View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7058_high_1 (Length: 737)

Name: NF7058_high_1
Description: NF7058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7058_high_1
NF7058_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-718)||(117454-118169)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 718
Target Start/End: Original strand, 117454 - 118169
Alignment:
Q  3 cgagtttggtggtatacaggaatatcacgtaaatgatgttcatgtcaacgataaagggaacaagtgaagtttgtggaattcgttt-tgg----tttccct 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    | | |      
T  117454 cgagtttggtggtatacaggaatatcacgtaaatgatgttcatgtcaacgataaagggaacaagtgaagtttgtggaattcgtttgtggaaaatgtacaa 117553  T
Q  98 tgctacattacgttgtacattttccaatgagctccatggttgattttccatcttcctgggtaaaggtagaatagtcaggagtcttataacctctaggaaa 197  Q
     |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  117554 cgtaatattacgttgtacattttccaatgagctccatggttgattttccatcttcccgggtaaaggtagaatagtcaggagtcttataacctccaggaaa 117653  T
Q  198 atgcattaatttgtcaacccactcaggataagtcttcttatacacatgttaatccatgggggtttcagctgtatcctaaagtacctcttgattgtatcaa 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  117654 atgcattaatttgtcaacccactcatgataagtcttcttatacacatgttaatccatgggggtttcagctgtatcctaaagtacctcttgattgtatcaa 117753  T
Q  298 atatgaggttgagatctaacagttgtagtccaagaggtcttgccttggtttcagctagccgaagccacatannnnnnngggg-attttgaaaaccttatt 396  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  117754 atatgaggttgagatctaacaattgtggtccaagaggtcttgccttggtttcagctagccgaagccacatatttttttgggggattttgaaaaccttatt 117853  T
Q  397 gagcttgaacttgaggtgggggtattccccatggatgatcttggtttagctcaaaattgctcctctctaatgatctcctacaacaaacaaattgttataa 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  117854 gagcttgaacttgaggtgggggtattccccatggatgatcttggtttagctcaaaattgctcctctctaatgatctcctacaacaaacaaattgttataa 117953  T
Q  497 tggtgatgcgaattaggagtccatggttgttcaccattatatccaaccgttggtctatgtgtcgttaaactcactaaggcttgtacatttgcatctggtc 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  117954 tggtgatgcgaattaggagtccatggttgttcaccattatatccaactgttggtctatgtgtcgttaaactcactaaggcttgtacatttgcatctggtc 118053  T
Q  597 gtggaaggtatcttgtaggattagttgatataggagaatttactaatgattgttgaatcggataatatacagttggatgttgtattcatgttactgttac 696  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||        
T  118054 gtggaaggtattttgtaggattagttaatataggagaatttactaatgattgttgaatcggataatatacaattggatgttgtattcatgttactg---- 118149  T
Q  697 taggttgcaagtgtatcatcta 718  Q
      ||||||||||||||||||||    
T  118150 --ggttgcaagtgtatcatcta 118169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University