View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7022_low_7 (Length: 335)

Name: NF7022_low_7
Description: NF7022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7022_low_7
NF7022_low_7
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (16-294)||(17650845-17651123)
chr2 (16-287)||(17698879-17699152)
chr2 (16-281)||(17661050-17661317)
chr2 (16-281)||(17617229-17617495)
chr2 (16-266)||(17642181-17642431)
chr2 (16-287)||(17712091-17712359)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (57-214)||(5918255-5918412)
chr3 (121-214)||(5924580-5924673)
chr3 (102-218)||(5906031-5906147)
chr3 (102-214)||(5977883-5977998)
chr3 (102-214)||(5983856-5983971)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (121-213)||(4208435-4208527)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 16 - 294
Target Start/End: Original strand, 17650845 - 17651123
Alignment:
Q  16 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccagttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17650845 ccttgagtgttccaacacacgtagacgcttgcttttgccggttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 17650944  T
Q  116 ttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttcc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17650945 ttgagaaaacatgaggagaggtttagtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagggatgctttatgtcaagctgctaatatttctggctggcatttcc 17651044  T
Q  216 aacatgggtagtgttttataatctcataccatacttttatgcatttattttgattacccttcttttgtttgtttaacag 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17651045 aacatgggtagtgttttataatctcataccatacttttatgcatttattttgattacccttcttttgtttgtttaacag 17651123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 17698879 - 17699152
Alignment:
Q  16 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccagttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17698879 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccggttttttatgacgtcgatccatcacaagttcgccaccaaagcggtgcttatggtgaagct 17698978  T
Q  116 ttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttcc 215  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17698979 ttgaaaaaacatgaagagaggtttagtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagggattctttatgtcaagctgctaatgtttctggctggcatttcc 17699078  T
Q  216 aacatgggtag--tgttttataatctcataccatacttttatgcatttattttgattacccttcttttgtttgt 287  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  17699079 aacatgggtagattattttataatctcataccatacttttatgcatttattttaattaccatgcttttgtttgt 17699152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 281
Target Start/End: Original strand, 17661050 - 17661317
Alignment:
Q  16 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccagttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17661050 ccttgactgttccaacacacatggacgcttgcttttgcctgttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaaagtggtgcttatggtgaagct 17661149  T
Q  116 ttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttcc 215  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17661150 ttgggaaaacatgagaagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctgctaatgtttctggctggcatttcc 17661249  T
Q  216 aacatgggt--agtgttttataatctcataccatacttttatgcatttattttgattacccttctttt 281  Q
    |||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||    
T  17661250 aacatgggtacagtattttctaatctcataccatacttttatttatttattttaattacggttctttt 17661317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 281
Target Start/End: Original strand, 17617229 - 17617495
Alignment:
Q  16 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccagttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  17617229 ccttgactgttccaacacacatggacgcttgcttttgcccgttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaaagcggtgcttatggtgaagct 17617328  T
Q  116 ttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttcc 215  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17617329 ttgaaaaaacaggaggaaaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagggatgctttatgtcaagctgctaatgtttctggctggcatttcc 17617428  T
Q  216 aacatgggtagtgttttata-atctcataccatacttttatgcatttattttgattacccttctttt 281  Q
    ||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||    
T  17617429 aacatgggtacagtattatatatctcataccatacttttatttatttattttaattacggttctttt 17617495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 266
Target Start/End: Original strand, 17642181 - 17642431
Alignment:
Q  16 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccagttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 115  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  17642181 ccttgagtgttccaacacacatggacgcttgcttttgcccgttttttatgatgtcgaaccatcacaagttcgccaccaaagtggtgcttatggtgatgct 17642280  T
Q  116 ttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttcc 215  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17642281 ttgaaaaaacatgaggagaggtttagtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagggatgctttatgtcaagctgctaatgtttctggctggcatttcc 17642380  T
Q  216 aacatgggt--agtgttttataatctcataccatacttttatgcatttatttt 266  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  17642381 aacatgggtacagtattttataatctcataccatac--ttatgcatttatttt 17642431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 17712091 - 17712359
Alignment:
Q  16 ccttgactgttccaacacacatagacgcttgcttttgccagttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagct 115  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  17712091 ccttgagtgttccaacacacatggacgcttgtttttgcctgtattttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccagagtggtgcttatggtgatgct 17712190  T
Q  116 ttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttcc 215  Q
    |||| |||||||||| |||| |||| ||||      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  17712191 ttgaaaaaacatgagaagagattttctgat------gataaggtgcaaaaatggagggatgctttatgtcaagctgctaatgtttctggctgggatttcc 17712284  T
Q  216 aacatgggt--agtgtttt-ataatctcataccatacttttatgcatttattttgattacccttcttttgtttgt 287  Q
    |||| ||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||    
T  17712285 aacacgggtacagtattttaataatctcataccatacttttatgcatttattttaattaccgttcctttgcttgt 17712359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 57 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5918412 - 5918255
Alignment:
Q  57 ttttttatgatgtcgatccatcacaagttcgccaccaacgtggtgcttatggtgaagctttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataa 156  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||  ||| |   ||  |||||| |||||||||   ||||||||||  ||||||| | |||||  | |||||    
T  5918412 ttttttatgatgtagatccatcccaaattcgaaacctaaccggaacttatgctgaagcttttgcaaaacatgagatgaggtttggagatgaggaagataa 5918313  T
Q  157 ggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttc 214  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  5918312 ggtgcagaaatggagggatgctttacgtcaagctgctaatatgtctggatggcatttc 5918255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 121 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5924673 - 5924580
Alignment:
Q  121 aaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcatttc 214  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  5924673 aaaacacgaggagaggtttggagatgacaagcataagatgcagaaatggagagatgctttacatcaagctgctaatatgtctggatggcatttc 5924580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5906147 - 5906031
Alignment:
Q  102 cttatggtgaagctttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttc 201  Q
    |||||| |||||||||   |||||||||||  |||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||  | ||||||| || | | ||    
T  5906147 cttatgctgaagcttttgcaaaacatgaggtaaggtttagagatgagaaggataaggtgcagaaatggagggacgctttgcggcaagctgctagtctctc 5906048  T
Q  202 tggctggcatttccaac 218  Q
    ||| |||||||||||||    
T  5906047 tggatggcatttccaac 5906031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5977998 - 5977883
Alignment:
Q  102 cttatggtgaagctttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggat---aaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatat 198  Q
    |||||| |||||||||   ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||  ||| |    
T  5977998 cttatgctgaagcttttgcaaaacatgaggtgaggtttggagatgagaaggatagcaaggtgcagaaatggagggatgctttgcgtcaagctgcaaatgt 5977899  T
Q  199 ttctggctggcatttc 214  Q
     ||||| |||||||||    
T  5977898 ctctggatggcatttc 5977883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 102 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5983971 - 5983856
Alignment:
Q  102 cttatggtgaagctttgagaaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggat---aaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatat 198  Q
    |||||| |||||||||   ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||  ||| |    
T  5983971 cttatgctgaagcttttgcaaaacatgaggtgaggtttggagatgagaaggatagcaaggtgcagaaatggagggatgctttgcgtcaagctgcaaatgt 5983872  T
Q  199 ttctggctggcatttc 214  Q
     ||||| |||||||||    
T  5983871 ctctggatggcatttc 5983856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 4208527 - 4208435
Alignment:
Q  121 aaaacatgaggagaggttttgtgatgataaggataaggtgcaaaaatggagagatgctttatgtcaagctggtaatatttctggctggcattt 213  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||| | ||| |||| |||||| ||||| ||||||||    
T  4208527 aaaacatgaggtgaggtttagagatgagaagaataaggtgcagaaatggagggatgctttgtatcaggctgctaatatgtctgggtggcattt 4208435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University