View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6969_low_1 (Length: 486)

Name: NF6969_low_1
Description: NF6969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6969_low_1
NF6969_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (16-475)||(24782592-24783051)
chr8 (16-471)||(35197945-35198400)
chr8 (203-453)||(41997858-41998108)
chr8 (191-388)||(26619079-26619276)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (16-475)||(8057291-8057750)
chr1 (16-475)||(49574971-49575430)
chr1 (64-475)||(36027478-36027889)
chr1 (246-475)||(46021335-46021564)
chr1 (167-429)||(5306347-5306609)
chr1 (167-429)||(23947320-23947582)
chr1 (167-429)||(50954817-50955079)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (16-475)||(111242-111704)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (176-453)||(8033262-8033539)
chr7 (191-427)||(22944944-22945180)
chr7 (278-441)||(1610346-1610509)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (60-429)||(54814562-54814931)
chr3 (50-429)||(46426064-46426442)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (336-385)||(34567098-34567147)
chr2 (77-222)||(34566929-34567074)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 475
Target Start/End: Original strand, 24782592 - 24783051
Alignment:
Q  16 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782592 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 24782691  T
Q  116 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782692 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 24782791  T
Q  216 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782792 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 24782891  T
Q  316 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782892 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 24782991  T
Q  416 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24782992 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 24783051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 35198400 - 35197945
Alignment:
Q  16 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198400 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 35198301  T
Q  116 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198300 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 35198201  T
Q  216 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35198200 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatatctaa 35198101  T
Q  316 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35198100 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 35198001  T
Q  416 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtc 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35198000 gctcaggagatggtacattccatggcaagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtc 35197945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 203 - 453
Target Start/End: Original strand, 41997858 - 41998108
Alignment:
Q  203 tcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttata 302  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  41997858 tcttctattaataatacactaattgttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagacctatttctttatgcaatgttatttata 41997957  T
Q  303 agataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccacca 402  Q
    | || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| | |||||||| ||    
T  41997958 aaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctagttttattccgggtcgtagtatccatca 41998057  T
Q  403 taatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaagg 453  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||| |||||||||    
T  41998058 taatattattgtagctcaagagatggtgtattctatgtccaaaatgaaagg 41998108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 191 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 26619276 - 26619079
Alignment:
Q  191 ccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgta 290  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| |||||  ||||||| | ||| ||||| |||||| | |||||||    
T  26619276 ccttctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccataatttgtttatcagtttaggcctatttcattatgta 26619177  T
Q  291 atgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggt 388  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || ||| ||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  26619176 atgttatatataaaattatttctaaagtgattgttaacaggattaaacctttgtttgatcgtattatttctccataccagtttagttttattccaggt 26619079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 8057750 - 8057291
Alignment:
Q  16 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057750 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 8057651  T
Q  116 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057650 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 8057551  T
Q  216 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057550 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 8057451  T
Q  316 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8057450 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 8057351  T
Q  416 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8057350 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 8057291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 49575430 - 49574971
Alignment:
Q  16 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575430 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtacccc 49575331  T
Q  116 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575330 gctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaata 49575231  T
Q  216 atactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575230 atactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaa 49575131  T
Q  316 ggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49575130 ggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtg 49575031  T
Q  416 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49575030 gctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 49574971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 475
Target Start/End: Original strand, 36027478 - 36027889
Alignment:
Q  64 agctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatatac 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36027478 agctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttaggacacagttgctgattctatatac 36027577  T
Q  164 cagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtct 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36027578 cagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtct 36027677  T
Q  264 ctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctcc 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36027678 ctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccattgcttgatggtattatttctcc 36027777  T
Q  364 atatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatg 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36027778 atatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatg 36027877  T
Q  464 ttgatgtccatc 475  Q
    || |||||||||    
T  36027878 ttcatgtccatc 36027889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 246 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 46021564 - 46021335
Alignment:
Q  246 ataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgct 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46021564 ataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatctctaaggttattgtcaacagaatcaagccattgct 46021465  T
Q  346 tgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccaga 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46021464 tgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccaga 46021365  T
Q  446 atgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 475  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46021364 atgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 46021335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 167 - 429
Target Start/End: Original strand, 5306347 - 5306609
Alignment:
Q  167 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 266  Q
    ||||| || ||||||||||| |  | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  5306347 tttgtcaaacaggtttgggtaaatcattctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 5306446  T
Q  267 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 366  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| || || || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  5306447 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatttataaaattatttctaaagtgattgttaacaggattaaacctttgcttgatcgtattatttctccata 5306546  T
Q  367 tcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 429  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  5306547 ccagtctagttttattccaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 5306609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 167 - 429
Target Start/End: Original strand, 23947320 - 23947582
Alignment:
Q  167 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 266  Q
    ||||| || ||||||||||| |  | |||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  23947320 tttgtcaaacaggtttgggtaaatcattctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 23947419  T
Q  267 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 366  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||  || || || || |||||| ||||||||||||||||    
T  23947420 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatttataaaattatttctaaagtgattgttaacaagattaaacctttccttgatcgtattatttctccata 23947519  T
Q  367 tcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 429  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  23947520 ccagtctagttttattccaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 23947582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 167 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 50955079 - 50954817
Alignment:
Q  167 tttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctc 266  Q
    ||||| || ||||||||||| |  |||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  50955079 tttgtcaatcaggtttgggtaaatccttctctcatttcttttattaataatacccttattgtgatgattcctaaaattgagaaaccagaatttgtttctc 50954980  T
Q  267 aatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccata 366  Q
    | ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||  || || || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  50954979 agtttaggcctatttcattatgtaatgttatatataaaattatttctaaagtgattgttaacatgattaaacctttgcttgatcgtattatttctccata 50954880  T
Q  367 tcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 429  Q
     ||||| |||||||||| |||| | |  || ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  50954879 ccagtctagttttattctaggtcgtaacatacaccacaacattattgtggctcaagaaatggt 50954817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 111704 - 111242
Alignment:
Q  16 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccc- 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||      
T  111704 acatcatgatagtttgagtgcacatgttcaaattaatgaatgtaaaagagctctttttgatatgaatcctcacaaggcgccgagagaggatggatacctt 111605  T
Q  115 --cgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctatta 212  Q
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  111604 ttcgctatattttttcaaaaatgctgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccctttctcttatatcttctatta 111505  T
Q  213 ataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111504 ataatactctcattgtgatgatccctaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttc 111405  T
Q  313 taaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111404 taaggttattgtcaacagaatcaagcctttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattatt 111305  T
Q  413 gtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaaggcaacaagatgttgatgtccatc 475  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  111304 gtcgctcaggagatggtacattccatggctagaatgaaaggcaacaagatgttcatgtccatc 111242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 176 - 453
Target Start/End: Original strand, 8033262 - 8033539
Alignment:
Q  176 caggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagac 275  Q
    ||||||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  8033262 caggtttgggtaaatccttctctcatctcttctattaataatacactgattgttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagac 8033361  T
Q  276 ctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccag 375  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||    
T  8033362 ctatttctttatgcaatgttatttataaaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctag 8033461  T
Q  376 ttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggccagaatgaaagg 453  Q
    ||||||||| | | | || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||| |||||||||    
T  8033462 ttttattccggttcgtagcatccatcataatattattgtagctcaagagatggtgtattctatgtccaaaatgaaagg 8033539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 191 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 22945180 - 22944944
Alignment:
Q  191 ccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgta 290  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || ||| | ||||| | |||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  22945180 ccttctctcatctcttctattaataatacactgatttttatgatacctaaagttgataagcctgattttgtttctcaatttagacctatttctttatgca 22945081  T
Q  291 atgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtag 390  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||| |    
T  22945080 atgttatttataaaattatttctaaagttattgttaataggattaagcctttgcttgataatattatttcaccttatcaatctagttttattccgggtcg 22944981  T
Q  391 aagtatccaccataatattattgtggctcaggagatg 427  Q
     || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22944980 tagcatccatcataatattattgtagctcaagagatg 22944944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 278 - 441
Target Start/End: Original strand, 1610346 - 1610509
Alignment:
Q  278 attgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagtt 377  Q
    |||||||| |||||||  | |||||| || ||| ||||||||||||| || |||||||| || ||| | ||||| || |||||||| ||||| || || |    
T  1610346 attgctttgtgtaatgggacttataacatcattactaaggttattgttaatagaatcaaacctttgttagatggaatcatttctccttatcaatctagct 1610445  T
Q  378 ttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggtacattccatggc 441  Q
    ||||| ||||  |||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1610446 ttatttcaggacgaacaatccaccataatatcattgtggctcagaagatggtacattccatggc 1610509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 60 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 54814931 - 54814562
Alignment:
Q  60 aaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctat 159  Q
    |||||||| | ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||  || |||||||||| |||| ||||||  |    
T  54814931 aaagagctttatttgacatgagccctcataaggctcctggagaggatggctaccctgctgtcttttttcagcaacgttgggacaccgttgttgattccct 54814832  T
Q  160 ataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataaacctgaattt 259  Q
     |   | ||||  |||||||||||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| ||||| |  ||  | |||||||||||||||    
T  54814831 ttttaaatttgccaaccaggtttgggtaaatccttcttttatctcttttattaataatactttgcttgttatgattccaaaattagataaacctgaattt 54814732  T
Q  260 gtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgatggtattattt 359  Q
    || || |||||||  |||||| |  | ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || ||||| ||||||||| | |||||||    
T  54814731 gtttcacaatttaagcctatttccctttgtaatggtatatataaaataatttctaaggtcattgttaacatgattaagcctttgcttgatagaattattt 54814632  T
Q  360 ctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 429  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||    
T  54814631 ctccataccagtctagttttattccaggtcgaagcattcaccacaatattattatggctaaagagatggt 54814562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 50 - 429
Target Start/End: Original strand, 46426064 - 46426442
Alignment:
Q  50 aatgaatgtaaaagagctctttttgacatgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttg 149  Q
    ||||| || ||||||| | | ||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||| || || ||| | ||||||||  |||||||||| || ||||    
T  46426064 aatgagtgcaaaagagatttatttgacatgagccctcataaggctcctggagaggatggctagcctgctgtcttttttcagcaatgttggga-accgttg 46426162  T
Q  150 ctgattctatataccagtttgtgaaccaggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactctcattgtgatgatccgtaagattgataa 249  Q
    |||||||  | |   | ||||  |||||||||||||| |  |||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| |||||    ||  | |||||    
T  46426163 ctgattccctttttaaatttgccaaccaggtttgggtaaatccttcttttatctcttttattaataatactttgcttgtaatgattacaaaattagataa 46426262  T
Q  250 acctgaatttgtctctcaatttagacctattgctttatgtaatgttatttataagataatttctaaggttattgtcaacagaatcaagccgttgcttgat 349  Q
    |||| ||||||| |  |||||||| |||||| |  | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||    
T  46426263 acctaaatttgtttaacaatttaggcctatttccctttgtaatgttatctataaaataatttctaaggtgattgttaacaggattaagcctttgcttgat 46426362  T
Q  350 ggtattatttctccatatcagtccagttttattccaggtagaagtatccaccataatattattgtggctcaggagatggt 429  Q
     | ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  46426363 agaattatttttccataccagtctagttttattccaggtcgaagcattcaccacaatattattgtggctaaagagatggt 46426442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Original strand, 34567098 - 34567147
Alignment:
Q  336 agccgttgcttgatggtattatttctccatatcagtccagttttattcca 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  34567098 agccgttgcttgatggtattatttctccataccagtctaattttattcca 34567147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 34566929 - 34567074
Alignment:
Q  77 atgaatcctcacaaggcgccgggagaggatgggtaccccgctatattttttcaaaaatgttgggacacagttgctgattctatataccagtttgtgaacc 176  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||| | || ||  || |||||||| ||||  || |||| ||  | ||||||| ||||||||    
T  34566929 atgaatcctcataagacgcccggagaagacgggtaccctgctcttttcttctaataatgttggaacactatttctgagtcattgtaccagtatgtgaacc 34567028  T
Q  177 aggtttgggttaccccttctcttatatcttctattaataatactct 222  Q
    | |||| |||||  |||| |||||| ||||  ||||||||||||||    
T  34567029 atgttttggttaatccttttcttatctcttacattaataatactct 34567074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University