View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6947_low_2 (Length: 404)

Name: NF6947_low_2
Description: NF6947
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6947_low_2
NF6947_low_2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (4-389)||(7129119-7129504)
chr4 (4-389)||(7481634-7482019)
chr4 (59-389)||(7506355-7506685)
chr4 (4-389)||(7722393-7722778)
chr4 (18-389)||(7519717-7520088)
chr4 (18-389)||(7494050-7494421)
chr4 (9-389)||(7714106-7714486)
chr4 (18-389)||(7527767-7528138)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (36-387)||(16750418-16750769)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 7129504 - 7129119
Alignment:
Q  4 ggagtagcagagagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacacc 103  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129504 ggagcagcagggagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacacc 7129405  T
Q  104 gaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatgg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7129404 gaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatgg 7129305  T
Q  204 ttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaa 303  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||     
T  7129304 ttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaattttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgag 7129205  T
Q  304 acaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7129204 agaaagagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgttta 7129119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 4 - 389
Target Start/End: Original strand, 7481634 - 7482019
Alignment:
Q  4 ggagtagcagagagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacacc 103  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  7481634 ggagcagcagggaaccaacaaccatcaagttcaactctggctggaaaagctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacact 7481733  T
Q  104 gaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatgg 203  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7481734 gaagacttgaggcgacaagtcatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatgg 7481833  T
Q  204 ttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaa 303  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  7481834 ttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggctcttaatgttggtcagagaatttttaattttacaaatcgtacacctgagcaacgagttttgaa 7481933  T
Q  304 acaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7481934 acaacgagaaactcactcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 7482019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 59 - 389
Target Start/End: Original strand, 7506355 - 7506685
Alignment:
Q  59 gatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgca 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||    
T  7506355 gatgctcttgatgatgctgatgacttgctcgatgacttcaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcaca 7506454  T
Q  159 tcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagag 258  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506455 tcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagag 7506554  T
Q  259 aatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgag 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7506555 aatttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaataagttattggaagagatgag 7506654  T
Q  359 gagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506655 gagaagaaagagttgatagagttgttgttta 7506685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 4 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 7722778 - 7722393
Alignment:
Q  4 ggagtagcagagagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacacc 103  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  7722778 ggagcagcagggaaccaacaaccatcaagttcaactctggcttgaaaatctcaaagatgctcttgatgatgccgatgacgtgcttgatgactttaacact 7722679  T
Q  104 gaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatgg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7722678 gaagacttgaggcgacaagtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagttttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttcatacaaaatgg 7722579  T
Q  204 ttcagaaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaa 303  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||     
T  7722578 ttcagaaaattaaggaacttagtaagagaattgaggcccttaatattgataagagaagttttaattttacaaatcgcacacctgagcaacgagttttgag 7722479  T
Q  304 acaaagagaaactcactcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7722478 acaaagagaaactcattcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagataaggagaagaaagagctgatagagttgttgttta 7722393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 389
Target Start/End: Original strand, 7519717 - 7520088
Alignment:
Q  18 ccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7519717 ccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgataacttgcttgatgacttcaacaccgaagacttgaggcg 7519816  T
Q  118 acaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaat 217  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  7519817 acaagtgatgacctgtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagataattaag 7519916  T
Q  218 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7519917 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaaaagaagttttaactttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaacgagaaactc 7520016  T
Q  318 actcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    |||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520017 actcctttattcgtgcagaagaagttattggaagagaggaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 7520088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 389
Target Start/End: Original strand, 7494050 - 7494421
Alignment:
Q  18 ccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7494050 ccaacaaccatcaagttcaactgtggttggaaaagctgaaagatgctcttgatgatgccgatgacttgctcgatgactttaacacggaagacttgaggcg 7494149  T
Q  118 acaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaat 217  Q
    ||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7494150 acaggtgatgaccagtaacaagaaggctaaaaagtttcacatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7494249  T
Q  218 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  7494250 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgctaagagagtctttaattttacaaatcgtgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7494349  T
Q  318 actcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7494350 actcctttattcgtgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaaaagttgatagagttgttgttta 7494421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 9 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 7714486 - 7714106
Alignment:
Q  9 agcagagagccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaaga 108  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||  || |||| ||||| |||||    
T  7714486 agcagggagccaacaaccatgaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgctctttatgatgccgatgactttctcaattacttcaacacggaaga 7714387  T
Q  109 cttgaggcgacaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcag 208  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7714386 cctgaggtgacaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtttgcatcttcttctcatcatccaaccaacttctcttttctttcaaaatggttcag 7714287  T
Q  209 aaaattaatgaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaaacaaa 308  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7714286 aaaattaaggaactaagtaagagaattgaggaccttaatgctaataagagaagttttaattttacaaatcgcactcctgagcaacgagttttgaaacaaa 7714187  T
Q  309 gagaaactcactcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714186 gagaaactcactcctttattcttgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 7714106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 389
Target Start/End: Original strand, 7527767 - 7528138
Alignment:
Q  18 ccaacaaccatcaagttcaactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||  |||||||    
T  7527767 ccaacaaccatcaagttcaactatggctggaaaatctcaaagatgcttttgatgatgccgatgactttctcgattacttcaacacggaagaactgaggcg 7527866  T
Q  118 acaagtgatgaccaatcacaagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7527867 acaagtgatgaccaatcacaagaaagctaaaaaggtccgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaag 7527966  T
Q  218 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaaacaaagagaaactc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  7527967 gaacttagtaagagaattgaggcccttaatgttgataagagagtctttaattttacaaatcgcgcacctgagcaacgagttttgagagaaagagaaactc 7528066  T
Q  318 actcttttattcgcgaggaagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgttta 389  Q
    |||| |||||| | |  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528067 actcctttattagtgcagaagatgttattggaagagatgaggaaaagaaagagttgatagagttgttgttta 7528138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 36 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 16750769 - 16750418
Alignment:
Q  36 aactctggttggaaaagctcaaggatgctcttgatgatgccgatgacttgcttgatgactttaacaccgaagacttgaggcgacaagtgatgaccaatca 135  Q
    |||| ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||   || |||||||||  ||| |||||  |||| ||  |    
T  16750769 aactatgggtggagaagctcaaagatactcttgatgatgctgatgacttgcttgatgatgtttttactgaagacttgtagcgtcaagtactgacaaaaga 16750670  T
Q  136 caagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttctcatcatccaaccagcttctcttttcttacaaaatggttcagaaaattaatgaacttagtaagagaatt 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||||    
T  16750669 caagaaggctaaaaaggttcgcatcttcttatcctcttccaaccagcttctcttttcgtttaacatggctcagaaaattaagaaacttaggaagcgaatt 16750570  T
Q  236 gaggcccttaatgttggtaagagaatttttaattttacaaatcgcactcctaagcaacgagttttgaaacaaagagaaactcactcttttattcgcgagg 335  Q
    ||||  ||||| |||| || || |||||| |||||||| |||| ||||||| || |||||||| |||  || |||| |||||| || || ||||| ||||    
T  16750569 gagggtcttaacgttgataggaaaattttcaattttactaatcacactcctgagaaacgagttatgaggcagagagtaactcattccttcattcgtgagg 16750470  T
Q  336 aagaagttattggaagagatgaggagaagaaagagttgatagagttgttgtt 387  Q
    || |||| || |||||||| || || ||||| || |||||| |||| |||||    
T  16750469 aaaaagtcataggaagagacgacgaaaagaaggatttgataaagttattgtt 16750418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University