View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7017_low_2 (Length: 667)

Name: NF7017_low_2
Description: NF7017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7017_low_2
NF7017_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-667)||(29006158-29006805)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 29006805 - 29006158
Alignment:
Q  20 catcagagcatttggataatgtgattactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtttgaacaaactggtctaaaatttcaacaatgttaaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29006805 catcaaagcatttggataatgtgattactgatacatatctctttcagctttagtggtcgtgtgtttgaacaatctggtctaaaatttcaacaatgttaaa 29006706  T
Q  120 actcataaggagtattttgcagtcaattgtcattctactcaatttagagattagtgtttgctgctgtgctagagaatatccaatttttgaagaaaaaatt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006705 actcataaggagtattttgcagtcaattgtcattctactcaatttagagattagtgtttgctgctgtgctagagaatatccaatttttgaagaaaaaatt 29006606  T
Q  220 gtttcacctaatgaaatgaacttctccaaatcatttttaatgggtatacatgtaacatataggtaggtttaattgataaatagttgattcatggtcctta 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006605 gtttcacctaatgaaatgaaattctccaaatcatttttaatgggtaaacatgtaacatataggttggtttaattgataaatagttgattcatggtcctta 29006506  T
Q  320 aagggagtaggttcaactcccatccccttcgtcaggactctaaatcttgattcatgccattgctagtttgcttcaacttgttcctattctatagcttcag 419  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006505 aagggagtagattcaactcccatccccttcgtcaggactctaaatcttgattcatgccattgctagtttgcttcaacttgttcctattctatagcttcag 29006406  T
Q  420 gtccacacaacatacttgtgccataacaacgtgtccaagcattttgtgagttgtttccattagtgtttaataagaaaagagacatgtcatttataatggc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006405 gtccacacaacatacttgtgccataacaacgtgtccaagcattttgtgagttgtttccattagtgtttaataagaaaagagacatgtcatttataatggc 29006306  T
Q  520 aaacatgattgagtcttattcttaggtcatctacctagcacattcttcttaatgaatatttagacattattatcaccataaacaacaggtatgtagacaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29006305 aaacatgattgagtcttattcttaggtcatctacctagcacattcttcttaatgaatatttagacattattatcaccataaacaacaggtatgtagacaa 29006206  T
Q  620 ctggtgtcaattaaagctccaactcgcttcttgaccccctgacccttg 667  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29006205 ctggtgtcaattaaagctccaacttgcttcttgaccccctgacccttg 29006158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University