View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6918_low_1 (Length: 1008)

Name: NF6918_low_1
Description: NF6918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6918_low_1
NF6918_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (23-996)||(52385370-52386339)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 921; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 921; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 996
Target Start/End: Original strand, 52385370 - 52386339
Alignment:
Q  23 cgcggtgtggatgctctcaagagtttcctagctgagaattatagtgctttagaagaactagaaatgaagattagggagaagcttctaaaacctgagacag 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52385370 cgcggtgtggatgctctcaagagtttcctagctgagaattatagtgctttagaagaactagaaatgaagattagggagaagcttctaaaacctgagacag 52385469  T
Q  123 acaagttaccagagtcagatggagatgttacggaagaaattgctacccttgattcttctactgacgaagaagcggtagctgttgtagaagcatgaatttt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  52385470 acaagttaccagagtcagatggagatgttacggaagaaattgctacccttgattcttctactgacgaagaagccatagctgttgtagaagcatgaatttt 52385569  T
Q  223 tgattgaacttaaatatatgctgtagcttgatgaatttgccataaaatggttcagtcaaaagaaggtccgaagaagcaacacacatgccctgaggttgga 322  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52385570 tgaatgaacttaaatatatgctgtagcttgatgaatttgccataaaatggttcggtcaaaagaaggtccgaagaagcaacacacatgccctgaggttgga 52385669  T
Q  323 ctctgatcactaaatttggttactctaagttgaaggtgtatttcaaaaaggtaaagtgcggagttataactgttgatggaaaaaataacaattgagattg 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52385670 ctctgatcactaaatttggttactctaagttgaaggtgtatttcaaaaaggtaaagtgcggagttataactgttgatggaaaaaataacaattgagattg 52385769  T
Q  423 tgataaatatatttacatgcatgaaggttatttagctgtaatctgatctgagttttcatttaacagttattatttgtattttacttttttaagtacacct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52385770 tgataaatatatttacatgcatgaaggttatttagctgtaatctgatctgagttttcatttaacagttattatttgtattttacttttttaagtacacct 52385869  T
Q  523 ttcagtttagaagggtcaacccatttgataattcttgcttgtggttagattgttcaagtcaggaattaaaattttggttcattttatgttggcatgtggc 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52385870 ttcagtttagaagggtcaacccatttgataattcttgcttgtggttagattgttcaagtcaggaattaaaattttggttcattttatgttggcatgtggc 52385969  T
Q  623 acatgtaaggtgacaggataatttactaattagtcaggaagcaaggtcattactccagagttgggtcgtcaccaattacttgtaaagattttgctatgca 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52385970 acatgtaaggtgacaggataatttactaattagtcaggaagcaaggtcattactccagagttgggtcgtcaccaattacttgtaaagattttgctatgca 52386069  T
Q  723 attttgtatagtgatgaatatgtatctcatctgggaccagaatttacacggaaatgatgattaattttgtttgtgaaagcgagttcaatagtttgaaagt 822  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52386070 attttgtattgtgatgaatatgtatctcatctgggaccagaatttacacggaaatgatgattaattatgtttgtgaaagcgagttcaatagtttgaaagt 52386169  T
Q  823 tgaaatttgcacagggaacctttctatagatgtatcttttatactttatttttatctctaaaagaaatttcataataaatttgatatattcatttattta 922  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52386170 tgaaatttgcacagggaacctttctatagatgtatcttttatactttatttttatctctaaaagaaatttaataataaatttgatatattcatttattta 52386269  T
Q  923 cacctaaaatccaaggttgaatttggatgcctggctttttgttttatttaaaatccattttgatctttgatgtc 996  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52386270 cacctaaaatccaaggttgaatttgga----tgtctttttattttatttaaaatccattttgatctttgatgtc 52386339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University