View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6973_low_4 (Length: 779)
Name: NF6973_low_4
Description: NF6973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6973_low_4 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 769
Target Start/End: Original strand, 32853424 - 32854181
Alignment:
| Q |
13 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
112 |
Q |
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| T |
32853424 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
32853523 |
T |
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| Q |
113 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
212 |
Q |
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| T |
32853524 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
32853623 |
T |
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| Q |
213 |
gatcattaatcatagtagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaaca |
312 |
Q |
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| T |
32853624 |
gatcattaatcatagtagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaaca |
32853723 |
T |
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| Q |
313 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgc-aaataaagcaataagaatt |
411 |
Q |
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| T |
32853724 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaaataaagcaataagaatt |
32853823 |
T |
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| Q |
412 |
agaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcct |
511 |
Q |
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| T |
32853824 |
agaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcct |
32853923 |
T |
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| Q |
512 |
tcttgccgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttcta |
611 |
Q |
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| T |
32853924 |
tcttgtcgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttcta |
32854023 |
T |
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| Q |
612 |
aggaacccatcaattcatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatat |
711 |
Q |
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| T |
32854024 |
aggaacccatcagttcatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatat |
32854123 |
T |
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| Q |
712 |
tttctcaaccactttcctttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatgtcca |
769 |
Q |
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| T |
32854124 |
tttctcaaccactttcctttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatttcca |
32854181 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 717; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 769
Target Start/End: Original strand, 37176560 - 37177316
Alignment:
| Q |
13 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
112 |
Q |
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| T |
37176560 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
37176659 |
T |
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| Q |
113 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
212 |
Q |
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| T |
37176660 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctacaaccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
37176759 |
T |
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| Q |
213 |
gatcattaatcatagtagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaaca |
312 |
Q |
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| T |
37176760 |
tatcattaatcatagtagagaataacttatttgcatcatcttttgcagaaaaattaattccctttattctttcatcattttctttcttcttatgccaaca |
37176859 |
T |
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| Q |
313 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaataaagcaataagaatta |
412 |
Q |
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| T |
37176860 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaataaagcaataagaatta |
37176959 |
T |
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| Q |
413 |
gaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcctt |
512 |
Q |
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| T |
37176960 |
gaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctatgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcctt |
37177059 |
T |
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| Q |
513 |
cttgccgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaa |
612 |
Q |
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| T |
37177060 |
cttgtcgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaa |
37177159 |
T |
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| Q |
613 |
ggaacccatcaattcatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatatt |
712 |
Q |
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| T |
37177160 |
ggaacccatcaatttatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatatt |
37177259 |
T |
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| Q |
713 |
ttctcaaccactttcctttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatgtcca |
769 |
Q |
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| T |
37177260 |
ttctcaaccactttcttttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatttcca |
37177316 |
T |
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