View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7019_low_2 (Length: 753)

Name: NF7019_low_2
Description: NF7019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7019_low_2
NF7019_low_2
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (17-740)||(25922-26645)
scaffold0118 (17-740)||(22967-23690)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (17-740)||(52502745-52503472)
chr1 (88-424)||(36209314-36209652)
chr1 (443-740)||(36209637-36209933)
chr1 (445-734)||(6307742-6308026)
chr1 (82-424)||(6308013-6308353)
chr1 (252-363)||(49350078-49350189)
chr1 (17-59)||(36209270-36209312)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (17-740)||(21058-21785)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (17-740)||(24627394-24628124)
chr5 (174-740)||(10027200-10027766)
chr5 (17-424)||(3691993-3692415)
chr5 (17-424)||(3874372-3874794)
chr5 (28-424)||(30349113-30349522)
chr5 (535-740)||(30343800-30344005)
chr5 (443-740)||(3692400-3692695)
chr5 (443-740)||(3874092-3874387)
chr5 (345-549)||(30344931-30345138)
chr5 (17-154)||(10027036-10027173)
chr5 (443-540)||(30349031-30349128)
chr5 (252-419)||(2078141-2078308)
chr5 (256-382)||(22490538-22490664)
chr5 (20-57)||(25540920-25540957)
chr5 (252-356)||(25499-25603)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (23-740)||(42234057-42234773)
chr7 (17-424)||(21067115-21067533)
chr7 (17-417)||(22845838-22846250)
chr7 (474-737)||(22846252-22846514)
chr7 (445-720)||(7039904-7040178)
chr7 (173-389)||(7039667-7039882)
chr7 (255-400)||(33250651-33250796)
chr7 (82-154)||(7039577-7039649)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (17-740)||(139712-140430)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (17-740)||(317178-317897)
scaffold0002 (28-77)||(319319-319368)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (173-740)||(21111352-21111916)
chr8 (472-593)||(14772990-14773111)
chr8 (660-721)||(14773138-14773199)
chr8 (330-422)||(14772883-14772974)
chr8 (82-148)||(14772550-14772616)
chr8 (105-154)||(21111942-21111990)
chr8 (464-640)||(15218066-15218242)
chr8 (219-363)||(11132515-11132658)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (17-681)||(10249746-10250414)
chr3 (21-682)||(10013052-10013715)
chr3 (17-678)||(10112652-10113307)
chr3 (17-424)||(11370691-11371111)
chr3 (444-740)||(11371097-11371391)
chr3 (472-593)||(15325938-15326059)
chr3 (252-363)||(52136695-52136806)
chr3 (660-721)||(15325850-15325911)
chr3 (330-422)||(15326075-15326166)
chr3 (82-148)||(15326433-15326499)
chr3 (252-336)||(51450370-51450454)
chr3 (276-336)||(37801501-37801561)
[»] scaffold0225 (2 HSPs)
scaffold0225 (173-740)||(11736-12298)
scaffold0225 (17-154)||(12324-12461)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (173-629)||(24266790-24267244)
chr2 (17-424)||(27511417-27511836)
chr2 (17-424)||(24247874-24248293)
chr2 (28-424)||(3644051-3644458)
chr2 (443-740)||(27511821-27512117)
chr2 (521-740)||(24248324-24248543)
chr2 (79-270)||(40488095-40488287)
chr2 (521-740)||(24248901-24249117)
chr2 (624-740)||(24261027-24261141)
chr2 (443-540)||(3644443-3644540)
chr2 (231-345)||(45329239-45329353)
chr2 (252-345)||(8178316-8178409)
chr2 (105-154)||(24267270-24267318)
chr2 (464-566)||(45329438-45329540)
chr2 (476-582)||(8560867-8560973)
chr2 (443-488)||(24248278-24248323)
[»] scaffold0134 (2 HSPs)
scaffold0134 (17-429)||(3421-3833)
scaffold0134 (443-690)||(3126-3373)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (377-740)||(55556532-55556896)
chr4 (21-393)||(55556913-55557285)
chr4 (17-424)||(14145393-14145811)
chr4 (443-721)||(14145129-14145408)
chr4 (465-694)||(27452950-27453180)
chr4 (231-386)||(27452750-27452905)
chr4 (464-587)||(35672247-35672370)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (17-424)||(15335348-15335763)
chr6 (20-417)||(30883363-30883769)
chr6 (17-424)||(18858608-18859027)
chr6 (443-747)||(15335748-15336052)
chr6 (443-740)||(18859012-18859308)
chr6 (474-737)||(30883771-30884034)
chr6 (252-363)||(6079954-6080065)
chr6 (464-589)||(20430352-20430477)
[»] scaffold0003 (4 HSPs)
scaffold0003 (17-424)||(184828-185250)
scaffold0003 (88-424)||(177968-178309)
scaffold0003 (443-740)||(178294-178589)
scaffold0003 (443-740)||(185235-185530)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (173-333)||(189661-189822)
scaffold0017 (29-154)||(189510-189635)
[»] scaffold0073 (4 HSPs)
scaffold0073 (445-720)||(16187-16461)
scaffold0073 (173-389)||(15950-16165)
scaffold0073 (82-154)||(15860-15932)
scaffold0073 (276-336)||(28318-28378)
[»] scaffold0196 (3 HSPs)
scaffold0196 (173-422)||(24956-25205)
scaffold0196 (443-631)||(25192-25380)
scaffold0196 (21-154)||(24797-24940)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (463-566)||(440294-440397)
[»] scaffold0316 (1 HSPs)
scaffold0316 (676-720)||(371-415)
[»] scaffold0279 (1 HSPs)
scaffold0279 (464-640)||(18519-18693)


Alignment Details
Target: scaffold0118 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 26645 - 25922
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26645 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 26546  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26545 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 26446  T
Q  216 cacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 315  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26445 cacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 26346  T
Q  316 atcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26345 atcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 26246  T
Q  416 catatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn-ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaacta 514  Q
    ||||||||||||||              |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26245 catatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaacta 26146  T
Q  515 acttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26145 acttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgt 26046  T
Q  615 atttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaatt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26045 atttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaatt 25946  T
Q  715 caagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||  |||||||||||||||||||||    
T  25945 caa--gtgttcaaattttaattagta 25922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 23690 - 22967
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23690 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 23591  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23590 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 23491  T
Q  216 cacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 315  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23490 cacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 23391  T
Q  316 atcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23390 atcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 23291  T
Q  416 catatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn-ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaacta 514  Q
    ||||||||||||||              |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23290 catatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaacta 23191  T
Q  515 acttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23190 acttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggctgcgatgtatccatccttgctcatttaacattgt 23091  T
Q  615 atttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaatt 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23090 atttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaatt 22991  T
Q  715 caagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||  |||||||||||||||||||||    
T  22990 caa--gtgttcaaattttaattagta 22967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Original strand, 52502745 - 52503472
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52502745 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 52502844  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52502845 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 52502944  T
Q  216 cacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 315  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52502945 cacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 52503044  T
Q  316 atcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52503045 atcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcatcaactatttc 52503144  T
Q  416 catatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn-ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactct--cattaac 512  Q
    ||||||||||||||              |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  52503145 catatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctctcattaac 52503244  T
Q  513 taacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacatt 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52503245 taacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcatcgatgtatccatccttgctcatttaacatt 52503344  T
Q  613 gtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52503345 gtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaa 52503444  T
Q  713 ttcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52503445 ttcaagtgtgttcaaattttaattagta 52503472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 88 - 424
Target Start/End: Original strand, 36209314 - 36209652
Alignment:
Q  88 gaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn--gatgtcttattaa 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||    
T  36209314 gaatattcttccaaacctacctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaaataaagatgtcttattaa 36209413  T
Q  186 actaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctca 285  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||     
T  36209414 actaaaaatttatgggatacaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataacgcctacaccatttctcg 36209513  T
Q  286 atctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaat 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  36209514 atctaacttttccagtttatcaatgcttacatattgaactatctaattcttgcgccttttcacctacccacatagtttcttgttggcacataaaattaat 36209613  T
Q  386 cttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209614 cttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgt 36209652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Original strand, 36209637 - 36209933
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||    
T  36209637 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaacttctttacccatactcgttcacaaag 36209736  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36209737 atgtggagacccttgcatattttttactgcattcaggcaacgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttgagctatacaacacgtttcttcta 36209836  T
Q  643 cgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  36209837 cgcattgatccaatgttcacactattatatactcggtccatgtcatagagatacaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 36209933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 445 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 6308026 - 6307742
Alignment:
Q  445 attttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagat 544  Q
    |||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| |||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||    
T  6308026 atttccatatatgttcaagtaagggtgccttt-ttccatgttcaaaaacatatcctactatcatgaactaacttctttacccacacttgttcacaaagat 6307928  T
Q  545 gtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacg 644  Q
    ||||  |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  6307927 gtggg-acccttgcttattttttacttcattcaggcatcgatgtatccaccttttctcatttaacattgtgcttgagc-atacaacccgtttcttctagg 6307830  T
Q  645 cattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaa 734  Q
    || |  || | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  6307829 cactatcctaatgttcacactattatatacttggtccatgccatagagattcaaagtgtttcaatt-aattcaa--gtgttcaaattttaa 6307742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 82 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 6308353 - 6308013
Alignment:
Q  82 actttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctta 181  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||    
T  6308353 actttagggtattctttcaaacctatccaaggtgagtaaacactaataacattaaagatgtcttatttccttt-caaaaaaataaattaaagatgtctta 6308255  T
Q  182 ttaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcattt 281  Q
    | |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||| | || |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  6308254 tgaaactacaaatttgtgggctacaatccaatctcctgtcctctttacattcaaaatatcttttttccattccttatcctcaataatggctacaccattt 6308155  T
Q  282 ctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaat 381  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||| ||| ||| |||| ||||    
T  6308154 ctcgatctaactattccagtttaccaatgcttaaatactgaactatctaattctttcgcattttcacccacccacttagtttcttgttggcacat-aaat 6308056  T
Q  382 taatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||| |  || ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  6308055 taatcttcctcctactcataacgtcaatcatttccatatatgt 6308013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 363
Target Start/End: Original strand, 49350078 - 49350189
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcaccta 351  Q
    |||||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||  ||||| || ||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  || |    
T  49350078 tccttatccacaatgatgcctaccccatttctcgatctaacttcaccagtataccaaagcttaaatcctgaactatctaattctttcgcctttttcccca 49350177  T
Q  352 cccacatagttt 363  Q
    ||||| ||||||    
T  49350178 cccacttagttt 49350189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 59
Target Start/End: Original strand, 36209270 - 36209312
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatctt 59  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  36209270 agatcccctcctagaaaaatattttcttcctgtggtatatctt 36209312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Original strand, 21058 - 21785
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21058 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 21157  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn---gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21158 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaat 21257  T
Q  214 ctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgctt 313  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21258 ctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgctt 21357  T
Q  314 atatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21358 atatcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatt 21457  T
Q  414 tccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn-ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactct--catta 510  Q
    ||||||||||||||||              |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  21458 tccatatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctctcatta 21557  T
Q  511 actaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaaca 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  21558 actaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcatcgatgtatccatccttgctcatttaaca 21657  T
Q  611 ttgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaatta 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21658 ttgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacttggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaatta 21757  T
Q  711 aattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21758 aattcaa--gtgttcaaattttaattagta 21785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 24628124 - 24627394
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24628124 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 24628025  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24628024 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatct 24627925  T
Q  216 cacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 315  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24627924 cacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 24627825  T
Q  316 atcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24627824 atcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcatcaactatttc 24627725  T
Q  416 catatatgtgat--ctnnnnnnnnnnnnn-ctattttc-atatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctc--att 509  Q
    ||||||||||||  ||              ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  24627724 catatatgtgataactaaaaaaaaaaaaaactaatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctctcatt 24627625  T
Q  510 aactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaac 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  24627624 aactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcatcgatgtatccatccttgctcatttaac 24627525  T
Q  610 attgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaatt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24627524 attgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaatt 24627425  T
Q  710 aaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24627424 aaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 24627394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 174 - 740
Target Start/End: Original strand, 10027200 - 10027766
Alignment:
Q  174 atgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcata 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10027200 atgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatttcacatcctctttacatccacaatatcatttttcaattccttatccacaataatgcata 10027299  T
Q  274 catcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaa 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  10027300 catcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattctttcgccttttcatctacccacatagttttttgctggca 10027399  T
Q  374 cataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn--ctattttcatatatgttcaaataagagta 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||               |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10027400 cataaaattaatcttcattttagtcacagcgtcaactatttccatatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagta 10027499  T
Q  472 cctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccg 571  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  10027500 catttattccatgttctaaaatagatcatactctcatcaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactg 10027599  T
Q  572 cattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatat 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10027600 cattcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgatccagtttcacattattatat 10027699  T
Q  672 acctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10027700 acctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 10027766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 3691993 - 3692415
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3691993 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttgaaatccttccaaaatttaacattagaatattcttccaaaccta 3692092  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 205  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3692093 cctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 3692192  T
Q  206 aatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagt---- 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||        
T  3692193 aatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacactatttctcgatctaacttttccagtttaa 3692292  T
Q  302 ttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcata 401  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3692293 ttatcaatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgccttttcgcctacccacatagtttcttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcata 3692392  T
Q  402 gcgtcaactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3692393 gcgtcaactatttccatatatgt 3692415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 3874794 - 3874372
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3874794 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttgaaatccttccaaaatttaacattagaatattcttccaaaccta 3874695  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 205  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3874694 cctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 3874595  T
Q  206 aatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagt---- 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||        
T  3874594 aatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacactatttctcgatctaacttttccagtttaa 3874495  T
Q  302 ttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcata 401  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3874494 ttatcaatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgccttttcgcctacccacatagtttcttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcata 3874395  T
Q  402 gcgtcaactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3874394 gcgtcaactatttccatatatgt 3874372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 28 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 30349522 - 30349113
Alignment:
Q  28 tagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatggg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  30349522 tagaaaaacattttctccttgtg-tattacttgaattaaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaacctacctaaggtgag 30349424  T
Q  118 taaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30349423 taaacactcataacattaaagatgtcttatttccttaaaaaaaaaaaaataataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 30349324  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttata 316  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  30349323 acatcctctttacatccacaatttcctttttcaattccttatccacagtaatgcctacaccatttctcgatctaacttttccggtttatcaatgcttaga 30349224  T
Q  317 tcttgaactatctaattcttccgccttttca---cctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatt 413  Q
    ||||||||||||||||| ||  | |||||||   |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30349223 tcttgaactatctaattattttgtcttttcacctcctacccacatagtttcttgttggtacataaaattaatcttcattttagtgatagcgtcaactatt 30349124  T
Q  414 tccatatatgt 424  Q
    |||||||||||    
T  30349123 tccatatatgt 30349113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 535 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 30344005 - 30343800
Alignment:
Q  535 ttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgt 634  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30344005 ttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgt 30343906  T
Q  635 ttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaa 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30343905 ttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaa 30343806  T
Q  735 ttagta 740  Q
    ||||||    
T  30343805 ttagta 30343800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Original strand, 3692400 - 3692695
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  3692400 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttgttccatgttctaaaacggatcatgctctcattaactaaattctttacccacactcgttcacaaag 3692499  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  3692500 atgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccattctcgatcatttagcattgtatttaagctatacaacacgtttcttcta 3692599  T
Q  643 cgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  3692600 cgcattgacctagtgtcacactattatatactcggtccatgtcatagagattgaaagtgtttcgattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 3692695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 3874387 - 3874092
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  3874387 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttgttccatgttctaaaacggatcatgctctcattaactaaattctttacccacactcgttcacaaag 3874288  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  3874287 atgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccattctcgatcatttagcattgtatttaagctatacaacacgtttcttcta 3874188  T
Q  643 cgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  3874187 cgcattgacctagtgtcacactattatatactcggtccatgtcatagagattgaaagtgtttcgattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 3874092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 345 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 30345138 - 30344931
Alignment:
Q  345 tcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn-- 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  30345138 tcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaaa 30345039  T
Q  443 -ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaa 541  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30345038 actattttcatatatgttcaaataagagtacctttattctatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaa 30344939  T
Q  542 gatgtgga 549  Q
    ||||||||    
T  30344938 gatgtgga 30344931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 154
Target Start/End: Original strand, 10027036 - 10027173
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10027036 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 10027135  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10027136 ataaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 10027173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 443 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 30349128 - 30349031
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaa 540  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  30349128 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttctttacccacaatcgttcacaa 30349031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 419
Target Start/End: Original strand, 2078141 - 2078308
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcaccta 351  Q
    |||||||||||||  |||| |||  |||||||| |||||||||  ||||| || ||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  || |    
T  2078141 tccttatccacaaagatgcctaccccatttctcgatctaacttcaccagtataccaaagcttaaatcctgaactatctaattctttcgcctttttcccca 2078240  T
Q  352 cccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccata 419  Q
    ||| | |||||| |||  || |||| ||||| |||||| |  ||||||| | ||| |||| |||||||    
T  2078241 cccgcttagtttcttgtaggcacatgaaattgatcttcctcctagtcattgtgtctactacttccata 2078308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 382
Target Start/End: Original strand, 22490538 - 22490664
Alignment:
Q  256 tatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctaccca 355  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||| ||| | || ||| ||||| ||||||||||||||||||  |   ||||||| || |||||    
T  22490538 tatccacaataatgcctaccacatttctcgatctagctttaccaatataccaaagcttaaatcttgaactatctaattagttttccttttcgcccaccca 22490637  T
Q  356 catagttttttgctggaacataaaatt 382  Q
      |||||| |||| |||||||||||||    
T  22490638 attagtttcttgcaggaacataaaatt 22490664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 25540957 - 25540920
Alignment:
Q  20 tcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatc 57  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25540957 tcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatc 25540920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 252 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 25603 - 25499
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcaccta 351  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||| |  |||||||||| || || || ||| ||||| ||| ||||||||| |||| || ||| ||||||||||    
T  25603 tccttatccacaataatgcctaccccatttatggatctaactttacccgtgtaccaaagcttaaatcctgaactatcaaattttttcgctttttcaccta 25504  T
Q  352 cccac 356  Q
    |||||    
T  25503 cccac 25499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 740
Target Start/End: Original strand, 42234057 - 42234773
Alignment:
Q  23 cctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234057 cctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaac 42234156  T
Q  123 actcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234157 actcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcc 42234256  T
Q  223 tctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttga 322  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234257 tctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttga 42234356  T
Q  323 actatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatat 422  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234357 actatccaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatat 42234456  T
Q  423 gtgatctnnnnnnnnnnnnn-ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgat 521  Q
    |||||||              |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234457 gtgatctaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttttaaaacagatcatactctcattaactaacttgat 42234556  T
Q  522 tacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgag 621  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42234557 tacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttagtttttactgcattcaggctgcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttgag 42234656  T
Q  622 ctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 721  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  42234657 ctatacaacgtgtttcttctacgcattgatccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--gt 42234754  T
Q  722 gttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||||||||||||    
T  42234755 gttcaaattttaattagta 42234773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 21067533 - 21067115
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21067533 agatcccctcctagaaaaacattttcttcttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaaccta 21067434  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 205  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21067433 cctaagatgagtgaacactcctaacattaaagatgtcttatttccttttaaaaaataaataaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 21067334  T
Q  206 aatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  21067333 aatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatactttttcaattctttatccacaataatgcctacaccatttctcgatctaacttttacagtttat 21067234  T
Q  306 caatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgt 405  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  21067233 caatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgcattttcatctacacacatagttttttgttggcagataaagttaatcttcattttagtcacaacgt 21067134  T
Q  406 caactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  21067133 caactatttccatatatgt 21067115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 17 - 417
Target Start/End: Original strand, 22845838 - 22846250
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22845838 agatcccctcctagaaaaatattttctccttctggtatatcttgaattaaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaaccta 22845937  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn--gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggata 204  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22845938 cctaaggtgcgtaaacactcataacatcaaagatgtcttatttccttttaaaaaaataaaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggata 22846037  T
Q  205 caatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagttta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22846038 caatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacaccatttctcgatctaacttttccaattta 22846137  T
Q  305 tcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcg 404  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||     
T  22846138 tcaatgcttagatcttgaactatctaattcttttgtcttttcacctacccacatagtttcttgttggcacataaaattaattttcattttagtgatagca 22846237  T
Q  405 tcaactatttcca 417  Q
    |||||| ||||||    
T  22846238 tcaactgtttcca 22846250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 474 - 737
Target Start/End: Original strand, 22846252 - 22846514
Alignment:
Q  474 tttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgca 573  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  22846252 tttattccatgttctaaaacgggtcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgca 22846351  T
Q  574 ttcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagt-ttcacactattatata 672  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22846352 ttcaggcagtgatatatccatccttgctcatttaacattgtatgtgagctatacaatgtgtttcttctacgcattgacccagtgttcacactattatata 22846451  T
Q  673 cctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaatta 737  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  22846452 ctcggtccatgtcatagagattcaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaatta 22846514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 445 - 720
Target Start/End: Original strand, 7039904 - 7040178
Alignment:
Q  445 attttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagat 544  Q
    |||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| |||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||    
T  7039904 attttcatatatgttcaagtaagggtgccttt-ttccatgttcaaaaacatatcctactatcatgaactaacttctttacccacacttgttcacaaagat 7040002  T
Q  545 gtggatacccttgcttatttttt-accgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctac 643  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  7040003 gtggg-acccttgcttatttttttacttcattcaggcatcggtgtatccaccttttctcatttaacattgtacttgagctatacaacccgtttcttctag 7040101  T
Q  644 gcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtg 720  Q
    ||| |  || | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7040102 gcactatcctaatgttcacactattatatacttggtccatgccatagagattcaaagtgtttcaatt-aattcaagtg 7040178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 389
Target Start/End: Original strand, 7039667 - 7039882
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||| | || |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||  |    
T  7039667 gatgtcttatgaaactacaaatttgtgggctacaatccaatctcctgtcctctttacattcaaaatatcttttttccattccttatcctcaataatggct 7039766  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctgga 372  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||| ||| |||     
T  7039767 acaccatttctcgatctaactattccagtttaccaatgcttaaatactgaactatctaattctttcgcattttcacccacccacttagtttcttgttggc 7039866  T
Q  373 acataaaattaatcttc 389  Q
    |||| ||||||||||||    
T  7039867 acat-aaattaatcttc 7039882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 255 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 33250796 - 33250651
Alignment:
Q  255 ttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctaccc 354  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| || ||| ||||| ||||||| |||| | ||||||   |||||||||| ||||    
T  33250796 ttatccacaataatgcatacaacatttctcgatctaactttctcagtgtaccaaagcttaaatcttgacctatatgattctttttccttttcacccaccc 33250697  T
Q  355 acatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcat 400  Q
    |  ||||||  ||  || |||||||||||||| || ||||||||||    
T  33250696 atttagtttcatgtaggcacataaaattaatcatccttttagtcat 33250651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 154
Target Start/End: Original strand, 7039577 - 7039649
Alignment:
Q  82 actttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| | ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7039577 actttagggtattctttcaaacctatccaatgtgagtaaacactaataacattaaagatgtcttatttccttt 7039649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 140430 - 139712
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  140430 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 140331  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  140330 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 140231  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttcc-aattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 315  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  140230 acatcct--ttacatccacaatatcctttttttaattccttatccacaataatgcctacacaatttctcgatctaacttttccagtttatcaatgcttaa 140133  T
Q  316 atcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 415  Q
    || || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  140132 attttaaactatctaattcttttgccttttcacctacctacatagttttttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 140033  T
Q  416 catatatgtgatctnnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaa 515  Q
    ||||||||||||||             |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  140032 catatatgtgatctaaaaaaaaaaa--ctatttccatatatgttcaagtaagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaa 139935  T
Q  516 cttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgta 615  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  139934 cttctttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcaacgatgtatccatccttgctcatttaacattgta 139835  T
Q  616 tttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattc 715  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  139834 attgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacacttttatatactcggtccatgtcatagtgatttaaagtgtttcaattaaattc 139735  T
Q  716 aagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||   |||| |||||||||||||||    
T  139734 aa--atgtttaaattttaattagta 139712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 317897 - 317178
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  317897 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaatccacctaagatgg 317798  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317797 ataaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 317698  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttcc-aattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttat 315  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  317697 acatcct--ttacatccacaatatcctttttttaattccttatccacaataatgcctacacaatttctcgatctaacttttccagtttatcaatgcttaa 317600  T
Q  316 atcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 415  Q
    || || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317599 attttaaactatctaattcttttgccttttcacctacctacatagttttttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttc 317500  T
Q  416 catatatgtgatctnnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaa 515  Q
    ||||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317499 catatatgtgatctaaaaaaaaaaaa-ctatttccatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaa 317401  T
Q  516 cttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgta 615  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  317400 cttctttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcaacgatgtatccatccttgctcatttaacattgta 317301  T
Q  616 tttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattc 715  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  317300 attgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacacttttatatactcggtccatgtcatagtgatttaaagtgtttcaattaaattc 317201  T
Q  716 aagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||   |||| |||||||||||||||    
T  317200 aa--atgtttaaattttaattagta 317178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 319368 - 319319
Alignment:
Q  28 tagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat 77  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  319368 tagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttcaaat 319319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 173 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 21111916 - 21111352
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21111916 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcat 21111817  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctgga 372  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21111816 acatcatttctcgatctaacttttcaagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggc 21111717  T
Q  373 acataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  21111716 acataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctcaaaaaaaaaa--ctatttccatatatattcaaataagagtac 21111619  T
Q  473 ctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgctt-attttttaccg 571  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |    
T  21111618 ctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgtttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgctttattttttactg 21111519  T
Q  572 cattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatat 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21111518 cattcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattattt 21111419  T
Q  672 acctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21111418 acttggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 21111352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 472 - 593
Target Start/End: Original strand, 14772990 - 14773111
Alignment:
Q  472 cctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccg 571  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |    
T  14772990 cctttatttcatgttctaaaacaggtcctactctcatgaactaacttctttacccacactcgttcacaaagatttggagacccttgcttattttttactg 14773089  T
Q  572 cattcaggcagcgatgtatcca 593  Q
    ||| || || | ||||||||||    
T  14773090 catccaagcggggatgtatcca 14773111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 660 - 721
Target Start/End: Original strand, 14773138 - 14773199
Alignment:
Q  660 acactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 721  Q
    ||||||||||||||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14773138 acactattatatactcggtccatatcgtagagattcaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 14773199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 422
Target Start/End: Original strand, 14772883 - 14772974
Alignment:
Q  330 aattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatat 422  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||||| ||||    
T  14772883 aattctttcgccttt-cacctacccacttagtttcttgttggcacataaaattaatcttcctcttagtcacaacgtcaacaatttccacatat 14772974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 148
Target Start/End: Original strand, 14772550 - 14772616
Alignment:
Q  82 actttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatt 148  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  14772550 actttagaatattattctaaccctacctaaaatgcgtaaacactaataacattaatgatgtcttatt 14772616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21111990 - 21111942
Alignment:
Q  105 tacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21111990 tacccaagatgggtaaacactcataacattaaa-atgtcttatttccttt 21111942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 464 - 640
Target Start/End: Original strand, 15218066 - 15218242
Alignment:
Q  464 taagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatt 563  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||| |||  |||||| |||  ||| || |||||||||  |||||||||||||    
T  15218066 taagagtacctatattccaagttccaaaacgaatcctactctcatgaactagcttctttacccgcacctgttcacgaagatgtgggaacccttgcttatt 15218165  T
Q  564 ttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttc 640  Q
    ||| ||  ||| ||||| || ||| | |   |||| ||||||| ||| |||| | |||||||||| |||||| ||||    
T  15218166 tttcactacatccaggcggcaatgcagcggcccttgctcatttgacactgtactcgagctatacagcgcgttgcttc 15218242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 219 - 363
Target Start/End: Original strand, 11132515 - 11132658
Alignment:
Q  219 atcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatc 318  Q
    ||||| ||||| | || ||||||||| | | | |||||||| |||||||| | ||||||||| |||  ||||| ||||| ||| || ||   |||| |||    
T  11132515 atcctttttacattcaaaatatccttcttccactccttatcaacaataattcctacatcattcctcggtctaatttttcaagtgtaccataacttaaatc 11132614  T
Q  319 ttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttt 363  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||    
T  11132615 ttgaactatctaattcttttg-cttttcacccacccacttagttt 11132658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 681
Target Start/End: Original strand, 10249746 - 10250414
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10249746 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaatccacctaagatgg 10249845  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10249846 ataaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaataaaaaataaa-gatgtcttattaaacttaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 10249944  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttata 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10249945 acatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcccacatcatttctcgatctaacttttccagtttatcaatgcttata 10250044  T
Q  317 tcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttcc 416  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10250045 tcttgaactatctaattctttcgtcttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttcc 10250144  T
Q  417 atatatgtgatct-----nnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaa 511  Q
    |||||||||||||                  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10250145 atatatgtgatctcaaaaaaaaaaaaaaaaactattttcatatatgttcaagtaagagtacctttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaa 10250244  T
Q  512 ctaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacat 611  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| | |||||| ||||||||||||    
T  10250245 ctaacttctttacccacactcgttcacaaagatgaggagaccattgcttaatttttactgcattcaggcggtgatgtaccgatccttgctcatttaacat 10250344  T
Q  612 tgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtcca 681  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10250345 tgtatttgagctatacaacgtgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacttggtcca 10250414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 682
Target Start/End: Original strand, 10013052 - 10013715
Alignment:
Q  21 cccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaa 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  10013052 cccctcctagaaaaatattttctccttgtagtatatcttgaatttaacctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaatccacctaagatggataa 10013151  T
Q  121 acactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10013152 acactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaataaaaaataaa-gatgtcttattaaacttaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacat 10013250  T
Q  221 cctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatctt 320  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10013251 cctctttacatccacaatatcctttttcaattctttatccacaataatgcctacatcatttgtcgatctaacttttccagtttattaatgcttatatctt 10013350  T
Q  321 gaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatat 420  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10013351 gaactatctaattctttcgtcttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatat 10013450  T
Q  421 atgtgatct---nnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaact 517  Q
    |||||||||                |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10013451 atgtgatctcaaaaaaaaaaaaaaactattttcatatatgttcaagtaagagtacctttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaact 10013550  T
Q  518 tgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatt 617  Q
    |  ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  10013551 tctttacccacactcgttcacaaagatatggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtacccatccttgctcatttaactttgtatt 10013650  T
Q  618 tgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccat 682  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  10013651 tgagctatacaacatgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacttagtccat 10013715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 678
Target Start/End: Original strand, 10112652 - 10113307
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10112652 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaacctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaatccacctaagatgg 10112751  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  10112752 ataaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaataaaaaataaa-gatgtcttattaaacttaaaatttgtaggatacaatcaaatctc 10112850  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttata 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           
T  10112851 acatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacatcatttctcgatctaacttttccagtttatcaat------- 10112943  T
Q  317 tcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttcc 416  Q
      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10112944 --ttgaactatctaattctttcgtcttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttcc 10113041  T
Q  417 atatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn----ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaac 512  Q
    |||||||||||||                 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  10113042 atatatgtgatctcaaaaaaaaaaaaaaaactattttcatatatgttcaagtaagagtacctttattccatgttctaaaacggattatactctcattaac 10113141  T
Q  513 taacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacatt 612  Q
    ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  10113142 taacttctttacccacactcgttcacaaagatgtggagactcttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtacccatccttgctcatttaacttt 10113241  T
Q  613 gtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggt 678  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10113242 gtatttgagctatacaacgtgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacttggt 10113307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 11370691 - 11371111
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||          |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  11370691 agatcccctcctataaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaaccttttaaatccttccaaaatttaacattagaatatttttccaaaccta 11370790  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn---gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggat 203  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||                     ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11370791 cctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttgtttccttttaaaaaaataaaataaataaagatgtcttactaaactaaaaatttgtgggat 11370890  T
Q  204 acaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagttt 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11370891 acaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattctttatccacaataatgcctacactatttctcgatctaacttttccagttt 11370990  T
Q  304 atcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagc 403  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11370991 atcaatgcttaaaccttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagtttcttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcatagc 11371090  T
Q  404 gtcaactatttccatatatgt 424  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  11371091 gtcaattatttccatatatgt 11371111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 444 - 740
Target Start/End: Original strand, 11371097 - 11371391
Alignment:
Q  444 tattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaaga 543  Q
    ||||| ||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | |||||    
T  11371097 tatttccatatatgttcaagtaggggtgcctttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaacttatgtacccacactcgttcataaaga 11371196  T
Q  544 tgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctac 643  Q
    |||||| |||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11371197 tgtggaaacccttgcatattttttattgtattcaggcagcgatgtatccatccttgatcatttaacattgtatttgagctatacaacacgtttcttctac 11371296  T
Q  644 gcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  11371297 gcattgacccagtgtcacactattatatactcggtccatgtcatagagattgaaagtgtttctattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 11371391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 472 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 15326059 - 15325938
Alignment:
Q  472 cctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccg 571  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |    
T  15326059 cctttatttcatgttctaaaacaggtcctactctcatgaactaacttctttacccacactcgttcacaaagatttggagacccttgcttattttttactg 15325960  T
Q  572 cattcaggcagcgatgtatcca 593  Q
    ||| || || | ||||||||||    
T  15325959 catccaagcggggatgtatcca 15325938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 52136806 - 52136695
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcaccta 351  Q
    |||||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||| ||||  || |    
T  52136806 tccttatccacaatgatgcctaccccatttctcgatctaacttttctagtttaccaaagcttaaatccttaactatctaattctttcgctttttttccca 52136707  T
Q  352 cccacatagttt 363  Q
    ||||| ||||||    
T  52136706 cccacttagttt 52136695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 660 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 15325911 - 15325850
Alignment:
Q  660 acactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 721  Q
    ||||||||||||||  ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15325911 acactattatatactcggtccatatcgtagagattcaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 15325850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 15326166 - 15326075
Alignment:
Q  330 aattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatat 422  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||||| ||||    
T  15326166 aattctttcgccttt-cacctacccacttagtttcttgttggcacataaaattaatcttcctcttagtcacaacgtcaacaatttccacatat 15326075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 15326499 - 15326433
Alignment:
Q  82 actttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatt 148  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  15326499 actttagaatattattctaaccctacctaaaatgcgtaaacactaataacattaatgatgtcttatt 15326433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 252 - 336
Target Start/End: Original strand, 51450370 - 51450454
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattctt 336  Q
    |||||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||  ||||| || ||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  51450370 tccttatccacaatgatgcctaccccatttctcgatctaacttcaccagtataccaaagcttaaatcctgaactatctaattctt 51450454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 276 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37801561 - 37801501
Alignment:
Q  276 tcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattctt 336  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  37801561 tcatttctcaatctaactttgttagtgtatcaattcttaaaccttgaactatctaattctt 37801501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 173 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 12298 - 11736
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  12298 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcct 12199  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctgga 372  Q
    |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||     
T  12198 acacaatttctcgatctaacttttccagtttatcaatgctttaattttaaactatctaattcttttgccttttcacctacctacatagttttttgttggc 12099  T
Q  373 acataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||             ||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  12098 acataaaattaatcttcattttagtcattgcgtcaactatttccatatatgtgatctaaaaaaaaaa---ctatttcaatatatgttcaagtaagagtac 12002  T
Q  473 ctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgc 572  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||    
T  12001 ctttattccatgttctaaaatggatcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgcttatttattactgc 11902  T
Q  573 attcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatata 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901 attcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtaattgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatata 11802  T
Q  673 cctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  11801 ctcggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--atgttcaaattttaattagta 11736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 12461 - 12324
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12461 agattccctcctagaaaaacatattctccttgtggtatatcttgaatttagcctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 12362  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12361 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 12324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 173 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 24267244 - 24266790
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24267244 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcat 24267145  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctgga 372  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24267144 acatcatttctcgatctaacttttcaagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggc 24267045  T
Q  373 acataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnnctattttcatatatgttcaaataagagtac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24267044 acataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatct--caaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtac 24266947  T
Q  473 ctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgc 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  24266946 ctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgtttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgc 24266847  T
Q  573 attcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaa 629  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24266846 attcaggcagcgatgtatccatctttgctcatttaacattgtatttgagatatacaa 24266790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 27511417 - 27511836
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27511417 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaaccta 27511516  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn--gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggata 204  Q
    |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27511517 cctaaagtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttttaaaaaaaataaaaaataaagatgacttattaaactaaaaatttgtgggata 27511616  T
Q  205 caatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagttta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  27511617 caatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacaccatttctcgatctaacttttccagatta 27511716  T
Q  305 tcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcg 404  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  27511717 tcaatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacattgtttcttgttgggacataaaattaattttcattttagtcatagcc 27511816  T
Q  405 tcaactatttccatatatgt 424  Q
      ||||||||||||||||||    
T  27511817 gtaactatttccatatatgt 27511836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 24247874 - 24248293
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24247874 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaaccaa 24247973  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn--gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggata 204  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||                    |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24247974 cctaaggtgagtaaacactcataacattaaaaatgtcttatttcctttaaaataaataaataaataaagatgtcttattaaaataaaaatttgtgggata 24248073  T
Q  205 caatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagttta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  24248074 caatcaaatctcacatcctctttacatccactgtatcctttttcaataccttatccacaatagtgcctacaccatttctcgatctaactttttcagttta 24248173  T
Q  305 tcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcg 404  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24248174 tcaatgcttaaatcttgaactatctaattctttcaccttttcacctacccacatagttttttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcg 24248273  T
Q  405 tcaactatttccatatatgt 424  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  24248274 ttaactatttccatatatgt 24248293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 28 - 424
Target Start/End: Original strand, 3644051 - 3644458
Alignment:
Q  28 tagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatggg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  3644051 tagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaacctacctaaggtgag 3644150  T
Q  118 taaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3644151 taaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 3644250  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttata 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  3644251 acatcctctttacatccacaatatcatttttcaattccttatccacaataatgcctacaccatttctcgatctaacttttccggtttatcaatgcttaga 3644350  T
Q  317 tcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttcc 416  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  3644351 tcttgaactatctaattatttcgtcttttcacctacccatatagtttcttgttggtacataaaattaatcttcattttagtgatagcgtcaactattttc 3644450  T
Q  417 atatatgt 424  Q
    ||||||||    
T  3644451 atatatgt 3644458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Original strand, 27511821 - 27512117
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  27511821 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaag 27511920  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  27511921 atgtggagatccttgtttattttttactgcattcagacagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatctgagctatacaacacatttcttcta 27512020  T
Q  643 cgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27512021 cgcattgacccattgtttacactattatatactcagtccatgtcatagagattcaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 27512117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 521 - 740
Target Start/End: Original strand, 24248324 - 24248543
Alignment:
Q  521 ttacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatttttt-accgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttg 619  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24248324 ttacccacactcgttcacaaagatgtggagatccttgcttatttttttactgcattcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttg 24248423  T
Q  620 agctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaag 718  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||     
T  24248424 agctatacaacgtgtttcttctacgcattgacccaatgttcacactattatacactcggtccatgtcatagagattcaaagtatatcaattaaattcaa- 24248522  T
Q  719 tgtgttcaaattttaattagta 740  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  24248523 -gtgttcaaattttaattagta 24248543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 79 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 40488287 - 40488095
Alignment:
Q  79 ttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgt 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||                   |||||    
T  40488287 ttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccattaaaaaaaataaaaaataaagatgt 40488188  T
Q  178 cttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgc 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40488187 cttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgc 40488095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 521 - 740
Target Start/End: Original strand, 24248901 - 24249117
Alignment:
Q  521 ttacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatttttt-accgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttg 619  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24248901 ttacccacactcgttcacaaagatgtcgagacccttgcttatttttttactgcattccggcagagatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttg 24249000  T
Q  620 agctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaag 718  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||   ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||||||||||     
T  24249001 agctatacaacgcatttcgtctacgcattgacccaatgttcacactattatatattcggtccatg---tagagattcaaagtatttcaattaaattcaa- 24249096  T
Q  719 tgtgttcaaattttaattagta 740  Q
     ||||||||||| |||||||||    
T  24249097 -gtgttcaaattataattagta 24249117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 624 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 24261141 - 24261027
Alignment:
Q  624 atacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgt 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  24261141 atacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatacttggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgt 24261044  T
Q  724 tcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||||||||||    
T  24261043 tcaaattttaattagta 24261027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 443 - 540
Target Start/End: Original strand, 3644443 - 3644540
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaa 540  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||    
T  3644443 ctattttcatatatgttcaagtaagggtgcctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacctctttacccacactcgttcacaa 3644540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 345
Target Start/End: Original strand, 45329239 - 45329353
Alignment:
Q  231 tccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatcta 330  Q
    ||||||||||| || | | | |||||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||  || || || ||| ||||| ||| |||||||||||    
T  45329239 tccacaatatctttcttccactccttatccacaattatgcctaccccatttctcgatctaacttcgcccgtgtaccaaagcttaaatcctgaactatcta 45329338  T
Q  331 attcttccgcctttt 345  Q
    |||||| ||||||||    
T  45329339 attctttcgcctttt 45329353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 252 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 8178409 - 8178316
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgcctttt 345  Q
    |||||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||  | ||| || ||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8178409 tccttatccacaatgatgcctaccccatttctcgatctaacttcactagtataccaaagcttaaatcatgaactatctaattctttcgcctttt 8178316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 24267318 - 24267270
Alignment:
Q  105 tacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24267318 tacccaagatgggtaaacactcataacattaaa-atgtcttatttccttt 24267270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 464 - 566
Target Start/End: Original strand, 45329438 - 45329540
Alignment:
Q  464 taagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatt 563  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||  ||| |||||| || ||||| |||  |||||| ||| |||||||  ||||||||  |||||||||||||    
T  45329438 taagagtacctatattccaagttccaaaacgaatcctactctaatgaactagcttctttacccgcacccgtttacgtagatgtgggaacccttgcttatt 45329537  T
Q  564 ttt 566  Q
    |||    
T  45329538 ttt 45329540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 476 - 582
Target Start/End: Original strand, 8560867 - 8560973
Alignment:
Q  476 tattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgcatt 575  Q
    |||||||||||| |||||   || || |||||||||||| |||  |||||  ||| |||| | ||||||||||  |||||||||||||||| || ||||     
T  8560867 tattccatgttccaaaacgattcttattctcattaactagcttctttaccagcacccgttcataaagatgtgggaacccttgcttatttttcactgcatc 8560966  T
Q  576 caggcag 582  Q
    |||||||    
T  8560967 caggcag 8560973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 443 - 488
Target Start/End: Original strand, 24248278 - 24248323
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttct 488  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  24248278 ctatttccatatatgttcaagtaagggtacctttattccgtgttct 24248323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 307; Significance: 1e-172; HSPs: 2)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 3833 - 3421
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3833 agatcccctcctagaaaaatattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaaatttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgg 3734  T
Q  117 gtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctc 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3733 ataaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatccaatcaaatctc 3634  T
Q  217 acatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttata 316  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3633 acatcctctttacatccacaatatcctttttcaatttcttatccacaataatgcctacatcatttctcgatctaacttttccagtttatcaatgcttata 3534  T
Q  317 tcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttcc 416  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  3533 tcttgaactatctaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattttaatcataacgtcaactatttcc 3434  T
Q  417 atatatgtgatct 429  Q
    |||||||||||||    
T  3433 atatatgtgatct 3421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 443 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 3373 - 3126
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  3373 ctatttccatatatgttcaagtaagagtacttttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaag 3274  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3273 atgtggagacgcttgcttattttttactgcattcaggcagcgatggatccatccttgctcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 3174  T
Q  643 cgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcataga 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  3173 cgcattgacccagtttcacactattatatacttggtccatatcataga 3126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 377 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 55556896 - 55556532
Alignment:
Q  377 aaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctnnnnnnnnnnnnn---ctattttcatatatgttcaaataagagtacc 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55556896 aaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgtgatctaaaaaaaaaaaaaaaactatttccatatatgttcaaataagagtacc 55556797  T
Q  474 tttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattttttaccgca 573  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  55556796 tttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggagacccttgcttattttttactgca 55556697  T
Q  574 ttcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatac 673  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55556696 ttcaggctgcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagtttcacactattatatac 55556597  T
Q  674 ctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  55556596 ctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 55556532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 21 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 55557285 - 55556913
Alignment:
Q  21 cccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaa 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55557285 cccctcctagaaaaatattttctccttgtggtatatcttgaatttaacttttcaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaa 55557186  T
Q  121 acactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55557185 acactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacat 55557086  T
Q  221 cctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatctt 320  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  55557085 cctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttgcagtttatcaatgtttatatctt 55556986  T
Q  321 gaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattt 393  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55556985 gaactatccaattctttcgccttttcacctacccacatagttttttgctggcacataaaattaatcttcattt 55556913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 14145811 - 14145393
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14145811 agatcctctcctagaagaacattttctccttgtggtatatcttgatttaaacctttcaaatcctttcaaaatttaactttagaatattcttccaaaccta 14145712  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 205  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||                   ||||||||||  |  ||||||||||||||||||    
T  14145711 cctaaggtgagtaaacactcataacgttaaagatatcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttatctatataaaaatttgtgggatac 14145612  T
Q  206 aatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  14145611 aatcaaatctcacatcctctttacatccataatatcatttttcaattccttatccacaataatgcctacaccatttctcggtctaacttttccagtttat 14145512  T
Q  306 caatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgt 405  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14145511 caatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgtcttttcacctacccgcatagtttcttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgt 14145412  T
Q  406 caactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14145411 caactatttccatatatgt 14145393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 443 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 14145408 - 14145129
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  14145408 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaag 14145309  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14145308 atgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccatccttgatcatttaacattgtatttgagctatacaacgcatttcttcta 14145209  T
Q  643 cgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 721  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14145208 cgaattgacccagtgttcacactattatatactcggtccatgtcatagagattcaaagtgtttcaattaaattcaagtgt 14145129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 465 - 694
Target Start/End: Original strand, 27452950 - 27453180
Alignment:
Q  465 aagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttattt 564  Q
    |||||||||| |||| ||||| | |||||  ||| | ||||||| ||||| |||  |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  27452950 aagagtacctatattacatgtcccaaaacgaatcctgctctcatgaactagcttctttacccacacccgttcacgaagatgtggaaacccttgcttattt 27453049  T
Q  565 tttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacc-cagtttcacac 663  Q
    || ||  ||| ||||| | |||| | |   |||| ||||||| |||||||| | |||||||||| || ||| |||||| |||  ||||  |  |||||||    
T  27453050 ttcactacatccaggcggtgatgcagcggcccttgctcatttgacattgtactcgagctatacagcgtgttgcttctaggcaacgacctaacattcacac 27453149  T
Q  664 tattatatacctggtccatgtcatagagatt 694  Q
    |||| | ||  ||||||||||||||||||||    
T  27453150 tattttgtatttggtccatgtcatagagatt 27453180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 386
Target Start/End: Original strand, 27452750 - 27452905
Alignment:
Q  231 tccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatcta 330  Q
    ||||||||||| || | | | || ||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||  || || |||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  27452750 tccacaatatctttcttccactcgttatccacaatgatgcctaccccatttctcgatctaacttcgcctgtgtatcaaagcttaaatcctgaactatcta 27452849  T
Q  331 attcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatc 386  Q
     ||||| ||||||||  || |||||| |||||| |||  || ||||||||||||||    
T  27452850 cttctttcgcctttttccccacccacttagtttcttgtaggcacataaaattaatc 27452905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 464 - 587
Target Start/End: Original strand, 35672247 - 35672370
Alignment:
Q  464 taagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatt 563  Q
    ||||||| |||| |||||||| || |||||| | | |||||| |||||||||  |  |||||| |||  ||  |||||||| |||  |||||||||||||    
T  35672247 taagagttccttaattccatgatccaaaacaaaccctactctaattaactaagatctttacccgcacatgtccacaaagatttgggaacccttgcttatt 35672346  T
Q  564 ttttaccgcattcaggcagcgatg 587  Q
    ||| || ||||||| |||||||||    
T  35672347 tttcactgcattcaagcagcgatg 35672370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 15335348 - 15335763
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15335348 agatcccctcctagaaaaacattttctccttatggtatatcttaaatttaacctttcaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaaccta 15335447  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtcttattaaactaaaaatttgtgggataca 206  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15335448 cctaagatgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaataaaaataaa--gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggataca 15335545  T
Q  207 atcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  15335546 atcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcatttccttatccacaataatgcctacaccatttcacgatctaacttttccagtttatc 15335645  T
Q  307 aatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtc 406  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15335646 aatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgccttttcacgtacccacatagttttttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtc 15335745  T
Q  407 aactatttccatatatgt 424  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  15335746 aactatttccaaatatgt 15335763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 20 - 417
Target Start/End: Original strand, 30883363 - 30883769
Alignment:
Q  20 tcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaacctacct 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30883363 tcccctcctagaaaaatattttctccttctggtatatcttgaattaaaccttttaaatccttccaaaatttaactttagaatattcttccaaacctacct 30883462  T
Q  110 aagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaat 208  Q
    ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30883463 aaggtgagtaaacactcataacatcaaagatgtcttatttcctttaaaaaaataaaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaat 30883562  T
Q  209 caaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30883563 caaatctcacatcctctttacatccacaatatctttt--caattccttatccacaataatgcctacaccatttctaaatctaacttttccaatttatcaa 30883660  T
Q  309 tgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaa 408  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30883661 tgcttagatcttgaactatctaattcttttgtcttttcacctaccctcatagtttcttgttggcacataaaattaattttcattttagtgatagcgtcaa 30883760  T
Q  409 ctatttcca 417  Q
    |||||||||    
T  30883761 ctatttcca 30883769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 18858608 - 18859027
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          ||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  18858608 agatcccctcctagaaaaacattttttccttgtggtatatcttgaattaaacctttcaaatccttccaaaatttaactgtagaatattcttccaaactta 18858707  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn--gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggata 204  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18858708 cctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcgtatttcctttaaaaaaaaataaaaaataaagatgacttattaaactaaaaatttgtgggata 18858807  T
Q  205 caatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagttta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18858808 caatcaaatctcacatcctctttacatccacaatattctttttcaattccttatccacaataatgcctacaccatttctcgatctaacttttccagatta 18858907  T
Q  305 tcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcatagcg 404  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||| || ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  18858908 tcaatgcttaaatcttgaactatctagttcttttgccttttcacatatccacatagtttcttgttgggacataaaattaatcttcactttagtcatagcc 18859007  T
Q  405 tcaactatttccatatatgt 424  Q
      ||||||||||||||||||    
T  18859008 gtaactatttccatatatgt 18859027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 443 - 747
Target Start/End: Original strand, 15335748 - 15336052
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  15335748 ctatttccaaatatgttcaagtaagggtacctttattccatgttctaaaacggataatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaag 15335847  T
Q  543 atgtggatacccttgctta-ttttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttct 641  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15335848 atgtggagacctttgcttatttttttagtgcattcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacataatatttgagctatacaatgcgtttcttct 15335947  T
Q  642 acgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  15335948 acgcattgacccagtgtttacactattatatacttggtccatgtcataaagatttaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 15336045  T
Q  741 ttatcta 747  Q
    | |||||    
T  15336046 taatcta 15336052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Original strand, 18859012 - 18859308
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  18859012 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaag 18859111  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18859112 atgtggagagccttgtttattttttactgcattcagacagcgatgtatccatccttgttcatctaacattgtatctgagctatacaacgcgtttcttcta 18859211  T
Q  643 cgcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||   |||| |||||||||||||||    
T  18859212 cgcattgacctagtgtttacactattatatacttggtccatgtcatagagattcaaagtgtttcaattaaactcaa--atgtttaaattttaattagta 18859308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 474 - 737
Target Start/End: Original strand, 30883771 - 30884034
Alignment:
Q  474 tttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgctta-ttttttaccgc 572  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  30883771 tttattccatgttctaaaacggatcatactctcattaactaacttctttacccacactcgttcacaaagatgtggagacccttgcttatttttttactgc 30883870  T
Q  573 attcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctacgcattgacccagt-ttcacactattatat 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30883871 attcaggcagcgatgtatccatccttgctcatttaacattgtatgtgagctatacaatatgtttcttctacgcattgacccagtgttcacactattatat 30883970  T
Q  672 acctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaatta 737  Q
    ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  30883971 actcggtccatgtcatagagattcaaagtgtttcaattaaattcaa--gtgttctaattttaatta 30884034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 6080065 - 6079954
Alignment:
Q  252 tccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcaccta 351  Q
    |||||||||||||| |||| |||  |||||||| |||||||||  ||||| || ||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||  || |    
T  6080065 tccttatccacaatgatgcctaccccatttctcgatctaacttgaccagtataccaaagcttaaatcctgaactatctaattctttcgccttttttccca 6079966  T
Q  352 cccacatagttt 363  Q
    ||||| ||||||    
T  6079965 cccacttagttt 6079954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 464 - 589
Target Start/End: Original strand, 20430352 - 20430477
Alignment:
Q  464 taagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatt 563  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| |||  |||||| ||| |||| || |||||||||  |||||| ||||||    
T  20430352 taagagtacctatattccatgttccaaaacgaatcctactctcatgaactagcttctttacccgcacccgttcacgaagatgtgggaacccttacttatt 20430451  T
Q  564 ttttaccgcattcaggcagcgatgta 589  Q
    ||| ||  ||| ||||| ||||||||    
T  20430452 tttcactacatccaggcggcgatgta 20430477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 4)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 184828 - 185250
Alignment:
Q  17 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaaccta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||          |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  184828 agatcccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaattaaacctttgaaatccttccaaaatttaacattagaatattcttccaaaccta 184927  T
Q  107 cctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 205  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  184928 cctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatac 185027  T
Q  206 aatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaatctaacttttccagt---- 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||        
T  185028 aatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacactatttctcgatctaacttttccagtttaa 185127  T
Q  302 ttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaattaatcttcattttagtcata 401  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  185128 ttatcaatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgccttttcgcctacccacatagtttcttgttggcacataaaattaatcttcattttagtcata 185227  T
Q  402 gcgtcaactatttccatatatgt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  185228 gcgtcaactatttccatatatgt 185250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 88 - 424
Target Start/End: Original strand, 177968 - 178309
Alignment:
Q  88 gaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttnnnnnnnnnnnnnnnnnn-gatgtcttattaaa 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||    
T  177968 gaatattcttccaaacctacctaaggtgagtaaacactcataacattaaagatgtcttatttcctttaaaaaaaataaaaaataaagatgtcttattaaa 178067  T
Q  187 ctaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcatacatcatttctcaa 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |    
T  178068 ctaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcctacactatttctcga 178167  T
Q  287 tctaacttttccagt----ttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctggaacataaaatt 382  Q
    |||||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  178168 tctaacttttccagtttaattatcaatgcttaaatcttgaactatctaattctttcgccttttcgcctacccacatagtttcttgttggcacataaaatt 178267  T
Q  383 aatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgt 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  178268 aatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatatgt 178309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Original strand, 178294 - 178589
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  178294 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttgttccatgttctaaaacggatcatgctctcattaactaaattctttacccacactcgttcacaaag 178393  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  178394 atgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccattctcgatcatttagcattgtatttaagctatacaacacgtttcttcta 178493  T
Q  643 cgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  178494 cgcattgacctagtgtcacactattatatactcggtccatgtcatagagattgaaagtgtttcgattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 178589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 443 - 740
Target Start/End: Original strand, 185235 - 185530
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  185235 ctatttccatatatgttcaagtaagggtgcctttgttccatgttctaaaacggatcatgctctcattaactaaattctttacccacactcgttcacaaag 185334  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttcta 642  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  185335 atgtggagacccttgcttattttttactgcattcaggcagcgatgtatccattctcgatcatttagcattgtatttaagctatacaacacgtttcttcta 185434  T
Q  643 cgcattgacccagtttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtgtgttcaaattttaattagta 740  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  185435 cgcattgacctagtgtcacactattatatactcggtccatgtcatagagattgaaagtgtttcgattaaattcaa--gtgttcaaattttaattagta 185530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 173 - 333
Target Start/End: Original strand, 189661 - 189822
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  189661 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctccttacatccacaatatcctttttcaattccttatccacaataatgcct 189760  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttcc-agtttatcaatgcttatatcttgaactatctaatt 333  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  189761 acaccatttctcgatctaacttttccaattttatcaatactgaaatcttgaactatctaatt 189822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 29 - 154
Target Start/End: Original strand, 189510 - 189635
Alignment:
Q  29 agaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaattttaactttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  189510 agaaaaacattttctccttgtggtataccttgaatttaaccttttaaaatttaactttaaaatatttttccaaacctacctaagatgagtaaacactcat 189609  T
Q  129 aacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  189610 aacattaaagatgtcttatttccttt 189635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 4)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 445 - 720
Target Start/End: Original strand, 16187 - 16461
Alignment:
Q  445 attttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagat 544  Q
    |||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| |||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||    
T  16187 atttacatatatgttcaagtaagggtgccttt-ttccatgttcaaaaacatatcctactatcatgaactaacttctttacccacacttgttcacaaagat 16285  T
Q  545 gtggatacccttgcttatttttt-accgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttctac 643  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  16286 gtggg-acccttgcttatttttttacttcattcaggcatcggtgtatccaccttttctcatttaacattgtacttgagctatacaacccgtttcttctag 16384  T
Q  644 gcattgacccagt-ttcacactattatatacctggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtg 720  Q
    ||| |  || | | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  16385 gcactatcctaatgttcacactattatatacttggtccatgccatagagattcaaagtgtttcaatt-aattcaagtg 16461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 389
Target Start/End: Original strand, 15950 - 16165
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||   |||||||||| | || |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||  |    
T  15950 gatgtcttatgaaactacaaatttgtgggctacaatccaatctcctgtcctctttacattcaaaatatcttttttccattccttatcctcaataatggct 16049  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctgga 372  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||| ||| |||     
T  16050 acaccatttctcgatctaactattccagtttaccaatgcttaaatactgaactatctaattctttcgcattttcacccacccacttagtttcttgttggc 16149  T
Q  373 acataaaattaatcttc 389  Q
    |||| ||||||||||||    
T  16150 acat-aaattaatcttc 16165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 82 - 154
Target Start/End: Original strand, 15860 - 15932
Alignment:
Q  82 actttagaatattcttccaaacctacctaagatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15860 actttagggtattctttcaaacctatccaaggtgagtaaacactaataacattaaagatgtcttatttccttt 15932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 276 - 336
Target Start/End: Original strand, 28318 - 28378
Alignment:
Q  276 tcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattctt 336  Q
    |||||| ||||| |||||||  |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  28318 tcatttttcaatttaactttgtcagtgtatcaatgcttaaatcctgaactatctaattctt 28378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 98; Significance: 7e-48; HSPs: 3)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 173 - 422
Target Start/End: Original strand, 24956 - 25205
Alignment:
Q  173 gatgtcttattaaactaaaaatttgtgggatacaatcaaatctcacatcctctttacgtccacaatatccttttccaattccttatccacaataatgcat 272  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||| || ||||||||||||| | |||  |||||||||||||||| |    
T  24956 gatgtcttattcaactacaaatttgtgggctacaatccaatctcctatcctctttacatctacaatatcctttttccattatttatccacaataatgcct 25055  T
Q  273 acatcatttctcaatctaacttttccagtttatcaatgcttatatcttgaactatctaattcttccgccttttcacctacccacatagttttttgctgga 372  Q
    ||| ||||| |  ||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||   | |||| ||| |||     
T  25056 acaccatttattgatccaacttttccagtgtaccaatgcttaaatcttgaactatctaattctttctccttttcaacaacccctttggtttcttgttggc 25155  T
Q  373 acataaaattaatcttcattttagtcatagcgtcaactatttccatatat 422  Q
    ||||||| ||||||||| |  |||||| || |||||||||||||||||||    
T  25156 acataaacttaatcttcctcctagtcacagggtcaactatttccatatat 25205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 443 - 631
Target Start/End: Original strand, 25192 - 25380
Alignment:
Q  443 ctattttcatatatgttcaaataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaag 542  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||  | ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||| | |||||||||  |||| |||| ||||| ||||||    
T  25192 ctatttccatatattttcaagtaaggttgcctttgttccatgttcaaaaacaggttatgctctcgtgaactaacttctttactcacattcgttcacaaag 25291  T
Q  543 atgtggatacccttgcttattttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacg 631  Q
    |||| || || ||||||||| |||||| |||  || || |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25292 atgttgagactcttgcttatattttacagcagccaagcggcgatgtatccacccttgctcatttaacattgtacttgagctatacaacg 25380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 154
Target Start/End: Original strand, 24797 - 24940
Alignment:
Q  21 cccctcctagaaaaacattttctccttgtggtatatcttgaatttaaccttttaaat----------tttaactttagaatattcttccaaacctaccta 110  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||||          ||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  24797 cccctcctaaaaaaatattttcttcttgtggtatatcttgaattaagcctttcaaatccttccaaaatttgacattaggatattcttccaaccctaccta 24896  T
Q  111 agatgggtaaacactcataacattaaagatgtcttatttccttt 154  Q
    || |   |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24897 aggttcataaacactaataacaataaagttgtcttatttccttt 24940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 463 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 440397 - 440294
Alignment:
Q  463 ataagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttat 562  Q
    |||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  ||  |||||| ||| |||| || |||||||||  ||||||||||||    
T  440397 ataagagtacctgtgttccatgttccaaaacaaatcatactctcatgaactagattctttaccctcacccgttcacgaagatgtgggaacccttgcttat 440298  T
Q  563 tttt 566  Q
    ||||    
T  440297 tttt 440294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0316 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0316
Description:

Target: scaffold0316; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 676 - 720
Target Start/End: Original strand, 371 - 415
Alignment:
Q  676 ggtccatgtcatagagatttaaagtgtttcaattaaattcaagtg 720  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  371 ggtccatgtcatagagattcaaagtgtttaaattatattcaagtg 415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0279 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0279
Description:

Target: scaffold0279; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 464 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 18693 - 18519
Alignment:
Q  464 taagagtacctttattccatgttctaaaacagatcatactctcattaactaacttgattacccacactcgtttacaaagatgtggatacccttgcttatt 563  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||| |||||  || ||||| |||  |||||||||| |||| |  |||||||||  || ||||||||||    
T  18693 taagattacctatattccgtgttccaaaacaaatcctactc--atgaactagcttctttacccacacccgttcaagaagatgtgggaactcttgcttatt 18596  T
Q  564 ttttaccgcattcaggcagcgatgtatccatccttactcatttaacattgtatttgagctatacaacgcgtttcttc 640  Q
    ||| ||  ||| ||||| |||||| | |   |||| ||||||| ||| | || |||||||||||| |||||| ||||    
T  18595 tttcactacatccaggcggcgatgcagcggcccttgctcatttgacactatacttgagctatacagcgcgttgcttc 18519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University