View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6927_high_22 (Length: 281)

Name: NF6927_high_22
Description: NF6927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6927_high_22
NF6927_high_22
[»] chr6 (43 HSPs)
chr6 (19-266)||(26803072-26803319)
chr6 (19-254)||(27705713-27705948)
chr6 (19-266)||(26623897-26624144)
chr6 (19-266)||(26729874-26730121)
chr6 (19-266)||(27679576-27679823)
chr6 (23-266)||(27426925-27427168)
chr6 (19-266)||(27697895-27698142)
chr6 (19-266)||(31285185-31285432)
chr6 (19-266)||(27592330-27592577)
chr6 (19-254)||(27676929-27677164)
chr6 (19-266)||(28786864-28787111)
chr6 (19-266)||(27610429-27610676)
chr6 (19-261)||(27717808-27718050)
chr6 (19-266)||(27604013-27604260)
chr6 (19-266)||(28792985-28793232)
chr6 (19-251)||(26647120-26647352)
chr6 (19-251)||(26656606-26656838)
chr6 (19-251)||(26753088-26753320)
chr6 (19-251)||(26762577-26762809)
chr6 (19-236)||(26862236-26862453)
chr6 (19-250)||(27337404-27337635)
chr6 (19-250)||(27398144-27398375)
chr6 (19-266)||(28781727-28781974)
chr6 (19-251)||(26884711-26884943)
chr6 (19-236)||(25580378-25580595)
chr6 (19-236)||(26143524-26143741)
chr6 (19-251)||(25492628-25492860)
chr6 (19-236)||(25539199-25539416)
chr6 (39-251)||(26824460-26824672)
chr6 (19-261)||(27530610-27530852)
chr6 (19-236)||(25483715-25483932)
chr6 (19-236)||(26056578-26056795)
chr6 (19-236)||(26076548-26076765)
chr6 (19-139)||(25511645-25511765)
chr6 (22-211)||(27215133-27215322)
chr6 (39-152)||(28140275-28140388)
chr6 (39-177)||(29843316-29843454)
chr6 (55-162)||(26937759-26937866)
chr6 (39-167)||(29826711-29826839)
chr6 (39-121)||(28227723-28227805)
chr6 (42-121)||(28243566-28243645)
chr6 (42-94)||(26724366-26724418)
chr6 (61-121)||(28235336-28235396)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (23-266)||(60195-60438)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (23-266)||(18074387-18074630)
chr4 (19-266)||(18678865-18679112)
chr4 (19-266)||(18698705-18698952)
chr4 (19-266)||(18723390-18723637)
chr4 (19-266)||(18730809-18731056)
chr4 (19-266)||(18654782-18655029)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-255)||(29273147-29273383)
chr8 (211-251)||(16440694-16440734)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-266)||(267649-267896)
chr1 (19-251)||(28163684-28163916)
chr1 (19-252)||(28126984-28127217)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (19-261)||(2848-3090)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (19-266)||(8113-8360)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (19-266)||(12984-13231)
scaffold0277 (19-258)||(4021-4260)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (42-172)||(16691587-16691717)
chr5 (190-251)||(17790749-17790810)
chr5 (190-251)||(17817634-17817695)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (40-119)||(3280432-3280511)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (39-121)||(28221-28303)
scaffold0038 (42-121)||(43728-43807)
scaffold0038 (61-121)||(35498-35558)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 43)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 26803319 - 26803072
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803319 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 26803220  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803219 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 26803120  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803119 gtgcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 26803072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Original strand, 27705713 - 27705948
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27705713 agatgtttcaagtcattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaattgctcttgcaa 27705812  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27705813 gtgttgatttacccaagcctccaatgccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagtgatttcacttgttgtactcgaga 27705912  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaaggg 254  Q
    || |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  27705913 ctgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggg 27705948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 26624144 - 26623897
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26624144 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaagttatagattgctcttgcaa 26624045  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||    
T  26624044 gtgttgatttgcccaagcctccaatcccatacattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgaga 26623945  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  26623944 ctgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgattgat 26623897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 26730121 - 26729874
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26730121 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaagttatagattgctcttgcaa 26730022  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||    
T  26730021 gtgttgatttgcccaagcctccaatcccatacattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgaga 26729922  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  26729921 ctgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgattgat 26729874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 27679823 - 27679576
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27679823 agatatttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacatgaaccttcgaattgatctgcaacaaaattatagatttgtcttgcaa 27679724  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27679723 gtgttgatttccccaaacctccaatgccataaattccaaccatatggaccccatcatcggatccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 27679624  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27679623 ctgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgtcgactgat 27679576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 266
Target Start/End: Original strand, 27426925 - 27427168
Alignment:
Q  23 gtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgc 122  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| || |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27426925 gtttcaagctatttgaagctgaattctctctgacttgttcaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgt 27427024  T
Q  123 tgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagacttc 222  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  27427025 tgatttacctgagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgc 27427124  T
Q  223 aatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  27427125 aatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgat 27427168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 27697895 - 27698142
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27697895 agatgttccaagttatttttagctgaattcattctcacattatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaaccaaattatagattgctcttgcaa 27697994  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||  |||||||||  ||||||| ||||    
T  27697995 gtgttgattttcccaagcctccaatcccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaattgatttcactctttgtacttgaga 27698094  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27698095 ctgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgat 27698142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31285432 - 31285185
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  31285432 agatgtttcaagttatttttagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataatccgtcaaattgatcaccaataaaattatagattgctcttgcaa 31285333  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| | || || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| |    
T  31285332 gtgttgatttacccaagcctcctatcccataaagtcctaccatgtgtacccctttattagtttccttatcaagaagcaatttcacttgttgtattcgaaa 31285233  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  31285232 cttaaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggcacacgattgat 31285185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 27592330 - 27592577
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| | ||||    
T  27592330 agatttttcaagttatttgaagctgaactctctttcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaagttataaattgctttcgcaa 27592429  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27592430 gtgttgattttcccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 27592529  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  27592530 ctgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgactgat 27592577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Original strand, 27676929 - 27677164
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||    
T  27676929 agatttttcaagttatttgaagctgaactctctttcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgctttcgcaa 27677028  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  27677029 gtgttgattttcccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcatttgttgtactcgaga 27677128  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaaggg 254  Q
    || |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  27677129 ctgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggg 27677164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 28787111 - 28786864
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | |||||||||||||| || ||||||||| |||||| || |||    
T  28787111 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaa 28787012  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||  |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28787011 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 28786912  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28786911 ctgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgat 28786864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 27610429 - 27610676
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  27610429 agatgtttcaatttatttgaagttgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaa 27610528  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27610529 gtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttcttgtacttgaga 27610628  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  27610629 ctgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacgactgat 27610676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Original strand, 27717808 - 27718050
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  27717808 agatgtttcaatttatttgaagttgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaa 27717907  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27717908 gtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 27718007  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacga 261  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  27718008 ctgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacga 27718050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 27604013 - 27604260
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  27604013 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaa 27604112  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27604113 gtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagagatttcacttgttgtactcgaga 27604212  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27604213 ctgcaatccaataggataattggcaacatgtaagggctgacgactgat 27604260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 28793232 - 28792985
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||  |||||  ||||||| ||||||||||||  | |||||||||| | | |||||||||||||| || ||||||||| |||||| || |||    
T  28793232 agatgtttcaatctatttgaagctgaactctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaa 28793133  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||  |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28793132 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 28793033  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28793032 ctgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgat 28792985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26647352 - 26647120
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||    
T  26647352 agatgtttcaagttattatgagctgaattctctctgacattatgaagaaagcatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaatcgctttggcaa 26647253  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||| ||||||||| || || ||| ||    
T  26647252 gtgttgatttacccaaacctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcggga 26647153  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    ||  |||||||||||||| || || ||||||||    
T  26647152 ctctaatccaacagggtatttggctacatgtaa 26647120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26656838 - 26656606
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||    
T  26656838 agatgtttcaaattattatgagctgaattctctctgacattgtgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcgacaaaattataaattgctttggcaa 26656739  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| |||||  | ||| |||| | || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  26656738 gtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgaga 26656639  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    ||  |||||||||||||| || |||||||||||    
T  26656638 ctctaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 26656606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26753320 - 26753088
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||    
T  26753320 agatgtttcaagttattatgagctgaattctctctgacattatgaagaaagcatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaatcgctttggcaa 26753221  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||| ||||||||| || || ||| ||    
T  26753220 gtgttgatttacccaaacctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcggga 26753121  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    ||  |||||||||||||| || || ||||||||    
T  26753120 ctctaatccaacagggtatttggctacatgtaa 26753088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26762809 - 26762577
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||    
T  26762809 agatgtttcaaattattatgagctgaattctctctgacattgtgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcgacaaaattataaattgctttggcaa 26762710  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| |||||  | ||| |||| | || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  26762709 gtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgaga 26762610  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    ||  |||||||||||||| || |||||||||||    
T  26762609 ctctaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 26762577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 26862453 - 26862236
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  26862453 agatgtttcaagctattatgagttgaattctctctaactttatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcggcaacaaaattataaattgcttttgcaa 26862354  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||| ||||||| | ||||||| ||| ||||| || ||||| ||||||| | ||  |||||||||| ||||||||| || |||||| ||    
T  26862353 gtgttgatttccccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgtgtaccccttcatcagattccatatcaagaagcaatttcacttgttctactcggga 26862254  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  26862253 ctttaatccaacagggta 26862236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 250
Target Start/End: Original strand, 27337404 - 27337635
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  27337404 agatgtttcaagtttttacgagctgaattctctctaacattatgaagaaagcatactccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaa 27337503  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||||||||| | | ||||||| ||| ||||| | |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||    
T  27337504 gtgttgattttcccaagcctctagtaccataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcggga 27337603  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgta 250  Q
    ||  |||||||||||||| || ||||| ||||    
T  27337604 ctgtaatccaacagggtatttggcaacgtgta 27337635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 250
Target Start/End: Original strand, 27398144 - 27398375
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  27398144 agatgtttcaagtttttacgagctgaattctctctaacattatgaagaaagcatactccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaa 27398243  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||||||||| | | ||||||| ||| ||||| | |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||    
T  27398244 gtgttgattttcccaagcctctagtaccataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcggga 27398343  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgta 250  Q
    ||  |||||||||||||| || ||||| ||||    
T  27398344 ctgtaatccaacagggtatttggcaacgtgta 27398375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 28781974 - 28781727
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | |||||||||||||||||  || ||||| | |||| || |||    
T  28781974 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaattaagttataaactgcttttacaa 28781875  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||   ||| |||| ||||  ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  28781874 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatcctgactccattatcatatccttcaccaagaagcgatttcacttgttgtactcggga 28781775  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  28781774 ctgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagtgctgacgactgat 28781727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26884943 - 26884711
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| || || | ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  26884943 agatgtttcaagttattatgagttgaattctccctgactttatgcagaaaacatacacattcaaattgatcagcaacataattataaattgcttttgcaa 26884844  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || ||||| || | || | ||| |||||||||| |||| | || |||||||||  |    
T  26884843 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaattcctaccatgtgtaccccttcgttagattccttatcaagaagcaattttaattgttgtactcggta 26884744  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    ||  |||||||||||||| || || ||||||||    
T  26884743 ctgtaatccaacagggtatttggctacatgtaa 26884711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 25580595 - 25580378
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||||||  ||  |||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  25580595 agatgtttcaagttattaagaattgaaatctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaactgcttttgcaa 25580496  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||||  |||   ||||||||| ||||||||| || || ||| ||    
T  25580495 gtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaccacatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcggga 25580396  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  25580395 ctgtaatccaacagggta 25580378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 26143741 - 26143524
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||| |||||| |||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  26143741 agatgtttcaggttattatgacttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaacaaaattataaactgcttttgcaa 26143642  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| | ||| ||| ||| |||||  ||||| |||| ||||  |||   ||||||||| |||||||||||| || ||| ||    
T  26143641 gtgttgatttacccatgcctccagtaccaaaaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttcttctattcggga 26143542  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  26143541 ctgtaatccaacagggta 26143524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Original strand, 25492628 - 25492860
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||| |||||||||  || ||| ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||    
T  25492628 agatctttcaagtttcttggagttgaattctctctcacatctcctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaagttatagattgattttgcaa 25492727  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| ||| ||||| |||| | |||| |||| | ||||||| |||||| ||||||| | ||||||||| ||    
T  25492728 gtgttgatttacctaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggaactcatcctcagatacctcatctagaagcaatttcacgtgttgtactcggga 25492827  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
     |  |||||||||||||| || |||||||||||    
T  25492828 ttgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 25492860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 25539416 - 25539199
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||    
T  25539416 agatgtttcaagttattatgacttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaacttcaaattgatcagcaacaaaattaaaaactgcttttgcaa 25539317  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| |||||  ||||| |||| ||||  |||   ||||||||| ||||||||| || || | | ||    
T  25539316 gtgttgatttacccatgcctccagtaccataaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccaagtcaagaagcaatttcacttgttctattgggga 25539217  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  25539216 ctgtaatccaacagggta 25539199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26824672 - 26824460
Alignment:
Q  39 agctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcct 138  Q
    |||||||||||||||||| |  | ||||||||| ||| ||||||||| |||||||| | ||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||| || |||    
T  26824672 agctgaattctctctcacgttctcaagaaaacaaaaaacttcaaatttatcagcaatagaattaaaagttgcttttgcaagtgttgatttacctaaacct 26824573  T
Q  139 ccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagacttcaatccaacagggtaat 238  Q
    ||||| || |||| ||| |||||||||||| ||||||||| | | | ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||||||| ||||| |    
T  26824572 ccaataccgtaaagtcctaccatatggaccacatcatcagattcgttatcaagaagagatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaaccgggtatt 26824473  T
Q  239 tagcaacatgtaa 251  Q
    | |||||||||||    
T  26824472 tggcaacatgtaa 26824460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Original strand, 27530610 - 27530852
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||||| |  ||  |||||| |||||||||  |  |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  27530610 agatgtttcaagttatctgaagtcgaattcactctcacattttctagaaaacataaaacttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaa 27530709  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||| | ||||||| | ||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| |   ||||||||| ||  |||||| | ||||||||| ||    
T  27530710 gtgttgatttacctatgcctccagtaccataaagtcctaccatgtggacctcatcatcagatttttcatcaagatgccctttcacatgttgtactcggga 27530809  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacga 261  Q
    ||  ||||||||||| || || ||||||| |||||||| ||||    
T  27530810 ctgtaatccaacaggatatttggcaacatctaagggctcacga 27530852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 25483932 - 25483715
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||| |||||| |||  |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | | |||| ||||||    
T  25483932 agatgtttcaggttattatgacttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaagaaaattaaaaactgcttttgcaa 25483833  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| | ||| ||| ||| |||||  ||||| |||| ||||  |||   ||||||||| ||||||||| || || ||| ||    
T  25483832 gtgttgatttacccatgcctccagtaccaaaaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcggga 25483733  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  25483732 ctgtaatccaacagggta 25483715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 26056795 - 26056578
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| | | |||| ||||||    
T  26056795 agatgtttcaagttcttaagagttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaatagaattaaaaactgcttttgcaa 26056696  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||  | ||| ||||||| |||||  ||||| |||  ||||  |||   ||||||||| ||||||||| || || ||| ||    
T  26056695 gtgttgatttacccatgcctccggtaccaaaaattcctaccatgcggacctcattctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcggga 26056596  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    || |||||||||||||||    
T  26056595 ctgcaatccaacagggta 26056578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 26076765 - 26076548
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| | | |||| ||||||    
T  26076765 agatgtttcaagttcttaagagttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacaccttcaaattgatcagcaatagaattaaaaactgcttttgcaa 26076666  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||  | ||| ||||||| |||||  ||||| |||  ||||  |||   ||||||||| ||||||||| || || ||| ||    
T  26076665 gtgttgatttacccatgcctccggtaccaaaaattcctaccatgcggacctcattctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcggga 26076566  T
Q  219 cttcaatccaacagggta 236  Q
    || |||||||||||||||    
T  26076565 ctgcaatccaacagggta 26076548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 25511765 - 25511645
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    |||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||| | | |||| ||||||    
T  25511765 agatgtttcaagttcttaagagttgaattctctctgacattatgaagaaaacatacactttcaaattgatcagcaatagaattaaaaactgcttttgcaa 25511666  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctc 139  Q
    ||| ||||||||||| |||||    
T  25511665 gtgttgatttacccatgcctc 25511645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 27215322 - 27215133
Alignment:
Q  22 tgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    |||||||||||||||  || |||||||||| ||||||| |  |||||| || |||||||||| ||||||||||  |||||| | |||||| |||||||||    
T  27215322 tgtttcaagttatttaaagttgaattctctttcacatcttctagaaaatatgaaccttcaaactgatcagcaatgaaattaaaaattgcttttgcaagtg 27215223  T
Q  122 ctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgta 211  Q
     ||||||||||| |||||||   |||| || ||| ||||| |||||| | || | || |||||  ||||||||| |||| |||| |||||    
T  27215222 ttgatttacccatgcctccagctccatgaagtcctaccatgtggacctcttccttagatcccttgtcaagaagcaattttacttgttgta 27215133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 28140388 - 28140275
Alignment:
Q  39 agctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcct 138  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||| || ||||||| | |||    
T  28140388 agctgaaatttctctcacattatgaagaaaacacaaacattcaaattgatcggcaataaaattataaattgcttgtgcaagtgttgttttacccgaccct 28140289  T
Q  139 ccaatcccataaat 152  Q
    || |||||||||||    
T  28140288 cccatcccataaat 28140275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 177
Target Start/End: Original strand, 29843316 - 29843454
Alignment:
Q  39 agctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcct 138  Q
    ||||||| | |||||| | || ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||  |||||||| |||||||  ||||||| || ||||||||| ||     
T  29843316 agctgaactttctctcccgtcgtgaagaaaacacaaacattcaaatttatcagcaatcaaattataaattgctcgagcaagtgttgttttacccaatcca 29843415  T
Q  139 ccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatca 177  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||||| | |||||||    
T  29843416 ccaattccataaatccccaccatctggactcgatcatca 29843454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 26937866 - 26937759
Alignment:
Q  55 acatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattc 154  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||  |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |  || ||||||||||| || |    
T  26937866 acattatgaagaaaacacaaactttcaaattgatcaccaatcaaattataaattgctcgtgcaagtgttgatttaccaattccgccaatcccatagatcc 26937767  T
Q  155 caaccata 162  Q
    | ||||||    
T  26937766 ctaccata 26937759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 39 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 29826839 - 29826711
Alignment:
Q  39 agctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcct 138  Q
    ||||||| | |||||||  |||||||||||||| || | |||||||| |||| |||  | |||||| |||||||  ||||||| || ||||||||| ||     
T  29826839 agctgaactttctctcaagtcatgaagaaaacacaagcattcaaatttatcaccaatcatattataaattgctcgagcaagtgttgttttacccaatccg 29826740  T
Q  139 ccaatcccataaattccaaccatatggac 167  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  29826739 ccaattccataaatccccaccatctggac 29826711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 28227805 - 28227723
Alignment:
Q  39 agctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  28227805 agctgaattttcccttacatcgtgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcggctataaaattataaactgcccttgcaagtg 28227723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 28243645 - 28243566
Alignment:
Q  42 tgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    |||||| || || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |   ||||||| | ||||||||||||||    
T  28243645 tgaattttcccttacatcgtgaagaaaacataaacaatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtg 28243566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 26724418 - 26724366
Alignment:
Q  42 tgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaa 94  Q
    |||||| ||||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  26724418 tgaattttctctcacattgtgaaggaaacacaacccttcaaattgatcagcaa 26724366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 28235396 - 28235336
Alignment:
Q  61 tgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |   ||||||| | ||||||||||||||    
T  28235396 tgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtg 28235336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 60438 - 60195
Alignment:
Q  23 gtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgc 122  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| || |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  60438 gtttcaagctatttgaagctgaattctctctgacttgttcaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgt 60339  T
Q  123 tgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagacttc 222  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  60338 tgatttacctgagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgc 60239  T
Q  223 aatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  60238 aatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgat 60195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 18074630 - 18074387
Alignment:
Q  23 gtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgc 122  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| || |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18074630 gtttcaagctatttgaagctgaattctctctgacttgttcaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgt 18074531  T
Q  123 tgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagacttc 222  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  18074530 tgatttacctgagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgc 18074431  T
Q  223 aatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  18074430 aatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgactgat 18074387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 18678865 - 18679112
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  18678865 agatgtttcaattgatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaa 18678964  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||  |||| ||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18678965 gtgttaatttacccatgcctccaatgccataaagtcctaccatgcggactccatcataagatcattcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 18679064  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  18679065 ctgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgccgactgat 18679112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 18698705 - 18698952
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||    
T  18698705 agatgtttcaattgatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgctttcgcaa 18698804  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | |||  |||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18698805 gtgttgatttacccatgcctccaatgccataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgaga 18698904  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18698905 ctgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgat 18698952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 18723390 - 18723637
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| |  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||    
T  18723390 agatgtttcaattgatttgaagctgaattctctctcacgttttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattccttttgcaa 18723489  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| | |||  |||| ||| ||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18723490 gtgttgattttcccatgcctccaataccataaagtcctatcatgcggactccaccattagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 18723589  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18723590 ctgcaacccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgacgactgat 18723637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 18730809 - 18731056
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| ||| || | ||||    
T  18730809 agatgtttcaattgatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattactttagcaa 18730908  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| | |||  |||| ||| ||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18730909 gtgttgattttcccatgcctccaataccataaagtcctatcatgcggactccaccataagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 18731008  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18731009 ctgcaacccaacagggtaaatggcaacatgtaagggctgacgactgat 18731056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 18654782 - 18655029
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| | ||||  || |||||| ||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| | ||||||  |||| | ||||||    
T  18654782 agatgtttcaattgatttgaagatgaattttctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaatacaattattaattgattttgcaa 18654881  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| | |||  |||| ||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18654882 gtgttgattttcccatgcctccaataccataaagtcctatcatgcggactccaccatcagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 18654981  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    || ||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  18654982 ctgcaacccaacagggtaactggcagcatgtaagggctgacgactgat 18655029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 255
Target Start/End: Original strand, 29273147 - 29273383
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29273147 agatgtttcaagttatttttagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaatcttcaaattgatcagcaaaaaaattatagattgctcttgcaa 29273246  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  29273247 gggttgatttacccaagccaccaatcccataaattccaaccatatggatcccatcatcagatccattatcaagaagcgatttgacttgttgtacttgaga 29273346  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggc 255  Q
    ||  |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  29273347 ctgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaagggc 29273383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 211 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 16440734 - 16440694
Alignment:
Q  211 actcgagacttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16440734 actcgagactccaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 16440694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 267649 - 267896
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  267649 agatgtttcaagttacttatagctgaattttctctcacatcatgaagaaaacataatccttcaaattgatcagcaataaaattatagattgctcttgcaa 267748  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  267749 gggttgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagcaatttcacttgttgtacttgaga 267848  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  267849 ccataatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctcacgactgat 267896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Original strand, 28163684 - 28163916
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  28163684 agatgtttcaagttggatggagttgaattctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaa 28163783  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |  |||||| ||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  28163784 gtgttgatttacccaagcctccagtatcataaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgaga 28163883  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
     |  ||||||||||| || || |||||||||||    
T  28163884 ttgtaatccaacaggatattttgcaacatgtaa 28163916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 252
Target Start/End: Original strand, 28126984 - 28127217
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  28126984 agatgtttcaaattatatggagttgaaatctctctcacatcttctagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaatgaaattataaattgcttttgcaa 28127083  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| ||| |||||| | ||||||| ||||||| |       
T  28127084 gtgttgatttacccaagcctccaataccataaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaaattcacttgttgtacttggtc 28127183  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaag 252  Q
    ||  ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  28127184 ctgtaatccaacaggatatttggcaacatgtaag 28127217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Original strand, 2848 - 3090
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  2848 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagcaataaaattataaattgcttttgcaa 2947  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2948 gtgttgatttacccaatcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgaga 3047  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacga 261  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  3048 cttcattccaacagggtaattggcaacatgtaagggttgacga 3090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 8360 - 8113
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | |||||||||||||| || ||||||||| |||||| || |||    
T  8360 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaa 8261  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  8260 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgaga 8161  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8160 ctgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgat 8113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 266
Target Start/End: Original strand, 12984 - 13231
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | |||||||||||||| || ||||||||| |||||| || |||    
T  12984 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattgatcagaaataaaattataaattgcttttccaa 13083  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13084 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgaga 13183  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgattgat 266  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13184 ctgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgat 13231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 258
Target Start/End: Original strand, 4021 - 4260
Alignment:
Q  19 agatgtttcaagttattttgagctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||| |||||| || |||    
T  4021 agatgtttcaatttatttgaagctgaattctctctcacattttcaagaaaacatgagcattcaaattcatcagcaataaaattataaattgcttttccaa 4120  T
Q  119 gtgctgatttacccaagcctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||| | |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  4121 gtgttgatttacccaagcctccagtaccataaagtcctaccatgtgggctccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgaga 4220  T
Q  219 cttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctga 258  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4221 ctgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctga 4260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 16691717 - 16691587
Alignment:
Q  42 tgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtgctgatttacccaagcctcca 141  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||  ||||||| || |||||| |  ||||||    
T  16691717 tgaattttctctcacgtcatgaagaaaacacaaacattcaaattgatcagcaatcaaattataaattgctcgagcaagtgttgttttaccgattcctcca 16691618  T
Q  142 atcccataaattccaaccatatggaccccat 172  Q
    || ||||  || ||||||||||  |||||||    
T  16691617 attccatggatcccaaccatatataccccat 16691587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17790810 - 17790749
Alignment:
Q  190 agaagcgatttcacttcttgtactcgagacttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  17790810 agaagcgagttcactttttccactcgagactctaacccaacagggtatttagcaacatgtaa 17790749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17817695 - 17817634
Alignment:
Q  190 agaagcgatttcacttcttgtactcgagacttcaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 251  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||  || |||||| |||| ||||||||||||||    
T  17817695 agaagcgagttcactttttgcactcgagactctaacccaacatggtatttagcaacatgtaa 17817634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 3280511 - 3280432
Alignment:
Q  40 gctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaag 119  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||||||| | ||||||||||||    
T  3280511 gctgaattttctctcacattgtgaagaaaacatacacattcaaattgattagcaatgaaattataaactgctcttgcaag 3280432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 28303 - 28221
Alignment:
Q  39 agctgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  28303 agctgaattttcccttacatcgtgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcggctataaaattataaactgcccttgcaagtg 28221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 42 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 43807 - 43728
Alignment:
Q  42 tgaattctctctcacatcatgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    |||||| || || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |   ||||||| | ||||||||||||||    
T  43807 tgaattttcccttacatcgtgaagaaaacataaacaatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtg 43728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 35558 - 35498
Alignment:
Q  61 tgaagaaaacataaaccttcaaattgatcagcaacaaaattatagattgctcttgcaagtg 121  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |   ||||||| | ||||||||||||||    
T  35558 tgaagaaaacacaaaccatcaaattgatcagctatggaattataaactgctcttgcaagtg 35498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University