View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7056_low_1 (Length: 600)
Name: NF7056_low_1
Description: NF7056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7056_low_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0041 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0041 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:
Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 582
Target Start/End: Original strand, 66186 - 66753
Alignment:
| Q |
15 |
tatcatgtttcagataaattcataacacacgttcacatacatttacactctgtataagcttcacatattcatcaacttgttccccattagtttcttttct |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
66186 |
tatcatgtttcagataaattcataacacacgttcacatacatttacactctgtataagcttcacatattcatcaacttgttccccattagtttcttttct |
66285 |
T |
|
| Q |
115 |
ggctatttatgttgtgcacgatttcgtgacaccaatttgtaagacactttacagcgttatattgctgctattgtcttatcttggcctacattcagtctac |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
66286 |
ggctatttatgttgtgcacgatttcgtgacaccaatttgtaagacactttacagcgttatattgctgctattgtcttatcttggcctacattcagtctac |
66385 |
T |
|
| Q |
215 |
tcacaaatcgaaatatcttcactattcgtttcctaatgcagcactaattcnnnnnnnnnnnnnggatttccaataacatttcctacttgtttttaatgaa |
314 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
66386 |
tca-taatcgaaatatcttcactattcgtttcctaatgcagcactaattctatttttttttttggatttccaataacatttcctacttgtttttaatgaa |
66484 |
T |
|
| Q |
315 |
tttcacaaacataagcaagatatagactatgtttgcnnnnnnnntaagatcgctaataaattagcttacaaataagaacttataacggataggtgataag |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
66485 |
tttcacaaacataagcaagatatagactatgtttgc-aaaaaaatcggatcgctaataaattagcttacaaataagaacttataacggataggtgataag |
66583 |
T |
|
| Q |
415 |
ctaattagttgatagatgaga--nnnnnnnnngttgacaaaagatagacgatgagttagctagttgatacaagtgcacacatatcatatccgattcaagt |
512 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
66584 |
ctgattagttgatagatgagatttttttttttgctgacaacagatagacgatgagttagctagttgatacaagtgcacacatatcatatccgattcaagt |
66683 |
T |
|
| Q |
513 |
caaaagtactttaagcatctacaatggtgtgcgaagcatcctttatatttactttttgtagacaccattt |
582 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
66684 |
caaaagtactttaaacatctacaatggtgtgcaaagcatcctttatatttactttttgttgacaccattt |
66753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 40900098 - 40899531
Alignment:
| Q |
15 |
tatcatgtttcagataaattcataacacacgttcacatacatttacactctgtataagcttcacatattcatcaacttgttccccattagtttcttttct |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40900098 |
tatcatgtttcagataaattcataacacacgttcacatacatttacactctgtataagcttcacatattcatcaacttgttccccattagtttcttttct |
40899999 |
T |
|
| Q |
115 |
ggctatttatgttgtgcacgatttcgtgacaccaatttgtaagacactttacagcgttatattgctgctattgtcttatcttggcctacattcagtctac |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40899998 |
ggctatttatgttgtgcacgatttcgtgacaccaatttgtaagacactttacagcgttatattgctgctattgtcttatcttggcctacattcagtctac |
40899899 |
T |
|
| Q |
215 |
tcacaaatcgaaatatcttcactattcgtttcctaatgcagcactaattcnnnnnnnnnnnnnggatttccaataacatttcctacttgtttttaatgaa |
314 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40899898 |
tca-taatcgaaatatcttcactattcgtttcctaatgcagcactaattctatttttttttttggatttccaataacatttcctacttgtttttaatgaa |
40899800 |
T |
|
| Q |
315 |
tttcacaaacataagcaagatatagactatgtttgcnnnnnnnntaagatcgctaataaattagcttacaaataagaacttataacggataggtgataag |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40899799 |
tttcacaaacataagcaagatatagactatgtttgc-aaaaaaatcggatcgctaataaattagcttacaaataagaacttataacggataggtgataag |
40899701 |
T |
|
| Q |
415 |
ctaattagttgatagatgaga--nnnnnnnnngttgacaaaagatagacgatgagttagctagttgatacaagtgcacacatatcatatccgattcaagt |
512 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40899700 |
ctgattagttgatagatgagatttttttttttgctgacaacagatagacgatgagttagctagttgatacaagtgcacacatatcatatccgattcaagt |
40899601 |
T |
|
| Q |
513 |
caaaagtactttaagcatctacaatggtgtgcgaagcatcctttatatttactttttgtagacaccattt |
582 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40899600 |
caaaagtactttaaacatctacaatggtgtgcaaagcatcctttatatttactttttgttgacaccattt |
40899531 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University