View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6973_low_8 (Length: 716)

Name: NF6973_low_8
Description: NF6973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6973_low_8
NF6973_low_8
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-704)||(34092365-34093068)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 34093068 - 34092365
Alignment:
Q  1 tgagatggacatcatcacatatacctaacctaatgcctcttcttcatttttctagctaccaatgtctttttcatctttgaattaatatatgctctaatag 100  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34093068 tgaggtggacatcatcacatttacctaacctaatgcctcttcttcatttttctagctaccaatgtctttttcatctttgaattaatatatgctctaatag 34092969  T
Q  101 ccaacgataatgatttgcatacaatgtaattgtttcttttatttcaagtggttgtgtatatataatgtgagatttgtttagccaattattcaatatcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34092968 ccaacgataatgatttgcatacaatgtaattgtttcttttatttcaagtggttgtgtatatataatgtgagatttgttttgccaattattcaatatcaat 34092869  T
Q  201 ctgactttggcaaagtttctcattgagaaaagtcctaatcatgtatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttatgaagagttatatctctttctttttatt 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34092868 ctgactttggcaaagtttcttattgagaaaagtcctaatcatgtatttaaaaactaaaaataaaaaagtttatgaagagttatatctctttctttttatt 34092769  T
Q  301 tttgtttgcagacaaaatgataatggtgatccaaataatacgaaacgttgaagtttcatgttcgaacccatgaataaagatgattaacctatcaatatta 400  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34092768 tttgtttgcagacgaaatgattatggtgatccaaataatacgaaacgttgaagtttcatgttcgaacctatgaataaaggtgattaacctatcaatatta 34092669  T
Q  401 ttattgaaatttgaattaggatgaactataaaatatctcactttataaatcagttttttaacgagcaattataattaatttaaaaaatcttttattgtag 500  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34092668 ttattgaaatttgaattaggacgaactataaaatatctcactttataaatcagttttttaacgagcaattataattaatttaaaaaatcttttattgtag 34092569  T
Q  501 gcttgttaaagannnnnnnaaaaccaatattgatgttttaattaaatttgaaagatattttnnnnnnncgatgttatgttaaagatgaaataaatatttt 600  Q
    ||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34092568 gcttgttaaagatttttttaaaaccaattttgatgttttaattaaatttgaaagatattttaaaaaaacgatgttatgttaaagattaaataaatatttt 34092469  T
Q  601 gattaaccttgtattaaataatttttggtagaaaaaatagaaaacttagtctgtatatgatgtgatttgttttcaaaggagattgtatatgatgtgatgt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34092468 gattaaccttgtattaaataatttttggtagaaaaaatagaaaacttagtctgtatatgatgtgatttgttttcaaaggagattgtatatgatgtgatgt 34092369  T
Q  701 ccat 704  Q
    ||||    
T  34092368 ccat 34092365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University