View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6978_high_7 (Length: 580)

Name: NF6978_high_7
Description: NF6978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6978_high_7
NF6978_high_7
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (17-574)||(41583427-41583984)
chr2 (17-574)||(41557298-41557855)
chr2 (17-574)||(41589958-41590515)
chr2 (17-574)||(41571010-41571567)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (22-85)||(23916129-23916192)
chr4 (391-427)||(23904977-23905013)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 41583984 - 41583427
Alignment:
Q  17 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaacacttcctcaaacatcaacctaataggatcctcacgttcaacattgttgtga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41583984 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaacacttcctcaaacatcaacctaataggatcctcacgttcaacattgttgtga 41583885  T
Q  117 tcaagcgtatcaaacaatgctgaataatgaaaaacagcttccttaaaccttgtcacnnnnnnnggtgcatcataaccaccattaacaatgctatgaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41583884 tcaagcgtatcaaacaatgctgaataatgaaaaacagcttccttaaaccttgtcacaaaaaaaggttcatcgtaaccaccattaacaatgctatgaataa 41583785  T
Q  217 atatattcggatttgtctttctaatcaaatccaaaacagcacccttcggattctccgaaactactgtctcatccggtagattctcaaacttaaacaaaca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41583784 atatattcggatttgtctttctaatcaaatccaaaacatcacccttcggattctccgaaactactgtctcatccagtagattctcaaacttaaacaaaca 41583685  T
Q  317 attcacagcaacaaactcatttttccttatcttaaaatcttcaactctgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 416  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41583684 attcacagcaacaaactcgtttttccttatcttaaaatcttcaactttgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 41583585  T
Q  417 cgtttgcaataacttgcaagcctaagaccagtttctttcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggttgcccaccag 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  41583584 cgtttgcaataacttgcaagcctaagaccagtttctttcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggtggcccaccgg 41583485  T
Q  517 atcttttcgatagacggtgtataaaagcaggccacttgaaaccataaccaacaccaaa 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41583484 atcttttcgatagacggtgtataaaagcaggccacttgaaaccataaccaacaccaaa 41583427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 41557855 - 41557298
Alignment:
Q  17 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaacacttcctcaaacatcaacctaataggatcctcacgttcaacattgttgtga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  41557855 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatctttcccccaaacgtctccctcaaacatcaacctaacaggatcctcacgttcaacattgttgtta 41557756  T
Q  117 tcaagcgtatcaaacaatgctgaataatgaaaaacagcttccttaaaccttgtcacnnnnnnnggtgcatcataaccaccattaacaatgctatgaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41557755 tcaagcatatcaaacaatgctgaataatgaaaaacagcttccttaaaccttgtcacaaaaaaaggttcatcgtaaccaccattaacaatgctatgaataa 41557656  T
Q  217 atatattcggatttgtctttctaatcaaatccaaaacagcacccttcggattctccgaaactactgtctcatccggtagattctcaaacttaaacaaaca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41557655 atatattcggatttgtctttctaatcaaatccaaaacagcacccttcggattctccgaaactactgtctcatccagtagattctcaaacttaaacaaaca 41557556  T
Q  317 attcacagcaacaaactcatttttccttatcttaaaatcttcaactctgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 416  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41557555 attcacagcaacaaactcgtttttccttatgttaaaatcttcaactttgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 41557456  T
Q  417 cgtttgcaataacttgcaagcctaagaccagtttctttcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggttgcccaccag 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  41557455 cgtttgcaataacttgcaagcctaagaccagtttctttcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggtggcccaccgg 41557356  T
Q  517 atcttttcgatagacggtgtataaaagcaggccacttgaaaccataaccaacaccaaa 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41557355 atcttttcgatagacggtgtataaaagcaggccacttgaaaccataaccaacaccaaa 41557298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 41590515 - 41589958
Alignment:
Q  17 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaacacttcctcaaacatcaacctaataggatcctcacgttcaacattgttgtga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  41590515 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatcattcccccaaaaaactacctcaaacatcaacctaaaaggatcctcacgttcaacattgttgtaa 41590416  T
Q  117 tcaagcgtatcaaacaatgctgaataatgaaaaacagcttccttaaaccttgtcacnnnnnnnggtgcatcataaccaccattaacaatgctatgaataa 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41590415 tcaagcatatcaaacaatgctgaataataaaaaacagcttccttaaaccttgtcacaaaaaaaggtgcatcataaccaccattaacaatgctatgaataa 41590316  T
Q  217 atatattcggatttgtctttctaatcaaatccaaaacagcacccttcggattctccgaaactactgtctcatccggtagattctcaaacttaaacaaaca 316  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  41590315 atatattcggatttgccttcttaatcaaatccaaaacagcacccctcggattctccgaaacaactgtctcatcaggtagattctcaaacttaaacacaca 41590216  T
Q  317 attcacagcaacaaactcatttttccttatcttaaaatcttcaactctgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 416  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41590215 agtcactgcaacaaactcatttttccttatcttaaaatcctgaactttgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 41590116  T
Q  417 cgtttgcaataacttgcaagcctaagaccagtttctttcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggttgcccaccag 516  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41590115 cgtttgcaataacttgaaagcctaagacctgtttcattcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggtggcccaccag 41590016  T
Q  517 atcttttcgatagacggtgtataaaagcaggccacttgaaaccataaccaacaccaaa 574  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41590015 atcttttcgataaacgatatataaaaccaagccacttgaaaccataaccaacaccaaa 41589958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 41571567 - 41571010
Alignment:
Q  17 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaacacttcctcaaacatcaacctaataggatcctcacgttcaacattgttgtga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41571567 atcacaaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaactcttcctcaaacatcaacctattaggatcctcacgttcaacattgttgtta 41571468  T
Q  117 tcaagcgtatcaaacaatgctgaataatgaaaaacagcttccttaaaccttgtcacnnnnnnnggtgcatcataaccaccattaacaatgctatgaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  41571467 tcaagcatatcaaacaatgatgagtaatgaaaaacagcttctttaaaccttgtcacaaaaaaaggtgcatcataacaaccattaacaatgctttgaacaa 41571368  T
Q  217 atatattcggatttgtctttctaatcaaatccaaaacagcacccttcggattctccgaaactactgtctcatccggtagattctcaaacttaaacaaaca 316  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | | || ||||||||  ||||||||||||| |||||  ||||    
T  41571367 atatattcggatttgccttcttaatcaaatccaaaacagcaccccttggattctccggagcaaccgtctcatcaagtagattctcaaatttaaaataaca 41571268  T
Q  317 attcacagcaacaaactcatttttccttatcttaaaatcttcaactctgatactttcccaattttttgcaataccattgtactcaaaaggaacattgaaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  41571267 attcacagcaacaaactcatttttccttatcttaaaatcctcaactttgatactttcccaatttttcgcaataccattgaactcaaaaggaacaccgaaa 41571168  T
Q  417 cgtttgcaataacttgcaagcctaagaccagtttctttcactctctccaatgaatttggaagatctatccctgtgatcctcaatttgggttgcccaccag 516  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  41571167 cgttcgcaataagctgcaagcctaagacctgttccattcactctctccaacaaatttggaagatctatccctgtgatcttcaacttgggtggcccaccag 41571068  T
Q  517 atcttttcgatagacggtgtataaaagcaggccacttgaaaccataaccaacaccaaa 574  Q
    |||||||||||| |||  | || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41571067 atcttttcgataaacgaagcattaaaccaggccacttgaaaccgtaaccaacaccaaa 41571010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 85
Target Start/End: Original strand, 23916129 - 23916192
Alignment:
Q  22 aaccttcacaagctataacattcattatatccttcccccaaaacacttcctcaaacatcaacct 85  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||    
T  23916129 aaccttcacaggctataatattcattacttccctcccccagaactctttctcaaacatcaacct 23916192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 391 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 23905013 - 23904977
Alignment:
Q  391 cattgtactcaaaaggaacattgaaacgtttgcaata 427  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  23905013 cattgtactcgaaaggaacattgaaacgcttgcaata 23904977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University