View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7022_low_8 (Length: 310)

Name: NF7022_low_8
Description: NF7022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7022_low_8
NF7022_low_8
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-297)||(10288110-10288408)
chr7 (14-293)||(11035715-11035996)
chr7 (1-295)||(15873295-15873590)
chr7 (13-297)||(22078216-22078503)
chr7 (40-293)||(9993915-9994170)
chr7 (1-272)||(48653147-48653418)
chr7 (14-297)||(21490822-21491113)
chr7 (56-297)||(18366701-18366947)
chr7 (13-198)||(12911062-12911249)
chr7 (13-229)||(40106463-40106687)
chr7 (13-198)||(12196085-12196273)
chr7 (1-187)||(13163592-13163780)
chr7 (17-187)||(49169674-49169846)
chr7 (95-186)||(24056671-24056763)
chr7 (75-181)||(9554537-9554644)
chr7 (102-287)||(3691932-3692124)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-297)||(40459540-40459838)
chr4 (13-297)||(49499643-49499932)
chr4 (17-261)||(2761427-2761677)
chr4 (16-187)||(55162891-55163064)
chr4 (4-198)||(69990-70184)
chr4 (13-198)||(28968569-28968757)
chr4 (74-190)||(10276745-10276862)
chr4 (98-183)||(41869372-41869458)
chr4 (15-74)||(42898347-42898406)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-297)||(43406686-43406984)
chr1 (1-297)||(338697-338995)
chr1 (1-297)||(37666499-37666795)
chr1 (12-297)||(6836487-6836771)
chr1 (13-272)||(18472273-18472538)
chr1 (3-272)||(35761351-35761627)
chr1 (33-187)||(8422256-8422411)
chr1 (74-287)||(33007044-33007262)
chr1 (74-185)||(24276088-24276199)
chr1 (74-198)||(19198193-19198321)
chr1 (74-181)||(24055660-24055767)
chr1 (75-174)||(33009104-33009204)
chr1 (66-186)||(16075403-16075525)
chr1 (74-181)||(16111072-16111184)
chr1 (105-198)||(9536769-9536864)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-297)||(32449585-32449883)
chr6 (3-297)||(34636776-34637072)
chr6 (56-297)||(23260026-23260266)
chr6 (1-196)||(10750948-10751145)
chr6 (13-272)||(13772740-13773006)
chr6 (25-228)||(20559456-20559656)
chr6 (56-297)||(24164375-24164623)
chr6 (1-187)||(26182012-26182199)
chr6 (232-297)||(20558083-20558148)
chr6 (74-181)||(11166045-11166153)
chr6 (1-64)||(23259950-23260014)
chr6 (91-183)||(31275943-31276036)
chr6 (141-181)||(31276852-31276892)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-297)||(537409-537707)
chr5 (13-272)||(42861984-42862249)
chr5 (17-198)||(38001668-38001850)
chr5 (13-198)||(40691563-40691751)
chr5 (12-186)||(6309396-6309572)
chr5 (17-198)||(30910447-30910630)
chr5 (87-181)||(23211155-23211249)
chr5 (13-69)||(4557393-4557450)
chr5 (17-88)||(28201902-28201974)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-297)||(40448070-40448368)
chr2 (13-288)||(41339584-41339864)
chr2 (13-272)||(35670098-35670364)
chr2 (53-289)||(12773805-12774048)
chr2 (13-198)||(40728761-40728947)
chr2 (13-198)||(18292074-18292262)
chr2 (14-190)||(34397187-34397365)
chr2 (1-198)||(44789194-44789392)
chr2 (74-229)||(28266544-28266705)
chr2 (74-190)||(23827782-23827899)
chr2 (19-186)||(29271283-29271452)
chr2 (74-181)||(11387647-11387755)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-295)||(46403919-46404216)
chr3 (1-297)||(7336011-7336311)
chr3 (4-297)||(16975909-16976202)
chr3 (1-297)||(5004048-5004348)
chr3 (13-288)||(9104696-9104973)
chr3 (14-297)||(11937222-11937506)
chr3 (14-186)||(43277374-43277548)
chr3 (56-186)||(8731443-8731575)
chr3 (56-186)||(9083330-9083462)
chr3 (74-181)||(5704621-5704729)
chr3 (74-181)||(1461464-1461571)
chr3 (90-198)||(17542113-17542223)
chr3 (74-181)||(16972610-16972718)
[»] scaffold0413 (1 HSPs)
scaffold0413 (1-297)||(19-319)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (1-200)||(1657-1858)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (82-250)||(35840786-35840955)
chr8 (3-289)||(40840846-40841135)
chr8 (13-198)||(41957790-41957975)
chr8 (16-186)||(6150220-6150392)
chr8 (13-198)||(44436790-44436977)
chr8 (1-131)||(22815652-22815783)
chr8 (81-181)||(12659338-12659439)
chr8 (74-181)||(10250945-10251053)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (33-297)||(32699-32949)
[»] scaffold1838 (1 HSPs)
scaffold1838 (13-229)||(840-1062)
[»] scaffold0120 (1 HSPs)
scaffold0120 (74-181)||(2115-2223)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (75-190)||(356356-356472)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (75-181)||(11403-11510)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (66-186)||(242430-242552)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (75-181)||(89863-89970)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 10288110 - 10288408
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10288110 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 10288209  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10288210 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 10288309  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10288310 tttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgaataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 10288408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Original strand, 11035715 - 11035996
Alignment:
Q  14 ccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11035715 ccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggtt 11035814  T
Q  113 catacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtctttaaggtaaagt 211  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11035815 catactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtctttgaggtaaagt 11035914  T
Q  212 tcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatg 293  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11035915 tcatacacatttcttttgtatatataacagtataatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatg 11035996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Original strand, 15873295 - 15873590
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  15873295 acccaatttcgtcccccgtatacacttccagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttcctt 15873394  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15873395 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 15873494  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgat 295  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15873495 -ttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacaaatgtataacagacccaatgcaatgcaatgat 15873590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 22078503 - 22078216
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22078503 cccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 22078404  T
Q  112 tcatacc-caaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa-tacatttaagtctttaaggtaaa 209  Q
    ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22078403 tcataactcaaagtacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcagaaagaaataagaaaaatacatttaagtctttaaggtaaa 22078304  T
Q  210 gttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22078303 gttcatacacatttcttttgtatatataaatgtttaatcacttatcaacacatagatgtataacagacctaatgcaatgcaatgatgt 22078216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 40 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 9994170 - 9993915
Alignment:
Q  40 caaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtc-aatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgcc 138  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9994170 caaagcatacaccatgtcttctttgatacctaaaatgttagtgttaggggccaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgcc 9994071  T
Q  139 acaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa-tacatttaagtctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatata 237  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9994070 acaaaatagatagtatcaaaacttctcaataaaaagaaaaaaagaaaaatacacataagtctttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtttatata 9993971  T
Q  238 acagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatg 293  Q
     || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9993970 ccaatttaatcacttatcaacacaaaaatgtataacagacccaatgcaatgcaatg 9993915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 48653147 - 48653418
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48653147 acccaatttgtcccccggtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattaatgtaagggtcaatttcctt 48653246  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||      |||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  48653247 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatg------aatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaatacattcaagtc 48653340  T
Q  199 ------tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataa 272  Q
          ||| | |||||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  48653341 atatgtttttaagtaaagttcatacacatttcttttgcat-tataatagtttaa-cacttatcaacacacagatgaataa 48653418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 297
Target Start/End: Original strand, 21490822 - 21491113
Alignment:
Q  14 ccccgtacgcacttcaagcaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttc 113  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  ||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21490822 ccccgcacgcgcttcaagcaaaacaccaaagcataca-catgtcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttc 21490920  T
Q  114 atacccaaagcacaagaa-caatgccacaaaatagatagtaa----caaaacttctcaatcaaaaagaaataa-gaaaatacatttaagt------cttt 201  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||     |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||      ||||    
T  21490921 atactcaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagatagtatatatcaaaacttctcaattaaaaagaaataaggaaaatacattcaagttatatgcttt 21491020  T
Q  202 aaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||  ||| ||||||||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21491021 aa-ataaggttcacaca-atttcttttg-ctttataatagtttaatcacttatcaacacacaaatgtataacagacccaatgcaatgcaattatgt 21491113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 56 - 297
Target Start/End: Original strand, 18366701 - 18366947
Alignment:
Q  56 tcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaa 154  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||     
T  18366701 tcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagatagtat 18366800  T
Q  155 caaaacttctcaatcaaaaagaaataa-gaaaatacatttaagt------ctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaat 247  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||      ||||||  |||  |||||||| ||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  18366801 caaaacttctcaattaaaaagaaataaggaaaatacattcaagttatatgctttaa-ataagcttcacaca-atttcttttg-ctttataatagtttaat 18366897  T
Q  248 cacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18366898 cacttatccacacacaaatgtataacagacccaatgcaatgcaattatgt 18366947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 12911062 - 12911249
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12911062 cccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatatctgctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaattttcttatccaaattggt 12911161  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||    
T  12911162 tcatactcaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaaggtttaagaaaatacattcaagtc 12911249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 40106687 - 40106463
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40106687 cccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagacaatctcttcttaggtacctaaaattttaatgtaagggtcaatttccatatccaaattggt 40106588  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaa------gtctttaa 203  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||      ||||||||    
T  40106587 tcatactcaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatataagaaaaatacattcaagtcattgtctttaa 40106488  T
Q  204 ggtaaagttcacacacatttcttttg 229  Q
     |||||||||||||||||||| ||||    
T  40106487 -gtaaagttcacacacatttcatttg 40106463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 12196085 - 12196273
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12196085 cccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagtatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagagtcaatttccttatccaaattggt 12196184  T
Q  112 tcatacccaaagca-caagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||||| ||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  12196185 tcatactcaaagcaccataaacaatgtcatgaaatagataatagcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtc 12196273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 13163592 - 13163780
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13163592 acccaattttgtccctcgtacgcacttcaaacaaaaacttcaaagcatagaccatctattctttggtatctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 13163691  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 187  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| || ||||||| || ||| |||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  13163692 aaccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaattagataatatcaaaacttatcaataaaaaagaattaagaaaat 13163780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 187
Target Start/End: Original strand, 49169674 - 49169846
Alignment:
Q  17 cgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcat 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49169674 cgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttggtacctaaaatgttaatgtaggggtcaattttcttatccaaattggttcat 49169773  T
Q  116 acccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 187  Q
    || |||||||| || ||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  49169774 actcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat 49169846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 95 - 186
Target Start/End: Original strand, 24056671 - 24056763
Alignment:
Q  95 tccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaa-caatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24056671 tccttatccaaattgattcatactcaaagcactagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 24056763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 181
Target Start/End: Original strand, 9554537 - 9554644
Alignment:
Q  75 tattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9554537 tattaatgtaagggtcaattttcttatctaaactggttcatactcaaagcacaagaaacaatgttataaagtagatagtatcaaaacttcttaatcaaaa 9554636  T
Q  174 agaaataa 181  Q
    ||||||||    
T  9554637 agaaataa 9554644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 102 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 3692124 - 3691932
Alignment:
Q  102 ccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaa--tgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  3692124 ccaaattggttcatactcaaagcacaagaaaaaattccaaaaaaatagatggtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacattcaagtc 3692025  T
Q  199 -----tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaat 287  Q
         ||| | | |||||||| ||||||||| ||||   |||||| |||||||||| |||| ||  |||||||  |||||| || |||||||||    
T  3692024 atacgttttaagaaaagttcagacacatttcctttg-caatataatagtttaatcaattatgaaatcacagataaataacaaactcaatgcaat 3691932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 40459838 - 40459540
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  40459838 acccaatttcgtcccctgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttcctt 40459739  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40459738 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 40459639  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40459638 tttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgaataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 40459540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 49499932 - 49499643
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagc--aaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 110  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49499932 cccccgtacgcacttcaagcgaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttagcacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattag 49499833  T
Q  111 ttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagt------cttta 202  Q
    ||||||| | |||||| || ||||||| || |||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||      |||||    
T  49499832 ttcatactc-aagcaccagaaacaatgtcataaaatagatcatatcaaaacttctcaattaaaaagaaataagaaaaatacattcaagttatatgcttta 49499734  T
Q  203 aggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |  ||| ||||||||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49499733 a--taaggttcacaca-atttcttttg-ctttataatagtttaatcacttatcaacacacaaatgtataacagacccaatgcaatgcaattatgt 49499643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 261
Target Start/End: Original strand, 2761427 - 2761677
Alignment:
Q  17 cgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgt--aagggtcaatttccttatccaaattggttc 113  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2761427 cgtacgcgcttcaagcaaaaacaccaaagcatacaccatgtcttctttgatacctaaaatattagtgtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttc 2761526  T
Q  114 atacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagt------ctttaaggt 206  Q
    |||| |||||||||||   ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |      |||| | ||    
T  2761527 atactcaaagcacaag---aatgccataaaatagatagtatctaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacattcaaatcatatgcttttaagt 2761623  T
Q  207 aaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacaca 261  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2761624 aaagttcatacacatttcttttgcat-cataatagtttaatcacttatcaacaca 2761677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 55163064 - 55162891
Alignment:
Q  16 ccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttca 114  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55163064 ccgtacacacttcaagtaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtgcctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttca 55162965  T
Q  115 tacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 187  Q
    ||| |||||||| || ||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  55162964 tactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat 55162891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 70184 - 69990
Alignment:
Q  4 caatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatc 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  70184 caatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtatctaaaatgttagtgtaaggatcaatttccttatc 70085  T
Q  103 caaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    ||||||||||||||| | |||||| || ||| ||| || |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||    
T  70084 caaattggttcatactc-aagcaccagaaactatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcaatc-aaaagatttaagaaaatacattcaagtc 69990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 28968569 - 28968757
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28968569 cccccgtatgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatcttttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 28968668  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    | |||| ||||||||||| ||||||  || |||||||||| || ||||||||  |||| |||| ||| |||| |||||||||| |||||    
T  28968669 tgatactcaaagcacaagaaacaatctcataaaatagataatatcaaaacttaccaataaaaacgaattaagaaaaatacattcaagtc 28968757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 10276862 - 10276745
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| ||||||    
T  10276862 atattaatgtaagggtcaatttccttatacaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaa 10276763  T
Q  173 aagaaataagaaaataca 190  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10276762 aagaaataaaaatataca 10276745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 98 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 41869458 - 41869372
Alignment:
Q  98 ttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaac-aatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataaga 183  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41869458 ttatccaaattagttcatactcaaagcacaagaaataatgtcacgaaatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataaga 41869372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 74
Target Start/End: Original strand, 42898347 - 42898406
Alignment:
Q  15 cccgtacgcacttcaagcaaa-acttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaa 74  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  42898347 cccgtacgcacttcaagcaaacgcttcaaagcgtaga-catctcttctttaatacctaaaa 42898406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 43406686 - 43406984
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  43406686 acccaatttcgtcccctgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttcctt 43406785  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43406786 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 43406885  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43406886 tttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgaataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 43406984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 338995 - 338697
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  338995 acccaatttcgtcccccgtaagcacttcaagcaaaaacttcaaagtatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttcctt 338896  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  338895 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaacaagaaaaatacatttaagtc 338796  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  338795 tttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgaataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 338697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 37666499 - 37666795
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctta 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37666499 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaactacaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctta 37666598  T
Q  101 tccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtct 199  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  37666599 tccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatc-aaaagaattaagaaaaatacatttaagtct 37666697  T
Q  200 ttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37666698 ttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataaaagtttaatcacttatcaacacacatatgtataacagacccaatgcagtgcaatgatgt 37666795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 12 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6836771 - 6836487
Alignment:
Q  12 ccccccgtacgcacttcaagcaaa-acttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| | |||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6836771 ccccccgtacgcacttcaagcaaacacaccaaagcatacaccattccttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 6836672  T
Q  111 ttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtctttaaggtaaa 209  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6836671 ttcatacttaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtctttaaggtaaa 6836572  T
Q  210 gttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6836571 gttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaat---ttatcaacacacagatgtataacagactcaatgcaatgcaatgatgt 6836487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Original strand, 18472273 - 18472538
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18472273 cccccgtacacacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtatctaaaatattagtgtaagggtcaattttcttatccaaattggt 18472372  T
Q  112 tcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc------tttaagg 205  Q
    |||||| |||||||| | ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||      ||| | |    
T  18472373 tcatactcaaagcaccaaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagattttagaaaatacattcaagtcatatgtttttaag 18472472  T
Q  206 taaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataa 272  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18472473 taaagttcatacacatttcttttg-ctttataatagtttaatcacttatcaacacatagatgaataa 18472538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 272
Target Start/End: Original strand, 35761351 - 35761627
Alignment:
Q  3 ccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttat 101  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35761351 ccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagacaatatcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttat 35761450  T
Q  102 ccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagt--- 197  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||| ||||       
T  35761451 ccaaattggttcatactcaaagcacaagaaaccatgccataaaatagatgatatcaaaacttctgaatcaaaaagatttaaaaaaatacattcaagtcat 35761550  T
Q  198 ---ctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataa 272  Q
       |||| | ||| |||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35761551 atgcttttaagtagagttcatacacatttcttttgcat-tataatagtttaatcacttatcaacacacagatgaataa 35761627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 33 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 8422411 - 8422256
Alignment:
Q  33 aaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aa 131  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  8422411 aaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaa 8422312  T
Q  132 caatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 187  Q
    ||||| || |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  8422311 caatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat 8422256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 74 - 287
Target Start/End: Original strand, 33007044 - 33007262
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  33007044 atattaatgtaagggtcaatttccttatccaaattgattcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcaatcaaa 33007143  T
Q  173 aagaaataagaaaa-tacatttaagt------ctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacaga 265  Q
    |||||||||||||| |||||||||||      |||||||  ||| |||||||||||||   |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  33007144 aagaaataagaaaagtacatttaagtcatatcctttaag--aaaattcacacacattttccttgtat-tataatagtttaatcacttatcaacacacaaa 33007240  T
Q  266 tgtataacagacccaatgcaat 287  Q
    | || ||| ||| |||||||||    
T  33007241 tatacaactgactcaatgcaat 33007262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 74 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 24276199 - 24276088
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  24276199 atattaatgtaagggtcaatttctttatccaaattggttcatactcaaagtacaagaacaatgccacaaagtagatagcatcaaaacttctcgatcaaaa 24276100  T
Q  174 agaaataagaaa 185  Q
     |||||||||||    
T  24276099 ggaaataagaaa 24276088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 74 - 198
Target Start/End: Original strand, 19198193 - 19198321
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag---aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatca 170  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  19198193 atattaatgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagataaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatta 19198292  T
Q  171 aaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  19198293 aaaagaattaagaaaaatacatttaagtc 19198321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Original strand, 24055660 - 24055767
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||    
T  24055660 atattaatgtaggggtcaatttccttatccaaattggttgatactcaaagcacaagaacaatgccacaaagtagataacatcaaaacttctcgatcaaaa 24055759  T
Q  174 agaaataa 181  Q
     |||||||    
T  24055760 ggaaataa 24055767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 33009204 - 33009104
Alignment:
Q  75 tattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||    
T  33009204 tattaatgtaagggtcaattttcttatccaaattggttcatgctcaaagcacaagaaacaatgtcataaagtagatagtatcgaaactactcgatcaaaa 33009105  T
Q  174 a 174  Q
    |    
T  33009104 a 33009104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 66 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 16075525 - 16075403
Alignment:
Q  66 tacctaaaatattagtgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttc 163  Q
    |||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||  | |||||||||  || |||||||||    
T  16075525 tacctaaaatgttggtgtaaaggctcaatttccttatccaagttggttcatactcaaagcagaagaaacaatgttataaaatagatgatatcaaaacttc 16075426  T
Q  164 tcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
    | ||| |||||||| ||||||||    
T  16075425 ttaataaaaaagaattaagaaaa 16075403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 16111184 - 16111072
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-----aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaat 168  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||     ||||||| |  |||||||| ||||  ||||||| || ||    
T  16111184 atattaatgtaagggtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaaggacaagaaataaacaatgtcttaaaatagacagtataaaaacttttcgat 16111085  T
Q  169 caaaaagaaataa 181  Q
    |||||||||||||    
T  16111084 caaaaagaaataa 16111072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 105 - 198
Target Start/End: Original strand, 9536769 - 9536864
Alignment:
Q  105 aattggttcatacccaaagcacaagaa-caatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||||| || |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  9536769 aattggttcatactcaaagcactagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtc 9536864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 32449585 - 32449883
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaa-aacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32449585 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaagaacttcaatgcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 32449684  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32449685 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 32449784  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  32449785 tttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacaaatgtataacagactcaatccaatgcaatgatgt 32449883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 34637072 - 34636776
Alignment:
Q  3 ccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttat 101  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34637072 ccaatttcgtcccccgtatacacttccagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttat 34636973  T
Q  102 ccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34636972 ccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtctt 34636873  T
Q  201 taaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34636872 taagataaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacaaatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 34636776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 56 - 297
Target Start/End: Original strand, 23260026 - 23260266
Alignment:
Q  56 tcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaac 155  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23260026 tcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatc 23260125  T
Q  156 aaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttat 254  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23260126 aaaacttctcaataaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtatttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttat 23260225  T
Q  255 caacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||  ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  23260226 ca--acacagatgtaaaacagacctaatgcaatgtaatgatgt 23260266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 10750948 - 10751145
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10750948 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 10751047  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaag 196  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10751048 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacataatagatagtatcaaaacttctcaataaaaaagaaataagaaaaatacatttaag 10751145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Original strand, 13772740 - 13773006
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13772740 cccccgtacgcacttctagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagagtcaatttccttatccaaattggt 13772839  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc------tttaag 204  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||      ||| |     
T  13772840 tcatactcaaagcacaagaaacaatgtcataatatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaatacatacaagtcatatgtttttaa 13772939  T
Q  205 gtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataa 272  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13772940 gtaaagttcatacacatttcttttgcat-tataatagtttaatcacttatcaacacacagatgaataa 13773006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 20559656 - 20559456
Alignment:
Q  25 cttcaagcaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagc 124  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  20559656 cttcaagcaaaacaccaaagcatacaccatgtcttctttgatacctaaaatgttactgtaagggtcaatttctttatccaaattggttcatactcaaagc 20559557  T
Q  125 acaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtctttaaggtaaagttcacacacatttc 224  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  20559556 acaagaacaatgcca-taaatagatactaccaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat--atttaagtctttaaggtaaagtgcatacacatttc 20559460  T
Q  225 tttt 228  Q
    ||||    
T  20559459 tttt 20559456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 56 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 24164623 - 24164375
Alignment:
Q  56 tcttctttgatacctaaaatattagtgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaa 154  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||     
T  24164623 tcttatttggtacctaaaatgttggtgtaaggggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgtcataaaatagatagtat 24164524  T
Q  155 caaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagt------ctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaat 247  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||| ||||||||    
T  24164523 caaaacttctcaatcaagaaaaaataagaaaaatacattaaagtcatatgcttcaaggtaaagtttacacacatttcttttgcat-tataatagtttaat 24164425  T
Q  248 cacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    || ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  24164424 caattatcaacacataaatgtataacagaccaaatgcaatgcaattatgt 24164375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 26182012 - 26182199
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26182012 acccaattttgttccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 26182111  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 187  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  26182112 atcaaaattggttcatactcaaagcaccggaacaatgtcatgaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat 26182199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 232 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 20558148 - 20558083
Alignment:
Q  232 tatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20558148 tatataacagtttaatcacttatcaacacacatatgtacaacagacccaatgcaatgcaatgatgt 20558083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Original strand, 11166045 - 11166153
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaa-gaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| ||||||    
T  11166045 atattaatgtaagggtcaatttccgtatccaaattggttcatactgaaagcacaataaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaa 11166144  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  11166145 aagaaataa 11166153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 23259950 - 23260014
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttg 64  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23259950 acccaatttcatcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttg 23260014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 91 - 183
Target Start/End: Original strand, 31275943 - 31276036
Alignment:
Q  91 aatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaac-aatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataaga 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||  |||| || |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31275943 aatttccttatccaaattggttcatacttaaaacacgagaaataatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcgatcaaaaagaaataaga 31276036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 31276892 - 31276852
Alignment:
Q  141 aaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataa 181  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  31276892 aaaatagatagtatcaaaacttctcaataaaaaagaaataa 31276852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 537707 - 537409
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  537707 acccaatttcgtcccccgtatgcacttccagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 537608  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  537607 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 537508  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  537507 tttaagataaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacagaaatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 537409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 42862249 - 42861984
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  42862249 cccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaattttcttatccaaattagt 42862150  T
Q  112 tcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc------tttaagg 205  Q
    | |||| |||||||| | ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||      ||| | |    
T  42862149 ttatactcaaagcaccaaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaatacatttaagtcatatgtttttaag 42862050  T
Q  206 taaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataa 272  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  42862049 taaagttcatacacatttcttttgcat-tataatagtttaatcacttatcaacacagagatgaataa 42861984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 38001850 - 38001668
Alignment:
Q  17 cgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcat 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  38001850 cgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagagccaatttccttatccaaattggttcat 38001751  T
Q  116 acccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    || |||| ||| | ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | | |||||||||| |||||    
T  38001750 acacaaaacaccaaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagattttaaaaaatacattcaagtc 38001668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 40691751 - 40691563
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40691751 cccccgtacgcacttcaagcaaaaactttaaagcatagaccatatcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 40691652  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||| |||||||| || ||||||  || |||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  40691651 tcatactcaaagcaccagaaacaatatcataaaatagataatattaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtc 40691563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 6309572 - 6309396
Alignment:
Q  12 ccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 110  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6309572 ccccccgtatgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 6309473  T
Q  111 ttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
    ||||||| |||||||| || ||| ||| || | | |||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||    
T  6309472 ttcatactcaaagcaccagaaactatgtcatatattagataatatcaaaacttatcaatcaacaagaattaataaaa 6309396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 30910630 - 30910447
Alignment:
Q  17 cgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcat 115  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30910630 cgtacgcactttaagcaaaaacttcaaagcataaaccatctcttctttcgtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcat 30910531  T
Q  116 acccaaagca-caagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    || |||| || ||  ||||||| || ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||  || |||| |||||| |||||    
T  30910530 actcaaaacaccataaacaatgtcataaagtagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagatttatgaaattacattcaagtc 30910447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 87 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 23211249 - 23211155
Alignment:
Q  87 ggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataa 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  23211249 ggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaataacaatgccacaaagtagatagtatcaaaatttctcgataaaaaataaataa 23211155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Original strand, 4557393 - 4557450
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacc 69  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  4557393 cccccgtacgcacttcaaacaaaaacttcaaagcatagaccatctcttcattggtacc 4557450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 28201974 - 28201902
Alignment:
Q  17 cgtacgcacttcaagcaa-aacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaaggg 88  Q
    ||||||| |||||||||| |||  ||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  28201974 cgtacgcgcttcaagcaagaacaccaaagaatacatcatctcttctttaatacttaaaatattggtgtaaggg 28201902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 40448368 - 40448070
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  40448368 acccaatttcgtcccccgtaagcacttcaagcaaaaacttcaaagtatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttcctt 40448269  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40448268 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 40448169  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40448168 tttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgaataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 40448070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 41339584 - 41339864
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa--cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41339584 cccccatacgcacttcaagcaaaaaacttcaaagcatggaccatcttttctttcgtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 41339683  T
Q  111 ttcatacccaaa-gcacaagaa-caatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa-tacatttaagtctttaaggta 207  Q
    ||||||| |||| |||| | || ||| | || ||| |||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  41339684 ttcatactcaaaagcaccataaacaaagtcataaagtagataatatcaaaacttatcaataaaaaagaaataataaaaatacatttaagtctttaaggta 41339783  T
Q  208 aagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatg 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41339784 aagttcatacacatttcttttgtatatataaaaatttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatg 41339864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Original strand, 35670098 - 35670364
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35670098 cccccgaacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatataccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 35670197  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc------tttaag 204  Q
    || ||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||      ||| |     
T  35670198 tcctactcaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaatacattcaagtcatatgtttttaa 35670297  T
Q  205 gtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataa 272  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  35670298 gtaaagttcatacacatttcttttgcgt-tataatagtttaatcagttatcaacacacagatgaataa 35670364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 53 - 289
Target Start/End: Original strand, 12773805 - 12774048
Alignment:
Q  53 atctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatag 151  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||    
T  12773805 atctcttctttggtacctaaaaggttagtgtaagtgtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgtcataagatagatag 12773904  T
Q  152 taacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaag------tctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagttt 244  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||    
T  12773905 taccaaaacttctcaatcaaaaagaattaagaaaaatacatttaagtcatattctttaaggtaaagttcacacacatttcctttgtat-tataatagttt 12774003  T
Q  245 aatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgc 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  12774004 aatcacttatcaacacacaaatgcataacagactcaatgcaatgc 12774048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 40728761 - 40728947
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40728761 cccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagactatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttattcaaattggt 40728860  T
Q  112 tcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||| |||||||| | ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  40728861 tcatactcaaagcaccaaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaatacattcaagtc 40728947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 18292074 - 18292262
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18292074 cccccatatgcacttcaagcaaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 18292173  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||| | |||||||| || ||||||| ||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  18292174 tcatcctcaaagcaccagaaacaatgtcatgaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtc 18292262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 190
Target Start/End: Original strand, 34397187 - 34397365
Alignment:
Q  14 ccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggtt 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  34397187 ccccgtacgtacttcaagcaaaaacttcaaagctcagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttattcaaattgatt 34397286  T
Q  113 catacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaataca 190  Q
    ||||| |||||||| || ||||||| ||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  34397287 catactcaaagcaccagaaacaatgtcatgaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaataca 34397365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 44789392 - 44789194
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaa-aacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||| | |||  |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  44789392 acccaattttgtcccatgtacgcacttcaggcaataacttcaaagcatagaccatct--tctttggtacctaaaatgttagtgtgagggtcaatttcctt 44789295  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataa-gaaaatacatttaagt 197  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||| || |||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||  |||||||||| ||||    
T  44789294 atccaaattggttcatactcaaagcacaggaaactatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaacaagaattaataaaaatacattcaagt 44789195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 74 - 229
Target Start/End: Original strand, 28266544 - 28266705
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| || |||||||| | || ||| ||||||||||||||    
T  28266544 atattaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagacaatatcaacacttctcaatcaaa 28266643  T
Q  173 aagaaataagaaaatacatttaag------tctttaaggtaaagttcacacacatttcttttg 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  28266644 aagaattaagaaaatacattcaagtcatattctttaa-gtaaagttcacacacatttcatttg 28266705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 190
Target Start/End: Original strand, 23827782 - 23827899
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| ||||||    
T  23827782 atattaatgtaagggttaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaa 23827881  T
Q  173 aagaaataagaaaataca 190  Q
    ||||||||| || |||||    
T  23827882 aagaaataaaaatataca 23827899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 29271452 - 29271283
Alignment:
Q  19 tacgcacttcaagcaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatac 117  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||| |||| | | | |||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29271452 tacgcgcttcaaggaaaacaccaaatcatacaccgtatcttctttgatacctaaaatgttggtgtatgggctcaatttccttgtccaaattggttcatac 29271353  T
Q  118 ccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
      |||||||||| |||| || |  |||||||||| || ||||| |||||||||||| |  ||||||||||    
T  29271352 taaaagcacaagaaacagtgtcgtaaaatagataatatcaaaaattctcaatcaaacatgaataagaaaa 29271283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 11387755 - 11387647
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaa-gaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||     |||||||||| ||  ||| |||||| ||||||    
T  11387755 atattaatataagggttaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcacaataaacaatattctaaaatagataatataaaatcttctcgatcaaa 11387656  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  11387655 aagaaataa 11387647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Original strand, 46403919 - 46404216
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46403919 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 46404018  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtct 199  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46404019 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtct 46404118  T
Q  200 ttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatat--aacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgat 295  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46404119 ttaaggtaaagttcatacacatttcctttgtatatatacaacagtttaatcatttatcaacagacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgat 46404216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 7336011 - 7336311
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7336011 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttgttacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 7336110  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7336111 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 7336210  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttg--tgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatg 296  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7336211 tttaaggtaaagttcatacacatttcctttgtatatatataacagtttaatcatttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatg 7336310  T
Q  297 t 297  Q
    |    
T  7336311 t 7336311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 4 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 16976202 - 16975909
Alignment:
Q  4 caatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatc 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16976202 caatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatc 16976103  T
Q  103 caaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtcttt 201  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16976102 caaattggttcatactcaaaacacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtcttt 16976003  T
Q  202 aaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16976002 aaggtaaagttcatacacatttattttgtatatataacagtttaatcacttatca--acacagatgtataatagacccaatgcaatgcaatgatgt 16975909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 5004048 - 5004348
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5004048 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagatcatctcttatttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 5004147  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5004148 atccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaataccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 5004247  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtat--ataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatg 296  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5004248 tttaaggtaaagttcatacacatttccttggtatatacataacagtttaatcatttatcaacacacagatgtattatagacccaatgcaatgcaatgatg 5004347  T
Q  297 t 297  Q
    |    
T  5004348 t 5004348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 9104973 - 9104696
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagca-aaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  9104973 cccccgtacgcacttcaagcagaaacttcaaagcatagacaatctcttctttggtacctaaaatattagtgcaaggatcaatttccttatccaaattggt 9104874  T
Q  112 tcatacccaaagcacaagaa-caatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa-tacatttaagtctttaaggtaaa 209  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  9104873 tcatactcaaagcacaagaaacaatgccataaaataaatagtatcgaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagt-tttaaggtaaa 9104775  T
Q  210 gttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatg 288  Q
    ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9104774 gttcatacacatttctgttgtatatataacagtttaatcacttatcaacacacatatgtataacagacccaatgcaatg 9104696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 297
Target Start/End: Original strand, 11937222 - 11937506
Alignment:
Q  14 ccccgtacgcacttcaagcaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttc 113  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11937222 ccccgcacgcgcttcaagcaaaacaccaaagcataca-catgtcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttc 11937320  T
Q  114 atacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataa-gaaaatacatttaagt------ctttaagg 205  Q
    |||  ||||||| ||| ||||||| || ||||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||      ||||||      
T  11937321 atattcaaagcataagaaacaatgtcataaaa---atagtatcaaaacttctcaattaaaaagaaataaggaaaatacattcaagttatatgctttaa-a 11937416  T
Q  206 taaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11937417 taaggttcacaca-atttcttttg-ctttataatagtttaatcacttatcaacacacaaatgtataacagacccaatgcaatgcaattatgt 11937506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 186
Target Start/End: Original strand, 43277374 - 43277548
Alignment:
Q  14 ccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43277374 ccccgtacgcacttcaagcaaaaacaccaaagtatagaccatctcttctttagtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggtt 43277473  T
Q  113 catacccaaagca-caagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
    ||||| ||||||| ||  ||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  43277474 catactcaaagcaccataaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttatcaataaaaaaaaattaagaaaa 43277548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 8731575 - 8731443
Alignment:
Q  56 tcttctttgatacctaaaatattagtgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagta 153  Q
    ||||||||  |||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  8731575 tcttctttagtacctaaaatgttgatgtaaggggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgccataaaatagatagta 8731476  T
Q  154 acaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
     ||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  8731475 tcaagacttatcaatcaaaaagaaattagaaaa 8731443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 9083462 - 9083330
Alignment:
Q  56 tcttctttgatacctaaaatattagtgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagta 153  Q
    ||||||||  |||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  9083462 tcttctttagtacctaaaatgttgatgtaaggggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgccataaaatagatagta 9083363  T
Q  154 acaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
     ||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9083362 tcaagacttatcaatcaaaaagaaattagaaaa 9083330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 5704729 - 5704621
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| ||||||    
T  5704729 atattaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaa 5704630  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  5704629 aagaaataa 5704621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 1461571 - 1461464
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||| ||||| |||| || |||    
T  1461571 atattaatgtaagagtcaatttccttatccaaattagttcatactcaaagcacaagaaacaatgccctaaaatagataataa-aaaacctctcgattaaa 1461473  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  1461472 aagaaataa 1461464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 90 - 198
Target Start/End: Original strand, 17542113 - 17542223
Alignment:
Q  90 caatttccttatccaaattggttcatacccaaagca-caagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaat 187  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||| || |||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||| |||||    
T  17542113 caatttccttatccaaattagttcatactcaaagcaccataaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttaccaatcaaaaagaattaagaaaaat 17542212  T
Q  188 acatttaagtc 198  Q
    ||||| |||||    
T  17542213 acattcaagtc 17542223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 16972718 - 16972610
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| |||||| |||||||| ||||| | ||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| ||| || ||||||    
T  16972718 atattaatgtaagagtcaatttacttattctaattacttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttttccatcaaa 16972619  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  16972618 aagaaataa 16972610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0413 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:

Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 319 - 19
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  319 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttgttacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 220  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  219 atccaaattgattcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 120  T
Q  199 tttaaggtaaagttcacacacatttcttttg--tgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatg 296  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  119 tttaaggtaaagttcatacacatttcctttgtatatatataacagtttaatcatttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatg 20  T
Q  297 t 297  Q
    |    
T  19 t 19  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 1657 - 1858
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1657 acccaatttcgtcccccgtatgcacttccagcaaaaacttcaaagtatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttcctt 1756  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1757 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 1856  T
Q  199 tt 200  Q
    ||    
T  1857 tt 1858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 82 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 35840955 - 35840786
Alignment:
Q  82 gtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataa 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  35840955 gtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaattaaaaagaaatag 35840856  T
Q  182 g-aaaatacatttaagtctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcac 250  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35840855 gaaaaatacatttaagtctttaaggtaaagttcatacacatttcttttgtatatataacagtttaatcac 35840786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 3 - 289
Target Start/End: Original strand, 40840846 - 40841135
Alignment:
Q  3 ccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttat 101  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40840846 ccaatttgtccccccgtacgcacttcaagcaaaaactttaaagcatagaccatctcttctttggtacataaaatgttagtgtaagggtcaatttccttat 40840945  T
Q  102 ccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa-tacattta----- 194  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||     | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |         
T  40840946 ccaaattagttcatactcaaagcacaagaaacaatg-----agatagatagtaccaaaacttctcaaacaaaaagaattaagaaaattacattcaattca 40841040  T
Q  195 -agtctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgtgtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgc 289  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||    
T  40841041 tattctttaagttaaagttcacacacatttcctttgtat-tataatagtttaatcacttatcaacacacaaatgcatagcagacccaatgcaatgc 40841135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Original strand, 41957790 - 41957975
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41957790 cccccatacgcactacaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 41957889  T
Q  112 tcatacccaaagcacaagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||| ||||||| |  ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  41957890 tcatactcaaagca-agaaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaatacattcaagtc 41957975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 6150392 - 6150220
Alignment:
Q  16 ccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttca 114  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6150392 ccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtatctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttca 6150293  T
Q  115 tacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
    ||| |||| ||| || ||||||| || |||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  6150292 tactcaaaacaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttaccaatcaaaaagaattaagaaaa 6150220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 13 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 44436977 - 44436790
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  44436977 cccccatacgcacttcaagcaaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcgatttccttatccaaattgat 44436878  T
Q  112 tcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaat-aagaaaatacatttaagtc 198  Q
    |||||| |||||||| || ||||||| ||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | || |||||||||| |||||    
T  44436877 tcatactcaaagcaccagaaacaatgtca-taaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaaaaaaaatacattcaagtc 44436790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 131
Target Start/End: Original strand, 22815652 - 22815783
Alignment:
Q  1 acccaatttcgccccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttcctt 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  22815652 acccaatttcgtcccccgtacgcacttcaagcaaaaacttcaaatcatagactatctcttcattggtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttcatt 22815751  T
Q  100 atccaaattggttcatacccaaagcacaagaa 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  22815752 atccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 22815783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 81 - 181
Target Start/End: Original strand, 12659338 - 12659439
Alignment:
Q  81 tgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaat 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||    
T  12659338 tgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaagaaat 12659437  T
Q  180 aa 181  Q
    ||    
T  12659438 aa 12659439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 10251053 - 10250945
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||   ||||||||||| |  ||| |||||| || |||    
T  10251053 atattaatgtaagagtcaatttccttatccaaattggttcatactaaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagcatgaaatcttctcgataaaa 10250954  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  10250953 aagaaataa 10250945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 297
Target Start/End: Original strand, 32699 - 32949
Alignment:
Q  33 aaaacttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaac 132  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32699 aaaacttcaaagcatagaccatctc--ctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaac 32796  T
Q  133 aatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaa--atacatttaagtctttaaggtaaagttcacacacatttcttttgt 230  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |    
T  32797 aaagccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagagataaaaaaagatacatttaagt-tttaaggtaaagttcatacacatatctttttt 32895  T
Q  231 gtatataacagtttaatcacttatcaacacacagatgtataacagacccaatgcaatgcaatgatgt 297  Q
     ||||||| ||||||             ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32896 atatataatagttta-------------acacagatgtataacagactcaatgcaatgcaatgatgt 32949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1838 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:

Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1062 - 840
Alignment:
Q  13 cccccgtacgcacttcaagcaaaa-cttcaaagcatagatcatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 111  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1062 cccccgtacacacttcaagaaaaaacttcaaagcatggaccatctcttctttggtacttaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggt 963  T
Q  112 tcatacccaaagca-caagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaaagaaataag-aaaatacatttaagtc----tttaagg 205  Q
    |||||  ||||||| ||  ||||||| || ||| |||| | || |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    ||| | |    
T  962 tcata-tcaaagcaccataaacaatgtcataaagtagaaaatatcaaaacttatcaatcaaaaagaaataagaaaaatacattcaagtcatatttttaag 864  T
Q  206 taaagttcacacacatttcttttg 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  863 taaagttcacacacatttcatttg 840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0120 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0120
Description:

Target: scaffold0120; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Original strand, 2115 - 2223
Alignment:
Q  74 atattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaa 172  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| ||||||    
T  2115 atattaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaa 2214  T
Q  173 aagaaataa 181  Q
    |||||||||    
T  2215 aagaaataa 2223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 190
Target Start/End: Original strand, 356356 - 356472
Alignment:
Q  75 tattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||  ||| |||||| |||||||    
T  356356 tattaatgtaagggtcaatttccttattcaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaa 356455  T
Q  174 agaaataagaaaataca 190  Q
    |||||||| || |||||    
T  356456 agaaataaaaatataca 356472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 11510 - 11403
Alignment:
Q  75 tattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcac-aagaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||   |||||||||||||  |||  |||||||||||||    
T  11510 tattaatgtaaggatcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaaaaaacaatgctctaaaatagatagtataaaattttctcaatcaaaa 11411  T
Q  174 agaaataa 181  Q
    ||||||||    
T  11410 agaaataa 11403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 66 - 186
Target Start/End: Original strand, 242430 - 242552
Alignment:
Q  66 tacctaaaatattagtgtaa-gggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttc 163  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  | ||| |||||  || |||||||||    
T  242430 tacctaaaatgttggtgtaaagggtcaatttccttgttcaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgttataaattagatgatatcaaaacttc 242529  T
Q  164 tcaatcaaaaagaaataagaaaa 186  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  242530 tcaatcaaaaagaattaagaaaa 242552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 89970 - 89863
Alignment:
Q  75 tattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaa-gaacaatgccacaaaatagatagtaacaaaacttctcaatcaaaa 173  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||  |||||||||  ||||||||   |||||||||||||  ||| ||||||  ||||||    
T  89970 tattaatgtaagggtcaattttcctatccaaattgggtcatacttaaagcacaataaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcggtcaaaa 89871  T
Q  174 agaaataa 181  Q
    ||||||||    
T  89870 agaaataa 89863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University