View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7025_low_2 (Length: 743)

Name: NF7025_low_2
Description: NF7025
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7025_low_2
NF7025_low_2
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (180-537)||(35305105-35305463)
chr5 (183-453)||(21255998-21256266)
chr5 (5-194)||(21256349-21256539)
chr5 (1-193)||(17823254-17823446)
chr5 (1-194)||(41949581-41949773)
chr5 (127-194)||(35304957-35305024)
chr5 (44-120)||(15543938-15544014)
chr5 (5-97)||(43233662-43233753)
chr5 (534-571)||(21255907-21255944)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (182-537)||(5444036-5444386)
chr4 (1-194)||(5444422-5444614)
chr4 (180-253)||(55850266-55850339)
chr4 (1-194)||(11814847-11815038)
chr4 (180-250)||(11814703-11814773)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (183-537)||(18703515-18703870)
chr1 (183-537)||(9906309-9906661)
chr1 (19-193)||(35267719-35267893)
chr1 (180-253)||(35267989-35268062)
chr1 (1-194)||(9906035-9906226)
chr1 (104-194)||(18703387-18703478)
chr1 (534-571)||(18703882-18703919)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (183-453)||(24038837-24039105)
chr2 (183-453)||(31269953-31270221)
chr2 (5-194)||(24039188-24039377)
chr2 (5-194)||(31269681-31269870)
chr2 (127-193)||(36316583-36316650)
chr2 (495-537)||(31270221-31270263)
chr2 (534-565)||(24038752-24038783)
chr2 (495-536)||(24038796-24038837)
chr2 (1-30)||(36316530-36316559)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (235-455)||(4677268-4677489)
chr8 (178-453)||(26174802-26175071)
chr8 (183-453)||(7275636-7275901)
chr8 (5-194)||(26175147-26175339)
chr8 (5-194)||(7275363-7275553)
chr8 (149-193)||(4677507-4677551)
chr8 (317-397)||(29864914-29864994)
chr8 (500-537)||(29865087-29865124)
chr8 (495-537)||(7275901-7275943)
chr8 (495-537)||(26174760-26174802)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (178-453)||(6823540-6823813)
chr6 (5-194)||(6823236-6823427)
chr6 (495-537)||(6823813-6823855)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (211-537)||(7734612-7734931)
chr7 (183-437)||(41832000-41832252)
chr7 (178-359)||(34512293-34512473)
chr7 (5-194)||(34512552-34512746)
chr7 (5-194)||(41832335-41832525)
chr7 (1-194)||(7737011-7737203)
chr7 (1-193)||(219261-219448)
chr7 (186-255)||(7736902-7736971)
chr7 (1-80)||(23612133-23612212)
chr7 (495-537)||(41831942-41831984)
[»] scaffold1412 (3 HSPs)
scaffold1412 (178-453)||(268-542)
scaffold1412 (41-194)||(2-155)
scaffold1412 (495-537)||(542-584)
[»] scaffold0001 (3 HSPs)
scaffold0001 (178-453)||(145127-145401)
scaffold0001 (5-194)||(144862-145053)
scaffold0001 (495-537)||(145401-145443)
[»] scaffold0525 (3 HSPs)
scaffold0525 (183-437)||(6414-6666)
scaffold0525 (5-154)||(2248-2396)
scaffold0525 (495-537)||(6682-6724)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (178-421)||(42657287-42657527)
chr3 (5-194)||(4607167-4607356)
chr3 (180-250)||(10745186-10745256)
chr3 (127-168)||(10745351-10745392)
chr3 (127-194)||(42656484-42656551)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (1-194)||(22628-22814)
[»] scaffold0862 (1 HSPs)
scaffold0862 (5-97)||(49-141)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 180 - 537
Target Start/End: Original strand, 35305105 - 35305463
Alignment:
Q  180 acaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgat 279  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  35305105 acaacgcttaactattcatgacggaagcatatcaacatgtcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaatacaaggatatccaaaatcaatgat 35305204  T
Q  280 gatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaac 379  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35305205 gatatccaaa-gaaaaagaagtgcaaggaagggtcaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccctgaagcaac 35305303  T
Q  380 aagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaaccggtaaactacagggcatgtcaaca 479  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  35305304 aagatcaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgtcgagccgagacaaaaagaaccaaatgaaacctgtaaactacagggcatgtcaaca 35305403  T
Q  480 --aacaaagaaacaaggagccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
      ||||||  ||||| |||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  35305404 gcaacaaaagaacaatgagccaatagagatgcatagccatgcaatgtgtcttcaaaccat 35305463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 183 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 21256266 - 21255998
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  21256266 acgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatccaaaatcaatgatgat 21256167  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21256166 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 21256067  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  21256066 accaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 21255998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 21256539 - 21256349
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| || ||||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||    
T  21256539 gaaaatacaaggaaagatgctagaaatacattggccaagaacatag-caacaatcaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgtaacca 21256441  T
Q  105 attgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagcc-aattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
     ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||    
T  21256440 cttggaggaagaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatctggtagaagccaatcatcaacaaagccttaaaaaggcacaacgcttaaccat 21256349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 17823446 - 17823254
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  17823446 aaatgaaaatacaatgagagatgctggaaatacatcggctaaaagcatagtcaacaagcaaatgcttattcaacaagaagaaaccataattcaaggttta 17823347  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 193  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||  |||| ||||| ||||||     ||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17823346 accacttggaggaagaagcaacaaatcaacccttaatcaccattcaacagaaattatcatcaacaaagccgattaaggcacaacgcttaacca 17823254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Original strand, 41949581 - 41949773
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| || |  | || || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||  |    
T  41949581 aaatgaaaatacaaggaaagatgccggaaatatatcggccaagagaagag-cagcaaccaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaatgtgta 41949679  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  41949680 accacttggaggaagaagcaacaaaccaacacttaaccaccatccggtagaagccaacatcgacaaagccataaaaggcacaacgcttaaccat 41949773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 194
Target Start/End: Original strand, 35304957 - 35305024
Alignment:
Q  127 caacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  35304957 caacgcttaaccaccatccggtagaagcaaacaaccacaaagccataaaaggcacaacgcttaaccat 35305024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 120
Target Start/End: Original strand, 15543938 - 15544014
Alignment:
Q  44 aacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaaccaattgaaggaagaagca 120  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | ||  ||| |||||||||||    
T  15543938 aacatagtcatcaagcgaatgcttatccaacaaaaagaaaccacaacttaaggtttacccgcttggaggaagaagca 15544014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 5 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 43233753 - 43233662
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggt 97  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| |||||| | || |  |||| || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  43233753 gaaaatacaaggaaagataccggaaatacatcgaccaagagaatag-caacaaccaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggt 43233662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 534 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 21255944 - 21255907
Alignment:
Q  534 ccatgttgatgcattcaaaccataggtcaaaatcaatg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  21255944 ccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaaccaatg 21255907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 182 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 5444386 - 5444036
Alignment:
Q  182 aacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatga 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5444386 aacgcttaaccattcatgacggaagcgtatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcagaagacaagaaaa-caaggatatccaaaatcaatgatga 5444288  T
Q  282 tatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaa 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5444287 tatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaaatcttcaatggaaggagatcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggcaccatgaagcaacaa 5444188  T
Q  382 gaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaaccggtaaactacagggcatgtcaa---c 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||   |    
T  5444187 gaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagtcgagacaaaa-taaccaaatgcaacttgtatactacagggcatgtcaacagc 5444089  T
Q  479 aaacaaagaaacaaggagccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||||||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5444088 aaacaaaaaaacaaggagccaat------gcatggccatgtgatgtgtcttcaaaccat 5444036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 5444614 - 5444422
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  5444614 aaatgaaaatacaagtaaagatgccggaaatacatcggccaagagcatag-caacaaccaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgga 5444516  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    | || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  5444515 atcatttggaggaagaagcaacaaagcaacgcttaaccaccatccggtagaagccaacatcaacaaagccataaaaggcacaacgcttaaccat 5444422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 180 - 253
Target Start/End: Original strand, 55850266 - 55850339
Alignment:
Q  180 acaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaa 253  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55850266 acaacgcttaaccattcatgatggaagcatatcaacatgtcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaa 55850339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 11815038 - 11814847
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||    |||||| || | ||||| || ||| ||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  11815038 aaatgaaaatacaagtagagatgccggaagtttatcggccaagagcatag-caacaaccaaatgcttatccaaccagaggaaaccacaactcaaggttta 11814940  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||  |||| | |||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||   |||||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  11814939 accgcttgatg-aagaagcaacaaaacaacgcttaaccaccatatggtagaagcaagcaagcacaaagccataaaagacacaacgcttaaccat 11814847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 180 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 11814773 - 11814703
Alignment:
Q  180 acaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaa 250  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  11814773 acaacgccaaaccattcatgacgaaagcctatcaacatggcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaa 11814703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 183 - 537
Target Start/End: Original strand, 18703515 - 18703870
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | ||||||||||||||||||||||    
T  18703515 acgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaaacacaagacaagaagagtaaagatatccaaaatcaatgatgat 18703614  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18703615 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtctacaatggaatgaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaagataccatgaagcaacaag 18703714  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaaccggtaaactacagggcatgtcaaca--a 480  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |    
T  18703715 accaaggttccaa-agata-aaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaacctgtatgctacagggcatgtcaacaaca 18703812  T
Q  481 acaa-agaaacaaggagccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    |||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18703813 acaacaaaaacaaggagccaatagagatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 18703870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 183 - 537
Target Start/End: Original strand, 9906309 - 9906661
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  9906309 acgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatccaaaatcaatgatgat 9906408  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9906409 atccaaaagaaaaag---tgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 9906505  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaaccggtaaactacagggcatgt-----caa 477  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||     |||    
T  9906506 accaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagctgagac--aagaaaccaaatgcaacctgtatactacagggcatgtaacagcaa 9906601  T
Q  478 caaacaaagaaacaaggagccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9906602 caaaaaaaaaaacaaggagccaatggagatgcatagccatgtgatatgtcttcaaaccat 9906661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 193
Target Start/End: Original strand, 35267719 - 35267893
Alignment:
Q  19 agatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaaccaattgaaggaagaag 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||    
T  35267719 agatgccggaaacacatcggctaaaagcaaagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagaaaccacaactcaaggtttaaccgcttgaaggatgaag 35267818  T
Q  119 catcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 193  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  35267819 catcaaagcaacgcttaaccaccatccggcagaagcaatcatcaacaatgccaattaaggcacaacacttaacca 35267893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 180 - 253
Target Start/End: Original strand, 35267989 - 35268062
Alignment:
Q  180 acaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaa 253  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35267989 acaacgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatggcttaaccatcatgaacagaagcacaacacaagaa 35268062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Original strand, 9906035 - 9906226
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  || || |||||||| || |  |||| || ||| ||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  |    
T  9906035 aaatgaatatacaatgaaagatgtcgggaatacatcggccaagagaatag-caacaaccaaatgcctatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgta 9906133  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    | || ||| ||  ||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  9906134 atcacttggag--agaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatccggtagaagccaatcaacaacaaagccttaaaaggcacaacgcttaaccat 9906226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 194
Target Start/End: Original strand, 18703387 - 18703478
Alignment:
Q  104 aattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    ||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||    
T  18703387 aattggaggaagaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatccggtagaagccaatcatcaacagagccttaaaaggcacaacgcttaaccat 18703478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 534 - 571
Target Start/End: Original strand, 18703882 - 18703919
Alignment:
Q  534 ccatgttgatgcattcaaaccataggtcaaaatcaatg 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  18703882 ccatgttgatgcattcaaaccataggccaaaaccaatg 18703919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 183 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 24039105 - 24038837
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  24039105 acgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatccaaaatcaatgatgat 24039006  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24039005 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 24038906  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||    
T  24038905 accaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaagaaaaaccaaatgcaa 24038837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 183 - 453
Target Start/End: Original strand, 31269953 - 31270221
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  31269953 acgcttaaccattaatgacaaaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatccaaaatcaatgatgat 31270052  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||     
T  31270053 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactacacaccaaaggtaccataaagcaacaaa 31270152  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    | ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  31270153 aacaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 31270221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 24039377 - 24039188
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| || ||||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||    
T  24039377 gaaaatacaaggaaagatgctagaaatacattggccaagaacatag-caacaatcaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgtaacca 24039279  T
Q  105 attgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
     ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  24039278 cttggaggaagaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatctggtagaagccaatcatcaacaaagccttaaaaggcacaacgcttaaccat 24039188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Original strand, 31269681 - 31269870
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| || ||||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||    
T  31269681 gaaaatacaaggaaagatgctagaaatacattggccaagaacatag-caacaatcaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgtaacca 31269779  T
Q  105 attgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
     ||| ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  31269780 cttggaggaagaagcaacagaccaacgcttaaccaccatctggtagaagccaatcatcaacaaagccttaaaaggcacaacgcttaaccat 31269870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 127 - 193
Target Start/End: Original strand, 36316583 - 36316650
Alignment:
Q  127 caacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatc-aacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36316583 caacgcttaaccaccatctggtagaagcaaacaaccaacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 36316650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Original strand, 31270221 - 31270263
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31270221 agccaatcgagatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 31270263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 534 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 24038783 - 24038752
Alignment:
Q  534 ccatgttgatgcattcaaaccataggtcaaaa 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24038783 ccatgttgatgcattcaaaccataggtcaaaa 24038752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 24038837 - 24038796
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaacca 536  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24038837 agccaatagagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaacca 24038796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 30
Target Start/End: Original strand, 36316530 - 36316559
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaa 30  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36316530 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaa 36316559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 235 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4677489 - 4677268
Alignment:
Q  235 cagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaa-tcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaagga 333  Q
    ||||||||||||| ||  | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4677489 cagaagcacaagaaaaagagaacaaggatatccaaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaaatctacaatggaagga 4677390  T
Q  334 ggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgag 433  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677389 ggtcatatgttgaataaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgag 4677290  T
Q  434 acaaaaggaaccaaatgcaacc 455  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  4677289 acaaaaagaaccaaatgcaacc 4677268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 178 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26175071 - 26174802
Alignment:
Q  178 gcacaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaa-ctaggatatccaaaatcaat 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  26175071 gcacaacgcttaaccattcatgacgaaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaaaacaagaaaaaacaaggatatccaaaatcaat 26174972  T
Q  277 gatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagc 376  Q
    |||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  26174971 gatgatatccaaaagaa------gtgcaaggaagggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacgtcacaccaaaggtaccatgaagt 26174878  T
Q  377 aacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
     |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |  ||||||||||||    
T  26174877 gacaagaccaaggttccaa-agataagaaaagagatgccctccgatgctgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 26174802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 183 - 453
Target Start/End: Original strand, 7275636 - 7275901
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||| |||||||||||||||    
T  7275636 acgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatctaaaatcaatgatgat 7275735  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
     ||||||||||||||   ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7275736 ctccaaaagaaaaag---tgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacatcaaaggtaccatgaagcaacaag 7275832  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  7275833 accaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgcgctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 7275901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 26175339 - 26175147
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaaca---tagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaa 101  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  26175339 gaaaatacaaggaaagatgccgggaacacatcggctaaaaaaaaaatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccaaaactcaagattgaa 26175240  T
Q  102 ccaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26175239 ccaattgaaggaagaagcatcaaagcaacgcttaaccaccatccggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcaccacgcttaaccat 26175147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Original strand, 7275363 - 7275553
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| || ||||||| || ||| |||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||  || ||    
T  7275363 gaaaatacaaggaaagatgccagaaatacattggccaagaacatag-caacaatcaaaggcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgtaatca 7275461  T
Q  105 a-ttgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
      ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||    
T  7275462 ccttggaggaagaagcagcaaaccaacgcttaaccaccatccggtagaagccaatcatcaacaaagccttaaaaggcacaatgcttaaccat 7275553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 4677551 - 4677507
Alignment:
Q  149 agaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677551 agaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 4677507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 317 - 397
Target Start/End: Original strand, 29864914 - 29864994
Alignment:
Q  317 aatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaaga 397  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||||||    
T  29864914 aatctacaatggaaggagatcatatgttagacaaacttcacacctaaggttccatgtagcaccaataccaaagttccaaga 29864994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 537
Target Start/End: Original strand, 29865087 - 29865124
Alignment:
Q  500 atggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865087 atggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 29865124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Original strand, 7275901 - 7275943
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7275901 agccaatagagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccat 7275943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 26174802 - 26174760
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26174802 agccaatagagatgcatagccatgtgatatgtcttcaaaccat 26174760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 8e-97; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 178 - 453
Target Start/End: Original strand, 6823540 - 6823813
Alignment:
Q  178 gcacaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatg 277  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||    
T  6823540 gcacaacgcttaaccattcatgccagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaaggatatccaacaacaatg 6823639  T
Q  278 atgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagca 377  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  6823640 atgatatctaaaaaaaaaagaagcgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaagataccatgaagca 6823739  T
Q  378 acaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  6823740 acaagaccaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaagaaaaaccaaatgcaa 6823813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Original strand, 6823236 - 6823427
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacata--gtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaac 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6823236 gaaaatacaaggaaagatgccggaaacacatcggctaaaaaaatatagtcatcaaacaagagcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaac 6823335  T
Q  103 caattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  6823336 caattgaaggaaggagcatcaaagcaacgcttaaccaccatccggtagaagccaatatccacaaagccataaaaggcacaacgcttaaccat 6823427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Original strand, 6823813 - 6823855
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6823813 agccaatagagatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 6823855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 211 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 7734931 - 7734612
Alignment:
Q  211 tcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaa 310  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||     
T  7734931 tcaacatgactgaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaa-caatgatatccaaaatcaatgatgatatccaagagaaaaacaattgcaaggaag 7734833  T
Q  311 ggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagaccaaggttccaagagatataaaaagag 410  Q
    | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||  |    
T  7734832 gccccaaatctacaatggaaggagatcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaagacctaggttctaagagatatagaaaagg 7734733  T
Q  411 atgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaaccggtaaactacagggcatgtcaacaaacaaagaaacaaggagccaatggagaggca 510  Q
    | |||||||||||| ||||||||   |||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||   |||| ||| ||| || || |||||||||| |||    
T  7734732 acgccctccaatgctgagccgag---aaaataaccaaaagcaacctgtaaactacagggcatgt---caaaaaaaaaaaaaaagatccaatggagatgca 7734639  T
Q  511 tagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  7734638 tagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 7734612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 183 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 41832252 - 41832000
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  41832252 acgcttaaccatttatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatccaaaatcaatgatgat 41832153  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  41832152 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcataccaaaggtaccatgaagcaacaag 41832053  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaa 437  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41832052 accaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaa 41832000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 178 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 34512473 - 34512293
Alignment:
Q  178 gcacaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatg 277  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34512473 gcacaacgcttaaccattcatgacagaagcttattaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaaggatatccaaaatcaatg 34512374  T
Q  278 atgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacac 359  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34512373 atgatatccaaaag-aaaagaagtgcaaggaagggccaaagtctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacac 34512293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34512746 - 34512552
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaa-----catagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttg 99  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34512746 gaaaatacaaggaaagatgccggaaacacatcggctaaaaaaaaaacatagtcatcaagcaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttg 34512647  T
Q  100 aaccaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||  |||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  34512646 aaccaattgaatgaaggagcatcaaagcaacgcttaaccaccatccggtagaagccaatattcacaaagccataaaaggcataacgcttaaccat 34512552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 41832525 - 41832335
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttg-aacc 103  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| || ||||||  || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||    
T  41832525 gaaaatacaaggaaagatgccagaaatacattggccaagaacataa-caacaatcaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaagggtgtaacc 41832427  T
Q  104 aattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaag-caatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    | ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||    
T  41832426 acttggaggaagaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatctggtagaagccaatcatcaacaaagccttaaaaggcacaacgcttaaccat 41832335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7737203 - 7737011
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| | || | |||||  | ||| ||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |    
T  7737203 aaatgaaaatacaaagaaagatgccggaaatacatcgaccaagagcatagaaa-caaccaaatgcttattcaacaagaggaaaccacaactcaaggttta 7737105  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||  |||||||||||  ||||| | ||||||| | |||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  7737104 accacttggaggaagaagcaacaaaacaacgcttaactgccatccgatagaagccaacatccacaaagccattgaaggcacaacacttaaccat 7737011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Original strand, 219261 - 219448
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    ||||||||| ||||||| |||||   |||||||||| || ||   | ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |    
T  219261 aaatgaaaaaacaaggagagatgtaagaaacacatcagccaa---cctagtcatcaagaaagtgcttatccaacaagaagaaac-acaactcaaggttta 219356  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaacca 193  Q
    |||  |||||| || || || |||  ||||| ||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  219357 accgcttgaagaaaaaa-caacaaatcaacgtttaaccaccatctggcagaagttgtcatcaacaaagacaattaggggacaacgcttaacca 219448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 7736971 - 7736902
Alignment:
Q  186 cttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaa 255  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  7736971 cttaaccgttcatgatagaagcttatcaatatgactgaaccatcatgaacaaaagcataatacaagaaaa 7736902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 23612212 - 23612133
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaag 80  Q
    ||||||||| ||||||| | |||| ||||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||||    
T  23612212 aaatgaaaacacaaggagaaatgccggaaatacatcgaccaaaaacatagtcaacaaccaaatacttatccaacatgaag 23612133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 41831984 - 41831942
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41831984 agccaatagagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccat 41831942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412 (Bit Score: 177; Significance: 5e-95; HSPs: 3)
Name: scaffold1412
Description:

Target: scaffold1412; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 178 - 453
Target Start/End: Original strand, 268 - 542
Alignment:
Q  178 gcacaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatg 277  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||    
T  268 gcacaatgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaaggatatccaacaacaatg 367  T
Q  278 atgatatccaaaagaaaaa-gaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagc 376  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  368 atgatatccaaaaaaaaaaagaagcgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtaccatgaagc 467  T
Q  377 aacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  468 aacaagaccaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagccaagacaagaaaaaccaaatgcaa 542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 194
Target Start/End: Original strand, 2 - 155
Alignment:
Q  41 aaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaaccaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccac 140  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  2 aaaaatatagtcatcaaacaagagcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaaccaattgaaggaaggagcatcaaagcaacgcttaaccac 101  T
Q  141 catctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||| ||||||||| |  ||| |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  102 catccggtagaagccaatatccacaaagccataaaaggcacaacgcttaaccat 155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Original strand, 542 - 584
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  542 agccaatagagatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 177; Significance: 5e-95; HSPs: 3)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 178 - 453
Target Start/End: Original strand, 145127 - 145401
Alignment:
Q  178 gcacaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatg 277  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||    
T  145127 gcacaatgcttaaccattcatgacagaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaacaaggatatccaacaacaatg 145226  T
Q  278 atgatatccaaaagaaaaa-gaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagc 376  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  145227 atgatatccaaaaaaaaaaagaagcgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcacaccaaaggtaccatgaagc 145326  T
Q  377 aacaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaaaaggaaccaaatgcaa 453  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  145327 aacaagaccaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagccaagacaagaaaaaccaaatgcaa 145401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Original strand, 144862 - 145053
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacata--gtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaac 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  144862 gaaaatacaaggaaagatgccggaaacacatcggctaaaaaaatatagtcatcaaacaagagcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaac 144961  T
Q  103 caattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  144962 caattgaaggaaggagcatcaaagcaacgcttaaccaccatccggtagaagccaatatccacaaagccataaaaggcacaacgcttaaccat 145053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Original strand, 145401 - 145443
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  145401 agccaatagagatgcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 145443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 175; Significance: 8e-94; HSPs: 3)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 183 - 437
Target Start/End: Original strand, 6414 - 6666
Alignment:
Q  183 acgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatgatgat 282  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  6414 acgcttaaccattcatgacaaaagcttatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagcacaagacaagaagagtaaggatatccaaaatcaatgatgat 6513  T
Q  283 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagcaacaag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  6514 atccaaaagaaaaagaagtgcaaggaagggccaaagtttacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaactgcataccaaaggtaccatgaagcaacaag 6613  T
Q  383 accaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaatgccgagccgagacaa 437  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6614 accaaggttccaa-agtta-aaaaagagatgccctccaatgccgagctgagacaa 6666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 154
Target Start/End: Original strand, 2248 - 2396
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 104  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| || ||||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||  || ||    
T  2248 gaaagtacaaggaaagatgttggaaatacattggccaagaacatag-caacaatcaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactcaaggtgtaatca 2346  T
Q  105 attgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagc 154  Q
     ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  2347 cttggaggaagaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatccggtagaagc 2396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 495 - 537
Target Start/End: Original strand, 6682 - 6724
Alignment:
Q  495 agccaatggagaggcatagccatgtgatgtgtcttcaaaccat 537  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6682 agccaatagagatgcatagccatgtgaggtgtcttcaaaccat 6724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 178 - 421
Target Start/End: Original strand, 42657287 - 42657527
Alignment:
Q  178 gcacaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaagaaaaactaggatatccaaaatcaatg 277  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  42657287 gcacaacgcttaaccattcatgacagaagcctatcaacatagcttaaccatcatgaacagaagtacaagacaagaaaa-caaggatatccaaaatcaatg 42657385  T
Q  278 atgatatccaaaagaaaaagaagtgcaaggaaaggccaaaatctacaatggaaggaggtcatatgttgaacaaacttcacaccaaaggtaccatgaagca 377  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42657386 atgatatccaaaacaaaaagaagtgctaggaagggccaaagtttacgatggaaggaggtcatatgttgatcaaacttcacaccaaaggtaccatgaagca 42657485  T
Q  378 acaagaccaaggttccaagagatataaaaagagatgccctccaa 421  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  42657486 acaagaccaaggttccaa-agata-aaaaagagatgccctccaa 42657527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 4607356 - 4607167
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 104  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4607356 gaaaatacaaggaaagatgtcgggaacacatcggctaaaaacaaagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttgaacca 4607257  T
Q  105 attgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||  |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4607256 atttcaggatgaagcatcaaagcaacgcttaaacaccatccggtagaagccaacatcgacaaagccaattagggcacaacgcttaaccat 4607167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 180 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10745256 - 10745186
Alignment:
Q  180 acaacgcttaaccattcatgacggaagcttatcaacatggctgatccatcatgaacagaagcacaagacaa 250  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10745256 acaacacttaaccattcatgacagaagcttatcaacatggcttaaccatcatgaacagaatcacaatacaa 10745186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 10745392 - 10745351
Alignment:
Q  127 caacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaag 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  10745392 caacgcttaaccaccatctggtagaagcaagcaccaacaaag 10745351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 194
Target Start/End: Original strand, 42656484 - 42656551
Alignment:
Q  127 caacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | || | |||||||||   |||||||||| |||||||||    
T  42656484 caacgcttaaccaccatccggtagaagccaacaaccacaaagccataaaaggcacaacacttaaccat 42656551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22814 - 22628
Alignment:
Q  1 aaatgaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgcttatccaacaagaagcaaccacaactcaaggttga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || | ||||| || ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||           
T  22814 aaatgaaaatacaaggtaagatgccggaaatacatcggccaagagcatag-caacaaccaaatgcttatccaacaagaggaaaccacaactca------g 22722  T
Q  101 accaattgaaggaagaagcatcaatgcaacgcttaaccaccatctggtagaagcaatcatcaacaaagccaattaaggcacaacgcttaaccat 194  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||| | |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  22721 accacttggaggaagaagcaacaaaccaacgcttaaccaccatccggtggaagccaacatcgacaaagccataaaagacacaacgcttaaccat 22628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0862 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0862
Description:

Target: scaffold0862; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 141 - 49
Alignment:
Q  5 gaaaatacaaggaaagatgctggaaacacatcggctaaaaacatagtcatcaaacaagtgctta-tccaacaagaagcaaccacaactcaaggt 97  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||| || ||| ||| |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||    
T  141 gaaaatacaaggaaagatgccggaaatacattggccaagaacatag-caacaatcaaatgcttactccaacaagagaaaaccacaactcaaggt 49  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University