View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7019_high_11 (Length: 388)

Name: NF7019_high_11
Description: NF7019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7019_high_11
NF7019_high_11
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (31-376)||(12596104-12596450)
chr5 (21-379)||(15801346-15801705)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (17-378)||(3313208-3313570)
chr8 (17-379)||(3362578-3362941)
chr8 (17-379)||(3392942-3393305)
chr8 (325-375)||(3263888-3263938)
chr8 (186-275)||(7166128-7166217)
chr8 (208-262)||(3408794-3408848)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (106-241)||(32412458-32412593)
chr3 (106-241)||(6907345-6907480)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 31 - 376
Target Start/End: Original strand, 12596104 - 12596450
Alignment:
Q  31 tcacaacaagagatgtgcgtctacttgatatccttggagttgactttatatatgaagtggagggattgaaagcgcatgagtcccttaagctcttcagttg 130  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  12596104 tcaccacaagagatgtgcgtctacttgacatccttggagttgactttatatatgaagtggagggtttgaatgcgcatgagtcccttaagctcttcagttt 12596203  T
Q  131 gcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtggactaccactggctcttgaagtcctt 230  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  12596204 tcatgcttttagggaggcaaggtcaacaaaagacttcgcaattctctcaagagatgtagttgcctactgcgatggactaccactagctcttgaagtcctt 12596303  T
Q  231 gggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattgttaaagct-nnnnnnntacccaataatcaaatacatgagatactaaaaataa 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||        ||| |||| || |||||||  ||| |||||||||||    
T  12596304 gggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattatcaaagctaaaaaagatactcaatgatgaaatacacaagaaactaaaaataa 12596403  T
Q  330 gtttcgatggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttgat 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12596404 gtttcgaaggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttgat 12596450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 379
Target Start/End: Original strand, 15801346 - 15801705
Alignment:
Q  21 ataataatcatcacaacaagagatgtgcgtctacttgatatccttggagttgactttatatatgaagtggagggattgaaagcgcatgagtcccttaagc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| | ||| || || | || ||    
T  15801346 ataataatcatcacaacaagagatgcacgtctacttgacatccttggagttgattttatttatgaagcggagggattgaatgtgcacgaatctcgtaggc 15801445  T
Q  121 tcttcagttggcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtggactaccactggctct 220  Q
    | ||||  |||||||| |||| |||||| |  ||||   |||  |||   || |||||   |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  15801446 ttttcaactggcatgcgtttaaggaggcgaatccaagtgaagctttcctcatactctccggagatgtagtttcctattgtggtggactaccactagctct 15801545  T
Q  221 tgaagtccttgggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattgttaaagct-nnnnnnntacccaataatcaaatacatgagata 319  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |  |||||        |||||||| |||||||||| |||| |    
T  15801546 tgaagtccttggatcttacttattcaataggagaaaacgagagtggcagagtgtaatatccaagctacaaaagatacccaatgatcaaatacacgagaaa 15801645  T
Q  320 ctaaaaataagtttcgatggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttgatgtc 379  Q
    ||||||||||| || |||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  15801646 ctaaaaataagctttgatggtttagaggatcatatggaaaagaatatatttcttgatgtc 15801705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 378
Target Start/End: Original strand, 3313208 - 3313570
Alignment:
Q  17 aagtataataatcatcacaacaagagatgtgcgtctacttgatatccttggagttgactttatatatgaagtggagggattgaaagcgcatgagtccctt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||  ||||||||||    
T  3313208 aagtataataatcatcacaacaagagatgtacgtctacttgatatccttggagttgactttatatatgaagcggagggattgaattcggttgagtccctt 3313307  T
Q  117 aagctcttcagttggcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtggactaccactgg 216  Q
     |||| ||||||  |||||| ||||||||| |||| |||| | |||  |||  |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  3313308 gagcttttcagtcagcatgcgtttagggagacaagtccaatagaaggtttccttattctttcaagatatgtagttgcctattgtggtggactgccactag 3313407  T
Q  217 ctcttgaagtccttgggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattgttaaagct-nnnnnnntacccaataatcaaatacatga 315  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||        |||| ||| |||||||||||||    
T  3313408 ctcttgaagtccttggatcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattatcaaagctagaaaagatacctaatgatcaaatacatga 3313507  T
Q  316 gatactaaaaataagtttcgatggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttgatgt 378  Q
    || |||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3313508 gaaactaaaaataagctttgacggtttaagggatcatatggaaaaggatatatttcttgatgt 3313570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 379
Target Start/End: Original strand, 3362578 - 3362941
Alignment:
Q  17 aagtataataatcatcacaacaagagatgtgcgtctacttgatatccttggagttgactttatatatgaagtggagggattgaaagcgcatgagtccctt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||| |||||| ||   ||||||||||    
T  3362578 aagtataataatcatcacaaccagagatctgcgtgtacttaatatccttgaagttgattttatctatgaagcagaggaattgaatgctagtgagtccctt 3362677  T
Q  117 aagctcttcagttggcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtggactaccactgg 216  Q
     |||| ||| ||   ||||||||| || |||| |  |||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  3362678 gagcttttctgtaaacatgcttttcggaaggcgattccaacacaagacttccttattctctcaagagatgtagttgcctattgtggtggaataccactag 3362777  T
Q  217 ctcttgaagtccttgggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattgttaaagct-nnnnnnntacccaataatcaaatacatga 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||        |||||||| |||||||||| ||    
T  3362778 ctcttgaagtccttggatcttacttgttcaagaggaaaaaacaagagtggcggagtgtattatcaaagctagaaaagatacccaatgatcaaatacacga 3362877  T
Q  316 gatactaaaaataagtttcgatggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttgatgtc 379  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3362878 gatactaaaaataagctttgatggtttaaaggatcgtatggaaaagaatatatttcttgatgtc 3362941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 3393305 - 3392942
Alignment:
Q  17 aagtataataatcatcacaacaagagatgtgcgtctacttgatatccttggagttgactttatatatgaagtggagggattgaaagcgcatgagtccctt 116  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||  ||||||||||| ||    |||||||||    
T  3393305 aagtgtaataatcatcacaaccagagatctgcgtgtacttaatatccttgaagttgattttatctatgaagcagagggattgaatgctagcgagtccctt 3393206  T
Q  117 aagctcttcagttggcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtggactaccactgg 216  Q
     |||| ||| || | |||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  3393205 gagcttttctgtggacatgcttttaggaaggtaattccaacagaagacttccttattctctcaagatatgtagttgcctattgtggtggaataccactag 3393106  T
Q  217 ctcttgaagtccttgggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattgttaaagc-tnnnnnnntacccaataatcaaatacatga 315  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |       |||||||| |||||||||||||    
T  3393105 ctcttgaagtccttggatcttacttattgaagaggagaaaacaagagtggcagagtgtattatcaaagcttgaaaaaatacccaatgatcaaatacatga 3393006  T
Q  316 gatactaaaaataagtttcgatggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttgatgtc 379  Q
    || ||||||||| || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3393005 gaaactaaaaattagctttaatggtttaagcgatcgtatggaaaaggatatatttcttgatgtc 3392942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 325 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 3263938 - 3263888
Alignment:
Q  325 aataagtttcgatggtttaagggatcgtatggaaaaggatatatttcttga 375  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3263938 aataagttacgatggtttaaaggatggtatggaaaaggatatatttcttga 3263888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 186 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 7166217 - 7166128
Alignment:
Q  186 gtagttgcctactgtggtggactaccactggctcttgaagtccttgggtcttacttgttcaagaggagaaaacaagagtggcagagtgta 275  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| | || |||||||| | |  ||||| ||||||||| ||| | ||||||    
T  7166217 gtagttgcctattgtggaggattaccactggctcttgaagtcatcggttcttacttatacgggaggacaaaacaagaatgggaaagtgta 7166128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 3408848 - 3408794
Alignment:
Q  208 taccactggctcttgaagtccttgggtcttacttgttcaagaggagaaaacaaga 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||| |||||||||    
T  3408848 taccactggctcttgaagtccttggatcctacttatttgagaggacaaaacaaga 3408794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 32412593 - 32412458
Alignment:
Q  106 atgagtcccttaagctcttcagttggcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtgg 205  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||  ||   ||||| | | |||| ||||| |||||||| ||    
T  32412593 atgagtcccttgaacttttcagttggcatgcttttagagaaccaagtccaacaaaatactttactgaactctctagaaatgttgttgcttactgtggagg 32412494  T
Q  206 actaccactggctcttgaagtccttgggtcttactt 241  Q
    | | ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  32412493 attgccacttgctcttgaaatccttggatcttactt 32412458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 106 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 6907480 - 6907345
Alignment:
Q  106 atgagtcccttaagctcttcagttggcatgcttttagggaggcaaggccaacaaaagacttcgctattctctcaaaagatgtagttgcctactgtggtgg 205  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  | ||||  |||| |  | |||||  |  |||||||||| ||||||||   |||||||| ||    
T  6907480 atgagtcccttgagcttttcagttggcatgcttttagaaacgcaactccaagagcaaacttcagtgatctctcaaaaaatgtagttaattactgtggagg 6907381  T
Q  206 actaccactggctcttgaagtccttgggtcttactt 241  Q
    | ||||  ||||| |||||||||| || ||||||||    
T  6907380 attacccttggctgttgaagtcctcggatcttactt 6907345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University