View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7061_low_6 (Length: 660)

Name: NF7061_low_6
Description: NF7061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7061_low_6
NF7061_low_6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-655)||(8188304-8188958)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 655
Target Start/End: Original strand, 8188304 - 8188958
Alignment:
Q  1 tcaaaatgtcgatgatgaagaagagtataaaaaatttctagcagctgtattacagggtggagaacgtgacggtctttcatctcatgaaaatgaaaacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188304 tcaaaatgtcgatgatgaagaagagtataaaaaatttctagcagctgtattacagggtggagaacgtgacggtctttcatctcatgaaaatgaaaacctt 8188403  T
Q  101 gatgatgatgaggataatgatgcagactttgagttagagcttcaggagttgctggacagtgatgctgacgagaatgcagcggtagaaacccgaaatgagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188404 gatgatgatgaggataatgatgcagactttgagttagagcttcaggagttgctggacagtgatgctgacgagaatgcagcggtagaaacccgaaatgagt 8188503  T
Q  201 gtgatggtgctggacgacgaccaaagactagacaaaataatcgccggaagagctcttcccaaagtgagagaaaaacattcggacaggttaacaggccact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188504 gtgatggtgctggacgacgaccaaagactagacaaaataatcgccggaagagctcttcccaaagtgagagaaaaacattcggacaggttaacaggccact 8188603  T
Q  301 gcggcccattttgccttgttggcttaatggacaacttgtttcagggaatggtttgatgcctgaagctactcgcagcattcaatcttctgcttcaagaaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  8188604 gcggcccattttgccttgttggcttaatggacaacttgtttcagggaatggtttgatgcctgaagctacttgtagcattcaatcttctgcttcaagaaat 8188703  T
Q  401 ggtcttgttaatggctttactccccaacagattggtcagctgtacagtttgatacatgagcatgtacaactgcttattcaggtattttcgctgtcggttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8188704 ggtcttgttaatggctttactccccaacagattggtcagctgtacagtttgatacatgagcatgtacaactgcttattcaggtattttcgctgtcagttc 8188803  T
Q  501 ttgagccttcacacaaacaggtagcttctcaagttcagagtatgctttttgagatgcttcacaaacgggatgcagtattagcttcaacaagaacaccata 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188804 ttgagccttcacacaaacaggtagcttctcaagttcagagtatgctttttgagatgcttcacaaacgggatgcagtattagcttcaacaagaacaccata 8188903  T
Q  601 tcctgctgtttgctttactccatctgtcccaggccagtgccacacaggttctgct 655  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8188904 tcctgctgtttgctttactccatctgtcccaggccagtgccacacaggatctgct 8188958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University