View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6978_low_46 (Length: 275)

Name: NF6978_low_46
Description: NF6978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6978_low_46
NF6978_low_46
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (17-259)||(35743045-35743287)
chr8 (17-259)||(10686453-10686695)
chr8 (17-259)||(18867859-18868101)
chr8 (10-259)||(26299029-26299278)
chr8 (17-185)||(28892997-28893165)
chr8 (35-185)||(16755040-16755190)
chr8 (17-185)||(4815006-4815174)
chr8 (17-185)||(28330128-28330296)
chr8 (35-185)||(25682563-25682713)
chr8 (35-199)||(15946914-15947078)
chr8 (35-203)||(21039682-21039849)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (17-259)||(31399181-31399423)
chr5 (17-259)||(33789012-33789254)
chr5 (17-259)||(43594777-43595019)
chr5 (17-259)||(43627571-43627813)
chr5 (17-259)||(27447479-27447721)
chr5 (17-259)||(37558791-37559033)
chr5 (17-259)||(24557773-24558015)
chr5 (17-259)||(24598805-24599047)
chr5 (17-259)||(28835958-28836199)
chr5 (176-259)||(28805070-28805153)
chr5 (17-185)||(25447720-25447889)
chr5 (32-69)||(29103928-29103965)
chr5 (32-69)||(29267741-29267778)
chr5 (141-249)||(31301980-31302088)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (17-259)||(9226590-9226832)
chr4 (17-259)||(18858232-18858474)
chr4 (17-259)||(16626182-16626424)
chr4 (17-259)||(5145564-5145806)
chr4 (35-185)||(4567590-4567740)
chr4 (17-185)||(15314549-15314718)
chr4 (37-137)||(16634744-16634844)
chr4 (35-203)||(47564964-47565132)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (17-259)||(16498-16740)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (17-259)||(16882583-16882825)
chr7 (17-259)||(24263512-24263754)
chr7 (17-259)||(18411313-18411555)
chr7 (17-259)||(21986576-21986818)
chr7 (17-259)||(9187334-9187576)
chr7 (17-158)||(21643794-21643935)
chr7 (109-259)||(24272181-24272331)
chr7 (153-259)||(21642343-21642449)
chr7 (17-185)||(3322568-3322736)
chr7 (17-185)||(7072284-7072452)
chr7 (17-185)||(25407647-25407815)
chr7 (17-203)||(44012293-44012478)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (17-259)||(33333265-33333507)
chr6 (17-259)||(14739761-14740003)
chr6 (25-259)||(24433517-24433751)
chr6 (17-185)||(35203843-35204011)
chr6 (35-185)||(13880990-13881140)
chr6 (35-185)||(25943920-25944070)
chr6 (37-203)||(17692617-17692783)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (17-259)||(8514750-8514992)
chr3 (17-259)||(32477996-32478238)
chr3 (17-259)||(1308527-1308769)
chr3 (18-259)||(2674410-2674651)
chr3 (49-259)||(22170529-22170739)
chr3 (17-259)||(3325727-3325969)
chr3 (152-259)||(18144952-18145059)
chr3 (17-185)||(6305544-6305712)
chr3 (35-185)||(10096586-10096736)
chr3 (35-185)||(10203472-10203622)
chr3 (17-185)||(16459697-16459865)
chr3 (35-185)||(10610553-10610703)
chr3 (17-185)||(10899242-10899410)
chr3 (17-185)||(54190741-54190909)
chr3 (18-185)||(22623759-22623926)
chr3 (35-185)||(29911733-29911883)
chr3 (35-185)||(47880668-47880818)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (17-259)||(19346934-19347176)
chr2 (17-259)||(25393542-25393784)
chr2 (75-236)||(39485468-39485629)
chr2 (173-259)||(31058614-31058700)
chr2 (27-259)||(31133776-31134008)
chr2 (184-259)||(39485393-39485468)
chr2 (35-185)||(45569641-45569791)
chr2 (17-181)||(2738438-2738602)
chr2 (17-185)||(39684480-39684648)
chr2 (17-185)||(20052541-20052708)
chr2 (35-185)||(17934335-17934485)
chr2 (17-185)||(22715014-22715182)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (17-259)||(164-406)
scaffold0006 (17-259)||(8320-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-259)||(41395907-41396137)
chr1 (144-259)||(19369001-19369116)
chr1 (17-185)||(9523961-9524129)
chr1 (35-185)||(2397035-2397185)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (17-220)||(34705-34908)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (17-185)||(924-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (17-185)||(18559-18727)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 35743287 - 35743045
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743287 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 35743188  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35743187 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 35743088  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743087 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 35743045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 10686453 - 10686695
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686453 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 10686552  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10686553 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 10686652  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686653 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 10686695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 18867859 - 18868101
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18867859 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaatgttttcggagctttggcatatgcgca 18867958  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18867959 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18868058  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18868059 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 18868101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 10 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 26299278 - 26299029
Alignment:
Q  10 agatggacatcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcat 109  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299278 agatggccatcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcat 26299179  T
Q  110 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattgga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26299178 atgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgga 26299079  T
Q  210 atctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26299078 atctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 26299029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 28892997 - 28893165
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  28892997 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 28893096  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  28893097 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 28893165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16755190 - 16755040
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  16755190 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 16755091  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  16755090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 16755040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4815174 - 4815006
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||| |||||||  | | ||| ||    
T  4815174 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcagagctttaacgtttgccca 4815075  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  4815074 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 4815006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 28330128 - 28330296
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  28330128 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 28330227  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  28330228 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctaaaggtgtgaa 28330296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 25682563 - 25682713
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  25682563 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 25682662  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  ||| |||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  25682663 tgatgctaaagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 25682713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 199
Target Start/End: Original strand, 15946914 - 15947078
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| || | | || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| | | |||| || ||||| ||    
T  15946914 tcaagacacctatggatgtttggagtgggagactgccagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgcacgtgtcaaacatgacaaact 15947013  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgt 199  Q
    |||  |||||| | |||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||    
T  15947014 tgatgctagagttgtgaagtgtgtttttattggttatcttgaaggtgtgaaaggttacaagttgt 15947078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 203
Target Start/End: Original strand, 21039682 - 21039849
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||| ||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  21039682 tcaagacacctatggaggtttgtagtgggagaccggtagactactctaacttgaatgttttcagagctttagcatttgctcatgtcagacaagacaa-ct 21039780  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaa 203  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||    
T  21039781 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaa 21039849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 31399181 - 31399423
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399181 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcgaattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 31399280  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399281 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 31399380  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399381 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 31399423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33789254 - 33789012
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789254 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33789155  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33789154 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtggaaattggaatctagt 33789055  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789054 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 33789012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43595019 - 43594777
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595019 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43594920  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43594919 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43594820  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594819 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 43594777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43627813 - 43627571
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627813 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 43627714  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43627713 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 43627614  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627613 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 43627571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 27447721 - 27447479
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447721 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 27447622  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27447621 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 27447522  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447521 ggaggatcaagagccttgataagtagggatgttacctttgatg 27447479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 37558791 - 37559033
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37558791 catcaacggggatagacttcaagacacttatggaggtatggagtgggaaaccggtggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 37558890  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37558891 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 37558990  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37558991 ggaggatcaagagtcgtgataagtagggatgttacctttgatg 37559033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 24557773 - 24558015
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24557773 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24557872  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24557873 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24557972  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  24557973 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttgatg 24558015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 24598805 - 24599047
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24598805 catcaacgggaataaacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggcagattactcatcattgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 24598904  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24598905 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 24599004  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  24599005 ggaggatcaaaagtcttgattagcagggacgttacctttgatg 24599047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 28836199 - 28835958
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  28836199 catcaacatgaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaaccggtagattactcatctttgatggttttcggagctttg-catatgcgta 28836101  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28836100 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgagaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 28836001  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28836000 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 28835958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 176 - 259
Target Start/End: Original strand, 28805070 - 28805153
Alignment:
Q  176 aaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805070 aaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattgaaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 28805153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 25447720 - 25447889
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  25447720 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctca 25447819  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcc-ggaaggtgtgaa 185  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| | ||||||||||    
T  25447820 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaaggtgtgaa 25447889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 32 - 69
Target Start/End: Original strand, 29103928 - 29103965
Alignment:
Q  32 acttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccg 69  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29103928 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccg 29103965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 32 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 29267778 - 29267741
Alignment:
Q  32 acttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccg 69  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29267778 acttcaagagacctatggaggtatgaagtgggaaaccg 29267741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 31302088 - 31301980
Alignment:
Q  141 tagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagt 240  Q
    ||||||| |||||||||||||  | |||||||  || ||| || | || |||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||  ||||| | ||||||    
T  31302088 tagagctgtgaaatgtgtcttactgggttatctagagggtctgcatggttacaagatgtggaagtgggaatctggtggagtatcgggagtcattataagt 31301989  T
Q  241 agggatgtt 249  Q
    |||||||||    
T  31301988 agggatgtt 31301980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 9226590 - 9226832
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226590 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 9226689  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9226690 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 9226789  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226790 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 9226832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18858474 - 18858232
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858474 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 18858375  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18858374 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18858275  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858274 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 18858232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 16626182 - 16626424
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  16626182 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttctgagctttgacatatgcgca 16626281  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  16626282 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtatcttcattggttatccggaaggtctgaagggttacgagttgtggaaattggaatctagt 16626381  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16626382 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 16626424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 5145806 - 5145564
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5145806 catcaacgacaatagacttcaagacacctatggaagtatggaatgggaaaccggcagactactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 5145707  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5145706 tatcaagaaagacaagcttgagactagagctttgaaatgtgtctttattcgttatccagaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 5145607  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  5145606 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatattacctttgatg 5145564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 4567590 - 4567740
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || |||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |||  || ||||| ||    
T  4567590 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcagacaggacaaact 4567689  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  4567690 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 4567740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 15314549 - 15314718
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggc-ggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgc 115  Q
    ||||||| || |||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||  ||| |||||    ||||| |||||||||||||| || | | | |    
T  15314549 catcaaccgggatagatctcaagacacctatggatgtttggagtgggagaccggtaggactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgttttctc 15314648  T
Q  116 atatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    || ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | |||||  ||||||| |||||||||||    
T  15314649 atgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgagttatcctgaaggtgtgaa 15314718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 137
Target Start/End: Original strand, 16634744 - 16634844
Alignment:
Q  37 aagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttg 136  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | |||||   |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |||| || ||||| ||||    
T  16634744 aagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcaaactactctaatttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcaaacaggacaaacttg 16634843  T
Q  137 a 137  Q
    |    
T  16634844 a 16634844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 203
Target Start/End: Original strand, 47564964 - 47565132
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||   |  || ||||| ||    
T  47564964 tcaagacacctatggacgtttggagtgggagaccgacagactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgctcatgctagacaggacaaact 47565063  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaa 203  Q
    |||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||    
T  47565064 tgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaa 47565132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 16498 - 16740
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16498 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16597  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16598 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 16697  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16698 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 16740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 16882825 - 16882583
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882825 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 16882726  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882725 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 16882626  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16882625 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatg 16882583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 24263512 - 24263754
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263512 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 24263611  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24263612 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 24263711  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263712 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 24263754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18411555 - 18411313
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  18411555 catcaactgggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggtttttggagctttgacatatgcgca 18411456  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18411455 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcatttgttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 18411356  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18411355 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 18411313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 21986818 - 21986576
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  21986818 catcaacggcaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaatcggcagactactcatctttgaaggttttcgaagctttggcatatgcaca 21986719  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21986718 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 21986619  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986618 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 21986576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 9187334 - 9187576
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187334 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcaaactactcatctttgaaggtttttggagctttggcatatgcgca 9187433  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187434 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagctgtggaaattggaatctagt 9187533  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9187534 ggaggatcaaaagtcttgattagtatggatgttacctttgatg 9187576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 21643935 - 21643794
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643935 catcaacgggtatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggctgattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 21643836  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643835 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgt 21643794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 109 - 259
Target Start/End: Original strand, 24272181 - 24272331
Alignment:
Q  109 tatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattgg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24272181 tatgcgcatatcaagcaagacaagattgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattgg 24272280  T
Q  209 aatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24272281 aatctagttgaggattaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 24272331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 153 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 21642449 - 21642343
Alignment:
Q  153 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacc 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  21642449 atgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctattggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacc 21642350  T
Q  253 tttgatg 259  Q
    || ||||    
T  21642349 ttcgatg 21642343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 3322736 - 3322568
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  3322736 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 3322637  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    ||||| ||||||||| |||||  |||||||  |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  3322636 tatcaggcaagacaaacttgatgctagagcggtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 3322568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 7072284 - 7072452
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||    
T  7072284 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcatttgccca 7072383  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  7072384 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 7072452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 25407647 - 25407815
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  25407647 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagacgggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctca 25407746  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  25407747 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 25407815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 44012478 - 44012293
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || ||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||    
T  44012478 catcaacagggatagatttgaagacacttatagaggtttggagtgggagaccggcagactactctaatttgaaagtttt-ggagctttagcatttgctca 44012380  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaa 203  Q
    | |||  || ||||| |||||  |||||| | |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||    
T  44012379 tgtcagacaggacaaacttgatgctagagttgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaaactgtggaa 44012293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 33333265 - 33333507
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333265 catcaacgggaatagacttcaagatacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 33333364  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333365 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatcaggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 33333464  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333465 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 33333507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 14739761 - 14740003
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739761 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 14739860  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14739861 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 14739960  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14739961 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 14740003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 25 - 259
Target Start/End: Original strand, 24433517 - 24433751
Alignment:
Q  25 ggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagc 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||   |||||| |||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  24433517 ggaatagacttcaagacgcctattgaaaaatggagcgggaaaccagcaatttactcatctttgaaggttttcggagttttgacatatgcgcatatcaatc 24433616  T
Q  125 aagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatc 224  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  24433617 aatacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatctggaaggtgtgaagggttacaagttgtgtaaatttgaatctagtggaggatc 24433716  T
Q  225 aagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24433717 aaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 24433751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 35204011 - 35203843
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  35204011 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 35203912  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  35203911 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 35203843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 13880990 - 13881140
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  13880990 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 13881089  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  13881090 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 13881140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 25943920 - 25944070
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| | |  | |||||| ||    
T  25943920 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtgagactagacaaact 25944019  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  25944020 tgatgctagagctgtgaaatgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 25944070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17692783 - 17692617
Alignment:
Q  37 aagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttg 136  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||| ||||| || | ||| ||| |||  |||||||| ||||    
T  17692783 aagacacatatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggggctttagcgtttgctcatgtcagacaagacaaacttg 17692684  T
Q  137 agcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaa 203  Q
    |   ||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||    
T  17692683 atgttagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaaaggttacaggttgtggaa 17692617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8514992 - 8514750
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514992 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8514893  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514892 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 8514793  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8514792 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatg 8514750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 32478238 - 32477996
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478238 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 32478139  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478138 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 32478039  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32478038 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatg 32477996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 1308769 - 1308527
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308769 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcttctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 1308670  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1308669 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 1308570  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1308569 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 1308527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 259
Target Start/End: Original strand, 2674410 - 2674651
Alignment:
Q  18 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 117  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674410 atcaacgagaataaacttctagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 2674509  T
Q  118 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2674510 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggataagagttgtggaaattggaatctagtg 2674609  T
Q  218 gaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2674610 gaagatcaagagtcttgataagtagggatgttaccttcgatg 2674651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 49 - 259
Target Start/End: Original strand, 22170529 - 22170739
Alignment:
Q  49 gaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170529 gaggtatggagtgggaaaccggcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctt 22170628  T
Q  149 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgt 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170629 tgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgt 22170728  T
Q  249 tacctttgatg 259  Q
    |||||||||||    
T  22170729 tacctttgatg 22170739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Original strand, 3325727 - 3325969
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325727 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaactagaagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 3325826  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  3325827 tatcaagcaagacatgcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtgaaaattggaatctagt 3325926  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3325927 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 3325969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 152 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 18145059 - 18144952
Alignment:
Q  152 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttac 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  18145059 aatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggtggaggatcaaatgtcttgataagtagggacgttac 18144960  T
Q  252 ctttgatg 259  Q
    ||||||||    
T  18144959 ctttgatg 18144952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 6305544 - 6305712
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  6305544 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 6305643  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  6305644 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 6305712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10096736 - 10096586
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10096736 tcaagacacctatggaggtttggagtgggacaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10096637  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10096636 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10096586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10203622 - 10203472
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  10203622 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatgtcaggcaagacaaact 10203523  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10203522 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10203472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 16459697 - 16459865
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||||||    
T  16459697 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgcgca 16459796  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  16459797 tgtcatgcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 16459865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 10610703 - 10610553
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  10610703 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcatgtcagacaagacaaact 10610604  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10610603 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10610553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 10899242 - 10899410
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    || || |||||| ||||||| |||| ||| ||    
T  10899242 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttaaaagttttcagagctttagcatttgctca 10899341  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10899342 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 10899410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 54190741 - 54190909
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    || || |||||||||||||| || | ||| ||    
T  54190741 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttaaaagttttcggagctttagcgtttgctca 54190840  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  54190841 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 54190909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22623926 - 22623759
Alignment:
Q  18 atcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcat 117  Q
    |||||| || |||||  |||| |||||||||||| | |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| |||    
T  22623926 atcaacagggatagatctcaaaacacctatggagttttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgctcat 22623827  T
Q  118 atcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
     ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  22623826 gtcaggcaagacaaacttgatgctagagctatgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 22623759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 29911883 - 29911733
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    |||||  | ||||||||||| || | ||| ||| ||| ||||||||| ||    
T  29911883 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaaatcttcggagctttagcgtttgctcatgtcaggcaagacaaact 29911784  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  29911783 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 29911733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 47880818 - 47880668
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| |||| |||  || |||  || ||||| ||    
T  47880818 tcaagacacctatgtaggtttggagtgggagaccggcagactactctaatttgaaagtttttggagctttagcatttgcttatgtcagacaggacaaact 47880719  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| || ||||| |||||||||||    
T  47880718 tgattctagagctgtgaagtgtattttcatgggatatcctgaaggtgtgaa 47880668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 19347176 - 19346934
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347176 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 19347077  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19347076 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatataagttgtgaaaattggaatctagt 19346977  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346976 ggaagatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 19346934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 25393784 - 25393542
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  25393784 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcagattactcatctttgaaggtttacggagctttggcatatgcaca 25393685  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25393684 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 25393585  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25393584 ggaggatcaagagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 25393542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 75 - 236
Target Start/End: Original strand, 39485468 - 39485629
Alignment:
Q  75 ttactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 174  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485468 ttactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccg 39485567  T
Q  175 gaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgat 236  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39485568 gaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaaaagtcttgat 39485629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 31058700 - 31058614
Alignment:
Q  173 cggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  31058700 cggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagtggagggtcaaaagtcttgattagtaggtatgttacctttgatg 31058614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 259
Target Start/End: Original strand, 31133776 - 31134008
Alignment:
Q  27 aatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaa 126  Q
    ||||||||| |||||||| ||  ||| || |||||||||  |||  || |||||  |||||||| ||||||  ||||| || |||  |||||||||| ||    
T  31133776 aatagactttaagacaccaataaaggcatagagtgggaagtcggaagactactcaactttgaagattttcgaggctttagcgtatctgcatatcaagtaa 31133875  T
Q  127 gacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaa 226  Q
    |||||||||||  || ||| | |||||||| |||||||||||||||| ||  ||||| |  | |||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  31133876 gacaagcttgatgctggagttgtgaaatgtttcttcattggttatccagagcgtgtgcacagttacaagttgtggaaattggaatctatatgaggatcaa 31133975  T
Q  227 gagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||   ||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  31133976 gagcgatgataagcaaggacgttacttttgatg 31134008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 184 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 39485468 - 39485393
Alignment:
Q  184 aagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  39485468 aagggttacaagttgtggaaattggaatctagtgaaggatcaaaaatcttgattagtagagatgttacctttgatg 39485393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 45569641 - 45569791
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||||||| ||||||||| ||    
T  45569641 tcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgcccatatcaggcaagacaaact 45569740  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  45569741 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 45569791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 181
Target Start/End: Original strand, 2738438 - 2738602
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  2738438 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagatcggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 2738537  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtg 181  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||    
T  2738538 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtg 2738602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 39684480 - 39684648
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  39684480 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtggaagaccggaagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 39684579  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  39684580 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 39684648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20052708 - 20052541
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||| ||||||| || | ||| ||    
T  20052708 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttc-gagctttagcgtttgctca 20052610  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  20052609 tgtcagacaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 20052541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Original strand, 17934335 - 17934485
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| || ||||||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| ||    
T  17934335 tcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcatttgcccatgtcagacaagacaaact 17934434  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||  | |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  17934435 tgatgctagatatgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 17934485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22715182 - 22715014
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | | | ||    
T  22715182 catcaacagggatagatctcaacacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgttttctca 22715083  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | |||  |||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||  |||||||||||    
T  22715082 tgtcattcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcttgaaggtgtgaa 22715014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 406 - 164
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  406 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 307  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  306 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 207  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  206 ggaggatcaaaagtcttgattagtagggatgttacctttgatg 164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8562 - 8320
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8562 catcaacaggaatagacttcaagacacctatggaagtatggagtgggaaagcggcagattactcatctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 8463  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8462 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctagt 8363  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
    |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  8362 ggaggatcaaaagtcttaattagtagggatgttacctttgatg 8320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 41396137 - 41395907
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396137 catcaacggggatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaacccgcagattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 41396038  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||             | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41396037 tatcaagcaagacaagct------------gtggaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattggaatctagt 41395950  T
Q  217 ggaggatcaagagtcttgataagtagggatgttacctttgatg 259  Q
     ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  41395949 tgaggatcaagagtcttagttagtagggatgttacctttgatg 41395907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 144 - 259
Target Start/End: Original strand, 19369001 - 19369116
Alignment:
Q  144 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagtggaggatcaagagtcttgataagtagg 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  19369001 agctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaaggggtacaagttgtggaaattagaatctagtggaggatcaaaagtcttgattagtagg 19369100  T
Q  244 gatgttacctttgatg 259  Q
    ||||||||||||||||    
T  19369101 gatgttacctttgatg 19369116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 9523961 - 9524129
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||    ||||| || ||||||||||| || | ||| ||    
T  9523961 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggcagactactctaacttgaaagtcttcggagctttagcgtttgccca 9524060  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | ||| ||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  9524061 tgtcaggcaagacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 9524129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 2397185 - 2397035
Alignment:
Q  35 tcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgcatatcaagcaagacaagct 134  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |  || |||||    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| ||||| ||    
T  2397185 tcaaaacacctatggaggtttggagtgggagaccagtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcatttgctcatgtcaagcaggacaaact 2397086  T
Q  135 tgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    |||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| ||| |||||||    
T  2397085 tgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaaagtgtgaa 2397035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 34908 - 34705
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||    |   ||||| ||| |||||||| ||  || |||||||||||||||    
T  34908 catcaacgggaataaacttcaggatacctatggaagtatggagtgggaaactaatgttctactcatctatgaaggttctctaagatttggcatatgcgca 34809  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggatacaagttgtggaaattggaatctagt 216  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  34808 tatcaagcaagacaagcttaaggctagagctgtgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaagggttacaagttgtggaaattggaatctggt 34709  T
Q  217 ggag 220  Q
    ||||    
T  34708 ggag 34705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 1092 - 924
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || |||||    ||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  1092 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggagaccggtagactactctaacttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 993  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | | | ||||||||| |||||  |||||||| | |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  992 tgttaggcaagacaaacttgatgctagagctgtaaaatgtattttcatgggttatcctgaaggtgtgaa 924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 185
Target Start/End: Original strand, 18559 - 18727
Alignment:
Q  17 catcaacgggaatagacttcaagacacctatggaggtatggagtgggaaaccggcggattactcctctttgaaggttttcggagctttggcatatgcgca 116  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  | |||||   |||||| |||||||||||||| || | ||| ||    
T  18559 catcaacagggatagatctcaagacacctatggaggtttggagtgggaggccggcaaactactctaatttgaaagttttcggagctttagcgtttgccca 18658  T
Q  117 tatcaagcaagacaagcttgagcctagagctttgaaatgtgtcttcattggttatccggaaggtgtgaa 185  Q
    | | |  || ||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||| |||||||| |||| ||||||    
T  18659 tgttagacaggacaaacttgatgctagagctgtgaagtgtattttcatgggttatcctgaagctgtgaa 18727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University