View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6959_high_4 (Length: 404)

Name: NF6959_high_4
Description: NF6959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6959_high_4
NF6959_high_4
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (20-384)||(5159846-5160213)
chr4 (29-384)||(5195488-5195846)
chr4 (14-385)||(5182093-5182464)
chr4 (19-384)||(4842395-4842763)
chr4 (19-384)||(5172762-5173130)
chr4 (29-385)||(5213653-5214009)
chr4 (14-299)||(4856867-4857151)
chr4 (31-159)||(7142254-7142381)
chr4 (127-241)||(5202773-5202887)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 20 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5160213 - 5159846
Alignment:
Q  20 atcagattgtattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaaatttag 119  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5160213 atcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttag 5160114  T
Q  120 gaaaccactttattttttcagtttcaatgtgtgctccattact---ttgtgatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggtcaa 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| || |   || ||||||||||||||| || | ||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  5160113 gaaaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaa 5160014  T
Q  217 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccactgaatagattatgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||| |||||||      
T  5160013 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattatta 5159914  T
Q  317 ctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttccttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgtt 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  5159913 ctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgtt 5159846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 29 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5195846 - 5195488
Alignment:
Q  29 tattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccact 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195846 tattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaaccact 5195747  T
Q  129 ttattttttcagtttcaatgtgtgctccattact---ttgtgatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggtcaatgaaaatga 225  Q
    || |||||||||||||||||| | ||||| || |   || ||||||||||||||| || | ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5195746 ttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 5195647  T
Q  226 tccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccactgaatagattatggctaagttca 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  5195646 tccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaagttca 5195547  T
Q  326 agaactctgaggtttgttaagttccttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgtt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  5195546 agaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtt 5195488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 14 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 5182464 - 5182093
Alignment:
Q  14 aagaatatcagattgtattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaa 113  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||    
T  5182464 aagaatatcaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaa 5182365  T
Q  114 atttaggaaaccactttattttttcagtttcaatgtgtgctccattactttgtgatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggt 213  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |  ||||| |  |||  | ||||||||||||    |||||||| | |||||||||||||||| |    
T  5182364 atttgggaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactccactgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgct 5182265  T
Q  214 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccactgaatagatta 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5182264 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagatta 5182165  T
Q  314 tggctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttccttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgtta 385  Q
    |  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  5182164 ttactaagttcaagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgtta 5182093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 384
Target Start/End: Original strand, 4842395 - 4842763
Alignment:
Q  19 tatcagattgtattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaaattta 118  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842395 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaattta 4842494  T
Q  119 ggaaaccactttattttttcagtttcaatgtgtgctccattactttgt---gatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggtca 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| | |   ||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||||| || | |    
T  4842495 ggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataa 4842594  T
Q  216 atgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccactgaatagattatg 315  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  4842595 gtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatg 4842694  T
Q  316 gctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttccttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgtt 384  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4842695 gctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtt 4842763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 5173130 - 5172762
Alignment:
Q  19 tatcagattgtattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaaattta 118  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173130 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaattta 5173031  T
Q  119 ggaaaccactttattttttcagtttcaatgtgtgctccattactttgt---gatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggtca 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | || | |   |||||||||| |||    |||||||||| ||||||||||||| || | |    
T  5173030 ggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataa 5172931  T
Q  216 atgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccactgaatagattatg 315  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||  ||  |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172930 gtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatagattatg 5172831  T
Q  316 gctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttccttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgtt 384  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5172830 gctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtt 5172762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 29 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 5214009 - 5213653
Alignment:
Q  29 tattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccact 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||    
T  5214009 tattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaaccact 5213910  T
Q  129 ttattttttcagtttcaatgtgtgctccattactttgtgatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggtcaatgaaaatgatcc 228  Q
    || | |||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||    || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5213909 ttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgctttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatcc 5213810  T
Q  229 ttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccactgaatagattatggctaagttcaaga 328  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  5213809 ttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaattatagctaagttcaaga 5213710  T
Q  329 actctgaggtttgttaagttccttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgtta 385  Q
    ||  | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||||    
T  5213709 acattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgtta 5213653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 299
Target Start/End: Original strand, 4856867 - 4857151
Alignment:
Q  14 aagaatatcagattgtattgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaa 113  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||    
T  4856867 aagaataccaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaa 4856966  T
Q  114 atttaggaaaccactttattttttcagtttcaatgtgtgctccattactttgtgatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggt 213  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |  ||||| |  |||  | ||||||||||||    |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4856967 atttgggaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactccactgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggt 4857066  T
Q  214 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatcccagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4857067 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7142381 - 7142254
Alignment:
Q  31 ttgatatgaaagaaaagtaggaatgacactttctttgtccttgtttaggttgcaattttgaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccacttt 130  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||  || || |  |  | ||||||| ||||||||||||||    
T  7142381 ttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaaatctaggaaaccacttt 7142283  T
Q  131 attttttcagtttcaatgtgtgctccatt 159  Q
     | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  7142282 gtattttcagtttcaacgtgtactccatt 7142254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5202887 - 5202773
Alignment:
Q  127 ctttattttttcagtttcaatgtgtgctccattactttgtgatgaaatatatagcacttgaagattggtgtgattagccaaagtggtcaatgaaaatgat 226  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||||||||||  | |||||  ||  |||||||||||||||| | | |||||||| |    
T  5202887 ctttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttctgaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaatggt 5202788  T
Q  227 ccttgcatgtaattt 241  Q
    |||||| ||| ||||    
T  5202787 ccttgcgtgtgattt 5202773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University