View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6951_low_18 (Length: 227)

Name: NF6951_low_18
Description: NF6951
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6951_low_18
NF6951_low_18
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (1-227)||(13875870-13876096)
chr6 (1-227)||(13893574-13893800)
chr6 (1-227)||(13473558-13473784)
chr6 (1-227)||(14014419-14014645)
chr6 (7-227)||(14046673-14046893)
chr6 (1-227)||(14024550-14024776)
chr6 (1-227)||(13863400-13863626)
chr6 (10-227)||(14109745-14109962)
chr6 (7-227)||(13931635-13931852)
chr6 (7-227)||(14083939-14084159)
chr6 (1-227)||(14021988-14022214)
chr6 (10-227)||(13911131-13911348)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 13875870 - 13876096
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  13875870 ctttctcaaatagaccggcttggtgtgttagatttgtcacataaccaattatctggagagattccaaagagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaa 13875969  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||| |||||    
T  13875970 attacgaagataatcttgatctttgtggaccaccacttgtaaacttgtgcgtcaaaggggagccaccacatgaaccaaatggaaaaattcaagacgatga 13876069  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  13876070 agatttgcttctcaatcgtggatttta 13876096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 13893574 - 13893800
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  13893574 ctttccaaaatagatcggattggtgtgttagatctgtcacataatcaattgtctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaa 13893673  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||  | |||| | ||||||||||| | ||| |||||||| |||||    
T  13893674 gttacgaagataatcttgatctttgtggagcaccacttgtaaaactgtgcgctgaagatgggccaccgcatgaaccaaatggaaaaattcaagacgatga 13893773  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13893774 agatttgcttctcaatcgaggatttta 13893800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 13473558 - 13473784
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||  | | ||||||||||||||||||||| | |||     
T  13473558 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagagattccattgagcacacaactacaaagtttcaatccgtcaa 13473657  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| | ||| || |||| ||||||||| |  ||||| | |||||    
T  13473658 gttacgaagataatcttgatctttgtggaccaccacttgtaaaattgtgtgttgaagggaaaccaccatatgatccaaaagtagaagttcaaaacgatga 13473757  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  13473758 agatttgcttctcaatcgtggatttta 13473784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14014645 - 14014419
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  14014645 ctttcacaaatacaccggcttggtgtgttagatttgtcacataatcaattatcgggagaaattccaaggagtacacaactacaaagtttcaatgcctcaa 14014546  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| | || |||||| |||| ||||||||||  || |||||||| |||||    
T  14014545 gttacgaagataatcttgatctttgtggagcaccacttgtaaaattgtgcgttgatggagagccatcacaagaaccaaaagggaaaattcaagacgatga 14014446  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||    
T  14014445 agatttgcttcggaatcgaggatttta 14014419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14046893 - 14046673
Alignment:
Q  7 caaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacg 106  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  14046893 caaatagaccggcttagtgtgttagatctgtcacataatcaattatctggcaagattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatccctcaagttacg 14046794  T
Q  107 aagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatgaagattt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||    
T  14046793 aagataatcttgatctttgtggaccaccatttgtaaaattttgtgttaaagggaaaccaccacatgaaccaaaagtagaagttcaagacgatgaagattt 14046694  T
Q  207 gcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14046693 gcttctcaatcgtggatttta 14046673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14024776 - 14024550
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||    
T  14024776 ctttcccgaatagatcgacttgctgtgctagatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagttttgattcctcat 14024677  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||   |||||||  |||| |||| |||||||| |||||    
T  14024676 gttatgaagataatcttgacctttgtgggctgccacttgtaaaactgtgtgttgaagggaagcctcgacatgaagtaaaattaaaaattcaagacgatga 14024577  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  14024576 agatttgcttcttaatcgtggatttta 14024550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 13863400 - 13863626
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13863400 ctttcccaaatagatcggcttggtgggttagatgtgtcacataatcaattatctggtgaaattccaaagagtacacaactacaaggtttcaatgcctcat 13863499  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||| | | |||   ||||| ||||||||| |  ||||||| |||||    
T  13863500 tttacgaagataatcttgatctttgtggcccaccacttgtaaaattgtgtgttaaagtgaaaccactgcatgatccaaaagtagaagttcaagacgatga 13863599  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
     ||   ||||||||||||||| |||||    
T  13863600 cgaacggcttctcaatcgtgggtttta 13863626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14109962 - 14109745
Alignment:
Q  10 atagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaag 109  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  14109962 atagaccggctaagtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagaaattccaacgagtacacaactacaaagtttcaatccctcaagttacgaag 14109863  T
Q  110 ataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatgaagatttgct 209  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||| ||| ||||| | ||| | ||||||||||||| | |  ||||||| ||| ||||||||||    
T  14109862 ataatcttgatctttgtggacaaccacttgtaaagttgtgtgttgaagggaaaccagcgcatgaaccaaaagcagaagttcaagacgataaagatttgct 14109763  T
Q  210 tctcaatcgtggatttta 227  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  14109762 tctcaatcgaggatttta 14109745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 13931852 - 13931635
Alignment:
Q  7 caaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacg 106  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||    
T  13931852 caaatagactggcttagtgtgttagatctgtcacataatcaattatctggagagattccaacgagtacacaactacaaagtttcaacgccacaagttacg 13931753  T
Q  107 aagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatgaagattt 206  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||   | | ||||||||| ||||||| |||||||   |  |||||||||||||||||||    
T  13931752 aagataatcttgatctttgtggtccaccacttgtaaaattgtgtactcagggggagccaccacatgatccaaaag---aagttcaagatgatgaagattt 13931656  T
Q  207 gcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13931655 gcttctcaatcgtggatttta 13931635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14084159 - 14083939
Alignment:
Q  7 caaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacg 106  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||  ||||||||  ||||     
T  14084159 caaatagaccggcttagtgtgttagatttgtcgcataatcaattatcgggagaaattccaaagagtacacaacttcaaagttttgatgcctcacgttaca 14084060  T
Q  107 aagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatgaagattt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| | | | ||| ||||| ||||||||||||||||  | |||||||  ||||||||| |    
T  14084059 aagataatcttgatctttgtggaccaccacttgtaaaatcgtgtgctcaggggaagccaccacatgaaccaaaagttgaaattcaaggcgatgaagatct 14083960  T
Q  207 gcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14083959 gcttctcaatcgtggatttta 14083939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14022214 - 14021988
Alignment:
Q  1 ctttcccaaatagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcat 100  Q
    ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  14022214 ctttctcaaattgatcgacttagtgtgttagatgtgtcacataatcaattatatggagagattccaacgtgtacacagctacaaagtttcgatccctcat 14022115  T
Q  101 tttacgaagataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatga 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||| ||| ||||| |  || | ||||||||||||| | |  ||||| |||||||    
T  14022114 gttacgaagataatcttgatctttgtggaccaccgcttgtaaagttgtgtgttgaagggaaatcagcgcatgaaccaaaagcagaagttcaatatgatga 14022015  T
Q  201 agatttgcttctcaatcgtggatttta 227  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  14022014 agatttgcttctgaatcgtggatttta 14021988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 13911348 - 13911131
Alignment:
Q  10 atagatcggcttggtgtgttagatttgtctcataatgaattatctggagaaattccaacgggtacacaactacaaagtttcaatgcctcattttacgaag 109  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  13911348 atagaccgtcttagtgtgttagatttgtcacataatcaattatctggagagattccaacaagtacacaactacaaagtttcaacgccacaagttacgaag 13911249  T
Q  110 ataatcttgatctttgtggaccgccacttgtaaaactgtgcgttaaaggggagccaacacatgaaccaaaagtaaatattcaagatgatgaagatttgct 209  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| | | ||| |||||||  |||| |||  |||||  | ||||| || ||||||||||||||    
T  13911248 ataatcttgatctttgtggtccaccacttgtaaaattgtgtgctcaagaggagccacaacataaactgaaagttgaaattcaggacgatgaagatttgct 13911149  T
Q  210 tctcaatcgtggatttta 227  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13911148 tctcaatcgtggatttta 13911131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University