View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6961_low_5 (Length: 464)

Name: NF6961_low_5
Description: NF6961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6961_low_5
NF6961_low_5
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (17-429)||(35742875-35743287)
chr8 (17-429)||(10686453-10686865)
chr8 (17-429)||(18867859-18868271)
chr8 (10-422)||(26298875-26299278)
chr8 (17-290)||(28892997-28893267)
chr8 (17-290)||(4814904-4815174)
chr8 (35-290)||(16754938-16755190)
chr8 (35-280)||(25682563-25682805)
chr8 (17-290)||(28330128-28330398)
chr8 (35-290)||(21039682-21039933)
chr8 (35-290)||(15946914-15947166)
chr8 (365-425)||(26400887-26400947)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (17-429)||(16498-16910)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (17-429)||(31399181-31399593)
chr5 (17-429)||(33788842-33789254)
chr5 (17-429)||(43594607-43595019)
chr5 (17-429)||(43627401-43627813)
chr5 (17-429)||(27447309-27447721)
chr5 (17-429)||(37558791-37559194)
chr5 (17-425)||(24557773-24558181)
chr5 (17-425)||(24598805-24599213)
chr5 (17-425)||(28835792-28836199)
chr5 (176-429)||(28805070-28805323)
chr5 (17-290)||(25447720-25447991)
chr5 (32-69)||(29103928-29103965)
chr5 (32-69)||(29267741-29267778)
chr5 (141-249)||(31301980-31302088)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (17-429)||(18858062-18858474)
chr4 (17-429)||(9226590-9227002)
chr4 (17-425)||(16626182-16626589)
chr4 (17-425)||(5145398-5145806)
chr4 (35-289)||(4567590-4567841)
chr4 (17-293)||(15314549-15314823)
chr4 (35-290)||(47564964-47565216)
chr4 (17-281)||(36769823-36770084)
chr4 (167-290)||(16634856-16634976)
chr4 (37-137)||(16634744-16634844)
chr4 (314-342)||(33655986-33656014)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (17-429)||(19346764-19347176)
chr2 (17-297)||(25393504-25393784)
chr2 (75-425)||(39485468-39485808)
chr2 (173-425)||(31058448-31058700)
chr2 (184-425)||(39485239-39485468)
chr2 (27-351)||(31133776-31134100)
chr2 (17-290)||(2738438-2738708)
chr2 (35-290)||(17934335-17934587)
chr2 (17-290)||(22714912-22715182)
chr2 (17-290)||(39684480-39684750)
chr2 (17-290)||(20052439-20052708)
chr2 (35-185)||(45569641-45569791)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (17-429)||(24263512-24263924)
chr7 (17-429)||(16882413-16882825)
chr7 (17-429)||(21986406-21986818)
chr7 (17-422)||(18411150-18411555)
chr7 (17-422)||(9187334-9187739)
chr7 (109-421)||(24272181-24272493)
chr7 (153-414)||(21642191-21642449)
chr7 (17-158)||(21643794-21643935)
chr7 (17-290)||(3322466-3322736)
chr7 (17-290)||(25407647-25407917)
chr7 (17-290)||(44012209-44012478)
chr7 (17-288)||(7072284-7072552)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (17-429)||(33333265-33333677)
chr6 (17-428)||(14739761-14740172)
chr6 (25-425)||(24433517-24433917)
chr6 (17-290)||(35203741-35204011)
chr6 (35-290)||(25943920-25944172)
chr6 (35-290)||(13880990-13881242)
chr6 (37-293)||(17692527-17692783)
chr6 (235-290)||(22348653-22348708)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (17-429)||(8514580-8514992)
chr3 (17-429)||(32477826-32478238)
chr3 (18-429)||(2674410-2674821)
chr3 (49-429)||(22170529-22170909)
chr3 (17-422)||(1308364-1308769)
chr3 (17-425)||(3325727-3326123)
chr3 (152-335)||(18144876-18145059)
chr3 (17-290)||(16459697-16459967)
chr3 (35-290)||(10610451-10610703)
chr3 (17-290)||(6305544-6305814)
chr3 (17-290)||(54190741-54191011)
chr3 (35-290)||(10096484-10096736)
chr3 (18-288)||(22623659-22623926)
chr3 (17-290)||(10899242-10899512)
chr3 (35-290)||(10203370-10203622)
chr3 (35-290)||(29911631-29911883)
chr3 (35-290)||(47880566-47880818)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (17-422)||(1-406)
scaffold0006 (17-425)||(8154-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-429)||(41395737-41396137)
chr1 (144-422)||(19369001-19369279)
chr1 (17-290)||(9523961-9524231)
chr1 (35-290)||(2396933-2397185)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (17-220)||(34705-34908)
scaffold0078 (259-409)||(34544-34697)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (17-290)||(822-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (17-290)||(18559-18829)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 35743287 - 35742875
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743287 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 35743188  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35743187 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 35743088  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743087 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgaatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 35742988  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  35742987 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 35742888  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  35742887 ggatcctgagtat 35742875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 10686453 - 10686865
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686453 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 10686552  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10686553 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 10686652  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686653 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 10686752  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  10686753 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 10686852  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  10686853 ggatcctgagtat 10686865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 18867859 - 18868271
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18867859 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaatgttttcggagctttggcatatgcgca 18867958  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18867959 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18868058  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  18868059 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaactatgg 18868158  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |    
T  18868159 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcagatacaagtggaactcaaccagtagt 18868258  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||| ||||||    
T  18868259 ggatccggagtat 18868271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 10 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 26299278 - 26298875
Alignment:
Q  10 agatggacatcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcat 109  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299278 agatggccatcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcat 26299179  T
Q  110 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattgga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26299178 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgga 26299079  T
Q  210 atctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaa 309  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  26299078 atctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaa 26298979  T
Q  310 actatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaac 409  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  26298978 acaatggtggataaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaa---------gatgaagcttcaacatcgaatacaagtggaacacaac 26298888  T
Q  410 tggtactggatcc 422  Q
     |||| |||||||    
T  26298887 cggtagtggatcc 26298875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 28892997 - 28893267
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  28892997 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 28893096  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   |    
T  28893097 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---t 28893193  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||| ||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  28893194 ggagaatcaaaatttatcataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 28893267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 4815174 - 4814904
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||| |||||||  | | ||| ||    
T  4815174 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcagagctttaacgtttgccca 4815075  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  4815074 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 4814978  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4814977 ggaggatcaaaatttatcataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 4814904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 16755190 - 16754938
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  16755190 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 16755091  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   ||||| ||||| | |  |     
T  16755090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---tggagaatcaaaatttata 16754994  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  16754993 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgaatggggatgaagtgcaaagacct 16754938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 280
Target Start/End: Original strand, 25682563 - 25682805
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  25682563 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 25682662  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||  ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   ||||||||||| | |  |     
T  25682663 tgatgctaaagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---tggaggatcaaaatttatt 25682759  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagt 280  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  25682760 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagt 25682805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 28330128 - 28330398
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  28330128 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 28330227  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| ||||||||  |||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  28330228 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctaaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 28330324  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||| ||||| | |  | ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  28330325 ggagaatcaaaatttattataagcagggatgttacttttaatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 28330398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Original strand, 21039682 - 21039933
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||| ||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  21039682 tcaagacacctatggaggtttgtagtgggagaccggtagactactctaacttgaatgttttcagagctttagcatttgctcatgtcagacaagacaa-ct 21039780  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||  ||||| ||   |||||||||| | |  |     
T  21039781 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaagatggaacct---ggaggatcaaaatttatt 21039877  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21039878 ataagcaggtatgttacttttgataagatccgcatggggatgaagtgcaaagacct 21039933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Original strand, 15946914 - 15947166
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| || | | || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| | | |||| || ||||| ||    
T  15946914 tcaagacacctatggatgtttggagtgggagactgccagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgcacgtgtcaaacatgacaaact 15947013  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||| | |||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||| || |||||||||| |||  |  ||     ||||||||||| | |  |     
T  15947014 tgatgctagagttgtgaagtgtgtttttattggttatcttgaaggtgtgaaaggttacaagttgttgaagataaaa---catggaggatcaaaatttatt 15947110  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||    
T  15947111 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgtatgagtatgaagtgcaaaaacct 15947166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 365 - 425
Target Start/End: Original strand, 26400887 - 26400947
Alignment:
Q  365 atgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctga 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  26400887 atgtagaagatgaagcttcgacatcgaatacaagtggaactcaaccagtagtggatcctga 26400947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 16498 - 16910
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16498 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16597  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16598 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 16697  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16698 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 16797  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  16798 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 16897  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  16898 ggatcctgagtat 16910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 31399181 - 31399593
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399181 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcgaattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 31399280  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399281 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 31399380  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31399381 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatgg 31399480  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  31399481 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 31399580  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  31399581 ggatcctgagtat 31399593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 33789254 - 33788842
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789254 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33789155  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33789154 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 33789055  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789054 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 33788955  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  33788954 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 33788855  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  33788854 ggatcctgagtat 33788842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 43595019 - 43594607
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595019 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43594920  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43594919 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43594820  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594819 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgcaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 43594720  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  43594719 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatactagtggaactcaaccggtagt 43594620  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  43594619 ggatcctgagtat 43594607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 43627813 - 43627401
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627813 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43627714  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43627713 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43627614  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627613 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgcaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 43627514  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  43627513 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatactagtggaactcaaccggtagt 43627414  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  43627413 ggatcctgagtat 43627401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 27447721 - 27447309
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447721 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 27447622  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27447621 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 27447522  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447521 ggaggatcaagagccttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatgaggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 27447422  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  27447421 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatactagtggaactcaaccggtagt 27447322  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  27447321 ggatcctgagtat 27447309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 37558791 - 37559194
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558791 catcaacggggatagacttcaagacacttatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 37558890  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37558891 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 37558990  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558991 ggaggatcaagagtcgtgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 37559090  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |    
T  37559091 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaaga---------agaagatgaagcttcgatatcggatacaagtggaactcaaccggtggt 37559181  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    ||||||| |||||    
T  37559182 ggatcctaagtat 37559194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Original strand, 24557773 - 24558181
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24557773 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24557872  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24557873 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24557972  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  24557973 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttgatgagactcgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatgg 24558072  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  24558073 tggaggaaaatcattttgaggtggagcttccaaatgaagataaagatgatgaagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 24558172  T
Q  417 ggatcctga 425  Q
    |||||||||    
T  24558173 ggatcctga 24558181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Original strand, 24598805 - 24599213
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24598805 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24598904  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24598905 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24599004  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  24599005 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttgatgagactcgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatgg 24599104  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  24599105 tggaggaaaatcattttgaggtggagcttccaaatgaagataaagatgatgaagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 24599204  T
Q  417 ggatcctga 425  Q
    |||||||||    
T  24599205 ggatcctga 24599213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 28836199 - 28835792
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  28836199 catcaacatgaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggtagattactcatctttgatggttttcggagctttg-catatgcgta 28836101  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28836100 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgagaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 28836001  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||    
T  28836000 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccgaaaacaatgg 28835901  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |    
T  28835900 tggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaaaaaaatgatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtgaaactcaaccggtagt 28835801  T
Q  417 ggatcctga 425  Q
    |||||||||    
T  28835800 ggatcctga 28835792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 176 - 429
Target Start/End: Original strand, 28805070 - 28805323
Alignment:
Q  176 aaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggat 275  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  28805070 aaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgaaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatgaggat 28805169  T
Q  276 gaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagat 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805170 gaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagat 28805269  T
Q  376 gaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  28805270 gaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtat 28805323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 25447720 - 25447991
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  25447720 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctca 25447819  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcc-ggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctag 215  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| | |||||||||| || || |   |||||||  ||||| |       
T  25447820 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc--- 25447916  T
Q  216 tggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    || |||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  25447917 tgaaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 25447991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 69
Target Start/End: Original strand, 29103928 - 29103965
Alignment:
Q  32 acttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccg 69  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29103928 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccg 29103965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 29267778 - 29267741
Alignment:
Q  32 acttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccg 69  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29267778 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccg 29267741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 31302088 - 31301980
Alignment:
Q  141 tagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagt 240  Q
    ||||||| |||||||||||||  | |||||||  || ||| || | || |||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||  ||||| | ||||||    
T  31302088 tagagctgtgaaatgtgtcttactgggttatctagagggtctgcatggttacaagatgtggaagtgggaatctggtggagtatcgggagtcattataagt 31301989  T
Q  241 agggatgtt 249  Q
    |||||||||    
T  31301988 agggatgtt 31301980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 18858474 - 18858062
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858474 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 18858375  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18858374 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18858275  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858274 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 18858175  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  18858174 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 18858075  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  18858074 ggatcctgagtat 18858062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 9226590 - 9227002
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226590 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 9226689  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9226690 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 9226789  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9226790 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagacccaagtaccggaaactatgg 9226889  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  9226890 tggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaagaaaaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 9226989  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  9226990 ggatcctgagtat 9227002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Original strand, 16626182 - 16626589
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  16626182 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttctgagctttgacatatgcgca 16626281  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  16626282 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtatcttcattggttatccggaaggtctgaagggttacgagttgtggaaattggaatctagt 16626381  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||| ||||    
T  16626382 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtg-aaagacctagagactctagtactgtaaacaatgg 16626480  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  16626481 tggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagcttcaacatcggatactagtggaactcaaccggtagt 16626580  T
Q  417 ggatcctga 425  Q
    |||||||||    
T  16626581 ggatcctga 16626589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 5145806 - 5145398
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5145806 catcaacgacaatagacttcaagacacctatggaagtatggaatgggaaaccggcagactactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 5145707  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5145706 tatcaagaaagacaagcttgagactagagctttgaaatgtgtctttattcgttatccagaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 5145607  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||    
T  5145606 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatattacctttgatgagacccgtatagggatgaagtgtaaagacctagagactttggtaccggaaacaatgg 5145507  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |    
T  5145506 tggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaagtgaagaagaagatgatgtagaagatgaagcttcgacatcagatacaagtggaactcaaccggtagt 5145407  T
Q  417 ggatcctga 425  Q
    |||||||||    
T  5145406 ggatcctga 5145398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 289
Target Start/End: Original strand, 4567590 - 4567841
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || |||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |||  || ||||| ||    
T  4567590 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcagacaggacaaact 4567689  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   ||||||||||| | |  |     
T  4567690 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---tggaggatcaaaatttatt 4567786  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacc 289  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4567787 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacc 4567841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 293
Target Start/End: Original strand, 15314549 - 15314823
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggc-ggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgc 115  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||  ||| |||||    ||||| |||||||||||||| || | | | |    
T  15314549 catcaaccgggatagatctcaagacacctatggatgtttggagtgggagaccggtaggactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgttttctc 15314648  T
Q  116 atatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctag 215  Q
    || ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | |||||  ||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| ||      
T  15314649 atgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgagttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacct-- 15314746  T
Q  216 tggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctaga 293  Q
     |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  15314747 -ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttatttttgatgagacccacatggggatgaagtgcaaagacctaga 15314823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Original strand, 47564964 - 47565216
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||   |  || ||||| ||    
T  47564964 tcaagacacctatggacgtttggagtgggagaccgacagactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgctcatgctagacaggacaaact 47565063  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||  ||||| |   || |||||||| | |  |     
T  47565064 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaagatggaacc---tgaaggatcaaaatttatt 47565160  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  47565161 ataagtagagatgttacttttgatgagacccgcatgtgaatgaagtgcaaagacct 47565216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 281
Target Start/End: Original strand, 36769823 - 36770084
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||| | || |||||||||| |||||   | |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| |||  |    
T  36769823 catcaacagggatagatctcaagacacctatgaatgtttggagtgggagaccgggaaactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgctta 36769922  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  || ||||  |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||| | ||||||||||| || |||||  |||||||  ||||| ||       
T  36769923 tgtcagacaggacatacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttattctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaagatggaacct--- 36770019  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtg 281  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36770020 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtg 36770084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 290
Target Start/End: Original strand, 16634856 - 16634976
Alignment:
Q  167 gttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccg 266  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||  ||||| ||||   |||||||| | |  | ||||| | ||||||||| ||||||||| ||||    
T  16634856 gttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaagatggaacctag---aggatcaaaatttattataagcatggatgttacttttgatgaggcccg 16634952  T
Q  267 tatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  16634953 tatggggatgaagtgcaaagacct 16634976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 137
Target Start/End: Original strand, 16634744 - 16634844
Alignment:
Q  37 aagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttg 136  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | |||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |||| || ||||| ||||    
T  16634744 aagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcaaactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcaaacaggacaaacttg 16634843  T
Q  137 a 137  Q
    |    
T  16634844 a 16634844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 342
Target Start/End: Original strand, 33655986 - 33656014
Alignment:
Q  314 tggtggagaaaactcagtttgaggtggag 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33655986 tggtggagaaaactcagtttgaggtggag 33656014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 19347176 - 19346764
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347176 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 19347077  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19347076 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtgaaaattggaatctagt 19346977  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346976 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 19346877  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  19346876 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 19346777  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  19346776 ggatcctgagtat 19346764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 25393784 - 25393504
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  25393784 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcatctttgaaggtttacggagctttggcatatgcaca 25393685  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25393684 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 25393585  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagact 297  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393584 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagact 25393504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 75 - 425
Target Start/End: Original strand, 39485468 - 39485808
Alignment:
Q  75 ttactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 174  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485468 ttactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 39485567  T
Q  175 gaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatgggga 274  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||          |||||| ||||||| |||    
T  39485568 gaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgattaatagagat----------atgagaaccgtatgagga 39485657  T
Q  275 tgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaaga 374  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39485658 tgaagtgcaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggaggaaactcagtttgagatggagcttcgaaatgaagaagaagatgatgtagaaga 39485757  T
Q  375 tgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctga 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  39485758 tgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctga 39485808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 173 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 31058700 - 31058448
Alignment:
Q  173 cggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggg 272  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31058700 cggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggagggtcaaaagtcttgattagtaggtatgttacctttgatgagacccgtatggg 31058601  T
Q  273 gatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaa 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || | | ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  31058600 gatgaagtgtaaagacctagagactttagcatcagaaacaatggtggaggaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaaaaagatgatgtagaa 31058501  T
Q  373 gatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctga 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  31058500 gatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctga 31058448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 184 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 39485468 - 39485239
Alignment:
Q  184 aagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgta 283  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  39485468 aagggttacaagttgtggaaattggaatctagtgaaggatcaaaaatcttgattagtagagatgttacctttgatgagacatgtatgggaatgaagtgta 39485369  T
Q  284 aagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttc 383  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||    
T  39485368 aagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaag------------aagatgaagcttc 39485281  T
Q  384 gacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctga 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39485280 gacatcggatacaagtggaactcaactggtagtggatcctga 39485239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 27 - 351
Target Start/End: Original strand, 31133776 - 31134100
Alignment:
Q  27 aatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaa 126  Q
    ||||||||| |||||||| ||  ||| || |||||||||  |||  || |||||  |||||||| ||||||  ||||| || |||  |||||||||| ||    
T  31133776 aatagactttaagacaccaataaaggcatagagtgggaagtcggaagactactcaactttgaagattttcgaggctttagcgtatctgcatatcaagtaa 31133875  T
Q  127 gacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaa 226  Q
    |||||||||||  || ||| | |||||||| |||||||||||||||| ||  ||||| |  | |||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  31133876 gacaagcttgatgctggagttgtgaaatgtttcttcattggttatccagagcgtgtgcacagttacaagttgtggaaattggaatctatatgaggatcaa 31133975  T
Q  227 gagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaac 326  Q
    |||   ||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||| ||  ||  |||| |  || ||| ||||    
T  31133976 gagcgatgataagcaaggacgttacttttgatgagacccgtatgaggataaagttaaaagacctagagactctagagccacaaacaagtgtagaggaaac 31134075  T
Q  327 tcagtttgaggtggagcttccaaat 351  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||    
T  31134076 tcaatttgaggcggagcttccaaat 31134100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 2738438 - 2738708
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  2738438 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 2738537  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||| ||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  2738538 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgagaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 2738634  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2738635 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 2738708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Original strand, 17934335 - 17934587
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  17934335 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcatttgcccatgtcagacaagacaaact 17934434  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||  | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| ||||   || ||||| | |  |     
T  17934435 tgatgctagatatgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacctag---agaatcaaaatttatt 17934531  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17934532 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgtatggggatgaagtgcaaagacct 17934587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 22715182 - 22714912
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | | | ||    
T  22715182 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgttttctca 22715083  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| ||       
T  22715082 tgtcattcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacct--- 22714986  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22714985 ggaggatcaaaatttatcataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 22714912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 39684480 - 39684750
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  39684480 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggaagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 39684579  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  39684580 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 39684676  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||| ||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  39684677 ggagaatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 39684750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 20052708 - 20052439
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||| ||||||| || | ||| ||    
T  20052708 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttc-gagctttagcgtttgctca 20052610  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||    ||||||  ||||| |   |    
T  20052609 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagaccgtggaagatggaacc---t 20052513  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||| ||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20052512 ggagaatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 20052439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 45569641 - 45569791
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||||||| ||||||||| ||    
T  45569641 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatatcaggcaagacaaact 45569740  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  45569741 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 45569791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 24263512 - 24263924
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263512 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 24263611  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24263612 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 24263711  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263712 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 24263811  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  24263812 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 24263911  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  24263912 ggatcctgagtat 24263924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 16882825 - 16882413
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882825 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16882726  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882725 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 16882626  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16882625 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccagatggggatgaagtgtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatgg 16882526  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  16882525 tggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 16882426  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  16882425 ggatcctgagtat 16882413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 21986818 - 21986406
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  21986818 catcaacggcaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaatcggcagactactcatctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcaca 21986719  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21986718 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 21986619  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986618 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagactcggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 21986519  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |    
T  21986518 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccgatagt 21986419  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  21986418 ggatcctgagtat 21986406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 18411555 - 18411150
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  18411555 catcaactgggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggtttttggagctttgacatatgcgca 18411456  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18411455 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcatttgttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18411356  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  18411355 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatgg 18411256  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |    
T  18411255 tggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacattggatacaagtggaactcaacccgtagt 18411156  T
Q  417 ggatcc 422  Q
    ||||||    
T  18411155 ggatcc 18411150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 422
Target Start/End: Original strand, 9187334 - 9187739
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187334 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcaaactactcatctttgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 9187433  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187434 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagctgtggaaattggaatctagt 9187533  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  9187534 ggaggatcaaaagtcttgattagtatggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagagtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatgg 9187633  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |    
T  9187634 tggagaaaactcagtttgaggtagagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacgtcggatacaagtggaactcaaccggtagt 9187733  T
Q  417 ggatcc 422  Q
    ||||||    
T  9187734 ggatcc 9187739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 109 - 421
Target Start/End: Original strand, 24272181 - 24272493
Alignment:
Q  109 tatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattgg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24272181 tatgcgcatatcaagcaagacaagattgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattgg 24272280  T
Q  209 aatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccgga 308  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  24272281 aatctagttgaggattaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctaaagacttaagtaccgga 24272380  T
Q  309 aactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaa 408  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272381 aacaatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaa 24272480  T
Q  409 ctggtactggatc 421  Q
    | |||| ||||||    
T  24272481 ccggtagtggatc 24272493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 153 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 21642449 - 21642191
Alignment:
Q  153 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacc 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  21642449 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctattggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacc 21642350  T
Q  253 tttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatg 352  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642349 ttcgatgagacccgtatggggatgatgtgtaaagacctagagactttagtaccggaaa--atggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatg 21642252  T
Q  353 aagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggta 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||| ||||    
T  21642251 aagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatc-gatacaaatgaaactcaaccggta 21642191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 21643935 - 21643794
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643935 catcaacgggtatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggctgattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 21643836  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643835 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 21643794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 3322736 - 3322466
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  3322736 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 3322637  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  3322636 tatcaggcaagacaaacttgatgctagagcggtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 3322540  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||| ||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  3322539 ggagaatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 3322466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 25407647 - 25407917
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  25407647 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagacgggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctca 25407746  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| ||||     
T  25407747 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacctag- 25407845  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
      |||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  25407846 --aggatcaaaaattattataagcagggatgttacttttgatgagacccacatggggatgaagtgcaaagacct 25407917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 44012478 - 44012209
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || ||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||    
T  44012478 catcaacagggatagatttgaagacacttatagaggtttggagtgggagaccggcagactactctaatttgaaagtttt-ggagctttagcatttgctca 44012380  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  || ||||| |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||  ||||| ||       
T  44012379 tgtcagacaggacaaacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaagatggaacct--- 44012283  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    | |||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  44012282 gaaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 44012209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 288
Target Start/End: Original strand, 7072284 - 7072552
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||    
T  7072284 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcatttgccca 7072383  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  7072384 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 7072480  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagac 288  Q
    || ||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  7072481 ggtggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggagatgaagtgcaaagac 7072552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 33333265 - 33333677
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333265 catcaacgggaatagacttcaagatacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33333364  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333365 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcaggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 33333464  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333465 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 33333564  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  33333565 tggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 33333664  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  33333665 ggatcctgagtat 33333677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 428
Target Start/End: Original strand, 14739761 - 14740172
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739761 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 14739860  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14739861 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 14739960  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14739961 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctaaagactcaagtaccggaaactatgg 14740060  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  14740061 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgacgcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 14740160  T
Q  417 ggatcctgagta 428  Q
    ||||||||||||    
T  14740161 ggatcctgagta 14740172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 25 - 425
Target Start/End: Original strand, 24433517 - 24433917
Alignment:
Q  25 ggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagc 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||   |||||| |||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  24433517 ggaatagacttcaagacgcctattgaaaaatggagcgggaaaccagcaatttactcatctttgaaggttttcggagttttgacatatgcgcatatcaatc 24433616  T
Q  125 aagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatc 224  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  24433617 aatacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaagggttacaagttgtgtaaatttgaatctagtggaggatc 24433716  T
Q  225 aagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaa 324  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||   ||||||| ||    
T  24433717 aaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtctaaagacctagagactttagtaccggaaacatgggtggaggaa 24433816  T
Q  325 actcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctg 424  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||  || | || |  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24433817 actcaatttgaggtggagcttccacatgaagagaaaaatgacgaggaagatgaagcttcaacatcgaatacaagtggaactcaactggtagtggatcctg 24433916  T
Q  425 a 425  Q
    |    
T  24433917 a 24433917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 35204011 - 35203741
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  35204011 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 35203912  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  35203911 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 35203815  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  35203814 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 35203741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Original strand, 25943920 - 25944172
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| | |  | |||||| ||    
T  25943920 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtgagactagacaaact 25944019  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   ||||||||||| | |  |     
T  25944020 tgatgctagagctgtgaaatgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---tggaggatcaaaatttatt 25944116  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  25944117 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 25944172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Original strand, 13880990 - 13881242
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  13880990 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 13881089  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   ||||| ||||| | |  |     
T  13881090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---tggagaatcaaaatttatt 13881186  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  13881187 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 13881242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 37 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 17692783 - 17692527
Alignment:
Q  37 aagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttg 136  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||| ||||| || | ||| ||| |||  |||||||| ||||    
T  17692783 aagacacatatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggggctttagcgtttgctcatgtcagacaagacaaacttg 17692684  T
Q  137 agcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgat 236  Q
    |   ||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||  ||||| ||   |||||||||| | |  | ||    
T  17692683 atgttagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaggttgtggaagatggaacct---ggaggatcaaaatttattat 17692587  T
Q  237 aagtaggg---atgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctaga 293  Q
    ||| ||||   ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  17692586 aagcaggggggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacctaga 17692527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 235 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 22348708 - 22348653
Alignment:
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  22348708 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 22348653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 8514992 - 8514580
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514992 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8514893  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514892 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 8514793  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8514792 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatgg 8514693  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  8514692 tggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 8514593  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  8514592 ggatcctgagtat 8514580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 32478238 - 32477826
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478238 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 32478139  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478138 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 32478039  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32478038 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatgg 32477939  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  32477938 tggagagaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 32477839  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  32477838 ggatcctgagtat 32477826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Original strand, 2674410 - 2674821
Alignment:
Q  18 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 117  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674410 atcaacgagaataaacttctagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 2674509  T
Q  118 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2674510 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggataagagttgtggaaattggaatctagtg 2674609  T
Q  218 gaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggt 317  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674610 gaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatgagacccgaatggggatgaagtgtaaagacttagagactcaagtaccggaaactatggt 2674709  T
Q  318 ggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  2674710 ggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtg 2674809  T
Q  418 gatcctgagtat 429  Q
    ||||||||||||    
T  2674810 gatcctgagtat 2674821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 429
Target Start/End: Original strand, 22170529 - 22170909
Alignment:
Q  49 gaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170529 gaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 22170628  T
Q  149 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgt 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170629 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgt 22170728  T
Q  249 tacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttcca 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170729 tacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttcca 22170828  T
Q  349 aatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcctgagtat 429  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  22170829 aattaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagtggatcctgagtat 22170909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 1308769 - 1308364
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308769 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 1308670  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1308669 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 1308570  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  1308569 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatgg 1308470  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  1308469 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcaacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 1308370  T
Q  417 ggatcc 422  Q
    ||||||    
T  1308369 ggatcc 1308364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Original strand, 3325727 - 3326123
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325727 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaactagaagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 3325826  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  3325827 tatcaagcaagacatgcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtgaaaattggaatctagt 3325926  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  3325927 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatgg 3326026  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||           ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |    
T  3326027 tggagaaaactcaatttgaggtggagcttccaaatgaag-aga-----------aagatgaagcttcaacatcagatacaagtggaactcaaccggtagt 3326114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 152 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 18145059 - 18144876
Alignment:
Q  152 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttac 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  18145059 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggtggaggatcaaatgtcttgataagtagggacgttac 18144960  T
Q  252 ctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttga 335  Q
    ||||||||| || |||||| | |||||||||||||| |||||||||  || |||| |||| | || |||| ||||| |||||||    
T  18144959 ctttgatgatacacgtatgagaatgaagtgtaaagatctagagactttagcaccgaaaacaagggaggaggaaacttagtttga 18144876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 16459697 - 16459967
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||||||    
T  16459697 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgcgca 16459796  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   |    
T  16459797 tgtcatgcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---t 16459893  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  16459894 ggaggatcaaaatttatcataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 16459967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 10610703 - 10610451
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  10610703 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcatgtcagacaagacaaact 10610604  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   ||||||||||| | |  |     
T  10610603 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---tggaggatcaaaatttatt 10610507  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10610506 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10610451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 6305544 - 6305814
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  6305544 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 6305643  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  6305644 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 6305740  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||| ||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6305741 ggagaatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 6305814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 54190741 - 54191011
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    || || |||||||||||||| || | ||| ||    
T  54190741 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttaaaagttttcggagctttagcgtttgctca 54190840  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| ||       
T  54190841 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacct--- 54190937  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  54190938 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 54191011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 10096736 - 10096484
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10096736 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10096637  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   ||||| ||||| | |  |     
T  10096636 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---tggagaatcaaaatttatt 10096540  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10096539 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10096484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 22623926 - 22623659
Alignment:
Q  18 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 117  Q
    |||||| || |||||  |||| |||||||||||| | |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| |||    
T  22623926 atcaacagggatagatctcaaaacacctatggagttttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcat 22623827  T
Q  118 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtg 217  Q
     ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   ||    
T  22623826 gtcaggcaagacaaacttgatgctagagctatgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---tg 22623730  T
Q  218 gaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagac 288  Q
    ||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  22623729 gaggatcaaaatttataataagcagggatgttacttttgatgagacccgaatggggatgaagtgcaaagac 22623659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 10899242 - 10899512
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    || || |||||| ||||||| |||| ||| ||    
T  10899242 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttaaaagttttcagagctttagcatttgctca 10899341  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| ||       
T  10899342 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacct--- 10899438  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10899439 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10899512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 10203622 - 10203370
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10203622 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10203523  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   ||||| ||||| | |  |     
T  10203522 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---tggagaatcaaaatttatt 10203426  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10203425 ataaacagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 10203370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 29911883 - 29911631
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    |||||  | ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  29911883 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaaatcttcggagctttagcgtttgctcatgtcaggcaagacaaact 29911784  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| ||   |||||||||| | |  |     
T  29911783 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacct---ggaggatcaaaatttatt 29911687  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29911686 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 29911631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 47880818 - 47880566
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| |||  || |||  || ||||| ||    
T  47880818 tcaagacacctatgtaggtttggagtgggagaccggcagactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgcttatgtcagacaggacaaact 47880719  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||   | |||||  ||||| |   ||||||||||| | |  |     
T  47880718 tgattctagagctgtgaagtgtattttcatgggatatcctgaaggtgtgaaaggttacagactatggaagatggaacc---tggaggatcaaaatttatt 47880622  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||    
T  47880621 ataagcaaggatgttacttttgatgagacccgcatgaagatgaagtataaagacct 47880566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 406 - 1
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  406 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 307  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  306 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 207  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||    
T  206 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactttagtaccagaaacaatgg 107  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| |    
T  106 tggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagcttcaacattggatacaattggaactcaaccggtagt 7  T
Q  417 ggatcc 422  Q
    ||||||    
T  6 ggatcc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 8562 - 8154
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8562 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8463  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8462 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 8363  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||  |||  ||||    
T  8362 ggaggatcaaaagtcttaattagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagaaactttaataccaaaaaaaatgg 8263  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| |    
T  8262 tggaggaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagatgatgtagaagatgaagcttcaacattggatacaattggaactcaaccggtagt 8163  T
Q  417 ggatcctga 425  Q
    |||||||||    
T  8162 ggatcctga 8154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 41396137 - 41395737
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396137 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaacccgcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 41396038  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||             | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41396037 tatcaagcaagacaagctg------------tggaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 41395950  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatgg 316  Q
     ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41395949 tgaggatcaagagtcttagttagtagggatgttacctttgatgagacccggatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccagaaactatgg 41395850  T
Q  317 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtact 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  41395849 tggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaaatgaagaagaagaagatgtggaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaaccggtagt 41395750  T
Q  417 ggatcctgagtat 429  Q
    |||||||||||||    
T  41395749 ggatcctgagtat 41395737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 144 - 422
Target Start/End: Original strand, 19369001 - 19369279
Alignment:
Q  144 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagg 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  19369001 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattagaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagg 19369100  T
Q  244 gatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagc 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369101 gatgttacctttgatgagacccgtatggggattaagtgtaaagacctagagactttagtaccggaaacaatggtggagaaaactcagtttgaggtggagc 19369200  T
Q  344 ttccaaatgaagaagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaactggtactggatcc 422  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  19369201 ttccaaatgaagaagatgaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtgaaactcaaccggtagtggatcc 19369279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 9523961 - 9524231
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  9523961 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 9524060  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || |   |||||||  ||||| |   |    
T  9524061 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacc---t 9524157  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9524158 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 9524231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 2397185 - 2396933
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |  || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| ||||| ||    
T  2397185 tcaaaacacctatggaggtttggagtgggagaccagtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcaagcaggacaaact 2397086  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttg 234  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||| ||||||| || || |   |||||||  ||||| ||   |||||||||| | |  |     
T  2397085 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaagtgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacct---ggaggatcaaaatttatt 2396989  T
Q  235 ataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2396988 ataagcagggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 2396933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 8e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 34908 - 34705
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||    |   ||||| ||| |||||||| ||  || |||||||||||||||    
T  34908 catcaacgggaataaacttcaggatacctatggaagtatggagtgggaaactaatgttctactcatctatgaaggttctctaagatttggcatatgcgca 34809  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  34808 tatcaagcaagacaagcttaaggctagagctgtgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggt 34709  T
Q  217 ggag 220  Q
    ||||    
T  34708 ggag 34705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 259 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 34697 - 34544
Alignment:
Q  259 gagacccgtatggggatgaagtgtaaagacctagagactcaagtaccggaaactatggtggagaaaactcagtttgaggtggagcttccaa---atgaag 355  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  || ||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||   |||| |    
T  34697 gagacacgtatggggataaagtgtacagacctatagactttagcaccggaaacaagggtggagtaaactaagtgtgaggtggagcttccaattgatgatg 34598  T
Q  356 aagaagaagatgtagaagatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaac 409  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34597 aagaagaagatgtggaggatgaagcttcgacatcggatacaagtggaactcaac 34544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 1092 - 822
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  1092 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 993  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | | | ||||||||| |||||  |||||||| | |||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||  ||||| |   |    
T  992 tgttaggcaagacaaacttgatgctagagctgtaaaatgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacagactgtggaagatggaacc---t 896  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  895 ggaggatcaaaatttattataagcaaggatgttacttttgatgagacccgcatggggatgaagtgcaaagacct 822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 290
Target Start/End: Original strand, 18559 - 18829
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  | |||||   |||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  18559 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggaggccggcaaactactctaatttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 18658  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    | | |  || ||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||| |||||| || || |   |||||||  ||||| ||       
T  18659 tgttagacaggacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaagctgtgaaaggttatagactgtggaagatggaacct--- 18755  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatgagacccgtatggggatgaagtgtaaagacct 290  Q
    |||||||||| | |  | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18756 ggaggatcaaaatttattataagcagggatgtcacttttgatgagacccgtatggggatgaagtgcaaagacct 18829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University