View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7068_high_3 (Length: 345)

Name: NF7068_high_3
Description: NF7068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7068_high_3
NF7068_high_3
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-325)||(16580461-16580788)
chr6 (1-325)||(16614592-16614919)
chr6 (1-325)||(16874321-16874649)
chr6 (1-260)||(16572510-16572767)
chr6 (146-302)||(16977371-16977528)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (50-295)||(233457-233701)
chr2 (63-322)||(21629222-21629480)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (50-295)||(7391794-7392038)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (51-325)||(10985-11258)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (50-295)||(48298573-48298817)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16580788 - 16580461
Alignment:
Q  1 ttgcatgatgctcgttattcatcacactcctactgacaatactatgaggtatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16580788 ttgcatgatgctcgtaattcatcacactcctactgacaatactatgaagtatgaacacgagaaagagagagatcgaaaaaatttgtgagctgacccacac 16580689  T
Q  101 tcagattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16580688 tcagattcatacgatgaagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttt 16580589  T
Q  201 tcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16580588 tcacaaattaccatacatcaagagatgcaatattgtcacaagccttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaac 16580489  T
Q  301 a---tcgggaggaccattgaatgttttt 325  Q
    |   ||||||||||  ||||||||||||    
T  16580488 attttcgggaggacagttgaatgttttt 16580461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Original strand, 16614592 - 16614919
Alignment:
Q  1 ttgcatgatgctcgttattcatcacactcctactgacaatactatgaggtatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16614592 ttgcatgatgctcgtaattcatcacactcctactgacaatactatgaagtatgaacacgagaaagagagagatcgaaaaaatttgtgagctgacccacac 16614691  T
Q  101 tcagattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16614692 tcagattcatacgatgaagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttt 16614791  T
Q  201 tcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16614792 tcacaaattaccatacatcaagagatgcaatattgtcacaagccttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaac 16614891  T
Q  301 a---tcgggaggaccattgaatgttttt 325  Q
    |   ||||||||||  ||||||||||||    
T  16614892 attttcgggaggacagttgaatgttttt 16614919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16874649 - 16874321
Alignment:
Q  1 ttgcatgatgctcgttattcatcacactcctactgacaatactatgaggtatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacac 100  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  16874649 ttgcatgatgctcatcattcatcacactcctactgacaatactatgaagtatgaacatgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgcgagctgatctacac 16874550  T
Q  101 tcagattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  16874549 tcagattcatacgatgaagagaaagtgattaggtatgtcgtgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttccagcacggcgtcttgatttt 16874450  T
Q  201 tcacaaattaccatacatc-aagagatacaatattgtcacaagccttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaa 299  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16874449 tcacaaatttccatacatcaaagagatgcaataatgtcacaagccttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccataa 16874350  T
Q  300 ca---tcgggaggaccattgaatgttttt 325  Q
    ||   ||||||||||| ||||||||||||    
T  16874349 cattttcgggaggaccgttgaatgttttt 16874321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 16572767 - 16572510
Alignment:
Q  1 ttgcatgatgctcgttattcatcacactcctactgacaatactatgaggtatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacac 100  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  || |||||||||||  |||||||||||||    
T  16572767 ttgcattatgctcgtcattcatcacattcctactgacaatactattaagtatgaacacgagaaagagag--gttgaaaaaatttgcaagctgatccacac 16572670  T
Q  101 tcagattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  16572669 tcagattcatacgatgaagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcatctcgatttt 16572570  T
Q  201 tcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttgtggaagtctccat 260  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  16572569 tcacaaatttccatacatcaagagatgcaataatgtcaaaagccttgtggaattctccat 16572510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 146 - 302
Target Start/End: Original strand, 16977371 - 16977528
Alignment:
Q  146 agtgcctcctccttggttttgtcc-ttcaacatttctagcacggcgtttcgatttttcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagcc 244  Q
    |||| |||||||||| |||| ||| |||| ||| |||| || || || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  16977371 agtgtctcctccttgattttttcccttcagcatctctaacagggagtctcgttttttcacaaatttccatacgtcaagagatgcaatattgtcaaaagcc 16977470  T
Q  245 ttgtggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaacat 302  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16977471 ttgtgcaagtccccattcataagaagccttgttacaaccatgacatgatccttaacat 16977528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 50 - 295
Target Start/End: Original strand, 233457 - 233701
Alignment:
Q  50 tatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacactca--gattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgag 147  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||| ||||||||| | |||||||||||| |   |    
T  233457 tatgaacacgaggaagagagagatcgaaaaaatttgtgagctgatccacactcaaagaatcatatgatgaagagaaagtaaataggtatgtcctaa---g 233553  T
Q  148 tgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttttcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttg 247  Q
     |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||| | |||||     
T  233554 cgcctcctccttgattttgtccttcagcatttctagcacggtgtcacgatttttcacaaatttccaaacctcaagagatgcaataatgtcaaaggccttc 233653  T
Q  248 tggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatcc 295  Q
    ||||| |||||||| ||||||| | ||||| || |||| |||||||||    
T  233654 tggaaatctccattaataagaacccttgtggcagccataacatgatcc 233701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 63 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 21629480 - 21629222
Alignment:
Q  63 aagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacactca--gattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgcctcctccttg 160  Q
    ||||||||||||||||   |||| |||||||||||  ||||  |||||||| |||| |||||| || |||||||||||||| |   ||||||||||||||    
T  21629480 aagagagaggtcgaaattttttgcgagctgatccatgctcaaagattcatatgatgaagagaaggtaattaggtatgtcctaa---gtgcctcctccttg 21629384  T
Q  161 gttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttttcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttgtggaagtctccat 260  Q
     ||||||||||||   |||||||||||| || ||  | ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  21629383 attttgtccttca---tttctagcacggagtctcagtgtttcacaaatttccatacatcgagagatgcaatattgtcaaaggccttgaggaagtctccat 21629287  T
Q  261 tgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaaca---tcgggaggaccattgaatgtt 322  Q
    | ||||||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||   || |||||||| |||||||||    
T  21629286 taataagaagtcttgtgacagccataacatgatccctaacattttcaggaggaccgttgaatgtt 21629222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 50 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 7392038 - 7391794
Alignment:
Q  50 tatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacactca--gattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgag 147  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||  || ||||| |||| |||||| || | |||||||||||| |   |    
T  7392038 tatgaacacgaggaagagagagatcgaaaaaatttgtgagctgaaccacgctcaaagaatcatatgatgaagagaaggtaaataggtatgtcctaa---g 7391942  T
Q  148 tgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttttcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttg 247  Q
    |||||| |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||| | |||||     
T  7391941 tgcctcttccttgattttgtccttaagcatttctagcacggcgtctcgatttttcacaaatttccagacgtcaagagatgcaataatgtcaaaggccttc 7391842  T
Q  248 tggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatcc 295  Q
    ||||| |||||||| ||||||| | ||||| || |||| |||||||||    
T  7391841 tggaaatctccattaataagaacccttgtggcagccataacatgatcc 7391794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 325
Target Start/End: Original strand, 10985 - 11258
Alignment:
Q  51 atgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacactcagattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgagtgc 150  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||| |||||   ||||||||||| |||||| || || |||| |||| | || | || ||||||||| |   ||||    
T  10985 atgaacacgaagaggagagaggtcgaaataattttctagctgatccacgctcagaatcgtatgatgaagaggaggtaaataagtatgtcctaa---gtgc 11081  T
Q  151 ctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttttcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttgtgg 250  Q
    | |||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||   | ||||| ||||||| |||||   |||||||| |||||| |||| |||| ||||||    
T  11082 cacctctttgattttgtccttcagcatttcgagcacggagtcgtggttttttacaaatttccatatgccaagagatgcaatatagtcaaaagcattgtgg 11181  T
Q  251 aagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatccttaaca--tcgggaggaccattgaatgttttt 325  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||    
T  11182 aagtctccattgataagaagccttgtgacaaccatgacatgatccttaacatttcaggaggaccgttgaatgttttt 11258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 50 - 295
Target Start/End: Original strand, 48298573 - 48298817
Alignment:
Q  50 tatgaacacgagaaagagagaggtcgaaaaaatttgtgagctgatccacactca--gattcatacgatggagagaaagtgattaggtatgtcctgatgag 147  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||| |||| |||||| || | |||||||||||| |   |    
T  48298573 tatgagcacgaggaagagagagatcgaaaaaatttgtgagctgatccacgctcaaagaatcatatgatgaagagaaggtaaataggtatgtcctaa---g 48298669  T
Q  148 tgcctcctccttggttttgtccttcaacatttctagcacggcgtttcgatttttcacaaattaccatacatcaagagatacaatattgtcacaagccttg 247  Q
     |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||| | |||||     
T  48298670 cgcctcctccttgattttgtccttcagcatttctagcacggtgtcacgatttttcacaaatttccacacctcaagagatgcaataatgtcaaaggccttc 48298769  T
Q  248 tggaagtctccattgataagaagcattgtgacaaccatgacatgatcc 295  Q
    ||||| || ||||| ||||||| | ||||| || |||| |||||||||    
T  48298770 tggaaatcgccattaataagaacccttgtggcagccataacatgatcc 48298817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University