View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6973_low_23 (Length: 506)
Name: NF6973_low_23
Description: NF6973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6973_low_23 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 44594568 - 44594097
Alignment:
| Q |
18 |
aagatgtcatcacaggcagaccgagagacatattcctcaagagggaggaataatattattatgaaatactcatttcctcaattcagaagccaagctcgat |
117 |
Q |
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| T |
44594568 |
aagatgtcatcacaggcagaccgagagagatgttcctcaagagggaggaaaaatatcattatgaaatactcatttcctcaattcagaagccaagctcgat |
44594469 |
T |
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| Q |
118 |
aatatactatattacaacaaagttagaaacaagaataaaatccatgtttattaataataaaccccaaccactaaaacccatactattgacaataataca- |
216 |
Q |
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| T |
44594468 |
aatatactatattacaacaaagttagaaacaagaataaaatccatgtttattaataataaaccccaaccactaaaacccatcctattgacaataatacat |
44594369 |
T |
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| Q |
217 |
ttaaattaattttacacaagtaggaggcatgaagataaataaatatcaccacacaccctcttccccatactctctgaatgtaatgacaaaatcgaagaga |
316 |
Q |
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| T |
44594368 |
ttaaattaattttacacaagtaggaggcatgaagatagataaatatcaccacacaccctcttccccatactctctgaatgtaatgacaaaatcgaagaga |
44594269 |
T |
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| Q |
317 |
aaactgaaaatacattaatccacatcatatattggcttcccaaatattggagnnnnnnntctggagatttgaccccctccttattttcatgtgcctcaag |
416 |
Q |
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| T |
44594268 |
aaactgaaaatacattaatccacatcatatattggcttcccaaatattggagaaaaaaatctggagatttgaccccctccttattttcatgtgcctcaag |
44594169 |
T |
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| Q |
417 |
gtaccatatatcaaagtcaaacatagaagcttcgtcgcctcttttcacgatggctttgctgaaccaactgtg |
488 |
Q |
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| T |
44594168 |
gtaccatatatcaaagtcaaacatagaagcttcatcgcctcttttcacgatggctttgttgaaccaactgtg |
44594097 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5732482 - 5732013
Alignment:
| Q |
18 |
aagatgtcatcacaggcagaccgagagacatattcctcaagagggaggaataatattattatgaaatactcatttcctcaattcagaagccaagctcgat |
117 |
Q |
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| T |
5732482 |
aagatgtcatcacaggcagaccgagagagatgttcctcaagagggaggaataatattattatga--tactcatttcctcaattcagaagccaagctcgat |
5732385 |
T |
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| Q |
118 |
aatatactatattacaacaaagttagaaacaagaataaaatccatgtttattaataataaaccccaaccactaaaacccatactattgacaataatacat |
217 |
Q |
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| T |
5732384 |
aatatactatattacaacaaagttagaaacaagaataaaattcatgtttattaataataaaccccaaccactaaaacccatcatattgacaataatacat |
5732285 |
T |
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| Q |
218 |
t-aaattaattttacacaagtaggaggcatgaagataaataaatatcaccacacaccctcttccccatactctctgaatgtaatgacaaaatcgaagaga |
316 |
Q |
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| T |
5732284 |
ttaaattaattttacacaagtaggaggcatgaagataaataaatatcaccacacaccctcttccccatactctctgaatgtcatgacaaaatcgaagaga |
5732185 |
T |
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| Q |
317 |
aaactgaaaatacattaatccacatcatatattggcttcccaaatattggagnnnnnnntctggagatttgaccccctccttattttcatgtgcctcaag |
416 |
Q |
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| T |
5732184 |
aaactgaaaatacattaatccacatcatatattggcttcccaaatattggagaattttttttggagatttgaccccctccttattttcatgtgcctcaag |
5732085 |
T |
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| Q |
417 |
gtaccatatatcaaagtcaaacatagaagcttcgtcgcctcttttcacgatggctttgctgaaccaactgtg |
488 |
Q |
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| T |
5732084 |
gtaccatatatcaaagtcaaacatagaagcctcatcacctcttttcacgatggcttttctgaaccaactgtg |
5732013 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9469230 - 9468766
Alignment:
| Q |
18 |
aagatgtcatcacaggcagaccgagagacatattcctcaagagggaggaataatattattatgaaatactcatttcctcaattcagaagccaagctcgat |
117 |
Q |
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| T |
9469230 |
aagatgtcatcacaggcagaccgagagagatgttcttcaagagggaggaataatattattatga--tactcatttcctcaattcagaagccaagctcgat |
9469133 |
T |
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| Q |
118 |
aatatactatattacaacaaagttagaaacaagaataaaatccatgtttattaataataaaccccaaccactaaaacccatactattgacaataataca- |
216 |
Q |
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| T |
9469132 |
aatatactatattacaacaaagttagaaacaagaataaaatccaagtttattaataataaaccccaaccactaaaacccatcctattgacaataatacat |
9469033 |
T |
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| Q |
217 |
ttaaattaattttacacaagtaggaggcatgaagataaataaatatcaccacacaccctcttccccatactctctgaatgtaatgacaaaatcgaagaga |
316 |
Q |
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| T |
9469032 |
ttaaattaattttacgaaagtaggaggcatgaagataaataaatatcaccacacaccctcttccccatactctctgaatgtcatgacaaaatcgaagaga |
9468933 |
T |
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| Q |
317 |
aaactgaaaatacattaatccacatcatatattggcttcccaaatattggagnnnnnnntctggagatttgaccccctccttattttcatgtgcctcaag |
416 |
Q |
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| T |
9468932 |
aatttaaaaatacattaatccacatcatattttggcttcccaaatattggagaaaaaaatctagagatttgatcccctccttattttcatgtgcctcaag |
9468833 |
T |
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| Q |
417 |
gtaccatatatcaaagtcaaacatagaagcttcgtcgcctcttttcacgatggctttgctgaaccaa |
483 |
Q |
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| T |
9468832 |
gtaccatatatcaaagtcaaacatagaagcctcatcacctcttttcacgatggctttgctgaaccaa |
9468766 |
T |
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