View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6977_low_4 (Length: 444)

Name: NF6977_low_4
Description: NF6977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6977_low_4
NF6977_low_4
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (14-434)||(175748-176168)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (14-434)||(14641124-14641544)
chr4 (150-434)||(26110568-26110852)
chr4 (39-307)||(10012268-10012535)
chr4 (39-307)||(10019409-10019676)
chr4 (38-114)||(10154177-10154253)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (14-434)||(29564417-29564837)
chr8 (38-311)||(24956620-24956893)
chr8 (38-311)||(18176218-18176491)
chr8 (83-318)||(44506524-44506755)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (15-394)||(131097-131476)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (14-380)||(7230679-7231045)
chr2 (50-432)||(7230301-7230683)
chr2 (17-311)||(21022761-21023055)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (14-434)||(4576455-4576878)
chr3 (39-318)||(9787400-9787679)
chr3 (83-318)||(3590116-3590351)
chr3 (93-311)||(19607112-19607333)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-311)||(32604723-32605017)


Alignment Details
Target: scaffold0005 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 434
Target Start/End: Original strand, 175748 - 176168
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175748 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 175847  T
Q  114 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaacta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  175848 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgaccttctgctgcttgaacta 175947  T
Q  214 atcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175948 atcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 176047  T
Q  314 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  176048 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgccactagattcatgtggc 176147  T
Q  414 acccctaaagctgatgtccat 434  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  176148 acccctaaagctggtgtccat 176168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 14641544 - 14641124
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641544 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 14641445  T
Q  114 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaacta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14641444 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgaccttctgctgcttgaacta 14641345  T
Q  214 atcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641344 atcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 14641245  T
Q  314 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  14641244 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgccactagattcatgtggc 14641145  T
Q  414 acccctaaagctgatgtccat 434  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  14641144 acccctaaagctggtgtccat 14641124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 150 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 26110852 - 26110568
Alignment:
Q  150 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcc 249  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  26110852 acattagatgttgctacaatttcggccttctcaatttcattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatcgttgttgcagtcc 26110753  T
Q  250 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 349  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110752 caaccttgatcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 26110653  T
Q  350 ttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctgatgtccat 434  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26110652 ttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaataacatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctggtgtccat 26110568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 307
Target Start/End: Original strand, 10012268 - 10012535
Alignment:
Q  39 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 138  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    ||||| ||||    
T  10012268 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaa-acatgttggaatagaat 10012366  T
Q  139 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 238  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||    
T  10012367 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaacttcattatgattttctgctacttggattaatcgttctaatgtttttctcatagt 10012466  T
Q  239 ttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttctttt 307  Q
    |  ||||||||||||||| | ||||| || |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10012467 tggtgcagtcccaacctttgccttactctatgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttctttt 10012535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 307
Target Start/End: Original strand, 10019409 - 10019676
Alignment:
Q  39 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 138  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    ||||| ||||    
T  10019409 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaa-acatgttggaatagaat 10019507  T
Q  139 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 238  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||    
T  10019508 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaacttcattatgattttctgctacttggattaatcgttctaatgtttttctcatagt 10019607  T
Q  239 ttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttctttt 307  Q
    |  ||||||||||||||| | ||||| || |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10019608 tggtgcagtcccaacctttgccttactctatgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttctttt 10019676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 10154253 - 10154177
Alignment:
Q  38 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaata 114  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |  |||||||  ||| || ||||| |||||||||||||    
T  10154253 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttaaccattcaaaaatccatcatcctttgcacttttcaata 10154177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 29564837 - 29564417
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29564837 ggacatcagtacgattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgtacttttcaat 29564738  T
Q  114 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaacta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  29564737 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgactttctgttgcttgaacta 29564638  T
Q  214 atcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 313  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564637 atcgctcaaatgtgtttctcattgttgttgcagtcccaaccttgttcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 29564538  T
Q  314 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  29564537 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatatcatttttgccactagattcatgtggc 29564438  T
Q  414 acccctaaagctgatgtccat 434  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  29564437 acccctaaagctggtgtccat 29564417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 38 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 24956893 - 24956620
Alignment:
Q  38 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 137  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || |  ||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||     
T  24956893 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccataatcctttgcacttttcaataatttaacgcaatctggaatagag 24956794  T
Q  138 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 237  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||     
T  24956793 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcagctgcttcaactaaccgctcaaatgtttttctcataa 24956694  T
Q  238 tttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 311  Q
    || ||| |||||||||||| | ||| |||||||| |||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  24956693 ttgttgaagtcccaacctttgcctttccctttgtcactttcactccaatatatggtgaaacctttcttttcttt 24956620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 38 - 311
Target Start/End: Original strand, 18176218 - 18176491
Alignment:
Q  38 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 137  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||  |||||||   || || ||||| ||||||||||||| | |||| |||||  |||| ||     
T  18176218 ttcatctttaagcatttctaaagcatgactaaattgttgaccattcaaaaaaccatcatcctttgcacttttcaataatttaacgcaatctagaatagag 18176317  T
Q  138 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 237  Q
    || | |||| | |||| ||| || ||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||    
T  18176318 tactctccatggacatgagaggtggctgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcggctgcttcaactaaccgctcaaatgttcttctcatag 18176417  T
Q  238 tttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 311  Q
    || |||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  18176418 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatagctggtgaaacttttcttttcttt 18176491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 83 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 44506755 - 44506524
Alignment:
Q  83 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 182  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    ||||| ||||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  44506755 caaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttggaatagaatattttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttca 44506656  T
Q  183 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 282  Q
    | ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||| | ||||| ||||||  ||||||||     
T  44506655 acttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagctggtgcagtcccaacctttgccttactctttgttgctttctcat 44506556  T
Q  283 ccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 318  Q
    ||     |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44506555 cc----ttggtgaaacctttcttttattttttgatt 44506524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 131476 - 131097
Alignment:
Q  15 gacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaata 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  131476 gacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgtacttttcaata 131377  T
Q  115 ttgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaa 214  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131376 ttgtaacacaatcaagaattgaatattgtccacgaacattagatgttgctgcaatttcattcttcttaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaa 131277  T
Q  215 tcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttctt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131276 tcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttacactttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttctt 131177  T
Q  315 gatttgttactttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcattttt 394  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131176 gatttgttactttccataggtataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcattttt 131097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 7231045 - 7230679
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7231045 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatcaccaaagtataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 7230946  T
Q  114 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaacta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  7230945 attgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgacattctgatgcttgaacta 7230846  T
Q  214 atcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230845 atcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttct 7230746  T
Q  314 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  7230745 tgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttctgattcaataagttctagtgacacatca 7230679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 7230683 - 7230301
Alignment:
Q  50 catctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaaga 149  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230683 catcaccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaaga 7230584  T
Q  150 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcc 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7230583 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgacattctgatgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcc 7230484  T
Q  250 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230483 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaaccttttttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 7230384  T
Q  350 ttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctgatgtcc 432  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7230383 ttctgattcaataagttctagtgacacatcatcaatagcattttttccactagattcatgtggcatccctaaagctggtgtcc 7230301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 21022761 - 21023055
Alignment:
Q  17 catcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatatt 116  Q
    |||||||| || || ||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || || ||||| ||||||||||||| |    
T  21022761 catcagtaggactcgattttgttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccatcatcctttgcacttttcaataat 21022860  T
Q  117 gtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatc 216  Q
     |||| ||| | ||||| || || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| |    
T  21022861 ttaacgcaaactggaatagagtactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcaactgcttaaactaacc 21022960  T
Q  217 gctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 311  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21022961 gctcaaatgtttttctcatagttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatatttggtgaaacctttcttttcttt 21023055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 14 - 434
Target Start/End: Original strand, 4576455 - 4576878
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaat 113  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4576455 ggacatcagtaaaattctattatcttcatctttaagcttctccaaagcataactaaattgtcgactattcaaatgtccttcctccttcgcacatttcaat 4576554  T
Q  114 attgtaa---cacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaa 210  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4576555 attgtaataacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttctgctgcttgaa 4576654  T
Q  211 ctaatcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctt 310  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4576655 ctaatcgctcaaatgtgattctcatagttgttgtagtcccagcctttgtcttaccctttgtaactttcacacccatatctggtgaaacatttcttttctt 4576754  T
Q  311 tcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgt 410  Q
    |||||||| |||| || ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| ||    
T  4576755 tcttgattggttatttcccataaggataacatcatcctcttcagattcaataatttctaatggcacgtcatcaatatcatttttgccactagattcacgt 4576854  T
Q  411 ggcacccctaaagctgatgtccat 434  Q
     ||||||| ||||||| |||||||    
T  4576855 cgcacccccaaagctggtgtccat 4576878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 318
Target Start/End: Original strand, 9787400 - 9787679
Alignment:
Q  39 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 138  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    ||||| ||||    
T  9787400 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgaaacacatgttggaatagaat 9787499  T
Q  139 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 238  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||||     
T  9787500 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaagttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagc 9787599  T
Q  239 ttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 318  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9787600 tggtgcagtcccaacctttgtcttactctttgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttcttttattttttgatt 9787679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 3590351 - 3590116
Alignment:
Q  83 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 182  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    | ||| ||||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  3590351 caaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttgaaatagaatattttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttca 3590252  T
Q  183 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 282  Q
    | ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||| | ||| |  |||||  ||||||||     
T  3590251 acttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagctggtgcagtcccaacctttgccttcctatttgttgctttctcat 3590152  T
Q  283 ccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 318  Q
    |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  3590151 ccatatttggtgaaacctttcttatattttttgatt 3590116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 93 - 311
Target Start/End: Original strand, 19607112 - 19607333
Alignment:
Q  93 tcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattat 192  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||   | || ||||| || |||||| || | |||||||| ||  | |||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  19607112 tcctcctttgcacttttcaataatttaatgtagtctggaatagagtattgtacatggacattagaggtgaccgcaatttgagccttttcaacttcattat 19607211  T
Q  193 gaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctc---acccatatc 289  Q
    ||||||  | ||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||   |   |||||    
T  19607212 gaccttcagatgcttcagttaaccgctcaaatgtgtttctcatagttgttgtcgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctcaattaatatc 19607311  T
Q  290 tggtgaaacctttcttttcttt 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  19607312 tggtgaaacctttctttacttt 19607333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 32605017 - 32604723
Alignment:
Q  17 catcagtaagattctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatatt 116  Q
    |||||||| || || ||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || |  ||||| ||||||||||||| |    
T  32605017 catcagtaggactcgattttgttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccattatcctttgcacttttcaataat 32604918  T
Q  117 gtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatc 216  Q
     |||| || || ||||| || || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| |    
T  32604917 ttaacgcattctggaatagagtactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcatctgctttaactaacc 32604818  T
Q  217 gctcaaatgtgtttctcatagtttttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 311  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32604817 gctcaaatgtttttctcatagttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatatttggtgaaacctttcttttcttt 32604723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University