View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6940_high_2 (Length: 809)

Name: NF6940_high_2
Description: NF6940
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6940_high_2
NF6940_high_2
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (20-794)||(15517487-15518261)
chr2 (21-398)||(15494096-15494473)
chr2 (20-405)||(15534691-15535072)
chr2 (24-398)||(15625482-15625856)
chr2 (20-398)||(15655029-15655410)
chr2 (408-794)||(15534000-15534383)
chr2 (20-398)||(15645877-15646258)
chr2 (497-779)||(15493676-15493958)
chr2 (52-342)||(15605601-15605894)
chr2 (466-798)||(15654449-15654781)
chr2 (485-798)||(15645397-15645710)
chr2 (488-769)||(15601209-15601490)
chr2 (472-798)||(15624772-15625098)
chr2 (410-466)||(15534437-15534495)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 15518261 - 15517487
Alignment:
Q  20 cacgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15518261 cacgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaaattggaaatttt 15518162  T
Q  120 gggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15518161 gggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 15518062  T
Q  220 ccagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaagacgatgaaggaaacaatttattgcacttagctggaaa 319  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15518061 ccagtatcttcaatgtcatacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaagacgatgaaggaaacagtttattgcacttagctggaaa 15517962  T
Q  320 attagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgttgagttattatggtttgaggtatagtgcatcccttgtgtgcat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15517961 attagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgtcgagttattatggtttgaggtatagtgcatcccttgtgtgcat 15517862  T
Q  420 acacaattatcctactgtacttaataaatttaactaatttatttttacatttctatattttatcgaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaag 519  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15517861 acacaattatcctaccgtccttaataaatttaactaatttatttttacatttctatattttatctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaag 15517762  T
Q  520 aagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcag 619  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15517761 aagataatgctgcccgcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctcaaatgagcatgaaaaactaagggaagatgcag 15517662  T
Q  620 agtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcga 719  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15517661 agtcttggatgaaaaaaactgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggagtgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtatcga 15517562  T
Q  720 tgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcgttcat 794  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15517561 taacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggggtttgcaatatcagatgcatctgcgttcat 15517487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 21 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 15494473 - 15494096
Alignment:
Q  21 acgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttg 120  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15494473 acgattctagacagacactacacatcaaaggatgagttaaacgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttg 15494374  T
Q  121 ggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15494373 ggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggagatggatagcaaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgc 15494274  T
Q  221 cagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaagacgatgaaggaaacaatttattgcacttagctggaaaa 320  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||  |||||| | |||| ||||| |||| ||||    
T  15494273 tagtatattcaatctcgtacatcaaatagggcatataaaggatgtcatagtgacatttgaagatgaagacagaaacactatattacacttggctgcaaaa 15494174  T
Q  321 ttagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgttgagttattatggtttgaggta 398  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  15494173 ttagcacgacgaggtcaacttgaattggtttctggagcagcttttcaaatgtgtgtcgagttagtatggtttgaggta 15494096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 15535072 - 15534691
Alignment:
Q  20 cacgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 119  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15535072 cacgattctagacagacactactcatcaaag---gagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 15534976  T
Q  120 gggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 219  Q
     |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15534975 tggtttttatcggagcttattagtgct-atccaagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcgaacgatattacacatagctgttttgcatcggcatg 15534877  T
Q  220 ccagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaagacgatgaaggaaacaatttattgcacttagctggaaa 319  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||  || ||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||    
T  15534876 ctagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcacataaaggatatcatagcgacatatgttgatgataaaggaaacactttattgcacttggctgcaaa 15534777  T
Q  320 attagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgttgagttattatggtttgaggtatagtgca 405  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15534776 attagcaccacgaggtcaacttgaattggtttctggagcagcttttcaaatgtgccttgagttattatggtttgaggtataatgca 15534691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 24 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 15625856 - 15625482
Alignment:
Q  24 attctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggt 123  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  15625856 attcttgaaaaacactactcatcaaaggtggagttaaataaaatcataaatgaaccttctcaggtaatatttgatgctgcagaagttggaaattttggat 15625757  T
Q  124 tcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgccag 223  Q
    |||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||        
T  15625756 tcttatcggagcttattagtgtttatcctagcttgatatgggatgtggatagcaaaaatcgaactatattacacatagctgtattgcatcggtatgttgc 15625657  T
Q  224 tatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaagacgatgaaggaaacaatttattgcacttagctggaaaatta 323  Q
    ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  15625656 tatctacaatgttatacatcaaatagggcatataaagggtatcatagtgacatttgaagatgatgacagaaacactttattgcacttggctgcaaaatta 15625557  T
Q  324 gcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgttgagttattatggtttgaggta 398  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  15625556 gcaccacaagttcaacttgaattggtttctgggtcagcttttcaaatgtgccttgagttattatggtttgaggta 15625482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 20 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 15655410 - 15655029
Alignment:
Q  20 cacgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 119  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15655410 cacgattcttgaaaaacactactcatcaaaggaggagctaaataaaatcattaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 15655311  T
Q  120 gggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 219  Q
    || |||||||| |||||| | ||||   |||| |||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15655310 ggattcttatcagagcttctcagtgtttatcctagcttgatatgggatgtggatagcaaaaatcaaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 15655211  T
Q  220 ccagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaagacg---atgaaggaaacaatttattgcacttagctgg 316  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| |   ||||  |||||| |||||||||||| ||||     
T  15655210 ctagtatcttcaatctcgtacatcaaatagggcatattaagggtatcatagtaacatatgaagatgataatgacagaaacactttattgcacttggctgc 15655111  T
Q  317 aaaattagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgttgagttattatggtttgaggta 398  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  15655110 aaaattagcaccacgaagtcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgcgtcgagttagtatggtttgaggta 15655029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 408 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 15534383 - 15534000
Alignment:
Q  408 ccttgtgtgcatacacaattatcctactgtacttaataaatttaact--aatttatttttacatttctatattttatcgaacatatatacattttcatat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15534383 ccttgtgtgcatacacaattatcctact-----taataaatttaactctaatttatttttacttatctatattttatctaacatatatacattttcatat 15534289  T
Q  506 gatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctcaaatgagcatgaaaaact 605  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||  || || |||||||| ||||  | |||||||||||||||| ||||||    
T  15534288 gatagaatgtaaagaagataatgttgccagcacaaataaagttgaaaaactctgaacgcttgactgcacaagagttattctcaaatgagcatgcaaaact 15534189  T
Q  606 aaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttcgctgctgccgttacttta 705  Q
    |||| | ||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15534188 aagggaggatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcatgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggagtgttcgctgctgcagttacttta 15534089  T
Q  706 ccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcgttcat 794  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| |||| || |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  15534088 ccaggtggtaccgatgacaccggaaaaccaaactagttgacgaaaacaccattcttggtatttgcaacatcagatgcatctgcattcat 15534000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 20 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 15646258 - 15645877
Alignment:
Q  20 cacgattctagaaagatactactcatcaaagaaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 119  Q
    ||||||||| |||| | ||||||| |||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646258 cacgattcttgaaaaacactactcctcaaaggaggagttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttt 15646159  T
Q  120 gggttcttatcggagcttattagtgcccatccaagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 219  Q
    || |||||||| |||||| | ||||   |||| |||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646158 ggattcttatcagagcttctcagtgtttatcctagcttgatatgggatgtggatagcaaaaaccgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatg 15646059  T
Q  220 ccagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggcatataaaggatatcatagtgacatttgaa---gacgatgaaggaaacaatttattgcacttagctgg 316  Q
    | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||   || |||||  ||||||   |||||||||| ||||     
T  15646058 ctagtatcttcaatctggtacatcaaatagggcatataaagggtatcatagtgacatatgaaaatgatgatgacagaaacacactattgcacttggctgc 15645959  T
Q  317 aaaattagcaccacaaggtcaacttgaattggtttctggtgcagcttttcaaatgtgtgttgagttattatggtttgaggta 398  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  15645958 aaaattagcaccacgaaatcaacttgaattggtttctggagctgcttttcaaatgtgcgtcgagttactatggtttgaggta 15645877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 497 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 15493958 - 15493676
Alignment:
Q  497 ttttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctcaaatgagca 596  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15493958 ttttcgtatgatagaaagtaaagaagataatgttgccagcacaaattaagtcaaaaaactccaaagacatgactgcagaagaactgttctcgaatgagca 15493859  T
Q  597 tgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttcgctgctgcc 696  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  15493858 tgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgccgagtcttgtatgctaatttcaacagtcattgctactggagtgttcgctgctgca 15493759  T
Q  697 gttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcaga 779  Q
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15493758 actactttaccaggtggtaccgatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcaga 15493676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 52 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 15605894 - 15605601
Alignment:
Q  52 aggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggttcttatcggagcttattagtgcccatcc 151  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||   ||||    
T  15605894 aggagttacataaaatcataaatcaaccttctcaactgatttttgatgctgcagaagttggaaattatggattcttatcagagcttatcagtgtttatcc 15605795  T
Q  152 aagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgccagtatcttcaatgtcgtacatcaaataggg 251  Q
     |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||| || |||||||||| |||    
T  15605794 tagcttgatatgggatgtggattgcaaaaatcgaactatattacacatagctgtcttgaatcggcattatagtatcttcaatttcatacatcaaatgggg 15605695  T
Q  252 catataaaggatatcatagtgacatttgaagacgatgaag---gaaacaatttattgcacttagctggaaaattagcaccacaaggtcaacttg 342  Q
    |||||||||| | ||||| |||||| |||| | |||||||   |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  15605694 catataaagggtttcatattgacatatgaaaatgatgaagacagaaacactttattgcacttggctgcaaaattagcaccacaagttcaacttg 15605601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 466 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 15654781 - 15654449
Alignment:
Q  466 acatttctatattttatcgaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcg 565  Q
    |||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  |||||     
T  15654781 acatatctatattttacttaacgtatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggct 15654682  T
Q  566 tgactgcagaagaactgttctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaac 665  Q
    | |||||| |||| || ||||||| ||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||       |||| ||||| || ||||||||||||||    
T  15654681 ttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaac 15654582  T
Q  666 agtcattgcaaccggagtgttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtg 765  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| ||||||    
T  15654581 tgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtg 15654482  T
Q  766 tttgcaatatcagatgcatctgcgttcatctca 798  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15654481 tttgcaatatcagatgcatctgcattcatctca 15654449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 485 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 15645710 - 15645397
Alignment:
Q  485 aacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgtt 584  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  ||||| | |||||| |||| || ||    
T  15645710 aacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctatt 15645611  T
Q  585 ctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtg 684  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||       | || ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  15645610 ctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaacggccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtg 15645511  T
Q  685 ttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgcaatatcagatgcat 784  Q
    || ||||||||   |||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15645510 tttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcat 15645411  T
Q  785 ctgcgttcatctca 798  Q
    |||| |||||||||    
T  15645410 ctgcattcatctca 15645397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 488 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 15601490 - 15601209
Alignment:
Q  488 atatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactgttctc 587  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||   || ||||||  ||||| | |||||| ||||| | |||||    
T  15601490 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggccttactgcacaagaagtcttctc 15601391  T
Q  588 aaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgcaaccggagtgttc 687  Q
    ||| |||||| ||||||||||  || |||||||||| ||||||       | || ||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||     
T  15601390 aaaagagcatcaaaaactaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcagccgtcattgctaccggagtgttt 15601291  T
Q  688 gctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttg 769  Q
    ||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601290 gctgctgcaactactgtaccaggcggtatcgatgacacaggaaaaccaaattatttgaagaaaccatcatttttggtgtttg 15601209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 472 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 15625098 - 15624772
Alignment:
Q  472 ctatattttatcgaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgccagcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactg 571  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| | |||||| |||  || ||||||  ||||| | || |    
T  15625098 ctatattttacttaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctggacagataaagatgagaaactctgaaggctttacag 15624999  T
Q  572 cagaagaactgttctcaaatgagcatgaaaaactaaggaaagatgcagagtcttggatgnnnnnnnctgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcat 671  Q
    || |||| || ||||||| ||||||||||| ||||||  || | |||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| |||||    
T  15624998 cacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaaacgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcat 15624899  T
Q  672 tgcaaccggagtgttcgctgctgccgttactttaccaggtggtatcgatgacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggtgtttgca 771  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  15624898 tgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgattctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgca 15624799  T
Q  772 atatcagatgcatctgcgttcatctca 798  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  15624798 atatcagatgcatttgcattcatctca 15624772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 410 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 15534495 - 15534437
Alignment:
Q  410 ttgtgtgcatacacaattatcctactgtacttaataaattta--actaatttattttta 466  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  15534495 ttgtttgcatacagaattatcctactttacttaataaatttatctctaatttattttta 15534437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University