View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6954_low_3 (Length: 817)
Name: NF6954_low_3
Description: NF6954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6954_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 796
Target Start/End: Original strand, 8004626 - 8005412
Alignment:
| Q |
18 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8004626 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
8004725 |
T |
|
| Q |
118 |
ttgatgactgagtttaacaatggaggtctgtctgggtaacaatggaggtctggacgatgatctgggtaacaatggaggt------------------ggt |
199 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
8004726 |
ttgatgactgagtttaacaatggaggtctgtctgggtaacaatggaggtctggacgatgatctgggtaacaatggaggtatggctaacaatggaggtggt |
8004825 |
T |
|
| Q |
200 |
tttgatggtttcaattttgatggagcttatgcagaatgattagtannnnnnnn-aattcaccagatttacttttttggtcccatggtacatgttgggaat |
298 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8004826 |
tttgatggtttcaattttgatggagcttatgcagaatgattagtatttttttttaattcaccagatttacttttttgctcccatggtacatgttgggaat |
8004925 |
T |
|
| Q |
299 |
cttggtttagctttgtttttatgttctagaaacatggttaattactttgattgttgatagtttatactcaaaatatagtaatgaccattatcctctccga |
398 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8004926 |
cttggtttagctttgtttttatgttctagaaacatggttaattactttgattgttgatagtttatattcaaaatatagtaatgaccattatcctctccga |
8005025 |
T |
|
| Q |
399 |
agaaaagtgagtacgttgataaaacgagtataatgagaatataacgagaataataacatttaaataatttcctagatgtgtcatatttatgattgggact |
498 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8005026 |
agaaaagtgagtacgttgataaaacga-----------atataacgagaataataacatttaaataatttcctagatgtgtcatatttatgattgggact |
8005114 |
T |
|
| Q |
499 |
tttatactccaaaatttgtacggaaatgatgttttacagctatttataatagttttgggacaaatcttgttatattcttttattagattgttactgtagg |
598 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8005115 |
tttatactccaaaatttgtacggaaatgatgttttacagctatttataatagttttgggacaaatcttgttatattcttttattagattgttactgtagg |
8005214 |
T |
|
| Q |
599 |
ctttttgtaccagcatgtaacttgtcaacttgatatcttgatttatattgtatcttttatattctatttactctgtctatgtcaatttttatttggcatg |
698 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8005215 |
ctttttgtaatagcatgtaacttgtcaacttgatatcttgatttatatcgtatcttttatattctatttactctgtctatgtcaatttttatttggcatg |
8005314 |
T |
|
| Q |
699 |
ctttcgaaattttgtaatagcatataacttgccaacttgatatctttggtttaaattgtatttggagagcattatgtgatatattatctgaagtgtat |
796 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8005315 |
ctttcgaaattttgtaatagcatgtaacttgccaacttgatatctttggtttaaattgtatttggagagcattatgtgatatattatctgaagtgtat |
8005412 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 51518919 - 51519034
Alignment:
| Q |
18 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
51518919 |
atcacatttagaagagacccaactaatttccgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagagcaaaagaatgctggctcttattattacc |
51519018 |
T |
|
| Q |
118 |
ttgatgactgagttta |
133 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |
|
|
| T |
51519019 |
tcgatgactgagttta |
51519034 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 1300233 - 1300120
Alignment:
| Q |
18 |
atcacatttagaagagacccaactaattttcgcccaaggatcaacaaacttgaatcaacaaaggacagagaacaaaagaatgctgggtcttattattacc |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
1300233 |
atcacatttagaagagatccaactaatttccgcccaaggatcaacaaacttgattcaaccaaggatagagagcaaaagcttgctgggacttattattacc |
1300134 |
T |
|
| Q |
118 |
ttgatgactgagtt |
131 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| |
|
|
| T |
1300133 |
ttgatgactaagtt |
1300120 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University