View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6978_high_18 (Length: 381)

Name: NF6978_high_18
Description: NF6978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6978_high_18
NF6978_high_18
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (10-364)||(5101429-5101783)
chr2 (10-364)||(5118988-5119342)
chr2 (84-364)||(5080191-5080471)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-362)||(14412504-14412850)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-364)||(16885722-16886064)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (52-364)||(25647453-25647765)
chr8 (26-364)||(25323097-25323435)
chr8 (26-364)||(25695801-25696139)
chr8 (52-364)||(25341421-25341733)
chr8 (52-364)||(25715634-25715946)
chr8 (52-359)||(25311445-25311752)
chr8 (36-364)||(23258645-23258961)
chr8 (52-364)||(25800719-25801031)
chr8 (52-364)||(24874764-24875076)
chr8 (52-364)||(25570327-25570639)
chr8 (76-364)||(25686091-25686379)
chr8 (52-364)||(25453423-25453735)
chr8 (42-364)||(25605078-25605400)
chr8 (112-364)||(24912451-24912703)
chr8 (26-364)||(25476102-25476440)
chr8 (26-364)||(22900091-22900429)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (26-364)||(16325-16663)
scaffold0070 (52-155)||(49869-49972)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (36-364)||(3821-4149)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (31-364)||(10324294-10324621)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 10 - 364
Target Start/End: Original strand, 5101429 - 5101783
Alignment:
Q  10 ataatacttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcg 109  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5101429 ataatacttcgaatgcataaaaggagaaagggtaaaaattcacttgaaaggggtttacacactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactag 5101528  T
Q  110 tccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagt 209  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5101529 tgcaagcaactaatggattcagtgagagtaatttacttggaaggggtggctttggatccgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcaat 5101628  T
Q  210 taaagtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||     
T  5101629 taaagtacttgacttgacaatggcagaagcatcaagaagctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatg 5101728  T
Q  310 agtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5101729 agtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 5101783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 10 - 364
Target Start/End: Original strand, 5118988 - 5119342
Alignment:
Q  10 ataatacttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcg 109  Q
    ||||||||||  || |||||||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  5118988 ataatacttcgaatgcataaaaggaaaaaggttgacagtccacttgagaggagtttatccgctctaggagttccaagaaggatttcctattatgaacttg 5119087  T
Q  110 tccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagt 209  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5119088 tgcaagcaactaatggattcagtgacagtaatttacttggaagaggtggttttggatccgtgtataatggaatgctttctagtgggaagatgatagcaat 5119187  T
Q  210 taaagtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||     
T  5119188 taaagtacttgacttgacaatggcagaagcatcaagaagctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatg 5119287  T
Q  310 agtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5119288 agtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 5119342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 84 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 5080471 - 5080191
Alignment:
Q  84 aaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatg 183  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5080471 aaaaaggatttcctattctgaacttgtgcaagcaactaatggatttagtgagactaatttactaggaaagggtggctttggatctgtgtatcaaggaatg 5080372  T
Q  184 ctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttc 283  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||| ||||||| |||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  5080371 ctttctagtgggaagatggtagcaattaaagtacttgacttgaaattggaagcaacaacaaaaagctttaatgcagaatgcaatgctatgcgcaatcttc 5080272  T
Q  284 ggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||||  | ||||||  ||| | || |||||||| ||||||||||    
T  5080271 ggcatcgaaatcttgttgagatcatcaccagttgttcaaatgttaatttcaggtctttggtaatggagttaatgtcaaatg 5080191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 16 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 14412850 - 14412504
Alignment:
Q  16 cttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaag 115  Q
    ||||| || |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14412850 cttcaaatgcataaaaggaaaaaggttgaaagtccacgtgaaaggggtttatccactgtaggagttccaataaggatttcctattatgaactcgtccaag 14412751  T
Q  116 caactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagt 215  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14412750 caactaatggattcagcgagactaatttacttggaaggggtggttttggatcagtgtataaaggaatgctttctattgggaagatgatagcagttaaagt 14412651  T
Q  216 acttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagt 315  Q
    ||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  14412650 acttgacttaacaatggaagctacttcaagaagctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaacctccggcatagaaatctcgtccaaattatcagtagt 14412551  T
Q  316 tgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaa 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14412550 tgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaa 14412504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 25 - 364
Target Start/End: Original strand, 16885722 - 16886064
Alignment:
Q  25 cataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccacta---taggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaacta 121  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||    |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  16885722 cataaaaagaaaaaagttgaaaatccacttgaaatgggtttatcaactgatttaggggttccaagaaggatttcatattatgaacttgtgcaagcaacta 16885821  T
Q  122 atggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttga 221  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||| ||| || || || ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  16885822 atggatttagcgagagtaacttacttggaaaggggggcttcggctctgtgtatcagggaatgctttctaccgggaagatggtagcaattaaagtacttga 16885921  T
Q  222 cttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttca 321  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||||| ||| || |||| |  |||||||||    
T  16885922 cttgaatatggaagcaacatcaagaagttttgacgcagaatgcaatgcaatgcgcattcttcgacatcgaaatcttgttgaggttattacaagttgttca 16886021  T
Q  322 aatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    |||   |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||    
T  16886022 aataaagatttcaagtcattggtgatggagtttatgtcaaatg 16886064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25647765 - 25647453
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25647765 cttgaaaggggtttgtcaactttaggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25647666  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagcatcaagaagct 250  Q
    |||| | |||||||||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| || |||||  || |||  |||||  ||||    
T  25647665 ggggagcatttggatctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattga-tttacaatcagaggcaaaatcaaagagct 25647567  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25647566 ttgatgcagaatgtaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagaagttgatcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25647467  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
    ||| ||||||||||    
T  25647466 gttcatgtcaaatg 25647453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 26 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25323435 - 25323097
Alignment:
Q  26 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 125  Q
    |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || || |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  25323435 ataaaaggagaaagaatgaaaatactcttgaaaggggtttgtcaactttaggagctccaagaagaatatcatattatgaacttttgcaagcaactaatgg 25323336  T
Q  126 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 225  Q
    ||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| |||    
T  25323335 attaaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggaaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg 25323236  T
Q  226 acaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 324  Q
     ||||  || |||  |||||  |||||||||| |||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||    
T  25323235 -caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaat 25323137  T
Q  325 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  25323136 cttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 25323097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25696139 - 25695801
Alignment:
Q  26 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 125  Q
    |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  25696139 ataaaaggagaaagaatgaaaatactcttgaaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgtgcaagcaactaatgg 25696040  T
Q  126 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 225  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  25696039 attcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg 25695940  T
Q  226 acaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 324  Q
     ||||  || |||  |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||    
T  25695939 -caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagcagttgctcaaat 25695841  T
Q  325 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  25695840 cttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 25695801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25341733 - 25341421
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25341733 cttgaaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcctattatgaaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25341634  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 250  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25341633 gggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25341535  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25341534 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatatggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25341435  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
    ||| ||||||||||    
T  25341434 gttcatgtcaaatg 25341421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25715946 - 25715634
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25715946 cttgaaaggggtttttcaactttaggagctccaagaagaatatcctattatgaaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25715847  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagcatcaagaagct 250  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||  |  |||  ||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25715846 gggggggatttggctctgtttatcaaggaaagcttcatgatggtgagatgattgcagtaaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25715748  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||| ||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25715747 ttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagaagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25715648  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
    ||| ||||||||||    
T  25715647 gttcatgtcaaatg 25715634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 25311752 - 25311445
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25311752 cttgaaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcctattatgaaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25311653  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 250  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25311652 gggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25311554  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25311553 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25311454  T
Q  351 gtttatgtc 359  Q
    ||| |||||    
T  25311453 gttcatgtc 25311445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 36 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 23258961 - 23258645
Alignment:
Q  36 aaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgag 135  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||    
T  23258961 aaatgttgaaaatattgttgaaaggggtttatcaaccttaggagttccaagaagaatatcatattatgaacttgtgcaagcaacaaatggattcaatgag 23258862  T
Q  136 agtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatggaag 235  Q
    || || |||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| | |||| ||  |||  ||||||| |||||||||||| |||| |||  ||          
T  23258861 agcaatttacttggaacggggggctttggctctgtgtatcaagggaagcttcctgatggtgagatgattgcagttaaagtatttgatttgcaaa------ 23258768  T
Q  236 cagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaa 335  Q
          |||  ||||||||||||||||| ||||||||| | || || |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  23258767 ------caaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttccaatcttgatttcaa 23258674  T
Q  336 atctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    |||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  23258673 atcattggtgatggagttcatgtcaaatg 23258645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25801031 - 25800719
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25801031 cttgaaaggggtttgtcaactttaggagctccaagaagaatatcgtattatgaacttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25800932  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagcatcaagaagct 250  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | |||| ||  |||  ||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25800931 gggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcctgatggtgagatgattgcagtcaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25800833  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||||||| | ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25800832 ttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgtcatcgaaatttggtaaagattatcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25800733  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
    ||| ||||||||||    
T  25800732 gttcatgtcaaatg 25800719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Original strand, 24874764 - 24875076
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| || || ||| || || |||||||||||  |  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24874764 cttgaaaggggtttatcagctttaggagctctaagaagaatatcatattatgaacttttgtaagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaa 24874863  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 250  Q
    ||||  | ||||| ||||||||||||||   |||| ||  |||  |||| || ||||| |||||| |||| || |||||  || |||  |||||  ||||    
T  24874864 gggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaaagtatttgattt-acaatcagaggcaaaatcaaagagct 24874962  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  24874963 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgtcatcgaaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 24875062  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
    ||| ||||||||||    
T  24875063 gttcatgtcaaatg 24875076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25570639 - 25570327
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| || || ||| || || |||||||||||  |  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  25570639 cttgaaaggggtttatcagctttaggagctctaagaagaatatcatattatgaacttttgaaagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaa 25570540  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 250  Q
    ||||  | ||||| ||||||||||||||   |||| ||  |||  |||| || ||||| |||||| |||| || |||||  || |||  |||||  ||||    
T  25570539 gggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaaagtatttgattt-acaatcagaggcaaaatcaaagagct 25570441  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25570440 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25570341  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
    ||| ||||||||||    
T  25570340 gttcatgtcaaatg 25570327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 76 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25686379 - 25686091
Alignment:
Q  76 ggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatc 175  Q
    |||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  25686379 ggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgttcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatc 25686280  T
Q  176 aaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgt 274  Q
    | || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||||||||||||||| ||||| |||     
T  25686279 atgggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaatgagctttgatgcagaatgcaatgcgatga 25686181  T
Q  275 gcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    | || || || ||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  25686180 gaaatctacgacatcgaaatctagtaaagattatcggtagttgctcaaatcttgattttaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 25686091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 52 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25453735 - 25453423
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||  ||||| ||| || ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25453735 cttgaaaggggtttgtcaactttgggaactccaagaagaatatcctattatgaacttttgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25453636  T
Q  152 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagcatcaagaagct 250  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25453635 gggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25453537  T
Q  251 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 350  Q
    |||||| |||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | || |||||    
T  25453536 ttgatgaagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtaatgga 25453437  T
Q  351 gtttatgtcaaatg 364  Q
     || ||||||||||    
T  25453436 attcatgtcaaatg 25453423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 42 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25605400 - 25605078
Alignment:
Q  42 tgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaa 141  Q
    ||||||| | |||| ||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||     
T  25605400 tgaaaatactcttggaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcatattatgaacttgtgcaagcaacaaatggattcaatgagagtaat 25605301  T
Q  142 ttacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagca 240  Q
    || ||||||||||| | |||||||||||| ||||| || | ||||  |  |||  | ||||| || ||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |    
T  25605300 ttccttggaaggggagcatttggatctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgaaatgattgccgttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaa 25605202  T
Q  241 tcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctc 340  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||| ||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||      
T  25605201 tcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcat 25605102  T
Q  341 tagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    | ||||||||||| ||||||||||    
T  25605101 tggtgatggagttcatgtcaaatg 25605078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 364
Target Start/End: Original strand, 24912451 - 24912703
Alignment:
Q  112 caagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagtta 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||    
T  24912451 caagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcatgggaagcttcttgatggtgagatgattgcagtta 24912550  T
Q  212 aagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatca 310  Q
    ||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  |||||||||| |||||| ||||| ||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||    
T  24912551 aagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatca 24912649  T
Q  311 gtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  24912650 gcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 24912703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25476440 - 25476102
Alignment:
Q  26 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 125  Q
    ||||||||| |||  || ||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  25476440 ataaaaggaaaaagattcaaaatactcttgaaaggggtttatcaactttaggagctctaagaagaatttcctattatgaacttgtgcaagcaactaatgg 25476341  T
Q  126 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 225  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||  || |  ||    | ||   ||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  25476340 attcaatgagtgtaatttacttggacgggggggctttggctctgtatatcgggggaatctccgcaatgatgagatgattgcggttaaagtaattgatttg 25476241  T
Q  226 acaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 324  Q
     || |  || |||  | |||  |||||||||| |||||| ||||||| | | || || || ||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||    
T  25476240 -cagtcagaggcaaaagcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaacgagaaatctacgacatcgaaatcttgttaagattatttgtagttgttcaaat 25476142  T
Q  325 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    |  |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  25476141 ctcgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 25476102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 26 - 364
Target Start/End: Original strand, 22900091 - 22900429
Alignment:
Q  26 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 125  Q
    ||||||||| ||  ||||||||| | ||||||||   |||||| ||| | |||| ||||| ||| ||||| |||||||| || || |||||||| |||||    
T  22900091 ataaaaggaaaatggttgaaaatactcttgaaagaaatttatcaactcttggagctccaagaagaatttcttattatgagcttgtgcaagcaacaaatgg 22900190  T
Q  126 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 225  Q
    ||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||| | || | |||||| | |||  ||||  | || ||||||||  |||| |||    
T  22900191 atttaatgagagtaatttgcttggaaggggaggatttgggtctgtgtatgaggggaagctttcaaatggtgagatatttgcggttaaagtgattgatttg 22900290  T
Q  226 acaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatc 325  Q
    |    ||| | |  || | | |||||||||  |||||| |||||| || | || || |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||     
T  22900291 aactcggaggaaaaattacggagctttgatcgagaatgcaatgcattgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaata 22900390  T
Q  326 ctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
     |||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||||    
T  22900391 ttgatttcaaagcattggtgatggagttcatgtcaaatg 22900429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 364
Target Start/End: Original strand, 16325 - 16663
Alignment:
Q  26 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 125  Q
    |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  16325 ataaaaggagaaagaatgaaaatactcttgaaaggggtttgtcaactctaggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgtgcaagcaactaatgg 16424  T
Q  126 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 225  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  16425 attcaatgagagtaatttccttggaagtgggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg 16524  T
Q  226 acaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 324  Q
     ||||  || |||  |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||||||| | ||  |||||||||| ||||| ||||||    
T  16525 -caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatttggtaaagattatcagcagttgctcaaat 16623  T
Q  325 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  16624 cttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 16663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 52 - 155
Target Start/End: Original strand, 49869 - 49972
Alignment:
Q  52 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 151  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||     
T  49869 cttgaaaggggtttatcaactttaggagctctaagaagaatttcctattatgaacttgtgcaagcaactaatggatttagtgagtgtaatttacttggac 49968  T
Q  152 gggg 155  Q
    ||||    
T  49969 gggg 49972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 36 - 364
Target Start/End: Original strand, 3821 - 4149
Alignment:
Q  36 aaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgag 135  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |  |||||| ||||| ||| || || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||   |||    
T  3821 aaatgttgaaaatacttttgaaaggggtttatcagcattaggagctccaagaagaatatcatattatgaacttgtggaagcaacaaatggattcgaagag 3920  T
Q  136 agtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaa 234  Q
    || |||||||||||||||||  | ||||| ||||||||| | || | |||| ||| |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  ||     
T  3921 agcaaattacttggaagggggagctttggttctgtgtatgaggggaagcttcctaatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg-caatctgag 4019  T
Q  235 gcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttca 334  Q
    |||  |||||  || ||||||| |||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  4020 gcaaaatcaaagagttttgatgtagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttca 4119  T
Q  335 aatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    ||||  | ||||||||||| ||||||||||    
T  4120 aatcattggtgatggagttcatgtcaaatg 4149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 10324621 - 10324294
Alignment:
Q  31 aggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattca 130  Q
    |||| ||| ||||||||| | ||||||||||  |||||   | |||||| | ||| ||| || || ||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||    
T  10324621 aggaaaaacgttgaaaatactcttgaaagggaattatcagttttaggagctacaagaagaatatcatattatgaacttgtggaagcaacaaatggtttca 10324522  T
Q  131 gtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat 230  Q
     ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||| || |||||| ||   ||  ||||||| ||||| |||||| |||| |   ||      
T  10324521 atgagagtaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaggggatgcttcctgacggtgagatgattgcagtcaaagtaattgatt---ca-- 10324427  T
Q  231 ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgat 330  Q
     || |||  ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| | || || || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10324426 -gaggcaaaatcaacaagctttgatgcagaatgcaatgtaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagtagttgttcaaatcatgat 10324328  T
Q  331 ttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatg 364  Q
    |||||| |  | ||| ||||||| ||||||||||    
T  10324327 ttcaaagcattggtgctggagttcatgtcaaatg 10324294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University