View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7002_high_1 (Length: 749)

Name: NF7002_high_1
Description: NF7002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7002_high_1
NF7002_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-738)||(30702202-30702920)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 30702920 - 30702202
Alignment:
Q  20 attcgtcacctaaaatattgaattgaaacaggaaaatgatacattagatttgagttattttaccttagtattgtttgaccaaattaaatagcactatggt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702920 attcgtcacctaaaatattgaattgaaacagcaaaatgatacattagatttgagttattttaccttagtatagtttgaccaaattaaatagcactatggt 30702821  T
Q  120 agcatacttgtgactattgaggannnnnnngtgcactctttaccatatatttgataatgtcacaactatttgaagtttgacacaatagtgtaacaatggt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702820 agcatacttgtgactattgaggacttttttgtgcactctttaccatatatttgataatgtcacaacaatttgaagtttgacacaatagtgtaacaatggt 30702721  T
Q  220 atcaactaagacctcataaattaaataacaaacaacataatttaactcatgtatgatcaattaattttaacaaaaatcatgagattggtggtacctgcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702720 atcaactaagacctcataaattaaataacaaacaacataatttaactcatgcatgatcaattaattttaacaaaaatcatgagattggtggtacctgcaa 30702621  T
Q  320 tatagtatgactgtgagtgctgctgaatatttgggatgacaacttctgtcctcaaactatcaagatcttgtaaataatttgaacaatatgtattataaat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702620 tatagtatgactgtgagtgctgctgaatatttgggatgacaacttctgtcctcaaactatcaagatcttgtaaataatttgaacaatatgtattataaat 30702521  T
Q  420 ggtagtagaatcaacaataccattcttatgatttccatgatgaagatgatgataatctacagcattatgatcaggtgtttctgctctaactttcccttga 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702520 ggtagtagaatcaacaataccattcttatgatttccatgatgaagatgatgataatctacagcattatgatcaggtgtttctgctctaactttcccttga 30702421  T
Q  520 ggttgcacttgcaccaattggttttggtgatctctaaacatcttaagttcatcaaataatcttttatactcattgtaaacttttgtatactctccataag 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702420 ggttgcacttgcaccaattggttttgatgatctctaaacatcttaagttcatcaaataatcttttatactcattgtaaacttttgtatactctccataag 30702321  T
Q  620 aaccatttattggatccttttgcctagaaagtgcttcccatatcaatgaatccacaacttttcttctatctccctcttgagcattccttacaaactttgt 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702320 aaccatttattggatccttttgcctagaaagtgcttcccatatcaatgaatccacaacttttcttctatctccctcttgagcattccttacaaactttgt 30702221  T
Q  720 tatgttgctaacaccaaac 738  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30702220 tatgttgctaacaccaaac 30702202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University