View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7038_low_15 (Length: 325)

Name: NF7038_low_15
Description: NF7038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7038_low_15
NF7038_low_15
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-308)||(7099823-7100130)
chr1 (1-308)||(7581116-7581423)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (1-308)||(17983309-17983607)
chr5 (1-250)||(30206924-30207173)
chr5 (1-307)||(30521023-30521329)
chr5 (1-307)||(30561363-30561669)
chr5 (1-248)||(29853713-29853960)
chr5 (1-246)||(29872576-29872821)
chr5 (1-248)||(30750045-30750292)
chr5 (3-229)||(30475779-30476005)
chr5 (111-258)||(30400586-30400733)
chr5 (111-229)||(30241857-30241975)
chr5 (1-257)||(30436218-30436471)
chr5 (1-248)||(30060771-30061018)
chr5 (5-257)||(30712876-30713125)
chr5 (1-229)||(30483803-30484031)
chr5 (1-257)||(30337973-30338229)
chr5 (15-248)||(30676745-30676978)
chr5 (147-248)||(17418050-17418151)
chr5 (108-166)||(15357712-15357770)
chr5 (134-166)||(15453046-15453078)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (5-308)||(13617002-13617304)
chr4 (1-225)||(52352361-52352585)
chr4 (5-307)||(20295980-20296282)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-307)||(26707734-26708040)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (180-229)||(25293417-25293466)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Original strand, 7099823 - 7100130
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099823 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 7099922  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099923 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 7100022  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100023 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacgggttgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 7100122  T
Q  301 cacgagta 308  Q
    ||||||||    
T  7100123 cacgagta 7100130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 7581423 - 7581116
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| | ||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| |||||    
T  7581423 tcaatctcagagctggcaaagtagaattctcatgcggtaaatcccaaagctcgctctctttaatttcaaaccattccttttcttcactccttgagtgcat 7581324  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| | ||||    
T  7581323 tagacaccccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcccgcacatttttttactatctccttgcctattgccacaagctctgcactctcttctctatcatgt 7581224  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  7581223 ccaaatgcatattgtttgaacaataaccaacattcatcatcagagagaactgacaaagaacgagttgagcatgttcccatgattgatgcaacctccatat 7581124  T
Q  301 cacgagta 308  Q
    ||||||||    
T  7581123 cacgagta 7581116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Original strand, 17983309 - 17983607
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||||         ||||||||||    
T  17983309 tcaaccttagagctgggaaaatagaattctcatgcggtaaagcccagagctcgctctctttaatttcaaaccattcctttt---------ttgaatgcat 17983399  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||| | |||     
T  17983400 taggcaccctaatgcttttgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcgaaaggctcttctctatcatgc 17983499  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||  ||||||||||| |||| ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |    
T  17983500 ccaaatgcatattgtttgaacaacaactaacattcattgtcagagagaactgacagaggacgagttggacatgttcccataattgaggcaacatccatgt 17983599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 30206924 - 30207173
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||||  |||    
T  30206924 tcaacctcaaagcaggtaaaatataattctcatgtggtaaagcccaaagttcactctctttaatttcaagccattctttttcttcattccttgaactcat 30207023  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    |||||  || ||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |  |||    
T  30207024 tagacctcccaatgcttgtgctgcaagaggcaatccatcacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctctgcacgctcttctctattttgt 30207123  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaac 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  30207124 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcattatcagagagaac 30207173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 30521329 - 30521023
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||   || ||||||||||| | |||| |||||||| |||| |||||   |||    
T  30521329 tcaaccttaaagcaggcaaaatagaattctcattcggtaaagaccaaatcctgctatctttaatttcaagccattctttttctccactccttgagcacat 30521230  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    ||| |  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||||   |||  ||||| | ||||    
T  30521229 taggcctcccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctattgtgacaagctcagtctgctgctctctatcatgt 30521130  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| ||| | |||||| || |   | ||||||||||| ||||    ||||||||| |||    
T  30521129 cgaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcatattcagatagaccagacaaatgatgagcttggcatgttcccatgatctcagcaacatccttat 30521030  T
Q  301 cacgagt 307  Q
    |||||||    
T  30521029 cacgagt 30521023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 30561669 - 30561363
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||   || ||||||||||| | |||| |||||||| |||| |||||   |||    
T  30561669 tcaaccttaaagcaggcaaaatagaattctcattcggtaaagaccaaatcctgctatctttaatttcaagccattctttttctccactccttgagcacat 30561570  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    ||| |  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| | ||||||||||   |||  ||||| | ||||    
T  30561569 taggcctcccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctattgtgacaagctcagtctgctgctctctatcatgt 30561470  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| ||| | |||||| || |   | ||||||||||| ||||    ||||||||| |||    
T  30561469 cgaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcatattcagatagaccagacaaatgatgagcttggcatgttcccatgatctcagcaacatccttat 30561370  T
Q  301 cacgagt 307  Q
    |||||||    
T  30561369 cacgagt 30561363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 29853713 - 29853960
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||||||||| | |||||| |||||||| || | |||| | ||||||||| | |||||   |||    
T  29853713 tcaacctcaaagcaagcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattccttgagctcat 29853812  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
     | ||  || |||| || ||||||||||||||||||   ||| || ||||| |||||||| ||||||| ||||||||  | | ||||||||||| ||| |    
T  29853813 caaacctcccaatgtttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttctctgaaatat 29853912  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagaga 248  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||||||||    
T  29853913 ccaaatgcatattctttgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 29853960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 246
Target Start/End: Original strand, 29872576 - 29872821
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| || |||| ||||||||| | |||||| || ||||| || | |||| | ||||||||| | |||||   |||    
T  29872576 tcaacctcaaagcaagcaaaatagaattttcttgcgataaagcccaaagctcactgtccttaatatcaagccattccttttcttcattccttgagctcat 29872675  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
     | ||  || ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || ||||| |||||||| ||||||| || |||||  | | ||||||||||||||| |    
T  29872676 caaacctcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctatttccataagctttgtatgctcttctctgtaatat 29872775  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagaga 246  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||||||    
T  29872776 ccaaatgcatattctttgaacaacaaccaacattcactatcagaga 29872821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 30750045 - 30750292
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || |  | |||| |||| |  ||||| ||||||||||  | |||| | ||||| ||  | ||||| | |||    
T  30750045 tcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactatctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcat 30750144  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    || ||  || ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  30750145 taaacttcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtaatgt 30750244  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagaga 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| || |||  ||||||||||    
T  30750245 ccaaatgcatattgttcgaacaacagccaacattcactatcagagaga 30750292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 229
Target Start/End: Original strand, 30475779 - 30476005
Alignment:
Q  3 aacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcatta 102  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||| | |||||  | ||| ||||||||||| | |||| | ||||| ||||| |||||  ||||||    
T  30475779 aacctcaaggctggcaaaatggaattctcatatggtaaggtccagagattactgtctttaatttcaagccattcattttcatcactccttgagcgcatta 30475878  T
Q  103 gacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtcc 202  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||   ||||||||  | || |||||||    |  |||    
T  30475879 gacctcccaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttctttactatcgccttacctattgctacaagctcttcccgttcttctccagcacatcc 30475978  T
Q  203 aaatgcatattgtttgaacaacaacca 229  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||    
T  30475979 aaatgcatattgtctaaacaacaacca 30476005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 258
Target Start/End: Original strand, 30400586 - 30400733
Alignment:
Q  111 aatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaaatgcat 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| ||||||   ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  30400586 aatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctattgctacaagttctgcacgctcttctctataatgtcccaatgcat 30400685  T
Q  211 attgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaag 258  Q
    ||| ||||||||||||||| || |||  |||||||||| | |||||||    
T  30400686 attctttgaacaacaaccaacattcactatcagagagaccagacaaag 30400733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 30241975 - 30241857
Alignment:
Q  111 aatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaaatgcat 210  Q
    |||||||  |||||||||||||||||   ||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||  | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  30241975 aatgctttcgctgcaagaggcaatccattacatttctttacaatctcctttcctattttcacaagctttgtactctcttctctataatgtccaaatgcat 30241876  T
Q  211 attgtttgaacaacaacca 229  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30241875 attgtttgaacaacaacca 30241857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 30436218 - 30436471
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| | |||||| |||||||| || | |||| | ||||||||| | |||||   |||    
T  30436218 tcaatctcaaagcgggcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattccttgagctcat 30436317  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
     | || ||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| || |||| ||||| ||  | | ||||||   ||||| ||    
T  30436318 caaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccacaaactttgtatgctctt---tgtaacgt 30436414  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaa 257  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||| | ||||||    
T  30436415 ctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacagtcactatcagagagaccagacaaa 30436471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 30060771 - 30061018
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || |  | |||| |||| |  ||||| ||||||||||  | |||| | ||||| ||  | ||||| | |||    
T  30060771 tcaacctcaaagcaggcaaaatggaattttcatctgataaatcccaaagttcactgtctttaattttaagccattccttttcatctttccttgagttcat 30060870  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    || ||  || |||| || ||||||||||||||||||    || || |||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| ||| ||||    
T  30060871 taaacttcccaatgattttgctgcaagaggcaatccattgcatttctttactatctcctttcctattgccacgagatcagcacgctcttctttgtgatgt 30060970  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagaga 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || |||  ||||||||||    
T  30060971 ccaaatgcatattgttcgaacaacaaccaacattcactatcagagaga 30061018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 30713125 - 30712876
Alignment:
Q  5 cctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcattaga 104  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| | |||||| |||||||| || | |||| | ||||||||| | |||||   ||| | |    
T  30713125 cctcaaagcaggcaaaatagaattttcttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattcattttcttcattccttgagctcatcaaa 30713026  T
Q  105 caccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaa 204  Q
    | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||| || ||| |||||||||| ||||||| ||||| ||  | | ||||||   ||||| ||| ||    
T  30713025 ccccccaatgcttttgctgcaagtggcaatccattacatttctttgctatctcctttcctatttccacaaactttgtatgctctt---tgtaacgtctaa 30712929  T
Q  205 atgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaa 257  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||| | ||||||    
T  30712928 atgcatgttgtttgaacaacaaccaacagtcactatcagagagaccagacaaa 30712876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 30483803 - 30484031
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||| || || || |||||| |||| | |||||| |||||||| || | |||| | ||||||||| |  ||||   |||    
T  30483803 tcaacctcaaagcaggtaaaatagatttttcatgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcattgagaccat 30483902  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    || || ||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| || || | ||||||||  | | |||||||| ||| | ||    
T  30483903 taaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatctccacaagctttgtatgctcttctttgttacgt 30484002  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaacca 229  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  30484003 ctaaatgcatgttgtttgaacaacaacca 30484031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 30338229 - 30337973
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    |||| |||||||| || |||||||| || || || |||||| |||| | |||||| |||||||| || | |||| | ||||||||| |  ||||   |||    
T  30338229 tcaaactcaaagcaggtaaaatagatttttcatgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcattgagaccat 30338130  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    || || ||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| || |||| ||||||||  | |  ||||||| ||| | ||    
T  30338129 taaaccccccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccacaagctttgtatcctcttctttgttacgt 30338030  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaa 257  Q
      |||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||| | ||||||    
T  30338029 ttaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacaatcactatcagagagaccagacaaa 30337973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 30676978 - 30676745
Alignment:
Q  15 ggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcattagacaccctaatg 114  Q
    |||||||||||||| |  || ||||||||||| | |||||| |||||||| || | |||| | || |||||| | |||||   ||| | || ||| ||||    
T  30676978 ggcaaaatagaatttttttgtggtaaagcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttctcttcattccttgagctcatcaaaccccccaatg 30676879  T
Q  115 cttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaaatgcatattg 214  Q
    ||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| || |||| ||||||||  | |  ||||||| ||| | ||  |||||||| |||    
T  30676878 cttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttccaatttccacaagctttgtatcctcttctttgttacgtttaaatgcatgttg 30676779  T
Q  215 tttgaacaacaaccagcactcatgatcagagaga 248  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||||||    
T  30676778 tttgaacaacaaccaacaatcactatcagagaga 30676745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 147 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17418151 - 17418050
Alignment:
Q  147 tttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagaga 246  Q
    |||||||| ||||||||||||   ||||| ||  | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  17418151 tttactatatccttgcctattgggacaagttcctcgcgctcttctttgtcatttccaaatgcatattgtttgaacaacaaccaacattcattatcagaga 17418052  T
Q  247 ga 248  Q
    ||    
T  17418051 ga 17418050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 166
Target Start/End: Original strand, 15357712 - 15357770
Alignment:
Q  108 cctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctat 166  Q
    |||| ||||| ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15357712 cctagtgcttttgccgcaagaggaactcccccacacttttttactatctccttccctat 15357770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 134 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 15453078 - 15453046
Alignment:
Q  134 tcctccacacttttttactatctccttgcctat 166  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15453078 tcctccacacttatttactatctccttgcctat 15453046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 5 - 308
Target Start/End: Original strand, 13617002 - 13617304
Alignment:
Q  5 cctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcattaga 104  Q
    ||||||| | || |||||||||||||| | | ||||| |||| | ||| |||||| |||||||  ||||| | |||||| |||| || || || ||||||    
T  13617002 cctcaaatcaggaaaaatagaattctcataccgtaaatcccaaagctcgctctctctaatttcacaccattccttttctccactcctcgagtgtattaga 13617101  T
Q  105 caccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaa 204  Q
     |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  || ||||||  ||| ||||||||| | |||| | |    
T  13617102 gaccccaatgcttgtcctgcaagaggcaatcctccacactttttaactatctcctttcctattgcca-aagctctacacactcttctctatcatgttcga 13617200  T
Q  205 atgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatatcacg 304  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||||| ||||||  | |  ||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  13617201 atgcatattgtttgaacaataaccaacattcaccatcatagagaactgacaaacaatgagttgagcatgttcccatgattgatgcaacatcgatatcacg 13617300  T
Q  305 agta 308  Q
    ||||    
T  13617301 agta 13617304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 52352361 - 52352585
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |  | ||||| ||| | ||  |||||||||||||| | |||| | |||||| || |||||||  ||||    
T  52352361 tcaacctcaaggcaggcaaaatagaattctcatctgataaagaccaaagcttgctctctttaatttcaacccattccttttctccatttcttgagcgcat 52352460  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    |||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| |||||  | || |||||| | | ||||    
T  52352461 tagacctcctaatgcttgtgcagcaagaggcaatcccccacacttctttactatcgctttgcctattgccactagctcttctcgttcttctatatcatgt 52352560  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaaca 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  52352561 tcaaatgcatattgtttgaataaca 52352585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 20296282 - 20295980
Alignment:
Q  5 cctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcattaga 104  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||| |  ||| | |||||||| ||   |||| | ||||||||| |  ||||   ||||| |    
T  20296282 cctcaaagcaggcaaaatagatttttcttgtggtaaagcccaaaggtcattgtctttaatatcacgccattccttttcttcattcattgagaccattaaa 20296183  T
Q  105 caccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgtccaa 204  Q
    |  || ||||||| ||||||||||||||||||   ||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||  | | |||||||||||||||||| ||    
T  20296182 cctcccaatgcttttgctgcaagaggcaatccattacatttctttactatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttctctgtaatgtctaa 20296083  T
Q  205 atgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatatcacg 304  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||   | ||||||| | |||||||   |   | ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||    
T  20296082 atgcatgttgtttgaacaacaaccaacaatcactgtaagagagaccagacaaagagtgagcttggcatgttcccatgattgttgcaacatccttatcacg 20295983  T
Q  305 agt 307  Q
    |||    
T  20295982 agt 20295980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Original strand, 26707734 - 26708040
Alignment:
Q  1 tcaacctcaaagctggcaaaatagaattctcgtgcggtaaagcccagatctcactctctttaatttctaaccatgctttttcttcacttcttgaatgcat 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||| |||| | |||||| |||||||| || | |||| | ||||||||| |  ||||   |||    
T  26707734 tcaacctcaaagcaggcaaaatagatttttcttgtggtaaatcccaaagctcactgtctttaatatcaagccattccttttcttcattcattgagaacat 26707833  T
Q  101 tagacaccctaatgcttgtgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctattttcacaagctcagcacgctcttctctgtaatgt 200  Q
    || ||  || ||||||| |||||||||||| |||||   ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  | | |||||||||||||||||    
T  26707834 taaacctcccaatgcttttgctgcaagaggtaatccattacatttttttactatctcctttcctatttccacaagctttgtatgctcttctctgtaatgt 26707933  T
Q  201 ccaaatgcatattgtttgaacaacaaccagcactcatgatcagagagaaccgacaaaggacggattgggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatat 300  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||| | |||||||   |   | ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||    
T  26707934 ctaaatgcatgttgtttgaacaacaaccaacagtcactatcagagagaccagacaaagagtgagcttggcatgttcccatgattgttgcaacatccttat 26708033  T
Q  301 cacgagt 307  Q
    |||||||    
T  26708034 cacgagt 26708040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 180 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 25293466 - 25293417
Alignment:
Q  180 gcacgctcttctctgtaatgtccaaatgcatattgtttgaacaacaacca 229  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25293466 gcacactcatctttgtaatgtccaaatgcatattgtttgaacaacaacca 25293417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University