View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6960_high_6 (Length: 361)

Name: NF6960_high_6
Description: NF6960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6960_high_6
NF6960_high_6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-351)||(38967726-38968076)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-351)||(35598450-35598800)
chr2 (1-351)||(37365865-37366200)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-351)||(33903368-33903718)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-343)||(18336312-18336654)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (2-351)||(4445371-4445720)
chr6 (2-351)||(13510384-13510733)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (2-351)||(33888795-33889144)
chr5 (1-349)||(37569194-37569542)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 351
Target Start/End: Original strand, 38967726 - 38968076
Alignment:
Q  1 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38967726 caagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 38967825  T
Q  101 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38967826 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 38967925  T
Q  201 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38967926 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagagtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 38968025  T
Q  301 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38968026 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttcttc 38968076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 35598800 - 35598450
Alignment:
Q  1 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35598800 caagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 35598701  T
Q  101 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35598700 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 35598601  T
Q  201 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35598600 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagagtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 35598501  T
Q  301 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35598500 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttcttc 35598450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 351
Target Start/End: Original strand, 37365865 - 37366200
Alignment:
Q  1 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37365865 caagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttatta 37365964  T
Q  101 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37365965 tcatacgcatagttatattcatcgacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 37366064  T
Q  201 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37366065 caacttcatcacgcatctccaaaatagaagga---------------tcaacctgagagtcatgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 37366149  T
Q  301 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37366150 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttcttc 37366200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 351
Target Start/End: Original strand, 33903368 - 33903718
Alignment:
Q  1 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33903368 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 33903467  T
Q  101 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33903468 tcagatgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttggtggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 33903567  T
Q  201 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33903568 caacttcattacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagagtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 33903667  T
Q  301 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33903668 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 33903718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 18336312 - 18336654
Alignment:
Q  1 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18336312 caagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 18336411  T
Q  101 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18336412 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 18336511  T
Q  201 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18336512 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacttgagagtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 18336611  T
Q  301 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgttt 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18336612 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgttt 18336654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 351
Target Start/End: Original strand, 4445371 - 4445720
Alignment:
Q  2 aagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgttat 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4445371 aagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgttat 4445470  T
Q  102 cagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatcttc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4445471 cagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatcttc 4445570  T
Q  202 aacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcattt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4445571 aacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacgtgagagtcttgccaacttgtcacttgatctacttcaattatctcattt 4445670  T
Q  302 acatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4445671 acatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttcttc 4445720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 13510733 - 13510384
Alignment:
Q  2 aagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgttat 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13510733 aagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgttat 13510634  T
Q  102 cagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatcttc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13510633 cagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatcttc 13510534  T
Q  202 aacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcattt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13510533 aacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacgtgagagtcttgccaacttgtcacttgatctacttcaattatctcattt 13510434  T
Q  302 acatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13510433 acatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttcttc 13510384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 351
Target Start/End: Original strand, 33888795 - 33889144
Alignment:
Q  2 aagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgttat 101  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33888795 aagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgttat 33888894  T
Q  102 cagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatcttc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33888895 cagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatcttc 33888994  T
Q  202 aacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcattt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33888995 aacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacgtgagagtcttgccaacttgtcacttgatctacttcaattatctcattt 33889094  T
Q  302 acatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttcttc 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33889095 acatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttcttc 33889144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 37569194 - 37569542
Alignment:
Q  1 caagcgatatcttcattcaaacacaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37569194 caagcgatatcttcattcaaactcaaatgtattcaagattacaataaattcaaattcaatcattacaagggtggataacaatatacttcaagtgttgtta 37569293  T
Q  101 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37569294 tcagacgcatagttatattcatctacatcaccatcatcaacttgattgtcttgctggtccccttcattattatcatcaacaacgtcttcattctcatctt 37569393  T
Q  201 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaggatcaacctgatccccttcaacctgagcgtcttgccaacttgtaacttgatctacttcaattatctcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37569394 caacttcatcacgcatctccaaaatagaaagatcaacctgatccccttcaacgtgagagtcttgccaacttgtcacttgatctacttcaattatctcatt 37569493  T
Q  301 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttcgttct 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37569494 tacatgtgtcatatcatcggcttggtaagcaacttcttcgtttggttct 37569542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University