View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6954_high_2 (Length: 835)
Name: NF6954_high_2
Description: NF6954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6954_high_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 814
Target Start/End: Original strand, 8004626 - 8005412
Alignment:
| Q |
18 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
117 |
Q |
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| T |
8004626 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
8004725 |
T |
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| Q |
118 |
ttgatgactgagtttaacaatggaggtctgtctgggtaacaatggaggtctggacgatgatctgggtaacaatggaggtatggctaacaatggaggtggt |
217 |
Q |
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| T |
8004726 |
ttgatgactgagtttaacaatggaggtctgtctgggtaacaatggaggtctggacgatgatctgggtaacaatggaggtatggctaacaatggaggtggt |
8004825 |
T |
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| Q |
218 |
tttgatggtttcaattttgatggagcttatgcagaatgattagtannnnnnnn-aattcaccagatttacttttttggtcccatggtacatgttgggaat |
316 |
Q |
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| T |
8004826 |
tttgatggtttcaattttgatggagcttatgcagaatgattagtatttttttttaattcaccagatttacttttttgctcccatggtacatgttgggaat |
8004925 |
T |
|
| Q |
317 |
cttggtttagctttgtttttatgttctagaaacatggttaattactttgattgttgatagtttatactcaaaatatagtaatgaccattatcctctccga |
416 |
Q |
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| T |
8004926 |
cttggtttagctttgtttttatgttctagaaacatggttaattactttgattgttgatagtttatattcaaaatatagtaatgaccattatcctctccga |
8005025 |
T |
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| Q |
417 |
agaaaagtgagtacgttgataaaacgagtataatgagaatataacgagaataataacatttaaataatttcctagatgtgtcatatttatgattgggact |
516 |
Q |
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| T |
8005026 |
agaaaagtgagtacgttgataaaacga-----------atataacgagaataataacatttaaataatttcctagatgtgtcatatttatgattgggact |
8005114 |
T |
|
| Q |
517 |
tttatactccaaaatttgtacggaaatgatgttttacagctatttataatagttttgggacaaatcttgttatattcttttattagattgttactgtagg |
616 |
Q |
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| T |
8005115 |
tttatactccaaaatttgtacggaaatgatgttttacagctatttataatagttttgggacaaatcttgttatattcttttattagattgttactgtagg |
8005214 |
T |
|
| Q |
617 |
ctttttgtaccagcatgtaacttgtcaacttgatatcttgatttatattgtatcttttatattctatttactctgtctatgtcaatttttatttggcatg |
716 |
Q |
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| T |
8005215 |
ctttttgtaatagcatgtaacttgtcaacttgatatcttgatttatatcgtatcttttatattctatttactctgtctatgtcaatttttatttggcatg |
8005314 |
T |
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| Q |
717 |
ctttcgaaattttgtaatagcatataacttgccaacttgatatctttggtttaaattgtatttggagagcattatgtgatatattatctgaagtgtat |
814 |
Q |
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| T |
8005315 |
ctttcgaaattttgtaatagcatgtaacttgccaacttgatatctttggtttaaattgtatttggagagcattatgtgatatattatctgaagtgtat |
8005412 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 51518919 - 51519034
Alignment:
| Q |
18 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
117 |
Q |
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| T |
51518919 |
atcacatttagaagagacccaactaatttccgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagagcaaaagaatgctggctcttattattacc |
51519018 |
T |
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| Q |
118 |
ttgatgactgagttta |
133 |
Q |
| |
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| T |
51519019 |
tcgatgactgagttta |
51519034 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 1300233 - 1300120
Alignment:
| Q |
18 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
117 |
Q |
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| T |
1300233 |
atcacatttagaagagatccaactaatttccgcccaaggatcaacaaacttgattcaaccaaggatagagagcaaaagcttgctgggacttattattacc |
1300134 |
T |
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| Q |
118 |
ttgatgactgagtt |
131 |
Q |
| |
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| T |
1300133 |
ttgatgactaagtt |
1300120 |
T |
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