View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7055_low_1 (Length: 961)
Name: NF7055_low_1
Description: NF7055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7055_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 930
Target Start/End: Complemental strand, 43011512 - 43010593
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
107 |
Q |
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43011512 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
43011413 |
T |
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| Q |
108 |
cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
207 |
Q |
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| T |
43011412 |
cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
43011313 |
T |
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| Q |
208 |
ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
307 |
Q |
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43011312 |
ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
43011213 |
T |
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| Q |
308 |
ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca |
407 |
Q |
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| T |
43011212 |
ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca |
43011113 |
T |
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| Q |
408 |
gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt |
507 |
Q |
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| T |
43011112 |
gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt |
43011013 |
T |
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| Q |
508 |
cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata |
604 |
Q |
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43011012 |
cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata |
43010913 |
T |
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| Q |
605 |
acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag |
704 |
Q |
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43010912 |
acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag |
43010813 |
T |
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| Q |
705 |
acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt |
804 |
Q |
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| T |
43010812 |
acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tt |
43010719 |
T |
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| Q |
805 |
tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg |
904 |
Q |
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| T |
43010718 |
tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg |
43010619 |
T |
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| Q |
905 |
ttaccaaaaacgggtcgagatagtga |
930 |
Q |
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| T |
43010618 |
ttaccaaaaacgggtcgagatagtga |
43010593 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 930
Target Start/End: Complemental strand, 43013809 - 43012890
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
107 |
Q |
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| T |
43013809 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
43013710 |
T |
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| Q |
108 |
cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
207 |
Q |
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| T |
43013709 |
cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
43013610 |
T |
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| Q |
208 |
ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
307 |
Q |
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| T |
43013609 |
ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
43013510 |
T |
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| Q |
308 |
ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca |
407 |
Q |
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| T |
43013509 |
ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca |
43013410 |
T |
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| Q |
408 |
gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt |
507 |
Q |
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| T |
43013409 |
gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt |
43013310 |
T |
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| Q |
508 |
cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata |
604 |
Q |
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| T |
43013309 |
cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata |
43013210 |
T |
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| Q |
605 |
acactcaaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaag |
704 |
Q |
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| T |
43013209 |
acactcaaatttttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaag |
43013110 |
T |
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| Q |
705 |
acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattt |
804 |
Q |
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| T |
43013109 |
acagactccgcacattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacatttcacgtg---cacgattg---tt |
43013016 |
T |
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| Q |
805 |
tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg |
904 |
Q |
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| T |
43013015 |
tcctccactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttg |
43012916 |
T |
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| Q |
905 |
ttaccaaaaacgggtcgagatagtga |
930 |
Q |
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| T |
43012915 |
ttaccaaaaacgggtcgagatagtga |
43012890 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 954
Target Start/End: Original strand, 25202979 - 25203934
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
107 |
Q |
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| T |
25202979 |
tggacatcacaatgcaactaaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaatacctatgatctcaatccattcac |
25203078 |
T |
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| Q |
108 |
cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
207 |
Q |
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| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
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| T |
25203079 |
cctgatagtcgaaacacatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagtcatgccatccccaatactagatcataaccgcccta |
25203178 |
T |
|
| Q |
208 |
ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
307 |
Q |
| |
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| T |
25203179 |
ctcaaaaagcataacatctatctcccatttaaccacttgaagagaaataataacattgtggcactctcccatagtcggagctacatgttcgtcacccaat |
25203278 |
T |
|
| Q |
308 |
ctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatca |
407 |
Q |
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| T |
25203279 |
ctgatatgtctagcaggagtctcggtaatgcgcaaacctaaagccaaacctatacaccttggcatgaaatttttgtttgctccactatcaaccaacatca |
25203378 |
T |
|
| Q |
408 |
gcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagt |
507 |
Q |
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| T |
25203379 |
gcaccggtatctcccccactgtcctttgcaacttgatgcattgaggcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacaaattttcaaaagt |
25203478 |
T |
|
| Q |
508 |
cagcacattcaattgcaactctt------ctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagc |
598 |
Q |
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| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
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| T |
25203479 |
taacaaattcaattgcaactcttctgcacctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcggaatcatcctcaagc |
25203578 |
T |
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| Q |
599 |
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698 |
Q |
| |
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| T |
25203579 |
accataacacgcaaatttttatccgtacattgataacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtccttttttacgacggtcagcaatctcct |
25203678 |
T |
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| Q |
699 |
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798 |
Q |
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|
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| T |
25203679 |
gtgaagacagattcctcacattcttgtcacgccaatttccaatgttggtagtgtgtgttttgttttgtctaacattaaacattccacgcaaaccacctat |
25203778 |
T |
|
| Q |
799 |
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898 |
Q |
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| T |
25203779 |
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25203878 |
T |
|
| Q |
899 |
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954 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25203879 |
accttgttaccaaaaacaggtcgagatagtgaaccatgtgaccttctcgatgtcca |
25203934 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 152 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 35075411 - 35075039
Alignment:
| Q |
152 |
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251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35075411 |
gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcccaactcaaaaagcttaagatctatctcccattcaaccccttgaacaa |
35075312 |
T |
|
| Q |
252 |
aaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagc |
351 |
Q |
| |
|
|| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
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| T |
35075311 |
aattaataacaccatggcattctcccaaagttggagccacatgttcgtcacccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagc |
35075212 |
T |
|
| Q |
352 |
caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattga |
451 |
Q |
| |
|
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| T |
35075211 |
caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcaacaccgatatctccctcactgtcctttgaaacctgatgcattga |
35075112 |
T |
|
| Q |
452 |
agcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgca |
524 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
35075111 |
agcatatcttgataatactcagtgtgtctatcaaaagtaaacgcattttcaaaagtcaacacattcaattgca |
35075039 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 715 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 35075035 - 35074796
Alignment:
| Q |
715 |
cacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactg |
814 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
35075035 |
cacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtcgaacattaaacattccacgtgcaccacctgtgaattttcctcaactg |
35074936 |
T |
|
| Q |
815 |
tttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaa |
914 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
35074935 |
tttcctccaagaaaacgatcatgattgtctttgttattatgaaccataacccgatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgttaccaaaaa |
35074836 |
T |
|
| Q |
915 |
cgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca |
954 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
35074835 |
tgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca |
35074796 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 8 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 35075480 - 35075408
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac |
80 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35075480 |
tggacatcacaatgcaactgaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac |
35075408 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 930
Target Start/End: Original strand, 25675856 - 25676775
Alignment:
| Q |
8 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25675856 |
tggacatcacaatgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgc |
25675955 |
T |
|
| Q |
108 |
cttgatagtcgaaacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25675956 |
cttgatagtcgaaacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaa |
25676055 |
T |
|
| Q |
208 |
ctcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25676056 |
ctcaaaaagcataacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaat |
25676155 |
T |
|
| Q |
308 |
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Q |
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T |
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Q |
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T |
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Q |
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cagcacattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccata |
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T |
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705 |
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T |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
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Target Start/End: Original strand, 15090163 - 15091117
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T |
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Q |
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T |
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T |
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