View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7043_low_7 (Length: 510)
Name: NF7043_low_7
Description: NF7043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7043_low_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 40311168 - 40310694
Alignment:
| Q |
17 |
aaaaaatacttatcccatcaacacattaaatgttgttcatttttgctcaaattattattttttatttataaatacatatgaagcacacgccaagaaaatg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40311168 |
aaaaaatacttatcccatcaacacattaaatgttgttcatttttgctcaaattattattttttatttataaatacatatgaagcacacgccaagaaaatg |
40311069 |
T |
|
| Q |
117 |
attgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttata |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40311068 |
attgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttata |
40310969 |
T |
|
| Q |
217 |
tgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctc |
316 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
40310968 |
tgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattgattattcttttctttttcctttccaaattctcatgtataaatattggacactactctc |
40310869 |
T |
|
| Q |
317 |
atttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttt |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
40310868 |
gtttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtgtcttttt |
40310769 |
T |
|
| Q |
417 |
tatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgtttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatctcac |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
40310768 |
tatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcac |
40310694 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 40321244 - 40320770
Alignment:
| Q |
17 |
aaaaaatacttatcccatcaacacattaaatgttgttcatttttgctcaaattattattttttatttataaatacatatgaagcacacgccaagaaaatg |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40321244 |
aaaaaatacttatcccatcaacacattaaatgttgttcatttttgctcaaattattattttttatttataaatacatatgaagcacacgccaagaaaatg |
40321145 |
T |
|
| Q |
117 |
attgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttata |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40321144 |
attgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttata |
40321045 |
T |
|
| Q |
217 |
tgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctc |
316 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
40321044 |
tgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattgattattcttttctttttcctttccaaattctcatgtataaatattggacactactctc |
40320945 |
T |
|
| Q |
317 |
atttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttt |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
40320944 |
gtttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtgtcttttt |
40320845 |
T |
|
| Q |
417 |
tatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgtttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatctcac |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
40320844 |
tatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcac |
40320770 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 163 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 40314002 - 40313670
Alignment:
| Q |
163 |
ttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaat----gttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattg |
258 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40314002 |
ttaggtaggtcctaaggtcggcaagcacttagctgtatagaaagcaatatatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattg |
40313903 |
T |
|
| Q |
259 |
attattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattaca |
358 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40313902 |
attattctcttcgttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattaca |
40313803 |
T |
|
| Q |
359 |
ttacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgt |
458 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |
|
|
| T |
40313802 |
ttacgtaatacacaaccatgaccatattttacccttttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgt |
40313712 |
T |
|
| Q |
459 |
ttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatctcac |
500 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
40313711 |
ttggggaagaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcac |
40313670 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 163 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 40324078 - 40323746
Alignment:
| Q |
163 |
ttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaat----gttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattg |
258 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40324078 |
ttaggtaggtcctaaggtcggcaagcacttagctgtatagaaagcaatatatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattg |
40323979 |
T |
|
| Q |
259 |
attattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattaca |
358 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40323978 |
attattctcttcgttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattaca |
40323879 |
T |
|
| Q |
359 |
ttacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgt |
458 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |
|
|
| T |
40323878 |
ttacgtaatacacaaccatgaccatattttacccttttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgt |
40323788 |
T |
|
| Q |
459 |
ttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatctcac |
500 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
40323787 |
ttggggaagaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcac |
40323746 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 96 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 40330676 - 40330476
Alignment:
| Q |
96 |
gaagcacacgccaagaaaatgattgggcaaacaaaggatta---------aaggggccaagcagaggacaa-----actgcttaggtaggtcctaatgac |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
40330676 |
gaagcacacgcccagaaaatgattgggcaaacagaggatgataaaaataaaaggggccaagcagaggacaagacaaactgtttaggtaggtccaaatgac |
40330577 |
T |
|
| Q |
182 |
ttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttc |
281 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40330576 |
ggcaaacccttagctgtatagaaagcaatgttatatgttttaacatcttccattttaattggacaatgaactgatttattattctcttctttttcctttc |
40330477 |
T |
|
| Q |
282 |
c |
282 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
40330476 |
c |
40330476 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 372 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 40330362 - 40330236
Alignment:
| Q |
372 |
atccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatg-tttggggacgacc |
470 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| | || |||||||| |||| |
|
|
| T |
40330362 |
atccatggccatattttccccttttaaacacaatagtgtcttttttatattgttgatgtggattctcttatcat---gtgtttttggtttggggaagacc |
40330266 |
T |
|
| Q |
471 |
agcaacttttaatcaagactttcatctcac |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
40330265 |
agcaacttttaatcaagattttcatgtcac |
40330236 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University