View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6984_low_1 (Length: 470)

Name: NF6984_low_1
Description: NF6984
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6984_low_1
NF6984_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-452)||(8524452-8524881)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-452)||(25521199-25521633)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (29-452)||(42125003-42125426)
chr5 (18-452)||(42130226-42130651)
chr5 (149-444)||(34230999-34231288)
chr5 (85-382)||(42118489-42118780)
chr5 (276-444)||(34239042-34239204)
chr5 (155-452)||(41711963-41712256)
chr5 (93-377)||(41570262-41570546)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-452)||(11119842-11120200)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (155-450)||(12249956-12250245)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 8524452 - 8524881
Alignment:
Q  20 agaggtaagatgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaactt 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||| |  |||  |||||   ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  8524452 agaggtaaggtgtgttaggttagaaaaagacattg---gaatttccccatggaattgacaatttgacagatccaagattctaagagaagtgttgcaactt 8524548  T
Q  120 aattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatc 219  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8524549 aattctggaagttggccttgaagttcatcattaaatgacatatctagttcttgaatacctggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttccgcttaatc 8524648  T
Q  220 ctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaa 319  Q
     |||   | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8524649 ttgtctctgcaagattaagagtgaccaaagaggaagattggttgaatagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtatcatccaaaaa 8524748  T
Q  320 caactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgt 419  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  8524749 caactccctcaagtttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtgctctctttccaaactaaattgtattgataagacccagagagatgaagtgattgt 8524848  T
Q  420 aatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524849 aatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 8524881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 25521633 - 25521199
Alignment:
Q  18 agagaggtaagatgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaac 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||  ||||    ||| ||  || ||||||||||||||||| || |    
T  25521633 agagaggtaagatatgtaaggttagaaaaagacatagtaggaatttccccttcgaatccacaagctgacaaatccaatattctaagagaagtgctacagc 25521534  T
Q  118 ttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaa 217  Q
    | ||||| | |||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||    
T  25521533 tcaattccggaagttggccttgaagttcatcattaaatgacatatctatttcttgaatacttggtaaacaaagaatgctccttttgaattttcctcttaa 25521434  T
Q  218 tcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaa 317  Q
    ||||||  ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| |||||||    
T  25521433 tcctgttgatttaagatttagagtaaccaaagaggaagattggttgaaaagcaaagcaatggagtttggtcttatagaagacatatttgtataatccaaa 25521334  T
Q  318 aacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgatt 417  Q
    |||||||||   || |||||||  ||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||   |||  | ||| |||||| |||||||||||||    
T  25521333 aacaactcctgtaaatttgttgcattttgcaaaagcctctttaagatggtctctttccaaactaaaacataaccaaaatacccagaaagatgaagtgatt 25521234  T
Q  418 gtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 452  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25521233 gtaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaatt 25521199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 29 - 452
Target Start/End: Original strand, 42125003 - 42125426
Alignment:
Q  29 atgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaa 128  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||   ||||| ||||||| ||||| |||    | | || ||| |||||||||||||| || ||||| |||||||      
T  42125003 atgtgtgaggttagaaaaagacaaag---gaatttcccctttgaatgagcaacgtgaaaaatctaatattctaagagaagtactacaactcaattctggt 42125099  T
Q  129 agttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatc 228  Q
    ||||| |||| |||     ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||     
T  42125100 agttgtccttcaaggttgtgattatatgacatatctaactcttgaatacttggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccagttaatcctgttgatt 42125199  T
Q  229 caaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccct 328  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  42125200 taagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaagagcaaagcaatggagtttggtcttattgaagacatatttgtattatccaaaaacagctccct 42125299  T
Q  329 caagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataa---taatgcccagatagatgaagtgattgtaatttg 425  Q
    ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||     ||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  42125300 caaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttccaaactaactgatcataaccggtatatccagagagatgaagtgattgtaatttg 42125399  T
Q  426 caaaggtgtgagatttgagttggaatt 452  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||    
T  42125400 gaaaggtgtgagatttgaattggaatt 42125426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 452
Target Start/End: Original strand, 42130226 - 42130651
Alignment:
Q  18 agagaggtaagatgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaac 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||| ||||||  |||| |||     ||| || || |||||||||||||||||| ||||    
T  42130226 agagaggtaagatgtgtgaggttagaaaaatacatag---gaatttccccttcgaatgcacatcctgacaaatctatgattctaagagaagtgctacaac 42130322  T
Q  118 ttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaa 217  Q
    | ||||||| |||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  42130323 tcaattctggaagttggccttgaagttcatcattatatgacatatctagctcttgaatacttgctaaacaaataaggcttcttttcagttttccgcttaa 42130422  T
Q  218 tcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaa 317  Q
    || |||  |   ||| |||||||| || |||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    ||||||    
T  42130423 tcttgtgtaatgaagattaagagtgactaaagataaagattggttgaggagcaaagcaatggagtttggtcttattgaagacatatctgtggagtccaaa 42130522  T
Q  318 aacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgatt 417  Q
    |||| ||| |  || | |||||  |||||||  || ||||||||||| ||||||||||||| |||   || |||||  |   |||| |||||||||||||    
T  42130523 aacagctctcgtaaatctgttgcattttgcaacagcctcttcaaggtagtctctttccaaattaa---gtcataatttt---cagagagatgaagtgatt 42130616  T
Q  418 gtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 452  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  42130617 gtaatttggataggtgagagatttgagttggaatt 42130651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 149 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 34231288 - 34230999
Alignment:
Q  149 attatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaa 248  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||   |||   || ||| ||||||||||||| |    
T  34231288 attatatgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaagattgtctctctaagattaagagtaaccaga 34231189  T
Q  249 gaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgca 348  Q
    ||| ||||| | ||||| |||||    ||||||||||||||||   ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||| ||||||||    
T  34231188 gagaaagatcgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgca 34231089  T
Q  349 caagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgag 444  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||      || || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  34231088 caagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaactt------atcattcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgag 34230999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 85 - 382
Target Start/End: Original strand, 42118489 - 42118780
Alignment:
Q  85 acagatttaagattctaagagaagt------gctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatact 178  Q
    |||||| ||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||| | |||| |||| || | ||   ||| ||||||||||||| ||||  || ||    
T  42118489 acagatctaagattctaagagaagtagtattgctgcaactcaattctggatgttggccttcaaattca---ttaaatgacatatctagctcttccatgct 42118585  T
Q  179 tggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatg 278  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  42118586 tggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccacttaatcctgtctctgcaagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaa------------- 42118672  T
Q  279 gagtttggtcttaatgaagac----aaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttc 374  Q
    ||||||||||||| |||||||    | || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  42118673 gagtttggtcttattgaagacatatatatttgtattatccaaaaacatctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttc 42118772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 276 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 34239204 - 34239042
Alignment:
Q  276 atggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttcc 375  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34239204 atggagttatgtcttaaagaagacatatctgaataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctctttaaggtggtctctttcc 34239105  T
Q  376 aaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgag 444  Q
    ||||||      | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  34239104 aaacta------actcataatgcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtatgagatttgag 34239042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 155 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 41712256 - 41711963
Alignment:
Q  155 tgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaa 254  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| | |  |||| || ||||| ||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||| ||||    
T  41712256 tgacatatctagttcttgaatgcctggtaagcagagaatgttatttttaaggtttccgcttaatcctgtatctgcaagattaagagtcaccaaagtggaa 41712157  T
Q  255 gattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaa--gtttgttgtgttttgcacaag 352  Q
    || || ||||| |||||| | |||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||| |  |  || ||   || |||| |||||||| |||    
T  41712156 gaatgattgaagagcaaatccatggagtttggttttattgaagacatatctgtgtcatccaaaaatagtttgcttaaatattagttgcgttttgcataag 41712057  T
Q  353 tctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 452  Q
     || || |||||||| |||||||||||||      | | ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  41712056 cctatttaaggtggtttctttccaaacta------attcataattctgagagagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatt 41711963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 41570546 - 41570262
Alignment:
Q  93 aagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaa 192  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||| |||||| |||| |||   |  ||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  41570546 aagattctaagagaagtgctacagctcaaatctggaagttgaccttcaaggttatcattctttgacatatctagctcttgaatatttggtaaacaaagaa 41570447  T
Q  193 ggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaa 292  Q
     | |  |||||   ||||| |||||||||||   |  |||  ||||| ||| ||||||||||||||  ||||| | | ||   |   |||||||  | |     
T  41570446 tgttatttttccaatttccacttaatcctgttctttgaagactaagactaatcaaagaggaagatttattgaagatcgaattcaacaagtttgggttgat 41570347  T
Q  293 tgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaa 377  Q
    ||||| || |||||| | ||||||| | |||||   |||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  41570346 tgaagtcatatctgtttcatccaaatataactcttgcaaaattgttgcgttttgcacaagtctcttcaaagtggtttctttccaa 41570262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 85 - 452
Target Start/End: Original strand, 11119842 - 11120200
Alignment:
Q  85 acagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaa 184  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||| ||      ||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11119842 acagatctaagattctaagagaaatgctgcaactcaattctggaagttggccttcaaagttgggattatccgacatatatagctcttgaatacttggtaa 11119941  T
Q  185 acaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagttt 284  Q
    |||||||| | |  ||||||  || || |||||| | ||   |  |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  11119942 acaaagaaagttatttttcaagttcccacttaattcagttgctttaagactaagtataaccaaagaggaagattggttgaagagcaaaggaaaggagttt 11120041  T
Q  285 ggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaat 384  Q
    ||||||| |||||||| ||  ||  ||| |||||||| |||    || | |||||  |||||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||       
T  11120042 ggtcttattgaagacatattagttctatacaaaaacagctcttgtaaatctgttgcattttgcagcagtctgttcaaggtgatctctttcaaaacta--- 11120138  T
Q  385 tgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 452  Q
          | | || |||||| |||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  11120139 ------actcattcccagagagataaagggattgtaatttggaaagatatgagatttgagttggaatt 11120200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 450
Target Start/End: Original strand, 12249956 - 12250245
Alignment:
Q  155 tgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttc-agttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagagga 253  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  | |||||| |||||| ||||  ||  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  12249956 tgacatgtctagctcttgaatacttggcaaacaaaga-gcattcttttttaattttccacttaattctgttgatttaagattaagagtaaccaaatagga 12250054  T
Q  254 agattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagt 353  Q
    |||||  ||||| || |||   ||||||||| |||||| ||||||||  | ||| | ||  ||||| | ||||||||| |||||||  ||||||||||      
T  12250055 agatttattgaagagaaaatttatggagtttagtcttattgaagacatgtttgtttgatttaaaaatagctccctcaaatttgttgcattttgcacaaac 12250154  T
Q  354 ctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaa 450  Q
    |||||||| ||||| ||   ||||| |||||       | ||| | | || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12250155 ctcttcaacgtggtttccccccaaattaaatc------aaaattctcggagagatgaagtgattctaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaa 12250245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University