 287
Target Start/End: Original strand, 31157172 - 31157213
Alignment:
Q  246 tcactctcagccaatttcggacagttaaaaatgaccaatcct 287  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  31157172 tcactctcacccaatttaggacagttgaaaatgaccaatcct 31157213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 31504317 - 31504269
Alignment:
Q  178 aggagtgtggatatgccttaatgaattgtgccatccatgaaaatgtcat 226  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31504317 aggattgtgggtttgccttaatgaattgtatcatccatgaaaatgtcat 31504269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 17441147 - 17441014
Alignment:
Q  17 aaatactgcacaacatacaaagccaatggtatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccatgctatgattgttg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||      ||||||||||| ||  ||||||    ||||||  |||||||||||||| ||| | |||||||    
T  17441147 aaatactgcacaacatacaaaaccaatgatat------tattgtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcacccacgctcttattgttg 17441054  T
Q  117 atccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaa 156  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  17441053 atccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaa 17441014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University