View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6954_low_7 (Length: 596)

Name: NF6954_low_7
Description: NF6954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6954_low_7
NF6954_low_7
[»] chr3 (45 HSPs)
chr3 (16-579)||(14896283-14896846)
chr3 (19-579)||(18146377-18146937)
chr3 (92-576)||(16676839-16677323)
chr3 (23-481)||(17727672-17728129)
chr3 (23-481)||(19028901-19029358)
chr3 (96-579)||(19351027-19351501)
chr3 (89-522)||(18115591-18116015)
chr3 (92-579)||(18164776-18165263)
chr3 (92-579)||(19392769-19393256)
chr3 (19-579)||(19380452-19381000)
chr3 (85-579)||(19399330-19399815)
chr3 (89-522)||(19461158-19461582)
chr3 (89-492)||(19424233-19424636)
chr3 (96-522)||(19413817-19414234)
chr3 (19-417)||(18022355-18022747)
chr3 (19-579)||(17949374-17949939)
chr3 (89-480)||(18015720-18016102)
chr3 (89-579)||(25462667-25463157)
chr3 (19-480)||(18102989-18103426)
chr3 (243-522)||(17941725-17942004)
chr3 (100-579)||(18108067-18108546)
chr3 (19-450)||(19375241-19375672)
chr3 (92-354)||(18143862-18144124)
chr3 (85-522)||(19333631-19334059)
chr3 (19-373)||(24493517-24493871)
chr3 (89-460)||(17941364-17941723)
chr3 (173-492)||(19436731-19437050)
chr3 (19-337)||(19436427-19436733)
chr3 (19-169)||(19419542-19419683)
chr3 (464-576)||(19424679-19424791)
chr3 (515-579)||(19375665-19375729)
chr3 (19-67)||(19461079-19461127)
chr3 (19-67)||(18115512-18115560)
chr3 (439-522)||(17727559-17727642)
chr3 (439-522)||(19028788-19028871)
chr3 (455-522)||(19464340-19464406)
chr3 (19-64)||(18015653-18015698)
chr3 (19-68)||(18143795-18143844)
chr3 (19-67)||(18164709-18164757)
chr3 (389-483)||(18144146-18144240)
chr3 (19-68)||(16676760-16676809)
chr3 (22-67)||(19333547-19333592)
chr3 (548-576)||(17727433-17727461)
chr3 (548-576)||(19028662-19028690)
chr3 (19-67)||(25462597-25462645)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (89-579)||(2710469-2710959)
chr4 (24-490)||(15531918-15532369)
chr4 (487-579)||(15535548-15535640)
[»] scaffold0640 (2 HSPs)
scaffold0640 (89-579)||(5020-5510)
scaffold0640 (16-64)||(4944-4992)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (19-523)||(8459032-8459527)
chr8 (471-579)||(8459547-8459655)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (312-579)||(3996-4263)
[»] scaffold0274 (1 HSPs)
scaffold0274 (312-579)||(3466-3733)
[»] scaffold2156 (2 HSPs)
scaffold2156 (89-379)||(21-310)
scaffold2156 (16-67)||(335-386)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (19-480)||(13666870-13667327)
chr6 (99-213)||(2509634-2509754)
chr6 (182-213)||(2509838-2509869)
chr6 (548-579)||(13666843-13666874)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (89-250)||(16436013-16436174)
chr2 (93-224)||(16436664-16436795)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 45)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 14896846 - 14896283
Alignment:
Q  16 cactcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14896846 cactcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttct 14896747  T
Q  116 ccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14896746 ccacattcttccttgaaatatctcatccttagtggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccctcactattagaac 14896647  T
Q  216 tacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaa 315  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14896646 tacaattgactgattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaa 14896547  T
Q  316 cttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagc 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14896546 cttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatctcacaaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagc 14896447  T
Q  416 ttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacacc 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14896446 ttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactaccaaatattcaacacc 14896347  T
Q  516 ttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14896346 ttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 14896283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 579
Target Start/End: Original strand, 18146377 - 18146937
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  18146377 tcaacacaatatcacacatatatctaaccttttgtaccttgacttatcctttaactacggtcctactctgcacatgcataatcttcattggctttctcca 18146476  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | |||||||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| | | ||||||||||||||||| || ||     
T  18146477 ctttcttccttgaaatatctctcccttagtgagattgatcttcacaaggaaaccaactggtttcaagtagtaaattcacttccttcactattaaaattaa 18146576  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
    | |||  |||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||   ||| || ||    
T  18146577 agttgtttaattgtaacctgaacaacttcataattaacacatctattgggtatttgaatttgtcttcacttataactcttgatctttcaggaaataattt 18146676  T
Q  319 cacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttg 418  Q
     ||||||||||| ||  |||||| ||||||| | |||||| || ||| |||||||  |||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18146677 aacctctcatttacctgatgggtattttaatcttaccaaagatatcaactatcttagccttgaggagagcaatatatatggtgagataccttcaagcttg 18146776  T
Q  419 ctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttg 518  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| || ||||||| |||||  || |||||||| ||||||    
T  18146777 ctaaaccttcaaaatttgagacaccttaatctctataataacaaactacacggatcaattccaaatggaataggccaacttgcacatattcaataccttg 18146876  T
Q  519 atctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18146877 atctttcatggaacatgttaagtggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 18146937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 92 - 576
Target Start/End: Original strand, 16676839 - 16677323
Alignment:
Q  92 atggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtga 191  Q
    |||||||||||| ||||||||| |  || |||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||   |||||    
T  16676839 atggataatcttcattggctttttatactttcttccttgaagtatctcgaccttagtggacttgatcttcataaggaaaccaattggattcagaaagtga 16676938  T
Q  192 gtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgt 291  Q
     |||||||||||||||||||||| | |  |||| |  ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||    
T  16676939 atacacttccttcactattagaattgcggttgagttcttgtaaattgaacaacttcatgctcaactcatctattgggtatttgaattcctcttcaattgt 16677038  T
Q  292 aattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt-catgaaagcaa 390  Q
    || |||| |||||||||  ||||| || |||| ||| || | ||| |||||||| ||| |||||||| || |||   ||||| ||||| |||| ||  ||    
T  16677039 aactcttgatctttcttacaacaatttaacctttcagttactaaacgggtttttaaatctcaccaaagatatcaagcatcttgacctttcatggaat-aa 16677137  T
Q  391 tatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaata 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| ||||| | ||||||  |||||||||||||  ||||    
T  16677138 tatacatggtgagataccttcaagcttgttaaaccttcaacatttgagacaccttgatgtctctcaaaaccaactacaactatcaattccagatgaaata 16677237  T
Q  491 gggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatc 576  Q
    || |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16677238 ggtcaactagcacatattcaagaccttgatctttccatgaacatgttaagtggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatc 16677323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 17728129 - 17727672
Alignment:
Q  23 cacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctccacatt 122  Q
    ||||||||||||| |||||| | |||||| |||  |||||||||||| ||  ||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  17728129 cacaacatcacacgttcatcgaaccttttgtacactgacttatccttaaatcaaggtccaactctgcacatggatagtcttcattggctttctccacttt 17728030  T
Q  123 cttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactacaatt 222  Q
    |||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  17728029 cttccttacaatatctcaacctcaatggaattgatcttcataaggaaacaaattggcttcaagtattgaatacacttccttcactgttagaattacagtt 17727930  T
Q  223 gactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacc 322  Q
    || |   ||||| || ||||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    ||| | ||||||    
T  17727929 gagtgggtgcaacctaaacaacttcctgatcaatccatctattgagtatttgaatttgtcttcaattgtaactctttatctttcaaacaacgatttcacc 17727830  T
Q  323 tctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaa 422  Q
    ||||| || ||   ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  17727829 tctcactt-cctggtggattttttaatctcaccaaagatctcacctatgttgaccttcacgagagcaatatacatggtgagataccttctagcttggtaa 17727731  T
Q  423 accttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattcca 481  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||    
T  17727730 accttcaaaatttaacacaccttggtctctctgaaaaccaactacaagggtcagttcca 17727672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 19029358 - 19028901
Alignment:
Q  23 cacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctccacatt 122  Q
    ||||||||||||| |||||| | |||||| |||  |||||||||||| ||  ||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  19029358 cacaacatcacacgttcatcgaaccttttgtacactgacttatccttaaatcaaggtccaactctgcacatggatagtcttcattggctttctccacttt 19029259  T
Q  123 cttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactacaatt 222  Q
    |||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  19029258 cttccttacaatatctcaacctcaatggaattgatcttcataaggaaacaaattggcttcaagtattgaatacacttccttcactgttagaattacagtt 19029159  T
Q  223 gactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacc 322  Q
    || |   ||||| || ||||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    ||| | ||||||    
T  19029158 gagtgggtgcaacctaaacaacttcctgatcaatccatctattgagtatttgaatttgtcttcaattgtaactctttatctttcaaacaacgatttcacc 19029059  T
Q  323 tctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaa 422  Q
    ||||| || ||   ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  19029058 tctcactt-cctggtggattttttaatctcaccaaagatctcacctatgttgaccttcacgagagcaatatacatggtgagataccttctagcttggtaa 19028960  T
Q  423 accttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattcca 481  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||    
T  19028959 accttcaaaatttaacacaccttggtctctctgaaaaccaactacaagggtcagttcca 19028901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 96 - 579
Target Start/End: Original strand, 19351027 - 19351501
Alignment:
Q  96 ataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtac 195  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||   ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| | |    
T  19351027 ataatcttgattggctttctccactttcttccataaaatatctcaacctcggtggaattgatcttcataaggaaaccaattggcttcaaatagtgaattc 19351126  T
Q  196 acttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaatt 295  Q
    |||||||||||| ||| || |||| |||  | | || || ||||||||||||          ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  19351127 acttccttcactgttaaaattacagttgggtgaatgtaacctgaacaacttcc---------catctgttgagtatttgaatttgtcttcacttgtaact 19351217  T
Q  296 cttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatac 395  Q
    ||| |||||| |  ||| ||||||| || | |||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||    |||| ||||||     
T  19351218 cttgatctttttcgaaataacttcaactttaatttaccagatgggttttttaatctcaccaaagatctcacttatcttcacctttcacaaagtaatatat 19351317  T
Q  396 atggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggca 495  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   | |||||||||||||||    | ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  19351318 atggtaagataccttcaagcttactaaaccttcaaaaactgagacaccttgatctcaaatataaccaactacaaggatcaattccagatggaataagcca 19351417  T
Q  496 actatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19351418 actaccaaatattcaataccttgatctttcatggaacatgttaagtggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 19351501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 89 - 522
Target Start/End: Original strand, 18115591 - 18116015
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  18115591 cacatggataatcttggttggctttctccacattcttccttgaaatatctcgaccttagtggaattcatcttcataaggaaaccaattggcttcaaatag 18115690  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| || ||||||||||||          ||||| ||||||||||||||||||||| | |    
T  18115691 tgaatacacttccttcactattagaattacagttgagtcattgtaacctgaacaacttcc---------catctgttgagtatttgaatttgtctttact 18115781  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagc 388  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||| |||||    | ||     
T  18115782 tgtaactcttgatctttctttaaacaacttcacctctcatttacctgatgggttttttaatcttaccaaagatctcacttatcttgacctttcacagagt 18115881  T
Q  389 aatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaa 488  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  | ||| | ||||||| ||||||||||||   ||    
T  18115882 aatatatatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagagacctttatctctcctataaccaactacaagaatcaattccagaagaaa 18115981  T
Q  489 tagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    |||| |||||  |  |||||||||| ||||||||    
T  18115982 taggccaacttgcccatattcaacaacttgatct 18116015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 92 - 579
Target Start/End: Original strand, 18164776 - 18165263
Alignment:
Q  92 atggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtga 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||    
T  18164776 atggataatcttgattggctttctccactttcttccttgaaatatctcaaccttagttttattgatcttcataaggaaaccaattggattcaagcagtga 18164875  T
Q  192 gtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgt 291  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  |     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  18164876 gtacacttccttcactattagaattacagttgagtaattgcaacctgaacaacttcataattggaacatcttttaagtatgtgaatttgtcttcaattgt 18164975  T
Q  292 aattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacc-ttcatgaaagcaa 390  Q
    || |||| |||||||||  ||| | ||||||||||| || |   |||| ||||||||| |||||||| || ||| || ||||  || |||| | || |||    
T  18164976 aactcttgatctttcttacaactatttcacctctcacttacttgatggattttttaatctcaccaaagatatcaactttcttagcctttcagggaa-caa 18165074  T
Q  391 tatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaata 490  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   | |||||   ||  |||||| | |  || ||||||||||||||||| |||||    
T  18165075 tataaatggtgagataccttcaagcttgctaaaacttcaaaatttgcaataccttttgctagctaaaacccaattaaaaggatcaattccagatggaata 18165174  T
Q  491 gggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    || ||||||  ||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18165175 ggccaactaataaatattaaaggccttgatctttcagggaacatgttaagcggttttatcccttcgactctaggaaacctctcatcctt 18165263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 92 - 579
Target Start/End: Original strand, 19392769 - 19393256
Alignment:
Q  92 atggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtga 191  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  19392769 atggatagtcttgattggctttctccactttcttcattgaaatatctcttcctaagtggaattgatcttcataaggaaaccaattggcttcaagcagtga 19392868  T
Q  192 gtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgt 291  Q
    ||| |||| ||||||| |||||| ||||||| | | | || || ||  | ||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19392869 gtatactttcttcactgttagaattacaattaagtgaatgtaacctcgaaaacttcaagatcaagccatcttttgagtatttgaatttgtcttcacttgt 19392968  T
Q  292 aattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaat 391  Q
    || |||| |||||||||  ||||||||||||||  || | || |||||||||||||||   |||| | ||  |||||| ||| ||||| | || |||||     
T  19392969 aactcttgatctttcttacaacaacttcacctccaatatacctaatgggttttttaatcgtaccacatatgccacctaccttcaccttaaggagagcaac 19393068  T
Q  392 atacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatag 491  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||| | ||||  | |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  19393069 atatatggtgagataccttcaagtttgctaaaccttcaaaatttgagataccttaatctctttgaaaatcaactacaaggatcaattcaagatggaatag 19393168  T
Q  492 ggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    | |||||   | || ||||| |||||||| |||| |  |||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19393169 gccaacttgaacatcttcaataccttgatgtttcgaaaaacatgttgagtggttttattccttcaactttaggaaacctctcatcctt 19393256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 579
Target Start/End: Original strand, 19380452 - 19381000
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  |    | ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19380452 tcaacaaaacattacacattcatctatccttttgcaccttgacttatcccacttatatggtcct---ctgcacatggataatcttgattggctttctcca 19380548  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  19380549 ctttcttccttaaaatatctcaacctcgatggaatttatcttcataaggaaaataattggtttcaagtagtgaatacacttccttcactattagaattac 19380648  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
    | |||| | |||| || |||||||||||         | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||  |||||||||    
T  19380649 agttgagtcattgtaacctgaacaactt---------cccatctgttgagtatttgaatttgtcttcacttgtaactctccatctttctggaaacaactt 19380739  T
Q  319 cacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttg 418  Q
    ||||||||| || ||| ||||||| |||||| |||| ||| || ||| || ||||    || | |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  19380740 cacctctcacttaccagatgggttgtttaatctcacgaaagatatcaactctcttagatttgagggtagcaatatatatggtgagatgccttcaagcttg 19380839  T
Q  419 ctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttg 518  Q
    ||||||||||||| ||| | || ||||||||| ||||  |||||  |||| |||  ||||||||||  |||||| |||||| || ||||| || | || |    
T  19380840 ctaaaccttcaaaatttgaaactccttgatctttctagtaacaaattacagggactaattccagatgaaataggccaactagcacatattgaatatctgg 19380939  T
Q  519 atctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||| | | |||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  19380940 atcttgctaggaacatgttaagtggtttcataccattaactctaggaaacctctcatcctt 19381000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 85 - 579
Target Start/End: Original strand, 19399330 - 19399815
Alignment:
Q  85 tctgcacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaa 184  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||    
T  19399330 tctgcaaatggataatcttgattggctttctccactttcttccttaaaatatctcaaccttaattggattgatcttcataaggaaaccaactggtttcaa 19399429  T
Q  185 gtagtgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtctt 284  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | || ||| |||| |||| |   || || |||||||||||     ||    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  19399430 gtagtaagtacacttccgtcattgtttgaattacagttgagtgcatgtaacctgaacaactt-----tc----catctcttgagtatttgaatttgtctt 19399520  T
Q  285 caattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatga 384  Q
    || |||||| |||| |||||||    ||||||||||||| |||| | ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  |    
T  19399521 cacttgtaactcttgatctttcaaacaacaacttcacctttcatatacctgatgggttttttaatttcaccaaagatctcacctgtctttaccttgacaa 19399620  T
Q  385 aagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagat 484  Q
     | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||  | | ||||| ||||| ||| |||||| ||||    
T  19399621 taacaatatatatggtgagataccttcaagcttgctaacccttcaaaatttgaaacaccttgatctcgttgataacaaactacagggaccaattcaagat 19399720  T
Q  485 agaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
      |||||| |||||| || ||||| || | |||| |||| |   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19399721 gaaataggtcaactagcacatattgaatatcttggtcttgcttggaacatgttaagtggtttcattccttcaactctaggaaacctctcttcctt 19399815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 89 - 522
Target Start/End: Original strand, 19461158 - 19461582
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  19461158 cacatggataatcttggttggctttctccacattcttccttgaaatatctcgaccttagtggaattcatcttcataaggaaaccaattggcttcaaatag 19461257  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| || |||||||| |||          ||||| ||||||||||||||||||||| | |    
T  19461258 tgaatacacttccttcactattagaattacagttgagtcattgtaacctgaacaatttcc---------catctgttgagtatttgaatttgtctttact 19461348  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagc 388  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||    | ||     
T  19461349 tgtaactcttgatctttctttaaacaatttcacctctcatttacctgatgggttttttaatctcaccaaagatctcacttatcttgacctttcacagagt 19461448  T
Q  389 aatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaa 488  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||| | ||| | ||||||| |||| ||||| |   ||    
T  19461449 aatatatacggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagagacctttatctctcttataaccaactacaagaatcagttccaaaagaaa 19461548  T
Q  489 tagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    |||| |||||  |  |||||||||| ||||||||    
T  19461549 taggccaacttgcccatattcaacaacttgatct 19461582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 89 - 492
Target Start/End: Original strand, 19424233 - 19424636
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |  ||||   ||||| |||||||||||||   || |||  ||||||| |||||| ||    
T  19424233 cacatggataatcttgattggctttcttcactttcttcgttggagaatctttaccttagtggaattgatctttctaaagaaagcaattggattcaaggag 19424332  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    | ||||||||||||||||||||| || ||||| | | | |||| ||||  |||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  19424333 tcagtacacttccttcactattacaattacaaataagtgattggaaaccaaacaacttcatgatcaacccatcaattgagtatttgaatttgtcttcaat 19424432  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagc 388  Q
    |||||  ||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||||  | |||    
T  19424433 tgtaacacttgatctttctttcaacaatttcgcctctcatttacctgatgggttttttaatctcaccaaagatctcacctatcttagacttcaccagagc 19424532  T
Q  389 aatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaa 488  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| |||    
T  19424533 aatatacatggtgggataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgacataccttgatctctctgaaaaccaactataaggatcaattccagatggaa 19424632  T
Q  489 tagg 492  Q
    ||||    
T  19424633 tagg 19424636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 96 - 522
Target Start/End: Original strand, 19413817 - 19414234
Alignment:
Q  96 ataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtac 195  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| | | ||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| |||    
T  19413817 ataatcttcattggctttatccactttcttcgttgaaatatctcacccttagttggattgatcttcataaggaaaccaattggcctcaaatagtgaatac 19413916  T
Q  196 acttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaatt 295  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  ||| | |||| || || || ||||||          ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  19413917 acttccttcactattagaattacagatgagtcattgtaacctaaataacttcc---------catctgttgagcatttgaatttgtcttcaattgtaact 19414007  T
Q  296 cttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt-catgaaagcaatata 394  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||||    
T  19414008 cttgatctttcttacaacaacttcacctctcatatacctgatgggttttttaatctcaccaaagatctcacctctcttgacctttcat-atagcaatata 19414106  T
Q  395 catggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggc 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || || ||| | |||||||| ||| |||||||| |||||||      
T  19414107 catggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctatcaaataaccaactacaagggtcagttccagatggaataggca 19414206  T
Q  495 aactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    || || || ||||||||||||| |||||    
T  19414207 aattagcacatattcaacacctcgatct 19414234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 417
Target Start/End: Original strand, 18022355 - 18022747
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| || || |||| |      ||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  18022355 tcaacacaacatcacacactcatctaaatttttctaccttgacttatcctttaatgatggtctt------cacatagataatcttgactggctttcttca 18022448  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | |||||||||||||||||||  ||| | |||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||| | | | ||||||||||||||||| || |||    
T  18022449 ctttcttccttgaaatatctcgacctcagtggacttgatcttcataaggaaaccaactggtttcaagtaatcaattcacttccttcactattacaattac 18022548  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
    | ||||   |||| ||| |||| | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  18022549 agttgagcgattgtaaattgaatagcttcatgatcaacccatctattgagtatttgaatttgtcttcacttgtaactcttgatctttctttcaacaactt 18022648  T
Q  319 cacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagctt 417  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||  |||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18022649 cacctctcatttaccaaatgggttttttaatctcaccaaagatatcaactatcttgtcctcttagagagcaatatacatggtgagataccttcaagctt 18022747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 579
Target Start/End: Original strand, 17949374 - 17949939
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  |    | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17949374 tcaacaaaacattacacattcatctaaccttttgcaccttgacttatcccacttatatggtcctactctgcacatggataatcttcattggctttctcca 17949473  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcac-aaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaacta 217  Q
    | ||||||||| || ||||||| |||   |||||||||||||||  ||||||   |||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||    
T  17949474 ctttcttccttaaattatctcaacctcggtggaattgatcttcaataaggaaaataattggtttcaagtagtgaattcactttcttcactattagaatta 17949573  T
Q  218 caattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaact 317  Q
     | |||  | | || || ||||| |||||| || |     | ||| |   |||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||  |  ||||||||    
T  17949574 aagttgtttcactgtaacctgaataacttcttgattggaacgtctatcaggtatttgaatttatcttcacttgtaactctttatcttgatgaaaacaact 17949673  T
Q  318 tcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt-catgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagct 416  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||| ||||| ||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  17949674 tcacctcccatttaccaaatgggtttttcaatctcaccaaagatatcacctctcttgaccttgcactaaat-aatatatatggtgagataccttcaagct 17949772  T
Q  417 tgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaac----ctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaac 512  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||     |||||||||||||||  ||||||||| || |||||| ||||| || ||     
T  17949773 tgctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctctcaaataacaaattaactacaaggatcaattatagatagaattggccaactaccaaattttgaat 17949872  T
Q  513 accttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    |||||||| ||||   |||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17949873 accttgatatttccgcgaacatgtttggtggtctcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 17949939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 89 - 480
Target Start/End: Original strand, 18015720 - 18016102
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||| | | ||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  18015720 cacatggataatctggattggctttcaccacattcgtcgttgaaatatctcaaccttagttggattgatcttcataaggaaaccaattggcttcaaatag 18015819  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    ||| | |||||||||||||||||||| || | |||| |   ||||| ||||||||||||          ||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  18015820 tgaattcacttccttcactattagaattagagttgagtgggtgcaacctgaacaacttcc---------catctgttgagtatttgaatttgccttcact 18015910  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacc-ttcatgaaag 387  Q
    ||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| | ||    
T  18015911 tgtaactctttctctttctttcaacaacttcacctctcatatacctgatgggttttttaatctcaccaaagatctcacctctcttgacctttcat-atag 18016009  T
Q  388 caatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattcc 480  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||||    
T  18016010 caatatacatggtgagataccttctagcttgctaaaccttcaaaatttgagacaacttcatctctctaataaccaactacaaggatctattcc 18016102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 89 - 579
Target Start/End: Original strand, 25462667 - 25463157
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||    
T  25462667 cacatggataatcttcattggctttctccattatcttccttaaaatatctcaacctcaatgcaattgatcttcataaggaaactaattggcttcaagcag 25462766  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    ||  ||| ||| |||||||||| ||  | || |||     |||  |  ||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||  |    
T  25462767 tgtctactctttcttcactattcgagttgcacttgcaagcttgtgatttgaacaacttcatgaccaaatcatctattgggtatttgaatttgtcttcgct 25462866  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt-catgaaag 387  Q
    | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||| || | ||| || |||  |||||| ||||| |||  ||     
T  25462867 tttaactcttgatctttcttacaacaacttcacctctcatttacctgatggtttttttaatctctcaaaagatttcatgtatcttgacctttcatttaat 25462966  T
Q  388 caatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagataga 487  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| | ||| |  |||| ||| ||||||||||| ||    
T  25462967 -aatgtacatggtgacataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctatctcataaccaattacagggaccaattccagatgga 25463065  T
Q  488 atagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||  ||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  25463066 ataggccaactaccaaatattcaataccttgatctttccattaacatgttaattggtttaatccctttaactataggaaacctctcatcctt 25463157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 480
Target Start/End: Original strand, 18102989 - 18103426
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||| |   ||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  18102989 tcaacacaacatcacacattcatctaaacttgtctaccttgacttatcctacaacta---tcctattctgcacatggatagtcttcactggctttctcca 18103085  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||| | | ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||    
T  18103086 ctttcttccttaaaatatctcaaccttagttggattgatcttcataaggaaaccaactggtttcaagtagtaagtacacttccttcattgttagaattac 18103185  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
    | |||| | |||| || |||||||||||         | ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||   |||||| ||    
T  18103186 agttgagttattgtaacctgaacaactt---------cccatcagttgagtatttgaatttgtattcaattgtaacccttgatctttcagaaaacaattt 18103276  T
Q  319 cacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttg 418  Q
    ||| | |||||| |   |||||||||||            ||||||||||||||| ||||||  || | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18103277 cacttttcatttacatgatgggtttttt------------aatctcacctatcttcaccttcgcgataacaatatatatggtgagataccttcaagcttg 18103364  T
Q  419 ctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattcc 480  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||    
T  18103365 ctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctctcttataaccaactacaaggatcaattcc 18103426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 243 - 522
Target Start/End: Original strand, 17941725 - 17942004
Alignment:
Q  243 acttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggtt 342  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||  |||||| |||||||||||| | ||  |||||||    
T  17941725 acttcatgatcagctcatctattgagtatttgaatttgtcttcacttgtaactctttctctttctggaaacaatttcacctctcatatacctgatgggtt 17941824  T
Q  343 ttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacac 442  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17941825 ttttaatctcaccaaagatctcacttatcttgaccttcacgagagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagacac 17941924  T
Q  443 cttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    ||| |||||||| | ||| | |||||||||  ||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  17941925 ctttatctctcttataaccaactacaaggactaattccaaatggaataggccaactaccaaatattcaatacctcgatct 17942004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 100 - 579
Target Start/End: Original strand, 18108067 - 18108546
Alignment:
Q  100 tcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacactt 199  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||| | |||||    
T  18108067 tcttcattggctttcttcacattcttccttgaaatatctcagccttggtggagttgatcttcataaggaaaccaactggtttcaagtagtgaattcactt 18108166  T
Q  200 ccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattctta 299  Q
     |||||||||||||| |||| |||  | | |  || || || |||||| || |     ||||| |    |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  18108167 tcttcactattagaattacagttgtttgactataaccttaataacttcttgattggaacatctatcagatatttgaatttgtcttcacttgtaactctta 18108266  T
Q  300 atctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatgg 399  Q
    |||||  |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||  || |||||| |||| |||||      |  |||||| ||||    
T  18108267 atcttgatgaaaacaacttcacctcccatttaccaaatgggtttttcaatctcaccaatgatatcacctctcttgaccttgcgctgaataatatatatgg 18108366  T
Q  400 tgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaacta 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||  |||||||||    ||||||    
T  18108367 tgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctctcaaataaccaactacaaggatcaattatagatagaatttcccaacta 18108466  T
Q  500 tcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
     ||||| ||||| |||||||| | ||   ||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  18108467 ccaaattttcaataccttgatatatccgcgaacatgtttagtggtctcattccttcaactgtaggaaacctctcttcctt 18108546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Original strand, 19375241 - 19375672
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||    
T  19375241 tcaacacaacttcacacattcatctaaccttttgttccttgacttatccttcaactacagtcctactctgcacatggataatcttcaatggctttcttca 19375340  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatcc---------ttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactat 209  Q
    | |||||||||||||||||||| ||         |   |||| |||||||||| |||| | |||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  19375341 ctttcttccttgaaatatctcaacctcggtggagtctttggagttgatcttcataaggtaaccaattggtttgaagtagtgacttcacttccttcactat 19375440  T
Q  210 tagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttcttt 309  Q
    ||||| |||| |||| |   || || ||||||||||     |||    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  19375441 tagaattacagttgagtcggtgtaacctgaacaact-----ttc----catctgttgagtttttgaatttgtcttcaattgtaagtcttgatctttcttc 19375531  T
Q  310 aaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt--catgaaagcaatatacatggtgagatac 407  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||   |||||   |||||| ||||||||||||    
T  19375532 aaacaatttcacctttcatttacctgatgggttttttaatctcaccaaagatatcacctatcttgaccttgcgatgaa--taatatatatggtgagatac 19375629  T
Q  408 cttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatct 450  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||    
T  19375630 cttcaagcttgctaaaccttccaaatttgagacaacttgatct 19375672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 92 - 354
Target Start/End: Original strand, 18143862 - 18144124
Alignment:
Q  92 atggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtga 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  18143862 atggataatcttgattggctttctccactttcttccttaaaatatctcaacctcagtggaattgatcttcataaggaaaccaattggcttcaaatagtga 18143961  T
Q  192 gtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgt 291  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| |||| |  ||| || ||||||||||| ||| ||||| ||| | |  |||||||||||||||| ||||||||    
T  18143962 atacacttccttcactattagaattacagttgagttcttgtaacctgaacaacttaatgatcaacccatatatcaagtatttgaatttgtcgtcaattgt 18144061  T
Q  292 aattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcac 354  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||||    
T  18144062 aactcttgatctttctttaaacaacttcacctctcatttacctgataggttttttaatctcac 18144124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 85 - 522
Target Start/End: Original strand, 19333631 - 19334059
Alignment:
Q  85 tctgcacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaa 184  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| |   ||||||||||  |||||| |||||| | |||||    
T  19333631 tctgcacatggatagtcttcattggctttcttcactttcttccttaaaatatctcaaccttagtaacattgatcttcctaaggaaaccaatttgtttcaa 19333730  T
Q  185 gtagtgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtctt 284  Q
     |||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| ||| |||||||||||          ||| |  ||||||||||||||||||||    
T  19333731 atagtgaattcacttccttcactattagaattacagttgagtgattgtaaattgaacaacttcc---------catttgatgagtatttgaatttgtctt 19333821  T
Q  285 caattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt-catg 383  Q
    ||||||||| |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||| |   |||||||||||||| |  ||||| ||||||  |||||  ||||| | ||    
T  19333822 caattgtaactcttgatctttctagaaacaactttacctctcatttacttgatgggttttttaatctttccaaagatctcaagtatctcgacctttcttg 19333921  T
Q  384 aaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccaga 483  Q
     || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||| |||||||    
T  19333922 gaa-caatatatatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctctcttataaccaactacaaggatcagttccaga 19334020  T
Q  484 tagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
       |||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||    
T  19334021 agaaataggccaactttcccatattcaacaacttgatct 19334059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 24493871 - 24493517
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||  |  |     |  || ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  24493871 tcaaaacaacatcacacattcatctaaacttgtctaccttgacttatcccccctcagctttggtactcttcacatggataatcttcattggcttcctcca 24493772  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | |||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||   ||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||    
T  24493771 ctttcttcgttgaaatatctcaaccttagtggaatcgatcttcgtgaggaaaccaattggcttcaagaagtggctacacttccttcactattagaattac 24493672  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
       ||| | |||| || || |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||  |||||||||    
T  24493671 gtatgattgattgtaacctaaacaacttcatgatcaactcattttttgagtattcgaatttgtcttcacttgtaactcttgatctttctgaaaacaactt 24493572  T
Q  319 cacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctt 373  Q
    || |||||| || |||||||  ||||||||  |||||||| || |||||||||||    
T  24493571 cagctctcagttaccaaatgcattttttaacctcaccaaagatatcacctatctt 24493517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 89 - 460
Target Start/End: Original strand, 17941364 - 17941723
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||    
T  17941364 cacatggataatcttcattggctttctccattttctaccttgaaatatctccgccttagtggcattgatcttcatgaggaaactaattggcttcaagcag 17941463  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||| ||| |  | ||| || |||||||||||         | ||||| |||| |||||||||||||||||| |    
T  17941464 tgaatacacttccttcactattagagttacgattaaaaagttgtaacctgaacaactt---------cccatctgttgaatatttgaatttgtcttcact 17941554  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagc 388  Q
    ||||| ||||  |||||||  |||||| ||||||||| || | ||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||    
T  17941555 tgtaactctttctctttctagaaacaatttcacctcttatatacctgatgggttttttaatctcaccaaaaatctcacttatctttaccttcgggggagc 17941654  T
Q  389 aatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaac 460  Q
    |||||| |   ||| |||||||||||||| ||||||||||| |  || |||  ||||||||||||| |||||    
T  17941655 aatatata---tgatataccttcaagcttactaaaccttcagaaattgagatgccttgatctctctcaaaac 17941723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 173 - 492
Target Start/End: Original strand, 19436731 - 19437050
Alignment:
Q  173 aattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatt 272  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || | |||| |   ||||  |||||||||||| || | ||  ||||| || ||||||    
T  19436731 aattggcttcaaatagtgaattcacttccttcactattagaattaaagttgagtgggtgcagcctgaacaacttcgtgattaatccatctattcagtatt 19436830  T
Q  273 tgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatct 372  Q
    | |||||||||||| |||||| |||| |||||||    ||| | ||||||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  19436831 taaatttgtcttcacttgtaactctttatctttcagataacgatttcacctctcacttaccggatgggttttttaatctcaccaaagatctcacctctct 19436930  T
Q  373 ttacctt-catgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaagg 471  Q
    ||||||| | |  || |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||| | ||||||||    
T  19436931 ttacctttcgtttaa-caatattcatggggagataccttctagcttgctaaaccttcaaaatttgagacaccttgatctctcttataaccaactacaagg 19437029  T
Q  472 atcaattccagatagaatagg 492  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  19437030 atcaattccagatggaatagg 19437050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 337
Target Start/End: Original strand, 19436427 - 19436733
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| | |||| |   ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  19436427 tcaacacaatatcacacattcatctaaacttctctaccttgacttatcgtacaacta---tcctattctgcacatgaataatcttgattggctttcttcc 19436523  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||||| |||    
T  19436524 ctttcttccttaaaatatctcaaccttactgaaattgatcttcataaggaaaccaactggtttcaagcagtgaattcactttcttcactattagaattac 19436623  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
    | |||  | | || ||  ||||||| ||         | ||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||| |||| ||||||||  |||||| ||    
T  19436624 agttgcgtgaatgtaacttgaacaaatt---------cccatctgttgagtatttcaatttatcttcacttgtaactcttgatctttctggaaacaaatt 19436714  T
Q  319 cacctctcatttgccaaat 337  Q
    ||||||| |||| ||||||    
T  19436715 cacctcttatttaccaaat 19436733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 169
Target Start/End: Original strand, 19419542 - 19419683
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |  | ||||||||||||||||||           ||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19419542 tcaacacaacatcacacattcatctaaccttgtgaaacttgacttatccttcaactt---------tcttcacatgtataatcttgattggctttctcca 19419632  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaa 169  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||   ||||||||||||||| ||||||    
T  19419633 ctttcttccttaaaatatctcaacctcggtggaattgatcttcataaggaa 19419683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 464 - 576
Target Start/End: Original strand, 19424679 - 19424791
Alignment:
Q  464 ctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctag 563  Q
    |||||||||||||||||  |  ||||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||||||  || |||||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  19424679 ctacaaggatcaattccgcacggaataggccaactagcacatattcaaagccttgatctttcaaacaatatgttaagtggtttaattccttcaactttag 19424778  T
Q  564 gaaacctctcatc 576  Q
    |||||||||||||    
T  19424779 gaaacctctcatc 19424791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 515 - 579
Target Start/End: Original strand, 19375665 - 19375729
Alignment:
Q  515 cttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19375665 cttgatctttcatcgaacatgttaagtggtttcattcctttaactctaggaaacctctcatcctt 19375729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 67
Target Start/End: Original strand, 19461079 - 19461127
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcc 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19461079 tcaacacaacatcacacattcatctaaccttttctaccttgacttatcc 19461127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 67
Target Start/End: Original strand, 18115512 - 18115560
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcc 67  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  18115512 tcaacacaacctcacacattcatctaaccttttccaccttgacttatcc 18115560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 439 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 17727642 - 17727559
Alignment:
Q  439 acaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    |||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||| ||||| |  | |||||||||||||||  |||||||||    
T  17727642 acacctcgatctctctgaaaaccaactacgaggatcaattccagatggaatatgcaatctatcaaatattcaaatccttgatct 17727559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 439 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 19028871 - 19028788
Alignment:
Q  439 acaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    |||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||| ||||| |  | |||||||||||||||  |||||||||    
T  19028871 acacctcgatctctctgaaaaccaactacgaggatcaattccagatggaatatgcaatctatcaaatattcaaatccttgatct 19028788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 455 - 522
Target Start/End: Original strand, 19464340 - 19464406
Alignment:
Q  455 aaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatct 522  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||||| | ||||||||    
T  19464340 aaaaacaac-tacaaggatcaatttcagatagaataggccaactagcacatattcaagagcttgatct 19464406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 64
Target Start/End: Original strand, 18015653 - 18015698
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgactta 64  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  18015653 tcaaaacaacatcacacattcctctaaccttttctaccttgactta 18015698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Original strand, 18143795 - 18143844
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcct 68  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  18143795 tcaacacaacatcacacattcctctaaacttgtctaccttgacttatcct 18143844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 67
Target Start/End: Original strand, 18164709 - 18164757
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcc 67  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  18164709 tcaacacaacttcacacattcatctaaacttgtctaccttgacttatcc 18164757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 389 - 483
Target Start/End: Original strand, 18144146 - 18144240
Alignment:
Q  389 aatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccaga 483  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||| |||||||||||| | | ||| |  ||||||||||| |||||||    
T  18144146 aatatatatggtgacttaccttcaagcttgctaaaccttcagaaatcgagataccttgatctctttcataaccagttacaaggatcagttccaga 18144240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Original strand, 16676760 - 16676809
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcct 68  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  16676760 tcaacaaaacctcacacatgcatctaaccttgtctaccttgacttatcct 16676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 67
Target Start/End: Original strand, 19333547 - 19333592
Alignment:
Q  22 acacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcc 67  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||    
T  19333547 acacaacatcacacattcatctaaacttgtataccttgacttatcc 19333592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 548 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 17727461 - 17727433
Alignment:
Q  548 attccttcaactctaggaaacctctcatc 576  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17727461 attccttcaactctaggaaacctctcatc 17727433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 548 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 19028690 - 19028662
Alignment:
Q  548 attccttcaactctaggaaacctctcatc 576  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19028690 attccttcaactctaggaaacctctcatc 19028662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 67
Target Start/End: Original strand, 25462597 - 25462645
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcc 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||    
T  25462597 tcaacacaacatcacacattcatctaaacttgactatcttgacttatcc 25462645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 89 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 2710959 - 2710469
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |  || ||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||    
T  2710959 cacatagataatcttaattggctttctccactttcttctttgaaatatctcaacctcagcggtattgatcttcataaagaaaccaattggcttcaaatag 2710860  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| ||||| | |||||||||| ||||| | ||| |||  |||||||||||||||||| |    
T  2710859 tgaatacacttccttcactattagaagtacaattgtctttttgtaaactaagcaacttcatgatcaacccgtctattgcatatttgaatttgtcttcact 2710760  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacc-ttcatgaaag 387  Q
    | ||| |||| | |||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |  ||| ||||||| ||| ||||| | ||    
T  2710759 tataactcttgaactttcttggaacaacttcacctctcctttaccaaatgggttttttaatctcaccaaacacatcaactatcttgacctttcat-atag 2710661  T
Q  388 caatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagataga 487  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| || ||| ||||| ||| |||| ||||| ||| | ||||||||| |||||| ||||  |    
T  2710660 caatatacatggtgagataccttctagcttgttaaagcttcgaaatttgagacaactttatctttctaataaccaactacaaggaccaattcaagatgaa 2710561  T
Q  488 atagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2710560 ataggccaactagcatatattcaataccttgatctttccatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 2710469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 24 - 490
Target Start/End: Original strand, 15531918 - 15532369
Alignment:
Q  24 acaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctccacattc 123  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |  |||| |      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15531918 acaatatcacacattcatctaaccttttgtaccttgacttatccttaaatggtggtctt------cacatggataatcttgattggctttctccactttc 15532011  T
Q  124 ttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactacaattg 223  Q
     |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||| |||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||   |||    
T  15532012 atccttgaaatatctcaaccttaattggattgatcttcataaggaaaccaactggattcaagcagagagtacacttccttcactattagatttaaggttg 15532111  T
Q  224 actaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacct 323  Q
    | | | || |||||||||||||||          ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||  |||||||||| |     
T  15532112 agtgactgtaaactgaacaacttcc---------catctatcgagtatttgaatttgtcttcacttgtaactcttgatctttcttggaacaacttcagcc 15532202  T
Q  324 ctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaa 423  Q
     |||||| |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||  |||||| |||||    |||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  15532203 atcatttaccaaatgggttttttaatctttccaaatatctcaattatcttgacctttcaaaaaataatatacttgatgagataccttcaagtttgctaaa 15532302  T
Q  424 ccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaata 490  Q
     ||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  15532303 tcttcaaaatttgagaatccttgatctctctaataaccaactacaaggatcaattccagataaaata 15532369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 487 - 579
Target Start/End: Original strand, 15535548 - 15535640
Alignment:
Q  487 aatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    |||||| |||||| || |||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15535548 aataggccaactagcacatattcaatatcttgatctttctaggaacatgttaagttctttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 15535640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 2)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 89 - 579
Target Start/End: Original strand, 5020 - 5510
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||| |||| |||||||||| ||    
T  5020 cacatggataatcttcattggctttcttcactttcatccttgaaatatctcatccttagtgggattgatcttcgtaaggaaaccaactggcttcaagcag 5119  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| | | || ||||| |||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  5120 taagtacccttccttcactattagaattacaactgagttactgtaaactaaacaacttcatgatcaaaccatctattgagtatttcaatttgtcttcact 5219  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagc 388  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| | |||||| || |||||| |||| |||||    |||      
T  5220 tgtaactctttatctttctggaaacaactttacctccaatttaccaaatgggttttttaatctaaccaaagatatcacctctcttgaccttgcgcaaaat 5319  T
Q  389 aatatacatggtgagataccttcaagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaa 488  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||| || || || |||    
T  5320 aatatatatggcgagataccttctagcatgctaaaccttcaaaatttgagacatcttgatctctctgaaaaccaactacaaggatcagtttcacatggaa 5419  T
Q  489 tagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  5420 taggtcaactagcaaatattcaacaccttgatctttccatcaacatgttaggtggtttcattcctgtaactctaggaaacctctcatcctt 5510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Original strand, 4944 - 4992
Alignment:
Q  16 cactcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgactta 64  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  4944 cactcaacacaacatcacacgttcatctaaacttgtctaccttgactta 4992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 523
Target Start/End: Original strand, 8459032 - 8459527
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaatctgcacatggataatcttgattggctttctcca 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| || || || | ||  | || |      ||||||| | ||||||||||||    
T  8459032 tcaacacaacatcacacatgcatctaaccttttgcaccttgacttatcctacaccgtagttactgctttgaa------taatcttcaatggctttctcca 8459125  T
Q  119 cattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaactac 218  Q
    | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||  ||||||| |||| ||||||||  |||    
T  8459126 ctttcttccttaaaaaatctcaacctcaatggaattgatcttcataaggaaactaattggcttcaagcagtggctacactttcttccctattagagttac 8459225  T
Q  219 aattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaactt 318  Q
    | || | ||| || |||||||||||||| ||   |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||  ||||||||    
T  8459226 acttaagtaagtgtaaactgaacaactttat---caacccatctcttgagtatttgaatttgtcttcacttgtaactcttgatctttcttggaacaactt 8459322  T
Q  319 cacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttcaagcttg 418  Q
    ||| |||| ||| || ||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||| |||||   |   || ||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  8459323 cacatctcctttacctaatgggttttttaatctgaccaaagatatcacctatcttgacctttcggtttgccatatatatggcgagatgccttcaagcttg 8459422  T
Q  419 ctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttg 518  Q
     || |||||| || ||| |||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||| || ||||  | ||||||  | ||||| || ||||||    
T  8459423 ttataccttccaaatttgagacaccttgatctctcttataaccaactacaaggatcaattccaaatggaatccgccaactagaacatattaaataccttg 8459522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 471 - 579
Target Start/End: Original strand, 8459547 - 8459655
Alignment:
Q  471 gatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaacaccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacct 570  Q
    ||||||||||  || ||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8459547 gatcaattccgtatggaataggccaactagcacatattcaataccttgatctttccaaaaacatgttaagtggtttcattccttctactcttggaaacct 8459646  T
Q  571 ctcatcctt 579  Q
    |||||||||    
T  8459647 ctcatcctt 8459655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 312 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 4263 - 3996
Alignment:
Q  312 acaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttc 411  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||| |||||    |||  |||||| ||||||||||||||      
T  4263 acaacttcacctctaatttaccaaatgggttttttaatctcaccaaagatatcacctctcttgaccttgcgcaaaataatatatatggtgagatacctcg 4164  T
Q  412 aagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaa 511  Q
     ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||| || || || ||||||| |||||| |||||||||||    
T  4163 tagcttgctaaaccttcaaaatttgagacatcttgatctctctgaaaaccaactacaaggatcagtttcacatggaataggtcaactagcaaatattcaa 4064  T
Q  512 caccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4063 caccttgatctttccatcaacatgttaagtggtttcattcctgtaactctaggaaacctctcatcctt 3996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 312 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 3733 - 3466
Alignment:
Q  312 acaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagcaatatacatggtgagataccttc 411  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||| |||||    |||  |||||| ||||||||||||||      
T  3733 acaacttcacctctaatttaccaaatgggttttttaatctcaccaaagatatcacctctcttgaccttgcgcaaaataatatatatggtgagatacctcg 3634  T
Q  412 aagcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattccagatagaatagggcaactatcaaatattcaa 511  Q
     ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||| || || || ||||||| |||||| |||||||||||    
T  3633 tagcttgctaaaccttcaaaatttgagacatcttgatctctctgaaaaccaactacaaggatcagtttcacatggaataggtcaactagcaaatattcaa 3534  T
Q  512 caccttgatctttcaatgaacatgttaagcggtttcattccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  3533 caccttgatctttccatcaacatgttaagtggtttcattcctgtaactctaggaaacctctcatcctt 3466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2156 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: scaffold2156
Description:

Target: scaffold2156; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 89 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 310 - 21
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||| |||| |||||||||| ||    
T  310 cacatggataatcttcattggctttcttcactttcatcctt-aaatatctcatccttattgggattgatcttcgtaaggaaaccaactggcttcaagcag 212  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaat 288  Q
    | |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | | || ||||| |||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  211 taagtacctttccttcactattagaattacaactgagttactgtaaactaaacaacttcatgatcaatccatctattgagtatttcaatttgtcttcact 112  T
Q  289 tgtaattcttaatctttctttaaacaacttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttacctt 379  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| | |||||| || |||||| |||| |||||    
T  111 tgtaactctttatctttctggaaacaactttacctccaatttaccaaatgggttttttaatctaaccaaagatatcacctctcttgacctt 21  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2156; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 16 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 386 - 335
Alignment:
Q  16 cactcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatcc 67  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  386 cactcaacacaacatcacacgttcatctaaacttgtctaccttgacttatcc 335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 13667327 - 13666870
Alignment:
Q  19 tcaacacaacatcacacattcatctagccttttctaccttgacttatccttcaacgaaggtcctaat---ctgcacatggataatcttgattggctttct 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||  | || |   |  ||||   || ||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  13667327 tcaacacaacatcacaaattcatctaaacttgtctaccttgacttatccgcctacaattttgataatattcttcacattgataatcttcattggttttct 13667228  T
Q  116 ccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgagtacacttccttcactattagaac 215  Q
    |||  |||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||     
T  13667227 ccattttcttccttgaaatatctccggtttaatggcattgatcttcataaggaaactaattggctccaagtagtgaatacacttccttcacaattagaat 13667128  T
Q  216 tacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatgttcaactcatcttttgagtatttgaatttgtcttcaattgtaattcttaatctttctttaaacaa 315  Q
    |||  ||||    ||| || |||||||||||         | ||||| ||||||||||||||||||||||  | |||| |||| ||||||||  ||||||    
T  13667127 tacggttgagaggttgtaacctgaacaactt---------cccatctcttgagtatttgaatttgtcttcgctggtaactcttgatctttctgaaaacaa 13667037  T
Q  316 cttcacctctcatttgccaaatgggttttttaatgtcaccaaaaatctcacctatctttaccttcatgaaagca--atatacatggtgagataccttcaa 413  Q
    ||||||||||||| | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||    | || |  ||||| ||||| | ||||||||||    
T  13667036 cttcacctctcatatacctaatgagttttttaatctcaccaaaaatctcaccactgttgacctttcacatagtaatatatatatggtaaaataccttcaa 13666937  T
Q  414 gcttgctaaaccttcaaattttaagacaccttgatctctctaaaaacaacctacaaggatcaattcc 480  Q
     |||||||||| |||||| ||| ||| |  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  13666936 ccttgctaaacattcaaactttgagatatattgatctctttgaaaacaacctacaaggatcaattcc 13666870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 99 - 213
Target Start/End: Original strand, 2509634 - 2509754
Alignment:
Q  99 atcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatcctt------aatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgag 192  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||      | |   ||||||||||| ||| || |||||||| | |||||||||||    
T  2509634 atcttcattggctttctccactttcttccttaaaatatctcaaccttggtttcagtaccattgatcttcataagaaaaccaattgggtacaagtagtgag 2509733  T
Q  193 tacacttccttcactattaga 213  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2509734 tacacttccttcactattaga 2509754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 213
Target Start/End: Original strand, 2509838 - 2509869
Alignment:
Q  182 caagtagtgagtacacttccttcactattaga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2509838 caagtagtgagtacacttccttcactattaga 2509869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 548 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 13666874 - 13666843
Alignment:
Q  548 attccttcaactctaggaaacctctcatcctt 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13666874 attccttcaactctaggaaacctctcatcctt 13666843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 250
Target Start/End: Original strand, 16436013 - 16436174
Alignment:
Q  89 cacatggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtag 188  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||  |  |||||||| | ||| | ||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |     
T  16436013 cacatggataatcttgactgggtttctccattttcttgttgaaaatatctaaacctcagtgggattgatcttaacaaggcaaccaattggcttcaagcaa 16436112  T
Q  189 tgagtacacttccttcactattagaactacaattgactaattgcaaactgaacaacttcatg 250  Q
    ||  ||  |||||||| || |||||| ||||||||| | |||| || |||| ||||||||||    
T  16436113 tggctaagcttccttccctgttagaattacaattgaattattgtaatctgagcaacttcatg 16436174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16436795 - 16436664
Alignment:
Q  93 tggataatcttgattggctttctccacattcttccttgaaatatctcatccttaatggaattgatcttcacaaggaatccaattggcttcaagtagtgag 192  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||| ||| ||||||||||  || | ||| |||||||||  ||| | | ||||||||||||||| | ||      
T  16436795 tggataatcttgactgggtttctacattttcttgcttaaaatatctcaatctcagtggtattgatcttagcaaagcaaccaattggcttcaagcaatggc 16436696  T
Q  193 tacacttccttcactattagaactacaattga 224  Q
    ||  |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  16436695 taagcttccttccctattagaattacaattga 16436664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University