View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6983_high_2 (Length: 640)
Name: NF6983_high_2
Description: NF6983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6983_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 1211798 - 1211179
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaacattacatgcaaacctctatattttacaagcaatggcgtggttgcaaacacattatagcaaaatttaattttattggattaaaagataatctt |
117 |
Q |
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| T |
1211798 |
aattcaacattacatgcaaacctctatattttacaagcaatggcgtggttgcaaacacattatagcaaaatttaattttattggattaaaagataatctt |
1211699 |
T |
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| Q |
118 |
tagtggaggctccgagtactttaaatttccctatttttcatagcttgaactgctactaaatattaaaaacttgaaaaactctaatcatgttttcttttta |
217 |
Q |
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| T |
1211698 |
tagtggcggctccgagtactttaaatttccctatttttcatagcttgaaccgctcctaaatattaaaaacaagaaaaactctaatcatgttttcttttta |
1211599 |
T |
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| Q |
218 |
tatgatagacattaggggccaccttaatgagggtgaaggaaatacaaaaatggggtttgaattatttcaactattttaaacttttgcatgaatcaagtta |
317 |
Q |
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| T |
1211598 |
tatgatagacattaggggccaccttaatgaaggtgaaggaaatacaaaaatggggtttgaattatttcgactattttaaacttttgcatgaatcaagtta |
1211499 |
T |
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| Q |
318 |
tgaaatattctttgttgaaatctttcttaatag-gtttttccataacacatgattatttcttttttaacaaatcattcacctatattgaaaataaacatt |
416 |
Q |
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| T |
1211498 |
tgaaatattctttgttgaaatctttcttaatagattttttccataacacatgattatttcttttttaacaaatcattcacctatattgaaaataaacatt |
1211399 |
T |
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| Q |
417 |
ttagagttaaaacacaaataactttgtgcatctaaataaaatagagaggaagtgaaaggaaacca----cacagtatttttatactagttaacaacatgt |
512 |
Q |
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| T |
1211398 |
ttagagttaaaacacaaataactttgtgcatctaaataaaatagagagaaagtgaaaggaaaccaaccccacagtatttttatactagttaacaacatgt |
1211299 |
T |
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| Q |
513 |
tcctaacttagtctgaatctaccttgccttctcaaagctcctaacatgttcttgtgagatgttgtgtgtttaccatatcttcaaatgaccatttaaacaa |
612 |
Q |
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| T |
1211298 |
tcctaacttagtctgaatctaccttgccttctcaaagctcctaacatgttcttgtgagatgttgtgtgtttaacgtatcttcaaatgaccatttaaacaa |
1211199 |
T |
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| Q |
613 |
aatgatttttgccaccacca |
632 |
Q |
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| T |
1211198 |
aatgatttttgccaccacca |
1211179 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 18895047 - 18894429
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaacattacatgcaaacctctatattttacaagcaatggcgtggttgcaaacacattatagcaaaatttaattttattggattaaaagataatctt |
117 |
Q |
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| T |
18895047 |
aattcaacattacatgcaa-cctctatattttacaagcaatggcgtggttgcaaacacattatagcaaaatttaattttattggattaaaagataatctt |
18894949 |
T |
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| Q |
118 |
tagtggaggctccgagtactttaaatttccctatttttcatagcttgaactgctactaaatattaaaaacttgaaaaactctaatcatgttttcttttta |
217 |
Q |
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| T |
18894948 |
tagtggcggctccgagtactttaagtttccctatttttcatagcttgaaccgctactaaatattaaaaacaagaaaaactctaatcatgttttcttttta |
18894849 |
T |
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| Q |
218 |
tatgatagacattaggggccaccttaatgagggtgaaggaaatacaaaaatggggtttgaattatttcaactattttaaacttttgcatgaatcaagtta |
317 |
Q |
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| T |
18894848 |
tatgatagacattaggggccaccttaatgaaggtgaaggaaatacaaaaatggggtttgaattatttcgactattttaaacttttgcatgaatcaagtta |
18894749 |
T |
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| Q |
318 |
tgaaatattctttgttgaaatctttcttaatag-gtttttccataacacatgattatttcttttttaacaaatcattcacctatattgaaaataaacatt |
416 |
Q |
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| T |
18894748 |
tgaaatattctttgttgaaatctttcttaatagattttttccataacacatgattatttcttttttaacaaatcattcacctatattgaaaataaacatt |
18894649 |
T |
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| Q |
417 |
ttagagttaaaacacaaataactttgtgcatctaaataaaatagagaggaagtgaaaggaaacca----cacagtatttttatactagttaacaacatgt |
512 |
Q |
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| T |
18894648 |
ttagagttaaaacacaaataactttgtgcatctaaataaaatagagagaaagtgaaaggaaaccaaccccacagtatttttatactagttaacaacatgt |
18894549 |
T |
|
| Q |
513 |
tcctaacttagtctgaatctaccttgccttctcaaagctcctaacatgttcttgtgagatgttgtgtgtttaccatatcttcaaatgaccatttaaacaa |
612 |
Q |
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| T |
18894548 |
tcctaacttagtctgaatctaccttgccttctcaaacctcctaacatgttcttgtgagatgttgtgtgtttaacgtatcttcaaatgaccatttaaacaa |
18894449 |
T |
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| Q |
613 |
aatgatttttgccaccacca |
632 |
Q |
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| T |
18894448 |
aatgatttttgccaccacca |
18894429 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 11201664 - 11201572
Alignment:
| Q |
18 |
aattcaacattacatgcaaacctctatattttacaagcaatggcgtggttgcaaacacattatagcaaaatttaattttattggattaaaagat |
111 |
Q |
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| T |
11201664 |
aattcaacattacatgcaa-cctctatattttacaagcaatggcttggttgcaaacacattatagcaaaatttaattttattggattaaaagat |
11201572 |
T |
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