View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6954_low_1 (Length: 977)

Name: NF6954_low_1
Description: NF6954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6954_low_1
NF6954_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-964)||(43635935-43636881)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 815; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 815; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 964
Target Start/End: Complemental strand, 43636881 - 43635935
Alignment:
Q  20 attacataggtttagcaaataatccttcaatggacaaaacatcttcatctctcaacttcaaggaaactgagctcagactaggcttacctggttgtgaatc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43636881 attacataggtttagcaaataatccttcaatggacaaaacatcttcatctctcaacttcaaggaaactgagctcagactaggcttacctggttgtgaatc 43636782  T
Q  120 tcctgatagaaaatcagtttctgctgctggtgctgttggtggagtctctttctttgccaacaaagatttgaagagcattaatgtttgttctcctttgaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43636781 tcctgatagaaaatcagtttctgctgctggtgctggtggtggagtctctttctttgccaacaaagatttgaagagcattaatgtttgttctcctttgaag 43636682  T
Q  220 aaccttgtagctagtgttggagctaaaagaggtttctctgatgctattgatgagtcttctaagaaatggagtttttctatgaatgatggatctgaaggag 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43636681 aaccttgtagctagtgttggagctaaaagaggtttctctgatgctattgatgagtcttctaagaaatggagtttctctatgaatgatggatctgaaggag 43636582  T
Q  320 gtagtttgttctcgccaagaggagggaatgttggaaaacctcttgctggtttagagactcaaactaatattcaaaagattaatacaaatgcaacaaaaaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43636581 gtagtttgttctcgccaagaggagggaatgttggaaaacctcttgctggtttagagactcaaactaatattcaaaagattaatacaaatgcaacaaaaaa 43636482  T
Q  420 catcaaagaggttcttcatcaatctgtacatgaaaagaataaacaggtttctggaacaaatgagcatgctaatgctcctgctgcaaagtatgtttattta 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43636481 catcaaagaggttcttcatcaatctgtacatgaaaagaataaacaggtttctggaacaaatgagcatgctaatgctcctgctgcaaagtatgtttattta 43636382  T
Q  520 catcatccttcttattgtttttagattttacaattgcttagttctgttctgtttagnnnnnnngagtcat-ttttgttcatttcataatcaactaaatca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43636381 catcatccttcttattgtttttagattttacaattgcttagttctgttctgtttagtttttttgagtaatcttttgttcattgcataatcaactaaatca 43636282  T
Q  619 tggaacatgtttgtaaacaagtttgatatagatcatgtcatgttttggttggctagattagacaaaggtgaaagatattgtaactcataaaaaactagac 718  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43636281 tggaacatgttgataaacaagtttgatatagatcatgtcatgttttggttggctagattagacaaaggtgaaagatattgtaactcataaaaaactagac 43636182  T
Q  719 atgttactg-nnnnnnnnaatggctttatgttctgtgattcaacccttcaatagacatgannnnnnnnnnnnnggggtgagttttagttagatatatttt 817  Q
    |||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||    
T  43636181 atgttactgtttttttttaatggctttatgttctgtgattcaacccttcaatagacatgatttttttctttttggggtgagttttagttagatatatttt 43636082  T
Q  818 cttatgcaaaaattgaatttttctatatataattcaaaaatagtggctaatgaatttttgggttgttttcagaaaaggcctcatcttcaaagttgttaaa 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43636081 cttatgcaaaaattgaatttttctatatataattcaaaaatagtggcttatgaatttttgggttgttttcagaaaaggtctcatcttcaaagttgttaaa 43635982  T
Q  918 cttatgtgttcttcattgtatcaaacttctgtaatagggcacaggtt 964  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43635981 cttatgtgttcttcattgtatcaaacttctgtaatagggcacaggtt 43635935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University