View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6973_low_2 (Length: 1095)

Name: NF6973_low_2
Description: NF6973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6973_low_2
NF6973_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-1087)||(1927328-1928398)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 974; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 974; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1087
Target Start/End: Complemental strand, 1928398 - 1927328
Alignment:
Q  17 caatagttagtggctcagagagattaagagnnnnnnngtcaaactatctagagggatttggatataagcagtctcagcaggcatgattcatgataggata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1928398 caatagttagtggctcagagagattaagagtttttttgtcaaactatctagagggatttggatataagcagtctcagcaggcatgattcatgataggata 1928299  T
Q  117 ttatagcattgttcgatcccatgtagttaaccgcacctagtaagggttttagttgtagttgttgttaagtgtcttttggattttcaaattatttagctgt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1928298 ttatagcattgttcgatcccatgtagttaaccgcacctagtaagggttttagttgtagttgttgttaagtgtcttttggattttcaaattatttagctgt 1928199  T
Q  217 ccactacaacctgtgtacaaaatataatcatgtacgatgcnnnnnnnnatatattgttataatggattttcaaaccatttacattatttatagagaaatt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1928198 ccactacaacctgtgtacaaaatataatcatgtacgatgcttttttttatatattgttataatggattttcaaaccatttacattatttatagagaaatt 1928099  T
Q  317 tcttttactcatttttcatgtctatagtagtgtttttagcaatgtttataatgacattactgctagaacatatgcattggtaaattttgaaaaaagaagt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1928098 tcttttactcatttttcatgtctatagtagtgtttttagcaatgtttataatgacattactgctagaacatatgcattggtaaattttgaaaaaagaagt 1927999  T
Q  417 gagtgatnnnnnnnnntatcaaactgtgataaaagaagtgactgctagaacatatgtttcatgttgtccatgcagtaatcctacagatctgtgtgatgtt 516  Q
    |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1927998 gagtgataaaaaaaaatatcaaactgtgataaaagaagtgactgctagaacatatgtttcatgttgtccatgcagtaatcctacagatctgtgtgatgtt 1927899  T
Q  517 cgttcttaatccttgtggaatccatggaccacactgggaaagaatgttgatggttaatacctaataaaatattttactagggaacttcacatatttgcct 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1927898 cgttcttaatccttgtggaatccatggaccacactgggaaagaatgttgatggttaatacctaataaaatattttactagggaacttcacatatttgcct 1927799  T
Q  617 gtttaattatctatactgacaacgttggttatctaatttattttctaatgcggccatatccctgccctcactgattccgtagnnnnnnncagttctgatg 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  1927798 gtttaattatctatactgacaacgttggttatctaatttattttctaatgcggccatatccctgccctcactgattccgtagtttttttcagttctgatg 1927699  T
Q  717 ttagaaaattcctgaattcttcttcccttggaaaatgacacaatttagttttataggttgatctggtaataatcccagccacaacaggccagatgggtat 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1927698 ttagaaaattcctgaattcttcttcccttggaaaatgacacaatttagttttataggttgatctggtaataatcccagccacaacaggccagatgggtat 1927599  T
Q  817 cctcccaggacatgtttcaacaattgcagagttgaaacctggggtcatgattgtacaagaagggaatgattcgaccaagtattttgtaagcagtggcttt 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1927598 cctcccaggacatgtttcaacaattgcagagttgaaacctggggtcatgattgtacaagaagggaatgattcgaccaagtattttgtaagcagtggcttc 1927499  T
Q  917 gctttcgtccatgcaaactctgttgctgatataatcgctgttgaggccgttccactggatcaaattgatgcaagcctagtgcagaagggtcttcaagagt 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1927498 gctttcgtccatgcaaactctgttgctgatataatcgctgttgaggccgttccactggatcaaattgatgcaagcctagtgcagaagggtcttcaagagt 1927399  T
Q  1017 tcactcagaagctcagctcagcgacaactgatttggagaaagctgaagctcagattggagttgatgtccat 1087  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1927398 tcactcagaagctcagctcagcgacaactgatttggagaaagctgaagctcagattggagttgatgtccat 1927328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University