View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6978_low_5 (Length: 751)

Name: NF6978_low_5
Description: NF6978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6978_low_5
NF6978_low_5
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (11-751)||(19753-20493)


Alignment Details
Target: scaffold0041 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 751
Target Start/End: Original strand, 19753 - 20493
Alignment:
Q  11 gacatcactgaagtccccttccacaggtaatccaaactatagggattcccttgcattcgttttgggaaaaaagttgcataatggttcaggtgtaggccat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19753 gacatcactgaagtccccttccacaggtaatccaaactatagggattcccttgcattcgttttgggaaaaaagttgcataatggttcaggtgtaggccat 19852  T
Q  111 ccccctgggtttgaaaatgtagctgtctctagaaatcgccaactacaaactgagaggtccaattatgattctagctcccctggagctgcagctaatacag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19853 ccccctgggtttgaaaatgtagctgtctctagaaatcgccaactacaaactgagaggtccaattatgattctagctcccctggagctgcagctaatacag 19952  T
Q  211 tcagttcagttaacactaagaaataccacagcttgccggacatttcaggatactccattccccacagagctggatatgtgtctgataagaatgcaccgtg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19953 tcagttcagttaacactaagaaataccacagcttgccggacatttcaggatactccattccccacagagctggctatgtgtctgataagaatgcaccgtg 20052  T
Q  311 ggatggttctgttggatatggttcttttgctggcaggatgggttatgaaccatctatgtattcaaattctggatcaagagctggaggagctcatttggcc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20053 ggatggttctgttggatatggttcttttgctggcaggatgggttatgaaccatctatgtattcaaattctggatcaagagctggaggagctcatttggcc 20152  T
Q  411 tttgatgaagtctctccatacagagaggcactctcttcgcagtttagttctggttttgacactggatccctctggtctagacagccttttgagcagtttg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20153 tttgatgaagtctctccatacagagaggcactctcttcgcagtttagttctggttttgacactggatccctctggtctagacagccttttgagcagtttg 20252  T
Q  511 gcgttgctggtaaaattcataatgttgcaatggaaggtgcgggaagcaggcctaatgcaattgttcaagaaattacatttgaggatatagaggggaaact 610  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20253 gtgttgctggtaaaattcataatgttgcaatggaaggtgcgggaagcaggcctaatgcaattgttcaagaaattacatttgaggatatagaggggaaact 20352  T
Q  611 tcttcagtctgttagacttaccattatgaagctcttaaaactagagggatctgattggttgtttaaacagaatgatggaattgatgaggatctgattgat 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20353 tcttcagtctgttagacttaccattatgaagctcttaaaactagagggatctgattggttgtttaaacagaatgatggaattgatgaggatctgattgat 20452  T
Q  711 catgtagcagcaagggagaagtttgtttatgaaattgaagc 751  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20453 cgtgtagcagcaagggataagtttgtttatgaaattgaagc 20493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University