View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6975_low_3 (Length: 717)

Name: NF6975_low_3
Description: NF6975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6975_low_3
NF6975_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-701)||(7760241-7760921)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (247-658)||(28959881-28960292)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (27-644)||(52953370-52953990)
chr3 (234-644)||(31903534-31903943)
chr3 (262-644)||(31673624-31674003)
chr3 (120-202)||(31903981-31904063)
chr3 (234-356)||(31921956-31922078)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 701
Target Start/End: Original strand, 7760241 - 7760921
Alignment:
Q  21 gggatcactgaaatggtgtcatcagttggtcattcttgtgagaaaagtgcagacttgttgtcacagttcatgagttacaaggcttctggagcttgtcctg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7760241 gggatcactgaaatggtgtcatcagttggtcattcttgtgagaaaagtgcagacttgttgtcacagttcatgagttacaaggcttctggagcttgtcctg 7760340  T
Q  121 atgattggagtgtagctcagaaactgatcttaaaagggtgtgagcctttacctagaagaaggtgtttttcaaaaactgtttcaaaatcaggnnnnnnncc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  7760341 atgattggagtgtagctcagaaactgatcttaaaagggtgtgagcctttacctagaagaaggtgtttttcaaaaactgtttcaaaatcaggtttttttcc 7760440  T
Q  221 ttttcctgtttctctttggaagcctcttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7760441 ttttcctgtttctctttggaagcctcttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagt 7760540  T
Q  321 agagattgtgttaattgttttgatttggttagtggtggaaatgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgttt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7760541 agagattgtgttaattgttttgatttggttagtggtggaaatgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgttt 7760640  T
Q  421 tagcattaggaaatggtggaattagaatggggtttgatattggtggtggttctggttcttttgctgctagaatgtttgatagaaatgttactgtgattac 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7760641 tagcattaggaaatggtggaattagaatggggtttgatattggtggtggttctggttcttttgctgctagaatgtttgatagaaatgttactgtgattac 7760740  T
Q  521 caatactcttaatgttgatgcaccatttagtgaattcattgctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatgac 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7760741 caatactcttaatgttgatgcaccatttagtgaattcattgctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatgac 7760840  T
Q  621 aatgtgtttgatttgattcatgcttcaagtgcattggatgttggagggaaggctgaaaaattggagtttttaatgtttgat 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7760841 aatgtgtttgatttgattcatgcttcaagtgcattggatgttggagggaaggctgaaaaattggagtttttaatgtttgat 7760921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 247 - 658
Target Start/End: Original strand, 28959881 - 28960292
Alignment:
Q  247 ttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagtagagattgtgttaattgttttgattt 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28959881 ttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagtagagattgtgttaattgttttgattt 28959980  T
Q  347 ggttagtggtggaaatgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgttttagcattaggaaatggtggaattaga 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28959981 ggttagtggtggaaatgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgttttagcattaggaaatggtggaattaga 28960080  T
Q  447 atggggtttgatattggtggtggttctggttcttttgctgctagaatgtttgatagaaatgttactgtgattaccaatactcttaatgttgatgcaccat 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28960081 atggggtttgatattggtggtggttctggttcttttgctgctataatgtttgatagaaatgttactgtgattaccaatactcttaatgttgatgcaccat 28960180  T
Q  547 ttagtgaattcattgctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatgacaatgtgtttgatttgattcatgcttc 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28960181 ttagtgaattcattgctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatgacaatgtgtttgatttgattcatgcttc 28960280  T
Q  647 aagtgcattgga 658  Q
    ||||||||||||    
T  28960281 aagtgcattgga 28960292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 7e-82; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 27 - 644
Target Start/End: Original strand, 52953370 - 52953990
Alignment:
Q  27 actgaaatggtgtcatcagttggtcattcttgtgagaaaagtgcagacttgttgtcacagttcatgagttacaaggcttctggagcttgtcctgatgatt 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||  | | || |||||||| ||||  |||| |||||| |  | ||||  |||||  |||||||    
T  52953370 actgaaatggtttcatctgtgggtcattcttgtgagaaatcttctgatttgttgtctcagtatatgaattacaaagtgtttggaaattgtcaagatgatt 52953469  T
Q  127 ggagtgtagctcagaaactgatcttaaaagggtgtgagcctttacctagaagaaggtgtttttcaaaaactgtttca--------aaatcaggnnnnnnn 218  Q
    ||||| | || |||||| |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||         |||| |             
T  52953470 ggagttttgcacagaaattgatttcgaaaaggtgtgagcctttacctagaagaaggtgttttgctaaatctgtttcttctaaggtaaatta--tcttcat 52953567  T
Q  219 ccttttcctgtttctctttggaagcctcttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattga 318  Q
    ||||||||   ||| |||||||||||| || |||| || ||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||    
T  52953568 ccttttccaacttcactttggaagcctgttagtaacaaaactgttaattggagtggttttagttgtaagaattttgagtgtttgaatggtaagaaattga 52953667  T
Q  319 gtagagattgtgttaattgttttgatttggttagtggtggaaatgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgt 418  Q
     ||||| |||  |  |||| ||||||||||||| |||   | |||||||||| || ||||| ||||| | |||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  52953668 atagaggttgcatgcattgctttgatttggttaatgg---atatgagaatcaaaggtttgttaagtctagaagtaagaatgattttcttgttgatgatgt 52953764  T
Q  419 tttagcattaggaaatggtggaattagaatggggtttgatattggtggtggttctggttcttttgctgctagaatgtttgatagaaatgttactgtgatt 518  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||  |  ||    
T  52953765 tttggcattaggaaatggtggaattagaataggatttgatattggaattggttctggatcttttgctgctgtaatggctgaaaggaatgttacaattgtt 52953864  T
Q  519 accaatactcttaatgttgatgcaccatttagtgaattcattgctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatg 618  Q
    || | |||||||||| ||||||| || || | |||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  52953865 actagtactcttaatattgatgctcctttcaatgaatttatagctgcaagaggactttttcctcttttcttaagcttggatcataggtttcctttttatg 52953964  T
Q  619 acaatgtgtttgatttgattcatgct 644  Q
    | ||||||||||||||| ||| ||||    
T  52953965 ataatgtgtttgatttggttcgtgct 52953990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 234 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 31903943 - 31903534
Alignment:
Q  234 ctttggaagcctcttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagtagagattgtgtta 333  Q
    |||||||| ||| || |||| || ||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| || |||||||||| ||| | |||  |      
T  31903943 ctttggaaacctgttagtaacaaaactgttaattggagtggttttagttgtaagaattttgagtgtttgaatggtaagaaattgaataggggttgcatgc 31903844  T
Q  334 attgttttgatttggttagtggtggaaatgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgttttagcattaggaaa 433  Q
    |||| ||||||||||||| ||||    |||||||||| || ||||| ||||| | |||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  31903843 attgctttgatttggttaatggtt---atgagaatcaaaggtttgttaagtctagaagtaagaatgattttcttgttgatgatgttttggcattaggaaa 31903747  T
Q  434 tggtggaattagaatggggtttgatattggtggtggttctggttcttttgctgctagaatgtttgatagaaatgttactgtgattacca--atactctta 531  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||  |  |||| |  |||||||||    
T  31903746 tggtggaattagaataggatttgatattggaattggttctggatcttttgctgctgtaatggctgaaaggaatgttacaattgttactagtatactctta 31903647  T
Q  532 atgttgatgcaccatttagtgaattcattgctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatgacaatgtgtttga 631  Q
    || ||||||| || || | |||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  31903646 atattgatgctcctttcaatgaatttatagctgcaagaggactttttcctcttttcttaagcttggatcataggtttcctttttatgataatgtgtttga 31903547  T
Q  632 tttgattcatgct 644  Q
    |||| ||| ||||    
T  31903546 tttggttcgtgct 31903534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 262 - 644
Target Start/End: Original strand, 31673624 - 31674003
Alignment:
Q  262 ttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagtagagattgtgttaattgttttgatttggttagtggtggaaa 361  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| || |||||||||| ||| | |||  |  |||| ||||||||||||| ||||    |    
T  31673624 ttaattggagtggttttagttgtaagaattttgagtgtttgaatggtaagaaattgaataggggttgcatgcattgctttgatttggttaatggtt---a 31673720  T
Q  362 tgagaatcagagatttgtgaagtcaaaaagtaaaaatgattttttggttgatgatgttttagcattaggaaatggtggaattagaatggggtttgatatt 461  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| | |||||| ||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  31673721 tgagaatcaaaggtttgttaagtctagaagtaagaatgattttcttgttgctgatgttttggcattaggaaatggtggaattagaataggatttgatatt 31673820  T
Q  462 ggtggtggttctggttcttttgctgctagaatgtttgatagaaatgttactgtgattaccaatactcttaatgttgatgcaccatttagtgaattcattg 561  Q
    ||   ||||||||| ||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||  |  |||| | |||||||||| ||||||| || || | |||||| || |    
T  31673821 ggaattggttctggatcttttgctgctgtaatggctgaaaggaatgttacaattgttactagtactcttaatattgatgctcctttcaatgaatttatag 31673920  T
Q  562 ctgcaagaggactttttccactttacttgagcttagatcataggtttccattttatgacaatgtgtttgatttgattcatgct 644  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  31673921 ctgcaggaggactttttcctcttttcttaagcttggatcataggtttcctttttatgataatgtgtttgatttggttcgtgct 31674003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 31904063 - 31903981
Alignment:
Q  120 gatgattggagtgtagctcagaaactgatcttaaaagggtgtgagcctttacctagaagaaggtgtttttcaaaaactgtttc 202  Q
    ||||||||||||   ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  31904063 gatgattggagttatgctcagaaattgattttgaaagggtgtgagcctttaccaagaagaaggtgttttgctaaatctgtttc 31903981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31922078 - 31921956
Alignment:
Q  234 ctttggaagcctcttggtaataacacttttaattggagtggtttgaattgtaagagttttgaatgtttgaaaggaaagaaattgagtagagattgtgtta 333  Q
    |||||||| ||| || |||| || ||| |||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| || |||||||||| ||| | |||  |      
T  31922078 ctttggaaacctgttagtaacaaaactgttaattggagtggttttagttgtaagaattttgagtgtttgaatggtaagaaattgaataggggttgcatgc 31921979  T
Q  334 attgttttgatttggttagtggt 356  Q
    |||| ||||||||||||| ||||    
T  31921978 attgctttgatttggttaatggt 31921956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University