View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7072_low_4 (Length: 517)

Name: NF7072_low_4
Description: NF7072
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7072_low_4
NF7072_low_4
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (20-504)||(38380642-38381126)
chr5 (42-504)||(38398293-38398755)
chr5 (28-504)||(38389516-38389992)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (49-504)||(37841133-37841588)
chr3 (28-122)||(37845291-37845385)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 504
Target Start/End: Original strand, 38380642 - 38381126
Alignment:
Q  20 gagtgttcctctatctattatgtattgacaactacaaaatccactctttaaggtcattcgtgcgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcact 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38380642 gagtgttcctctatctattatgtattgacaactacaaaatccaccctttaaggtcattcgtgcgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcact 38380741  T
Q  120 actattaagatcaggtgaagcaagaaaatcaccaatagcaccaagttctggaaattcactccattctgctaatccatcagtttgaggagattgagtttca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38380742 actattaagatcaggtgaagcaagaaaatcaccaatagcaccaagttctggaaattcactccattctgctaatccatcagtttgaggagattgagtttca 38380841  T
Q  220 tgtcttctcccaactataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtataaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctca 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  38380842 tgtcttctcccaactataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattcttagtgaaaacttcttgatacctca 38380941  T
Q  320 cattttcagcatgtttaaattcttccaacatttcgtcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaataagacggtaaacaac 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38380942 cattttcagcatgtttaaattcttccaacatttcatcaccaattaccatgaactcctccaattcttctatgttttccttagcaataagacggtaaacaac 38381041  T
Q  420 taggttgatcttaggattattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38381042 taggttgatcttaggattattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 38381126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 504
Target Start/End: Original strand, 38398293 - 38398755
Alignment:
Q  42 tattgacaactacaaaatccactctttaaggtcattcgtgcgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcactactattaagatcaggtgaagca 141  Q
    |||| ||||||| ||||| |||| ||||| |||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38398293 tatttacaactaaaaaattcactttttaacgtcattcacacgtgaaagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcactactattaagatcaggtgaaaca 38398392  T
Q  142 agaaaatcaccaatagcaccaagttctggaaattcactccattctgctaatccatcagtttgaggagattgagtttcatgtcttctcccaactataaaga 241  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398393 agaaaatcaccaatagcaccgagttctggaaattcactccattctgctaatccatcagtttgaggagattgagtttcatgtcttctcccaactataaaga 38398492  T
Q  242 aatcatgttcgttcacaatctcacgtataaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttcagcatgtttaaattc 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  38398493 aatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttcagcatttttcaattc 38398592  T
Q  342 ttccaacatttcgtcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaataagacggtaaacaactaggttgatcttaggattattc 441  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398593 ttccaacatttcatcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaacaagacggtaaacaactaggttgatcttaggattattc 38398692  T
Q  442 atcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38398693 atcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 38398755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 504
Target Start/End: Original strand, 38389516 - 38389992
Alignment:
Q  28 ctctatctattatgtattgacaactacaaaatccactctttaaggtcattcgtgcgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcactactattaa 127  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38389516 ctctatctatcatgtcttgacaactacaaaatccaccttttaaggtcatttgcgcgtgagagttgttgctgcacaaccaaaacagatgcattactattaa 38389615  T
Q  128 gatcaggtgaagcaagaaaatcaccaatagcaccaagttctggaaattcactccattctgctaatccatcagtttgaggagattgagtttcatgtcttct 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38389616 gatcaggtgaagcaagaaaatcaccaatagcaccaagttctggaaattcactccattctgctaatccatcggtttgaggatattgagtttcatgtcttct 38389715  T
Q  228 cccaactataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtataaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttca 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38389716 cccaactataaagaaatcatgttcgttcacaatctcacgtagaaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttca 38389815  T
Q  328 gcatgtttaaattcttccaacatttcgtcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaataagacggtaaacaactaggttga 427  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  38389816 gcatgtttcaattcttccaacatttcatcaccaattaccattaactcctccacttctgctatgtttttcctagaaacaagacagtaaacaactaggttga 38389915  T
Q  428 tcttaggattattcatcgctcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 504  Q
    || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38389916 tcctaggattattcatcattcgttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 38389992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 49 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 37841588 - 37841133
Alignment:
Q  49 aactacaaaatccactctttaaggtcattcgtgcgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcactactattaagatcaggtgaagcaagaaaat 148  Q
    |||||||||| |||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37841588 aactacaaaacccaccctttgaggtcattcgaacatgagagttgttgttgaacaaccaaaacagatgcactactattaagatcgggtgaagcaagaaaat 37841489  T
Q  149 caccaatagcaccaagttctggaaattcactccattctgctaatccatcagtttgaggagattgagtttcatgtcttctcccaactataaagaaatcatg 248  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37841488 caccaatagctccaagttctggaaattcactccattctgccaatccatctgtttgaggagattgagtttcatgtcttctcccaactataaaaaaatcatg 37841389  T
Q  249 ttcgttcacaatctcacgtataaaagatgctgtttgtgatccattctcagtaaaaacttcttgatacctcacattttcagcatgtttaaattcttccaac 348  Q
    ||| ||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  37841388 ttcattcattatctcacgtagaaaagatgccgtttctgatccattctcagtgaaaacttcttcatacttcacattttcagcatgtctcaattcttccaac 37841289  T
Q  349 atttcgtcgccaattaccgttaattcctccaattctactatgttttccttagcaataagacggtaaacaactaggttgatcttaggattattcatcgctc 448  Q
    ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||    
T  37841288 atttcatctccaattaccattaactcctccaattcttcaatgttctccttagcaacaagacgataaacaaccaggttgatcctatgattattcattgctc 37841189  T
Q  449 gttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccacctaaatatatgatg 504  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37841188 tttttgctaaacataagacctcttcatcatcgtcatttccgcctaaatatatgatg 37841133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 28 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 37845385 - 37845291
Alignment:
Q  28 ctctatctattatgtattgacaactacaaaatccactctttaaggtcattcgtgcgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacagatgcactact 122  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37845385 ctctttctatcatgtcttggcaactacaaaatccaccctttaaggtcattcgtgtgtgagagttgttgttgcacaaccaaaacaaatgcactact 37845291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University