View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6973_low_14 (Length: 585)

Name: NF6973_low_14
Description: NF6973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6973_low_14
NF6973_low_14
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (11-554)||(22990246-22990791)
chr4 (18-554)||(28948698-28949236)
chr4 (134-554)||(22714557-22714979)
chr4 (253-559)||(22696864-22697172)
chr4 (253-574)||(46956533-46956859)
chr4 (11-139)||(22703326-22703454)
chr4 (500-574)||(28949216-28949290)
chr4 (500-574)||(22714959-22715033)
chr4 (500-574)||(22990192-22990266)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (11-554)||(200307-200862)
scaffold0009 (500-574)||(200842-200916)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (170-574)||(20087585-20087992)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (253-559)||(19646298-19646606)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (253-559)||(4344211-4344518)
chr1 (170-245)||(5928144-5928219)
chr1 (146-174)||(5928350-5928378)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (253-559)||(22808084-22808392)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (253-546)||(23362369-23362651)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 22990791 - 22990246
Alignment:
Q  11 gacatcaaaaaccaaccaggcccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccg 110  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22990791 gacaacaaaaaccaaccagacccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagccgcaaccaaaccagccg 22990692  T
Q  111 caaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatataga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990691 caaaaccataagaaacatgctttgaatgttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatataga 22990592  T
Q  211 gtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaa 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22990591 gtttatggaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaa 22990492  T
Q  311 gggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataaca 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990491 gggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataaca 22990392  T
Q  411 gtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatag-tac 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  22990391 gtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttac 22990292  T
Q  510 --atcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagctta 554  Q
      || ||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  22990291 taatact-tcctagattacttcttaattcatagtacatcctatctta 22990246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 554
Target Start/End: Original strand, 28948698 - 28949236
Alignment:
Q  18 aaaaccaaccaggcccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccgcaaaacc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28948698 aaaaccaaccaggcccttggccaaaaaactacccccaaccgtagcaggttagcaggccaggaacagcagctgaagccgcaaccaaaccagccgcaaaacc 28948797  T
Q  118 ataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28948798 ataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattacaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttaag 28948897  T
Q  218 gaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatag 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28948898 gaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaaaaaacaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatag 28948997  T
Q  318 aaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttc 417  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948998 aaacattacataagttatttgtacttcataagagtacttcatagttactagcactttttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttc 28949097  T
Q  418 atagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta-- 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||      
T  28949098 atagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactattact 28949197  T
Q  516 gcttagattacttcttaattcatagtacttcctagctta 554  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28949198 tcctagattacttcttaattcatagtacatcctagctta 28949236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 134 - 554
Target Start/End: Original strand, 22714557 - 22714979
Alignment:
Q  134 gaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaa 233  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22714557 gaatgttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagtgaacaa 22714656  T
Q  234 caaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagtt 333  Q
    ||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22714657 caaatccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaagggatagaaacattacataagtt 22714756  T
Q  334 actggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtactt 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714757 actggtacttcataagagtacttcatagttactagcactttttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtactt 22714856  T
Q  434 cctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatag-tac--atcctagcttagattacttct 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  || ||  | ||||||||||||    
T  22714857 cctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactaatact-tcctagattacttct 22714955  T
Q  531 taattcatagtacttcctagctta 554  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||    
T  22714956 taattcatagtacatcctatctta 22714979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 253 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 22697172 - 22696864
Alignment:
Q  253 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 352  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22697172 caacataagtgaaccataaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataagagt 22697073  T
Q  353 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 452  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22697072 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcaaagttaccggtacttcctagattacttcttaatt 22696973  T
Q  453 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 550  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22696972 taaagacaacagagcattacaacattaaagactaaacaaaatagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 22696873  T
Q  551 cttacttcc 559  Q
     ||| ||||    
T  22696872 gttaattcc 22696864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 253 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 46956859 - 46956533
Alignment:
Q  253 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 352  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  46956859 caacataagtgaacaaaaaatacaagcataattatcacacaacataagccttcattaaggtatagaaacattacataagttactagtacttcataatagt 46956760  T
Q  353 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  46956759 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattaaaaggcaaaacataacagtacttgatagttactagtacttcctagattacttcttaatt 46956660  T
Q  453 taaagacaacggaacattacaacattaaagacta---aacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcc 547  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||   || |||||| | |||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46956659 taaagataatggaacattacaacattaaagactaaataatataacagtgcttcatagttactagtacttcctagattacttcttaattcatagtactttc 46956560  T
Q  548 tagcttacttcctagtcacacaggttc 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  46956559 tagcttacttcctagtcacacaggttc 46956533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 139
Target Start/End: Original strand, 22703326 - 22703454
Alignment:
Q  11 gacatcaaaaaccaaccaggcccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccg 110  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22703326 gacaacaaaaaccaaccagacccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagccgcaaccaaaccagccg 22703425  T
Q  111 caaaaccataagaaacatgctttgaatgt 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703426 caaaaccataagaaacatgctttgaatgt 22703454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 500 - 574
Target Start/End: Original strand, 28949216 - 28949290
Alignment:
Q  500 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28949216 ttcatagtacatcctagcttagattgcttcttaactcatagtacttcctagcttacttcctagtcacataggttc 28949290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 500 - 574
Target Start/End: Original strand, 22714959 - 22715033
Alignment:
Q  500 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 574  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  22714959 ttcatagtacatcctatcttagattacttcttaattcatagtacttcctaacttacttcctaatcacagaggttc 22715033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 500 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 22990266 - 22990192
Alignment:
Q  500 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 574  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  22990266 ttcatagtacatcctatcttagattacttcttaattcatagtacttcctaacttacttcctaatcacagaggttc 22990192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 554
Target Start/End: Original strand, 200307 - 200862
Alignment:
Q  11 gacatcaaaaaccaaccaggcccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagtcgcaaccaaaccagccg 110  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  200307 gacaacaaaaaccaaccagacccttggccaaaaaactacccccagccgtagcaggttagcaggccaggaacagcacctgaagctgcaaccaaaccagccg 200406  T
Q  111 caaaaccataagaaacatgctttgaatgtcacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatataga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  200407 caaaaccataagaaacatgctttgaatgttacaaaaaacataagaaatcatggcattgcaaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatata 200506  T
Q  211 gtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnncaacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaa 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  200507 gtttatggaggataagtgaacaacaaatccgaagcaaaaaaacaaaataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcattaa 200606  T
Q  311 gggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataac- 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  200607 gggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactagcacttcttagattaattcctaattgaaaggaaaaacataaca 200706  T
Q  410 ---------agtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatact 500  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  200707 gtacttcatagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacagtact 200806  T
Q  501 tcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctagctta 554  Q
    |||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  200807 tcatagttactattacttcctagattacttcttaattcatagtacatcctagctta 200862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 500 - 574
Target Start/End: Original strand, 200842 - 200916
Alignment:
Q  500 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcacacaggttc 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  200842 ttcatagtacatcctagcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctaatcacagaggttc 200916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 170 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 20087992 - 20087585
Alignment:
Q  170 aaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagcnnnnnnn-caacataagtgaacca 268  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||||| ||||         ||||||||||||||||    
T  20087992 aaatagagcttatatataaccagttaaaactgaaatatagagcttatggaggacaggtgaacaacaaatctgaaggaaaaaaaacaacataagtgaacca 20087893  T
Q  269 aaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagtacttcatagttactag 368  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20087892 aaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataatagtacttcatagttactag 20087793  T
Q  369 cacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatttaaagacaacggaaca 468  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20087792 tacttcttagattacttcctaattaaaaggcaaaacataacagtacttcatagttactagtactttctagattacttcttaatttaaagataacggaaca 20087693  T
Q  469 ttacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctagcttacttcctagtcac 566  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   |  ||   | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  20087692 ttacaacattaaagactaaatataacagtacttcatagttactagtacttcctagattacttcttaattcataagacttcctagcttacttcctagtcac 20087593  T
Q  567 acaggttc 574  Q
    ||| ||||    
T  20087592 acaagttc 20087585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 253 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 19646606 - 19646298
Alignment:
Q  253 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 352  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19646606 caacataagtgaaccaaaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaatattacataagttactggtacttcataagagt 19646507  T
Q  353 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 452  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19646506 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacaatacttcaaagttaccggtacttcctagattacttcttaatt 19646407  T
Q  453 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 550  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19646406 taaagacaacagaacattacaacattaaagattaaacataagagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 19646307  T
Q  551 cttacttcc 559  Q
    |||| ||||    
T  19646306 cttaattcc 19646298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 253 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 4344518 - 4344211
Alignment:
Q  253 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 352  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4344518 caacataagtgaacaaaaaatacaagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggatagaaacattacataagttactagtacttcataagagt 4344419  T
Q  353 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 452  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4344418 acttcatagttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacaatacttcaaagttactggtacttcctagattacttcttaatt 4344319  T
Q  453 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 550  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4344318 taaagacaacgaaacatta-aacattaaagactaaacataacagtacttcatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttcctag 4344220  T
Q  551 cttacttcc 559  Q
    |||| ||||    
T  4344219 cttaattcc 4344211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 5928219 - 5928144
Alignment:
Q  170 aaatatagcttatatataactagttaaaactgaaatatagagtttatggaggataagagaacaacaaatccgaagc 245  Q
    ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||    
T  5928219 aaatagagcttatatagaaccacttaaaactgaaatatagagtttattgaggataagtgcacaacaaatctgaagc 5928144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 146 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5928378 - 5928350
Alignment:
Q  146 aaacataagaaatcatggcattgcaaata 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5928378 aaacataagaaatcatggcattgcaaata 5928350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 253 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 22808392 - 22808084
Alignment:
Q  253 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22808392 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggataaaaaaattacataagttactagtacttcataagagt 22808293  T
Q  353 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 452  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22808292 acttcatggttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaagaaaaatataatagtacttcatagttactagtacttcctagattacttcttaatt 22808193  T
Q  453 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttcctag 550  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22808192 taaagataacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagttactagtacttcatagattacttcttaatttatagtacttcctag 22808093  T
Q  551 cttacttcc 559  Q
    |||| ||||    
T  22808092 cttaattcc 22808084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 253 - 546
Target Start/End: Original strand, 23362369 - 23362651
Alignment:
Q  253 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagctttcgttaagggatagaaacattacataagttactggtacttcataagagt 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||             |||    
T  23362369 caacataagtgaaccaaaaatacgagcataattatcacacaacataagtcttcattaagggataaaaacattacataagttact-------------agt 23362455  T
Q  353 acttcatagttactagcacttcttagattacttcctaattgaaaggcaaaacataacagtacttcatagttacaggtacttcctagattacttcttaatt 452  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  23362456 acttcatggttactaccacttcttagattacttcctaattgaaaggaaaaacataacagtacttcatagttattagtacttcctagattacttcttaatt 23362555  T
Q  453 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttcatagtacatccta--gcttagattacttcttaattcatagtacttc 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362556 taaagacaacggaacattacaacattaaagactaaacataacaatacttaatagttactagtacttcgtagattacttcttaattcatagtacttc 23362651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University