View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6921_low_1 (Length: 955)

Name: NF6921_low_1
Description: NF6921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6921_low_1
NF6921_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-909)||(34353323-34354222)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 909
Target Start/End: Complemental strand, 34354222 - 34353323
Alignment:
Q  15 caataaaaaatacttcaaaatgaggctttagcctttcttaaaatgaaccaaaaacactgattttatcttttgcttccacctcttgataatccaccactta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  34354222 caataaaaaatacttcaaaatgaggctttagcctttcttaaaatgaaccaaaaacactgattttatcttttgcttccacgtcttgataatccaccacata 34354123  T
Q  115 ccccttaagaatcgttctatatccaagatcacaatggccaaatgaaaaatctaactcttatgtatctttcaccactaatttcatacccaaattgtagaaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354122 ccccttaagaatcgttctatatccaagatcacaatggccaaatgaaaaatctaactcttgtgtatctttcaccactaatttcatacccaaattgtagaaa 34354023  T
Q  215 atgagaagctccattatcgtgacaaactccaatcacgtaaacactttgtgtccatatacatcatatgaaaaaatacatgtaaaggataatgagttgatat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34354022 atgagaagctccattatcgtgacaaactccaatcacgtaaacactttgt-tccatatacatcatatgaaaaaatacatgtaaagggtaatgagttgatat 34353924  T
Q  315 ttgtcgttatgctcgaaataaaatgcacccaaaacatatccctctataatgtagagccaggcatatgtaagagaagaagaaaaagcaagtgaaaagtaat 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353923 ttgtcgttatgctcgaaataaaatgcacacaaaacatatccctctataatgtagagccaggcatatgtaagagaagaagaaaaagcaagtgaaaagtaat 34353824  T
Q  415 tggtaacttaagtacaaaataaaactatggtatcctaataaactagtaaatcctaaaacttgttaacaaaaacaataagtaaattctcgatttcattcta 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353823 tggtaacttaagtacaaaataaaactatggtatcctaataaactagtaaatcctaaaacttgttaacaaaaacaataagtaaattctcgatttcattcta 34353724  T
Q  515 caattgtaatgtaattgtatgcgtgagtaagttggtctttaaaattaataaatcaacaatcaagtgaatttagcttaagtgtttaatgagtatcacaaat 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  34353723 caattgtaatgtaattgtatgcgtgagtaagttggtctttaaaattaataaatcaacaatcaagtgaatttagcttaagtgtttaatgagttccacaaat 34353624  T
Q  615 ttgaattattggggcaccatttccataaaaaccagagagttaac-nnnnnnnnttaattgaaacgttccttaaaatagta--ttttttgtgttaataaaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  34353623 ttgaattattggggcaccatttccataaaaaccagagagttaacaaaaaaaaaataactgaaacgttccttaaaatagtattttttttgtgttaataaaa 34353524  T
Q  712 taagatatttttgaagaattaaagacccaaatgagtcaggtcacttacaaaggagagcacacaaaaatacgggacttccaaaatccaaatcattggtaat 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353523 taagatatttttgaagaattaaagacccaaatgagtcaggtcacttacaaaggagagcacacaaaaatacgggacttccaaaatccaaatcattggtaat 34353424  T
Q  812 ttcttatc---cctacatttatttcctcattttgggttgcatgtttggcaatacaatgggtcatttggtgacccacctatatggaatgacaaaaatcaac 908  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353423 ttcttatcgatcctacatttatttcctcattttgggttgcatgtttggcaatacaatgggtcatttggtgacccacctatatggaatgacaaaaatcaac 34353324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University