View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6926_low_4 (Length: 431)

Name: NF6926_low_4
Description: NF6926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6926_low_4
NF6926_low_4
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (18-423)||(5315113-5315518)
chr7 (18-423)||(5284310-5284715)
chr7 (18-423)||(5289412-5289817)
chr7 (18-423)||(5302498-5302903)
chr7 (18-423)||(5310399-5310804)
chr7 (18-423)||(46706703-46707108)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (18-423)||(1492170-1492575)
chr5 (18-423)||(1504979-1505384)
chr5 (18-423)||(1482195-1482600)
chr5 (18-423)||(1478001-1478406)
chr5 (18-423)||(1509126-1509531)
chr5 (18-416)||(1499249-1499647)
chr5 (132-423)||(1486672-1486963)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-423)||(44141203-44141608)
chr1 (18-423)||(44128576-44128981)
chr1 (18-423)||(44132781-44133186)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-423)||(24163516-24163910)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (99-400)||(37863186-37863487)
chr3 (144-423)||(37859205-37859484)
chr3 (152-379)||(39030117-39030344)
chr3 (273-314)||(40421888-40421929)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (156-367)||(35250869-35251080)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5315518 - 5315113
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315518 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 5315419  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315418 gaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 5315319  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315318 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 5315219  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315218 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 5315119  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  5315118 ccacca 5315113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5284715 - 5284310
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5284715 atttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccac 5284616  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  5284615 gaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgc 5284516  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5284515 aaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccactt 5284416  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5284415 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctacca 5284316  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  5284315 ccacca 5284310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Original strand, 5289412 - 5289817
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  5289412 atttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccac 5289511  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5289512 ggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgc 5289611  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5289612 aaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccactt 5289711  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5289712 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctacca 5289811  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  5289812 ccacca 5289817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5302903 - 5302498
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5302903 atttctggtacggggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccac 5302804  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    ||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5302803 gaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgc 5302704  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||    
T  5302703 aaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccactt 5302604  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5302603 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctacca 5302504  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  5302503 ccacca 5302498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5310804 - 5310399
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  5310804 atttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccac 5310705  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5310704 gaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgc 5310605  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5310604 aaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccactt 5310505  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5310504 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctacca 5310405  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  5310404 ccacca 5310399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Original strand, 46706703 - 46707108
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||   ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  46706703 atttctggtactggatcagaaccaacaataagtgcagcagctctgactccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgc 46706802  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    | |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  46706803 ggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgc 46706902  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  46706903 aaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacta 46707002  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46707003 gtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 46707102  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  46707103 ccacca 46707108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1492575 - 1492170
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  1492575 atttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccac 1492476  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  1492475 gaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgc 1492376  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||    
T  1492375 aaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgctt 1492276  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1492275 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacttctacca 1492176  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  1492175 ccacca 1492170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1505384 - 1504979
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||| ||| || || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  1505384 atttctggtattggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgc 1505285  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    |||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  1505284 gaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgc 1505185  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  1505184 aaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactt 1505085  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1505084 gtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgactttggctgaccccattcttttatagcttttacggcagcctcctttcctagtctaggtacctctacca 1504985  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  1504984 ccacca 1504979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1482600 - 1482195
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  1482600 atttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaagagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccac 1482501  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    | ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  1482500 ggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgc 1482401  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  1482400 aaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccactt 1482301  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    ||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  1482300 gtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggcacctctacca 1482201  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  1482200 ccacca 1482195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1478406 - 1478001
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  1478406 atttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcaccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccac 1478307  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    | ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  1478306 ggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgc 1478207  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  1478206 aaaacatccttgttggtacatcatatacctcttcacatatggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccactt 1478107  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  1478106 gtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacttctacca 1478007  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  1478006 ccacca 1478001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1509531 - 1509126
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| ||||    
T  1509531 atttctggtacagggtcagtaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccac 1509432  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
     ||||||||| ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| || |||||| | ||||| |||||||||||    
T  1509431 aaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgc 1509332  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  1509331 aaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaacaccactt 1509232  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    |||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| ||| |    
T  1509231 gtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctggccccattcttttatagccttcactgcaacctcttttcctagcctaggtacctttacaa 1509132  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  1509131 ccacca 1509126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 1499647 - 1499249
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||| ||||    
T  1499647 atttcaggtactaggtcagagccaacaatgactgccgcagctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccac 1499548  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
     ||||| ||  || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || |||||||| || || || ||||||||    
T  1499547 aaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgc 1499448  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    | | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||     
T  1499447 ataacaccctagttggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccacta 1499348  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacc 416  Q
      ||||||||  ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1499347 taggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttgacttcggttgaccccattcttcgatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtatctctacc 1499249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 132 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1486963 - 1486672
Alignment:
Q  132 gtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgtt 231  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || || ||| |||| || || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  1486963 gtgacttcagaacatattaccaacacaagagcatctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgtt 1486864  T
Q  232 ggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgat 331  Q
    |||| ||||| || | ||||||||  |||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| | | ||||||  |||||||||  ||    
T  1486863 ggtatatcatataccgtttcacatccgggcaaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaatat 1486764  T
Q  332 taagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 423  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || |||  ||||||||    
T  1486763 taagtgtgtaatctttgactttggttggccctattcttttatagctttcactgcagcctcatttcctagcctaggcacgtctcgcaccacca 1486672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 44141608 - 44141203
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  44141608 atttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgc 44141509  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  44141508 gaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgc 44141409  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44141408 aaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactt 44141309  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141308 gtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 44141209  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  44141208 ccacca 44141203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 44128981 - 44128576
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  44128981 atttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgc 44128882  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  44128881 gaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgc 44128782  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44128781 aaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactt 44128682  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128681 gtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 44128582  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  44128581 ccacca 44128576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 44133186 - 44132781
Alignment:
Q  18 atttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccac 117  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  44133186 atttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgc 44133087  T
Q  118 gaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgc 217  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  44133086 gaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgc 44132987  T
Q  218 aaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccactt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44132986 aaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactt 44132887  T
Q  318 gtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 417  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44132886 gtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctacca 44132787  T
Q  418 ccacca 423  Q
    ||||||    
T  44132786 ccacca 44132781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Original strand, 24163516 - 24163910
Alignment:
Q  29 tgggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgaca 128  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| ||||||||      
T  24163516 tgggtcagagccaacaatgactgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgatt 24163615  T
Q  129 gcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcaccctt 228  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  24163616 gcggtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacaccctt 24163715  T
Q  229 gttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaac 328  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||| | |||||||     
T  24163716 gttggtacatcatatacctttttacacatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaa 24163815  T
Q  329 gattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 423  Q
     |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  24163816 tattaagtgtgtgatctttgactttggttggccccattcttttatagccttcacggctgcctcctttcctagtcttggtgcctctactaccacca 24163910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 99 - 400
Target Start/End: Original strand, 37863186 - 37863487
Alignment:
Q  99 tgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaac 198  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || || ||||  || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37863186 tgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaac 37863285  T
Q  199 ggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctcc 298  Q
    | |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| || |  |||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| || || ||    
T  37863286 gaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcacc 37863385  T
Q  299 aggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccct 398  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||   ||||||||| || |||    
T  37863386 aggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttgttgcagcctcttttcct 37863485  T
Q  399 ag 400  Q
    ||    
T  37863486 ag 37863487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 144 - 423
Target Start/End: Original strand, 37859205 - 37859484
Alignment:
Q  144 caaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgt 243  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37859205 caaactaccaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgt 37859304  T
Q  244 atcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaat 343  Q
    | |  ||||||||||| ||||| || || || || || || ||||| || || || |||||||| || ||||| |||||||||| ||| | ||| |||||    
T  37859305 aacgcttcacatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaat 37859404  T
Q  344 ctttgactttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 423  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| || || |||||   ||| ||||| || |||||||| |||||||| || |||||||    
T  37859405 cttggacttaggttgaccccattccttgatggcctttgttgctgcctcttttcctagtcttggtacctccacaaccacca 37859484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 152 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 39030344 - 39030117
Alignment:
Q  152 caacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttc 251  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  || |  |||| ||||| || ||||||||||||||||| || |  ||     
T  39030344 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 39030245  T
Q  252 acatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 351  Q
    |||||||| | ||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||| | ||||||    
T  39030244 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgact 39030145  T
Q  352 ttggttgaccccattcttttatagcctt 379  Q
    | |||||||||||||| || ||||||||    
T  39030144 taggttgaccccattcattgatagcctt 39030117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 314
Target Start/End: Original strand, 40421888 - 40421929
Alignment:
Q  273 agtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacacca 314  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  40421888 agtttgatgagttgataatcagcaccaggcatgtcaacacca 40421929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 156 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 35251080 - 35250869
Alignment:
Q  156 acacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacat 255  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| || || |||||||||||||||||||| || | ||||||      
T  35251080 acacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccg 35250981  T
Q  256 atgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttgg 355  Q
    | || ||||| ||||  | ||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| ||  ||||||  || | |||||| ||||| ||||||||    
T  35250980 acggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttgg 35250881  T
Q  356 ttgaccccattc 367  Q
    ||||||||||||    
T  35250880 ttgaccccattc 35250869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University