View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7073_low_9 (Length: 462)

Name: NF7073_low_9
Description: NF7073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7073_low_9
NF7073_low_9
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-446)||(27876563-27877008)
chr6 (185-387)||(8481612-8481814)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-446)||(48699675-48700120)
chr4 (1-446)||(42267921-42268366)
chr4 (5-446)||(30948037-30948478)
chr4 (8-411)||(2000910-2001305)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-446)||(5821129-5821574)
chr3 (1-446)||(2815117-2815562)
chr3 (8-440)||(42586976-42587408)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-446)||(827497-827942)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-446)||(9441946-9442391)
chr8 (8-440)||(24596348-24596780)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-446)||(34354028-34354473)
chr5 (1-446)||(41720428-41720873)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-140)||(8134716-8134846)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 27877008 - 27876563
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877008 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcagatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 27876909  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876908 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 27876809  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876808 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 27876709  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876708 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 27876609  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876608 gattattcttctctgcatgtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 27876563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 185 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 8481814 - 8481612
Alignment:
Q  185 caattcacggttgcacatacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaa 284  Q
    |||||||| ||| || |||| ||||| || |||||| | ||||||||  |||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| || |||||| ||||    
T  8481814 caattcacagttccatatacgcctcaacataatggtatagcagagcgattgaataaaactctcctagataaaacaagagttatgcagagaacagcaggaa 8481715  T
Q  285 tggccaagtcgttctgggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtg 384  Q
    |||||||||| || | |||| |||| | |||||  || |||||||| || ||||| || |||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  8481714 tggccaagtcttttttggcaaaagctgcgaaaatggcatgttatgtgatcaatcgatctccataaactgcaattggtttgaaaacaccgatggagatttg 8481615  T
Q  385 gaa 387  Q
    |||    
T  8481614 gaa 8481612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 48700120 - 48699675
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700120 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcagatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 48700021  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700020 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 48699921  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699920 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 48699821  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699820 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 48699721  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699720 gattattcttctctgcatgtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 48699675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 42267921 - 42268366
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267921 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcagatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 42268020  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268021 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 42268120  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268121 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 42268220  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268221 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 42268320  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  42268321 gattattcttctctgcatgtgtttggttgtcctgtgtatgtgatgt 42268366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 30948478 - 30948037
Alignment:
Q  5 agaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaaatta 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948478 agaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaaatta 30948379  T
Q  105 agtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcacatac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948378 agtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcacatac 30948279  T
Q  205 acctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctgggca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30948278 acctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcggaaatggccaagtcgttctgggca 30948179  T
Q  305 gaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagtagatt 404  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948178 gaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacgacgattgatttgaagacaccaatggagatgtggaaaggaaagccagtagatt 30948079  T
Q  405 attcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  30948078 attcttctctgcatgtttttggttgtcctgtgtacgtgatgt 30948037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 411
Target Start/End: Original strand, 2000910 - 2001305
Alignment:
Q  8 agattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaaattaagt 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||  | || ||||||||| | || | ||| ||||    
T  2000910 agattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcaaatgtgtttacagtattcaaggaattcaaagcacacgtggaacttgaaactagtaaaagaataaagt 2001009  T
Q  108 gcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcacatacacc 207  Q
    |||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||        | ||||| || ||||||  ||| |||||||| ||| ||||||| ||    
T  2001010 gcttaagaacaaacaatggagcagaatatgtagatggtgactttct--------gcaaacatgaaggtattacaagacaattcacagttccacatacgcc 2001101  T
Q  208 tcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctgggcagaa 307  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||| ||| ||| |||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  2001102 tcaacagaatggtgtagcagagcggatgaatataactctcctatatagaacaagagccatgttgagaacaacaggagtggctaagtctttctgggcagaa 2001201  T
Q  308 gcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagtagattatt 407  Q
    || |||||||| |||| ||| || || ||||| || |||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||   |||||||    
T  2001202 gctgtgaaaactgcctattacgtgatcaatcgatctccatcaaccgcaattggtttgaaaacaccaatggagatttggaacggaaagccacctgattatt 2001301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 5821574 - 5821129
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821574 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcagatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 5821475  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821474 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 5821375  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821374 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 5821275  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821274 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 5821175  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5821174 gattattcttctctgcatgtgtttggttgtcctgtgtatgtgatgt 5821129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 2815562 - 2815117
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2815562 ttccagaagattatgggtgtaaccaatcaagaagaagtcagttgtgtttccagtattcaaggcattaaaagcacaaatagagcttgaaactgggaaaaag 2815463  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2815462 attaagtgcttgaggatagataatggaggataatatgtagatgacgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcactgttgcac 2815363  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2815362 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatataactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 2815263  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  2815262 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacgttgattgatttgaagactcctatggagatgtggaaaggaaagccagta 2815163  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  2815162 gattattcttctctacatgtgtttggttgtcctgtgtatgtgatgt 2815117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 440
Target Start/End: Original strand, 42586976 - 42587408
Alignment:
Q  8 agattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaaattaagt 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| | |||||||||| ||||||| ||||| | || ||||||||||| || | ||| ||||    
T  42586976 agattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcaaatgtgtttaccgtattcaaggaattcaaaccacaagtggaacttgaaactggtaaaagaataaagt 42587075  T
Q  108 gcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcacatacacc 207  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||| || ||||| |||||||||  ||| |||||||| ||| ||||||| ||    
T  42587076 gcttaagaacagacaatggaggagaatatgtagatggtgattttttgacattctgcaaacatgagggtattacaagacaattcacagttccacatacgcc 42587175  T
Q  208 tcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctgggcagaa 307  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||| ||| |||||| | | |||| ||||| ||||||||||||    
T  42587176 tcaacagaatggtgtagcagagcggatgaatagaactctcttagataaaacaagagccatgttgagaacagcagtagtggctaagtctttctgggcagaa 42587275  T
Q  308 gcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagtagattatt 407  Q
    || ||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||| || |||| |||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||   |||||||    
T  42587276 gctgtgaaaaccgcctgttacgtgatcaatcgatctccatcaaccgcaattggtttgtaaacaccaatggagatttggaacggaaagccacctgattatt 42587375  T
Q  408 cttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacg 440  Q
    ||||  |||| ||||| || ||| |||||||||    
T  42587376 cttccttacatgtgttcggatgtactgtgtacg 42587408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 827497 - 827942
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827497 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 827596  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827597 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 827696  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827697 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagttatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 827796  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827797 tgcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 827896  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  827897 gattattcttctctgcatgtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 827942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 9442391 - 9441946
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442391 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcagatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 9442292  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442291 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 9442192  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442191 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 9442092  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442091 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggtgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 9441992  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  9441991 gattattcttctctgcatgtgtttggttgtcctgtgtatgtgatgt 9441946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 24596780 - 24596348
Alignment:
Q  8 agattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaaattaagt 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||| || | ||| ||||    
T  24596780 agattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcaaatgtgtttacagtattcaaggaattcaaagcacaagtggaacttgaaactggtaaaagaataaagt 24596681  T
Q  108 gcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcacatacacc 207  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||| || ||||| |||||||||  ||| |||||||| ||| ||||||| ||    
T  24596680 gcttaagaacagacaatggaggagaatatgtagatggtgattttttgacattctgcaaacatgagggtattacaagacaattcacagttccacatacgcc 24596581  T
Q  208 tcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctgggcagaa 307  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | | || |||||| ||| ||| ||||||   | |||| ||||| ||||||||||||    
T  24596580 tcaacagaatggtgtagcagagcggatgaatagaactctcttaaataaaaaaagagccatgttgagaacagcaatagtggctaagtctttctgggcagaa 24596481  T
Q  308 gcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagtagattatt 407  Q
    || ||||||||||||| ||| || || ||||| ||  ||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||   |||||||    
T  24596480 gctgtgaaaaccgcctattacgtgatcaatcgatctacatcaaccgcaattggtttgaaaacaccaatggagatttggaacggaaagccacctgattatt 24596381  T
Q  408 cttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacg 440  Q
    ||||  |||| ||||| || ||| |||||||||    
T  24596380 cttccttacatgtgttcggatgtactgtgtacg 24596348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 34354028 - 34354473
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354028 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 34354127  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354128 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 34354227  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34354228 atacacctcagcagaatggtgcggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcaggaatggccaagtcgttctg 34354327  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34354328 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacgacaattgatttgaagacaccaatggagatgtggaaaggaaagccagta 34354427  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354428 gattattcttctctacatgtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 34354473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 41720428 - 41720873
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41720428 ttccagaagattatgggtgtacccaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactaggaagaaa 41720527  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720528 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatatagatggcgagtttctagcattttgtaaacaagagggtattgtaaggcaattcacggttgcac 41720627  T
Q  201 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcgtagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720628 atacacctcagcagaatggtgtggcagagcggatgaatagaactctcctagaaagaacaagagctatgctgaaaacagcgggaatggccaagtcgttctg 41720727  T
Q  301 ggcagaagcggtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccgatggagatgtggaaaggaaagccagta 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41720728 ggcagaagcagtgaaaaccgcctgttatgtaataaatcgctcaccatcaacggcgattgatttgaagacaccaatggagatgtggaaaggaaagccagta 41720827  T
Q  401 gattattcttctctacaagtgtttggttgtcctgtgtacgtgatgt 446  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  41720828 gattattcttctctgcatgtttttggttgtcctgtgtacgtgatgt 41720873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 8134846 - 8134716
Alignment:
Q  1 ttccagaagattatgggtgtacctaatcaagaagaagtcggatgtgtttccagtattcaaggcattcaaagcacaaatagagcttgaaactgggaagaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||         |||||||||| ||| ||||| || |||||||    
T  8134846 ttccagaagattatgggtgtacccaattaagaagaagtcagatgtgttttcagtattcaa---------agcacaaataaagcgtgaaattgagaagaaa 8134756  T
Q  101 attaagtgcttgaggacagacaatggaggagaatatgtag 140  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8134755 attaagtgcttgaggacagataatggaggagaatatgtag 8134716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University