View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7080_low_2 (Length: 472)

Name: NF7080_low_2
Description: NF7080
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7080_low_2
NF7080_low_2
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (62-445)||(12621252-12621641)
chr5 (53-431)||(10541448-10541830)
chr5 (60-434)||(31335275-31335656)
chr5 (119-438)||(31223668-31223990)
chr5 (106-411)||(31303012-31303318)
chr5 (167-438)||(40897253-40897527)
chr5 (159-401)||(34583217-34583460)
chr5 (193-438)||(5926726-5926973)
chr5 (263-349)||(28376498-28376586)
chr5 (113-187)||(38143302-38143376)
chr5 (127-172)||(1670070-1670115)
chr5 (60-169)||(34583477-34583590)
chr5 (391-438)||(16719877-16719924)
chr5 (108-172)||(5926671-5926735)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (58-438)||(9458625-9459012)
chr7 (108-428)||(26425168-26425490)
chr7 (92-438)||(5734112-5734462)
chr7 (120-418)||(21523678-21523978)
chr7 (106-436)||(3525845-3526176)
chr7 (106-226)||(4920157-4920277)
chr7 (159-323)||(27157521-27157685)
chr7 (328-436)||(9625911-9626019)
chr7 (253-317)||(12218055-12218119)
chr7 (355-439)||(4920040-4920124)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (92-438)||(43137885-43138235)
chr4 (60-438)||(7290676-7291052)
chr4 (108-434)||(47681957-47682285)
chr4 (119-438)||(36444850-36445168)
chr4 (63-434)||(53995472-53995837)
chr4 (92-438)||(34458095-34458450)
chr4 (92-436)||(31763646-31763993)
chr4 (108-436)||(50689274-50689601)
chr4 (61-337)||(1458302-1458585)
chr4 (106-317)||(47304968-47305177)
chr4 (60-228)||(23601933-23602105)
chr4 (251-360)||(19902243-19902354)
chr4 (328-436)||(13611227-13611335)
chr4 (127-187)||(40712032-40712092)
chr4 (127-203)||(51084280-51084356)
chr4 (125-210)||(1180527-1180612)
chr4 (403-435)||(1458587-1458619)
[»] chr2 (28 HSPs)
chr2 (92-438)||(40355823-40356169)
chr2 (60-436)||(5305413-5305795)
chr2 (62-434)||(41534665-41535036)
chr2 (95-400)||(15440472-15440778)
chr2 (60-321)||(38855484-38855748)
chr2 (66-340)||(12068500-12068779)
chr2 (118-321)||(30487692-30487890)
chr2 (58-230)||(34639741-34639915)
chr2 (119-295)||(42472395-42472566)
chr2 (299-436)||(42472214-42472353)
chr2 (326-436)||(32256570-32256680)
chr2 (129-210)||(19089933-19090014)
chr2 (92-241)||(38119523-38119672)
chr2 (126-209)||(45571233-45571316)
chr2 (126-209)||(45574900-45574983)
chr2 (126-209)||(45578567-45578650)
chr2 (126-209)||(45582234-45582317)
chr2 (126-209)||(45585901-45585984)
chr2 (126-209)||(45589568-45589651)
chr2 (126-209)||(45593235-45593318)
chr2 (126-209)||(45596902-45596985)
chr2 (126-209)||(45600569-45600652)
chr2 (126-209)||(45604236-45604319)
chr2 (126-209)||(45607903-45607986)
chr2 (126-209)||(45611570-45611653)
chr2 (126-209)||(45615237-45615320)
chr2 (301-350)||(34639970-34640021)
chr2 (158-203)||(12016442-12016487)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (106-409)||(54739564-54739869)
chr3 (176-438)||(9798051-9798316)
chr3 (107-321)||(53200273-53200486)
chr3 (128-340)||(44027837-44028047)
chr3 (60-157)||(9797953-9798054)
chr3 (110-169)||(1070969-1071028)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (108-434)||(29442501-29442828)
chr8 (108-438)||(27209099-27209429)
chr8 (107-409)||(6627854-6628158)
chr8 (107-423)||(6635653-6635971)
chr8 (254-428)||(5938199-5938375)
chr8 (92-344)||(8109216-8109468)
chr8 (108-408)||(29909702-29910001)
chr8 (279-402)||(18421563-18421686)
chr8 (300-371)||(14858127-14858200)
chr8 (125-169)||(14266437-14266481)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (61-406)||(692822-693171)
chr6 (106-436)||(22293167-22293499)
chr6 (106-423)||(22300176-22300495)
chr6 (177-436)||(15055381-15055644)
chr6 (92-321)||(16166572-16166801)
chr6 (284-436)||(6138873-6139027)
chr6 (60-235)||(4127240-4127418)
chr6 (355-437)||(4127432-4127514)
chr6 (293-436)||(16463894-16464043)
chr6 (106-230)||(16464070-16464194)
chr6 (175-224)||(6139076-6139125)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (92-436)||(35361864-35362205)
chr1 (106-423)||(13640781-13641100)
chr1 (171-434)||(51126676-51126939)
chr1 (60-317)||(40708149-40708410)
chr1 (107-321)||(3289085-3289300)
chr1 (106-321)||(9856771-9856987)
chr1 (92-308)||(13260322-13260539)
chr1 (60-209)||(12569682-12569835)
chr1 (382-434)||(8770861-8770913)
chr1 (136-191)||(33710927-33710982)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 62 - 445
Target Start/End: Original strand, 12621252 - 12621641
Alignment:
Q  62 gagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctga 157  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| || |    |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||     
T  12621252 gagccggactttgcttaaataggctaggtttagttgaaaaaattaaggcctaagccttgatcttttacctgtcaaaggctttattttaagtctggtttgg 12621351  T
Q  158 tctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttca 257  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||         |||||||    
T  12621352 cctttttaaaagtctgacctgacctattagtctttttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacacagtcttttcatcaaaaaaaatttcttttca 12621451  T
Q  258 atttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaa--caattgtaaaatttatagatggatagaaactcaaga 355  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12621452 atttgtgcgacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaatacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaaga 12621551  T
Q  356 ataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagccttagaattgt 445  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  12621552 ataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttagacatatcagtagcaagccttggaattgt 12621641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 53 - 431
Target Start/End: Original strand, 10541448 - 10541830
Alignment:
Q  53 agcatgaccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagc 148  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||      
T  10541448 agcatggccgagccggactttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacttgtcaaaggctttattttaatt 10541547  T
Q  149 atggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnn 248  Q
     ||| |||| ||||||||||||| | | ||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||           
T  10541548 ctggcctgacctttttaaaagtcaggcatgacctattagcctgtctaaaagcctagttagtgttacaaatttcaaacagagtttgttcatcaattttttc 10541647  T
Q  249 nncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggataga 346  Q
        |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  10541648 ac--tttcaatttgtgcaacgtacttaatatagaaattaacattaattagatacatattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggataga 10541745  T
Q  347 aactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagca 431  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  10541746 aactcaagaataatcatgtgtgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgactttaggcatatcagtagca 10541830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 60 - 434
Target Start/End: Original strand, 31335275 - 31335656
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31335275 ccgagtcgggctttgcttaaataggctaggccttgttgaaaaaactaaggcctaagctttggccttttacctgtcaaagactttattttaagcttggtct 31335374  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnn-cttt 254  Q
    || ||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| | ||||||||          | ||    
T  31335375 gacctttttaaaagtctagcctgacctattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcgaacagagtatgttcatcaattttttttttcctt 31335474  T
Q  255 tcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactca 352  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31335475 tcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaacattaattagatacatattaaactaatgaaacacaattataaaatttatagatggatagaaactca 31335574  T
Q  353 agaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    | |||||| |||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  31335575 aaaataataatgtctgataacagcaaggatttcaatcttaatctaataaccatactggaccttaggcatatcagtagcaagc 31335656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 119 - 438
Target Start/End: Original strand, 31223668 - 31223990
Alignment:
Q  119 cttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaa--aagcctagtttgtattacaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    |||  ||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||  ||||||||||| |  |||||    
T  31223668 cttttacctgtcaaagactttattttagtattggcatgacctttttaaaagtctggcatgacctattagcctgtctaataaagcctagtttatgctacaa 31223767  T
Q  217 atttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagat--acaaattaaactaa 314  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||           |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||||| |||||    
T  31223768 atttcaaagagagtttgttcatcaatttttttc---tttcaatttgtgcaacatacttaatataaagataaacattaattagattgcaaaattatactaa 31223864  T
Q  315 t--aaaacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgag 412  Q
    |  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  31223865 tgaaacacaattataaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacagtaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgac 31223964  T
Q  413 cttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  31223965 cttaggcatatcactagcaagcctta 31223990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 106 - 411
Target Start/End: Original strand, 31303012 - 31303318
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||  |||| ||||| ||||||    
T  31303012 cctaagcattggccttttatctgtcaaaggctttattttaaatttggtctgacctttttaaaagtctggcctaacctattaacctgtctaaaaacctagt 31303111  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    || | ||||||||||| |||||||| | ||||||||         |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31303112 ttatgttacaaatttcgaacagagtatgttcatcaattttttttccttt-caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaga 31303210  T
Q  306 ttaaactaat--aaaacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    ||||||||||  || |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||    
T  31303211 ttaaactaatgaaacacaattatcaaatttatagatggatagaaactcaaaaataataatatctgataacagcaagaatttcaatcttaatctaataacc 31303310  T
Q  404 atacttga 411  Q
    ||||||||    
T  31303311 atacttga 31303318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 167 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 40897527 - 40897253
Alignment:
Q  167 aagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnn-cttttcaatttgtgc 265  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||          | |||||||||||||    
T  40897527 aagtctgttctgacctattagtctgtctaaaagcctaatttatgttacaaatttcaaacagagtatgttcatcaattttttttttcctttcaatttgtgc 40897428  T
Q  266 aacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcat 363  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40897427 aatgtacttaatatagagataaacattaattagatacagattaagttaatgaaacacaattgtaaaatttatagacggatagaaactcaagaataatcat 40897328  T
Q  364 gtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  40897327 gtttgataacagcaagaatttcaaacttaatcaaataaccatacttgaccttagacatatcggtagcaagcctta 40897253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 159 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 34583460 - 34583217
Alignment:
Q  159 ctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaa 258  Q
    ||||||||||| ||| | || |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||         |||| |||    
T  34583460 ctttttaaaagcctggcttggcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtcttacaaatttcaaatagagtctgttcatcaattttttctccttt-caa 34583362  T
Q  259 tttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaa 356  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  34583361 tttgtgcaacgtacttaatataaagataaatattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattgtaaaatgtatagatgggtagaaactcaagaa 34583262  T
Q  357 taatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataa 401  Q
    ||||||||| ||||||||  || ||||| |||| |||||||||||    
T  34583261 taatcatgtctgataacaacaacgatttaaaacttaatctaataa 34583217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 193 - 438
Target Start/End: Original strand, 5926726 - 5926973
Alignment:
Q  193 ttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacatt 292  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||          ||||  ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  5926726 ttaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaacagagtatgttcatcaattttcatttattttttatttgtgcaacgtactaaatataaagataaacatt 5926825  T
Q  293 aattagatacaaattaaactaat--aaaacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacc 390  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||| |   | ||||||||||     
T  5926826 aattagatacaaattaaactaataaaaaacaattgtaaaatttatagatggattggaactcaagaataatcatgtctcataaaaacgaagatttcaaact 5926925  T
Q  391 taatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||| ||||||||||||||| |  |||| ||||| ||||||||||||||    
T  5926926 taaactaataaccatacttaacattagacatattagtagcaagcctta 5926973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 263 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 28376586 - 28376498
Alignment:
Q  263 tgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaac--aattgtaaaatttatagatggatagaaac 349  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28376586 tgcaacgtacttaatatatagataaacattaattaaatgcagattaaattaataaaacataattgtaaaatttatagatggataaaaac 28376498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 113 - 187
Target Start/End: Original strand, 38143302 - 38143376
Alignment:
Q  113 cttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattag 187  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  38143302 cttgaccttttgcatgtcaaatactttattttaagcatgatccgaccttttgaaaagtttgacctgatctattag 38143376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 127 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 1670115 - 1670070
Alignment:
Q  127 tgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtct 172  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  1670115 tgtcaaagattttattttaggtatggtctgatctttttaaaagtct 1670070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 34583590 - 34583477
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | ||    ||||||| |||  ||||||||||| ||||||| |||||  || ||||||||||||| ||| ||    
T  34583590 ccgagccgggctttacttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaagacctaagccttggccttttagctgtcggaggctttattttaagcctggcct 34583491  T
Q  156 gatctttttaaaag 169  Q
    |  |||||||||||    
T  34583490 ggcctttttaaaag 34583477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 391 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 16719924 - 16719877
Alignment:
Q  391 taatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  16719924 taatctaataatcatacttgaccttaggcatatcaatcgcaagcctta 16719877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 108 - 172
Target Start/End: Original strand, 5926671 - 5926735
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtct 172  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||||||    
T  5926671 taagccttgactttttatctatcaaatactttattttaagtttggcctgaccttattaaaagtct 5926735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 58 - 438
Target Start/End: Original strand, 9458625 - 9459012
Alignment:
Q  58 gaccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggt 153  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| | ||    ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||     
T  9458625 gaccgagccgggcttttcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacctgtcaaaggtcttattttaagcttggc 9458724  T
Q  154 ctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnn-ct 252  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| | ||||| ||          |     
T  9458725 ctgacctttttaaaagtctggcctgacctattagcttgtctaaaagcctagtttatgttacaaatttcaaaaagagtatgttcataaaaaaaaatattcc 9458824  T
Q  253 tttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaact 350  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9458825 tttcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaacattaattagatacaaattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggatggaaact 9458924  T
Q  351 caagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9458925 caagaataatcatgtctgataaaagcaagaatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagcctta 9459012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 108 - 428
Target Start/End: Original strand, 26425168 - 26425490
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagttt 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||||| || ||||    
T  26425168 taagccttggccttttacctgtcaaaagctttattttaagtttgacctgacctttttaaaagtctggtctgacctattagcctgtctaaaagtcttgttt 26425267  T
Q  208 gtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaatt 307  Q
    || |||||||||||||| ||||||  |||||| |         |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  26425268 gtgttacaaatttcaaatagagtccattcatccatttttatttcttttcaatttgtgcaacgtacttaatgttgagataaacattaattagatacaaatt 26425367  T
Q  308 aaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccat 405  Q
     |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||| ||    
T  26425368 caactaataaaacacgatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacaagaaggattttaaacttaatctgataactat 26425467  T
Q  406 acttgagcttaggcatatcagta 428  Q
    |||| | ||||||||||| ||||    
T  26425468 acttaaccttaggcatattagta 26425490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 92 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 5734462 - 5734112
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | | || |||||||||| ||||  ||  ||||||||  ||    
T  5734462 tgaaaaaattaaggcctaagtcttgaccttttacctgtcaaaggctttattttaagccttgccagacctttttaaaaatctggtctagcctattagcatg 5734363  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaata---tagagataaa 288  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||| | | | |||||||          |||| |||||||| |||  |||||||||   ||||||||||    
T  5734362 tctaaaagcctagtttatattacaaatttcaaacaaaatatgttcatcatttttttgttcttt-caatttgtacaatgtacttaataatatagagataaa 5734264  T
Q  289 cattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttca 386  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5734263 cattaatcagatacagattaaactaatgaaacataattgtaaaatttatagatgtatagaaactcaagaatagtcatgtttgataacaacaaggatttca 5734164  T
Q  387 aacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||    
T  5734163 aacttaatctaataaccatacttgaccttaagcatataagtagcaaacctta 5734112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 120 - 418
Target Start/End: Original strand, 21523678 - 21523978
Alignment:
Q  120 ttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatt 219  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||| || | |||| | ||||||||| |||||||||    
T  21523678 ttttacctgttaaaggctttattttaagtctggtctgatctttttaaaagtttggcatgacctactagcctatctaaatgtctagtttgtgttacaaatt 21523777  T
Q  220 tcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaa 319  Q
    | ||| | ||||| |||||| |         ||| |||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  21523778 ttaaataaagtctattcatccatttttctttcttctcaatttgtgtaacgtgcttaatgtagagataaacatttattagatacacattaaacaaataaaa 21523877  T
Q  320 ca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttag 417  Q
    ||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||| |||| | |||| ||||||| | |||||    
T  21523878 cacaatcgtaaaatttatagatgaatagaaactcaagaataatcgtgtctgataacaagaaggatttcaaacttaatttgataatcatacttaaccttag 21523977  T
Q  418 g 418  Q
    |    
T  21523978 g 21523978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 106 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 3526176 - 3525845
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||  || |||||||| | ||| |||||| | |||    
T  3526176 cctaagccttgaccttttacctatcaaagactttattttaagtttgacctgatctttttaaaagtctgttctaacctattaatttgtctaaaagtcaagt 3526077  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    || | ||| |||||||||| |||||   ||||||||         ||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  3526076 ttttgttataaatttcaaatagagttcattcatcaatttttctttctttttaatttgagcaacgtatttaatatagagatcaacattaattagatacata 3525977  T
Q  306 ttaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaac--tcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataa 401  Q
    |||||||||||||  |||||  ||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  ||| ||| |||||  ||||||||||||| |||||| ||||    
T  3525976 ttaaactaataaaacacaatcataaaatttacagatgaatagaaactatcaagaataa--atg-ttggtaacaaaaaggatttcaaacttaatctgataa 3525880  T
Q  402 ccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
    ||||  || | ||||| ||||| |||| |||||||    
T  3525879 ccatgattaaccttagacatattagtatcaagcct 3525845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 106 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4920277 - 4920157
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||    
T  4920277 cctaagccttgacattttatctgtcaaagactttattttaagtctggcctgacctttttaaaagtctgacctgacttattagcctgtctaaaagtctagt 4920178  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaaca 226  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  4920177 ttgtgttacaaatttcaaaca 4920157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 159 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27157685 - 27157521
Alignment:
Q  159 ctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaa 258  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||  |||||| |         ||||||||    
T  27157685 ctttttaaaaatttgtcctgacctattagcatgtttaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaatagaatccattcatccatttttctttcttttcaa 27157586  T
Q  259 tttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacaat 323  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27157585 tttgtgcaacataattaatgcagagataaacattaattacatacacattaaactaataaaacaat 27157521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 328 - 436
Target Start/End: Original strand, 9625911 - 9626019
Alignment:
Q  328 aaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagt 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||| | || | |||||||||||| | ||||| ||||| |||    
T  9625911 aaatttatagatggatagaaactcaagaataataatgtatgataacaagaagtatttcaaacttgatatgataaccatacttaaccttagacatattagt 9626010  T
Q  428 agcaagcct 436  Q
    | |||||||    
T  9626011 accaagcct 9626019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 253 - 317
Target Start/End: Original strand, 12218055 - 12218119
Alignment:
Q  253 tttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataa 317  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12218055 tttcaatttatgcaacgtacttaatatagagataaacattaattagatacaaattcaactaataa 12218119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 355 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 4920124 - 4920040
Alignment:
Q  355 aataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagccttag 439  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  4920124 aataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacttaatctactaaccatacttgacattatgcatatcagtagcaagctttag 4920040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 92 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 43138235 - 43137885
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||||| |  ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||  |||||| ||||| |||    
T  43138235 tgaaaaaattgaggcctaagccttggccttttatcagtcaaagactttattttaagtctggcctgacctttttaaaagtctggtctgaccaattagcctg 43138136  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagaga--taaac 289  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  43138135 tttaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacagagttagttcatcaattttttttcactttcaatttgtgcaacatacttaatatagagagataaac 43138036  T
Q  290 attaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaa 387  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||    
T  43138035 attaattagatacatattaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggataaaaactcaagaataatcatgtgtgataacaacaaagatttcaa 43137936  T
Q  388 acctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  43137935 acttaatctaataaccatacttgaccttaagcatatcagtagcaagcctta 43137885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 60 - 438
Target Start/End: Original strand, 7290676 - 7291052
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || |    ||||||| |||  |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  7290676 ccgagccggactttggttaaataggctaggtttagttgaaaaaactaaagcctaagccttggtcttttatctgtcaaagactttattttaagcctgacct 7290775  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnctttt 255  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| ||||         | |||    
T  7290776 gacctttttaaaagtctggcctgacctattagcctgcctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacatagtatgttcttcaattttttgtcc-ttt 7290874  T
Q  256 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaa 353  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||     |  ||    
T  7290875 caatttgtgcaacacacttaatatagagataaacattaattagatacaaaat-aactaataaaacacaattgtaaaatttatagatggat-----cgtaa 7290968  T
Q  354 gaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7290969 gaataatcatg-ttgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagcctta 7291052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 108 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 47682285 - 47681957
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagttt 207  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||  ||| |||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47682285 taagtcttgaccttttacctgtcaaatgttttattttaagtctggcctggcctttttaaaagtctggtctgacctattagtctgtctaaaagcctagttt 47682186  T
Q  208 gtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaac--atacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
     | |||||||||||||||||| ||  |||||||          | ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47682185 atgttacaaatttcaaacagaatcggttcatca--gtttttttcctttcaatttatgcaacgtatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 47682088  T
Q  306 ttaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  47682087 ttaaactaatgaaacacaattgtaaaatttatagatggataaaaactcaagaataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacttaatctaataatc 47681988  T
Q  404 atacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47681987 atacttgaccttaggcatatcagtagcaagc 47681957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 36445168 - 36444850
Alignment:
Q  119 cttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaat 218  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||| || | |||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  36445168 cttttacatgtcaaagactttattttaagtctggtctggcctttttaaaagcctaatctgacctattaacctgttcaaaagcctagtttgtgttacaaat 36445069  T
Q  219 ttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaa 318  Q
    || ||| ||| ||| ||||||||           |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36445068 tttaaagagaatctgttcatcaatttttttc---tttcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaacattaattagatacaaattaaactaataaa 36444972  T
Q  319 aca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagctta 416  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36444971 acacaagtgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtcagataacaacaaggatttcaaacttaatctaataaccatacttgacctta 36444872  T
Q  417 ggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    | || |||||||||||| ||||    
T  36444871 gacaaatcagtagcaagtctta 36444850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 63 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 53995837 - 53995472
Alignment:
Q  63 agccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgat 158  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||  ||||     
T  53995837 agccgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagcctaggccttttacttgtcaaaggctttattttaagcctgacctgac 53995738  T
Q  159 ctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaa 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||| | ||||||||         | ||||||    
T  53995737 ctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaacatagtttgttcatcaaattttttctcctttcaa 53995638  T
Q  259 tttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaat--aaaacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaa 356  Q
    ||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53995637 tttgtacaatgtactaaatatagagataaacattaattagatagagattaaactaatgacaaacaattgtaaaatttatagatggatagaaactccagaa 53995538  T
Q  357 taatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    |||||||||||            |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  53995537 taatcatgttt------------gatttcaaacttaatctaataatcatacttgaccttaggcatatcagtagcaagc 53995472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 92 - 438
Target Start/End: Original strand, 34458095 - 34458450
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| || | ||||||||||||||| |||| |||||||| |||    
T  34458095 tgaaaaaactaagacctaagccttggccttttaccagtcaaagactttattttaagtttggcctaacctttttaaaagtctggcctgtcctattagcctg 34458194  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnn-cttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaaca 290  Q
    | ||||||||||||||   |||| ||||||||| ||| | | ||||||||          | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34458195 tctaaaagcctagtttacgttacgaatttcaaaaagaatatgttcatcaattttgtttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatataaagataaaca 34458294  T
Q  291 ttaa------ttagatacaaattaaactaataaaacaa--ttgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggat 382  Q
    ||||      ||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  34458295 ttaacattaattagatacaaattaaactaatgaaacatagttgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacaacaaggat 34458394  T
Q  383 ttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  34458395 ttcaaacttaatctaataaccccacttaaccttaggcatatcaatagcaagcctta 34458450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 92 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 31763993 - 31763646
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  |||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||  ||  || |  ||||||||||||| | |||||||| ||| |||    
T  31763993 tgaaaaaactaaggcctaagccttaaccttttatccatcaaagactttattttaagtgtgacctaacatttttaaaagtctaatctgacctactagcctg 31763894  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnc-ttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaaca 290  Q
    | ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||  ||||||||         | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  31763893 tctaaaagcttagtttgtgttacaaatttcaagcagtgtccattcatcaatttttctttccttttcaatttgtgcaacgtacttaatgtagagataaaca 31763794  T
Q  291 ttaattagatacaaattaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaa 388  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||    
T  31763793 ttaattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgattacaagaaggatttcaaa 31763694  T
Q  389 cctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
      |||||| |||| ||||||| |  |||| ||||| |||| |||||||    
T  31763693 attaatctgataatcatacttaactttagacatattagtaccaagcct 31763646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 108 - 436
Target Start/End: Original strand, 50689274 - 50689601
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagttt 207  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||| ||     ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  50689274 taagccttggtcttttacttgtcaaacactttattttgag-----tctggccttttcaaaagcctgacctgacctattagcctgtctaaaagcctagttt 50689368  T
Q  208 gtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagaga--taaacattaattagatacaaa 305  Q
    || |||||||||||||| |||||    ||||| |         ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||||||| |    
T  50689369 gtgttacaaatttcaaatagagttcagtcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaacacacttaatgtagagagataaacaataattagatacata 50689468  T
Q  306 ttaaactaataaaacaa--ttgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    ||||||||||||||||   | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||| |    
T  50689469 ttaaactaataaaacacagtcgtaaaatttacagatggatagaaactcaagaataattatatctgataacaagaaggatttcaaacttaatctgataatc 50689568  T
Q  404 atacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
    |||||| | ||||||||||| |||| |||||||    
T  50689569 atacttaaccttaggcatattagtaccaagcct 50689601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 61 - 337
Target Start/End: Original strand, 1458302 - 1458585
Alignment:
Q  61 cgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctg 156  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||    ||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||    
T  1458302 cgagccgggctttgcttaaataggttaggtcttgttgaaaaaactaaggcctaagtcttggccttttacctgtcaaagattttattttaagcctgacctg 1458401  T
Q  157 atctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt-attacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnctttt 255  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||   |||||||||||||||| | ||||| ||         | |||    
T  1458402 acctttttaaaagtctggtctgacctattagtctgtctaaaagcctagtttatgatgcaaaatttcaaacagagtatgttcataaataaaaaatcccttt 1458501  T
Q  256 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaat--aaaacaattgtaaaatttatag 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||| |||||    
T  1458502 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacagattaaactaatgaaacacaattgtaaaatatatag 1458585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 106 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 47305177 - 47304968
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||    
T  47305177 cctaagcattgaccttttacctatcaaagactttattttaagcctaacctgacctttttaaaagtctgacctggcctattagcttgtctaaaagcctagt 47305078  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    || | ||||||||||  |||||||| | ||||| ||           ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47305077 ttatgttacaaatttttaacagagtttgttcattaattttttttc--tttcaatttatgcaacgtacttaatatagagataaacattaattaggtacaaa 47304980  T
Q  306 ttaaactaataa 317  Q
    ||||||||||||    
T  47304979 ttaaactaataa 47304968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 60 - 228
Target Start/End: Original strand, 23601933 - 23602105
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggcta-----agtctgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtc 154  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||     ||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  23601933 ccgagtcgggctttgcttaaataggctagacctagt-tgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacctgtcaaaggctttattttaagtctggcc 23602031  T
Q  155 tgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacaga 228  Q
    ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23602032 tgacctttttaaaagcctggcctgacctattagcttgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacaga 23602105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 251 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 19902354 - 19902243
Alignment:
Q  251 cttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaac--aattgtaaaatttatagatggatagaaa 348  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||    
T  19902354 cttttcaatttatgcaacatacttaatatatagataaacattaattagatataaattaaattaataaaacataattgtaaaatttatagataaatagaaa 19902255  T
Q  349 ctcaagaataat 360  Q
    | ||| ||||||    
T  19902254 cacaacaataat 19902243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 328 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 13611335 - 13611227
Alignment:
Q  328 aaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagt 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||| | || | |||||||||||| | ||||| ||||| |||    
T  13611335 aaatttatagatggatagaaactcaagaataataatgtatgataacaagaagtatttcaaacttgatatgataaccatacttaaccttagacatattagt 13611236  T
Q  428 agcaagcct 436  Q
    | |||||||    
T  13611235 accaagcct 13611227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 40712092 - 40712032
Alignment:
Q  127 tgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattag 187  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40712092 tgtccaagactttattttaactatggtctgacctttttaaaagtctgatctgacctattag 40712032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 203
Target Start/End: Original strand, 51084280 - 51084356
Alignment:
Q  127 tgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagccta 203  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||   ||||||||||| | | |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  51084280 tgtcaaaggctttattttaagcctggcctagcctttttaaaagcccggcctggcctattagtctgttgaaaagccta 51084356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 1180612 - 1180527
Alignment:
Q  125 cctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgta 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||  |||| ||||||||||||    | ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  1180612 cctgtcaaaggctttattttaagtctgacctgacctttttaaaagttcagcttgacctattagcctgtttaaaaacctaatttgta 1180527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 403 - 435
Target Start/End: Original strand, 1458587 - 1458619
Alignment:
Q  403 catacttgagcttaggcatatcagtagcaagcc 435  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1458587 catacttgaccttaggcatatcagtagcaagcc 1458619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 28)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 92 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 40356169 - 40355823
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  40356169 tgaaaaaactaaggcctaagtcttggccttttacctctcaaagactttattttaagcatgacctgacctttttaaaagtctggtctgacatattagtctg 40356070  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacat 291  Q
    | |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| | ||||||||         | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40356069 tctaaaagcctaatttatgttacaaatttcaaacagagtatgttcatcaattttttt--cctttccatttgtgcaacatacttaatatagagataaacat 40355972  T
Q  292 taattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaac 389  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||| |||||||||    
T  40355971 taattatatacagattaagctaatgaaacacaactgtaaaaattatagatggatagaaactcaagaataattatgtctaataacagcaagaatttcaaac 40355872  T
Q  390 ctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40355871 ttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagcctta 40355823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 60 - 436
Target Start/End: Original strand, 5305413 - 5305795
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | | ||    ||||||| |||  |||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||  ||    
T  5305413 ccgagccgggctttgcttaaataggccaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagacttggccttttacccgtcaaaggctttattttaagcctgacct 5305512  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnctttt 255  Q
    |  ||||||||||| |||  |||||||||||| || | |||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||| |         |||||    
T  5305513 ggcctttttaaaagcctggtctgacctattagcctatctaaaagtcttgtttgtgttacaaatttcaaatagagtccattcatccatttttatttctttt 5305612  T
Q  256 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaa 353  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  5305613 caatttgtggaacgtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagattgataggaactcaa 5305712  T
Q  354 gaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| |||| |||||||    
T  5305713 gaataatcatgtctgataacaagaaggattttaaacttaatctgataactatacttaaccttaggcatattagtaccaagcct 5305795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 62 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 41535036 - 41534665
Alignment:
Q  62 gagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctga 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||    |||||||||||  |||||| |||| || |||||| |       ||||||||||||| | | ||||    
T  41535036 gagccgggctttggttaaataggctaggcctagttgaaaaaattaaggcctaagtcttggccgtttaccgg-------ctttattttaagcctagcctga 41534944  T
Q  158 tctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttca 257  Q
     |||||||||||||||  |||||||||||| || | ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| | |||||||          | |||||    
T  41534943 cctttttaaaagtctggtctgacctattagcctatctaaaaacctagtttaagttacaaatttcaaacagagtatgttcatcatttttttttccgtttca 41534844  T
Q  258 atttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaaga 355  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41534843 atttgtgcaatgtacttaatatagtgataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaaga 41534744  T
Q  356 ataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    ||||||||||  |||||||  || |||||||||| |||| ||||||||| |||  | |||| ||||||||| |||||||    
T  41534743 ataatcatgtccgataacaacaaagatttcaaacttaatttaataaccaaactataacttaagcatatcagaagcaagc 41534665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 95 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 15440778 - 15440472
Alignment:
Q  95 aaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgttt 194  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||   || |||| ||||||||||||||   ||| ||||||||  ||| |    
T  15440778 aaaaactaatgcctaaaccttggcctttaacctgtcaaagactttattttaagtccggcctgacctttttaaaagtctagtctggcctattagcatgtct 15440679  T
Q  195 aaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnn-cttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacatta 293  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||          ||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  15440678 aaaagcctagtttgtgttacaaattttaaatagagttctttcatcaattttgtttttctttttaact-gtgcaacgtacttaatatagagataaacattg 15440580  T
Q  294 attagatacaaattaaactaataaaaca-attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaaccta 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  15440579 attagatacaaattaaactaataaaacacaattaaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcgtgtctgataacagcaaggatttcaaactta 15440480  T
Q  393 atctaata 400  Q
    ||||||||    
T  15440479 atctaata 15440472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 60 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 38855748 - 38855484
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  38855748 ccgagcggggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggcctaagccttggccttttacccgtcaaaggctttattttaagcatggcct 38855649  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnctttt 255  Q
    |  ||||||||||| ||  |||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||| |         | |||    
T  38855648 ggcctttttaaaagcctagcctggcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaaacagattatattcatcgaaatttttttc-ttt 38855550  T
Q  256 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca 321  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38855549 caatttgtgcaacgtacttaatatggagataaacattaattagatacaaattaaaccaataaaaca 38855484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 66 - 340
Target Start/End: Original strand, 12068500 - 12068779
Alignment:
Q  66 cgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctt 161  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||  ||  |||    
T  12068500 cgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagcctt-accttttgcctgtcaaaggctttattttaagtctggcttggcctt 12068598  T
Q  162 tttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaattt 261  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||| |||  |||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||         | |||||||||    
T  12068599 tttaaaagtatggtctgacctattagcctgactaaaaatctagtttgtgttacaaatttcaaacaaagtcttttcatcaaattttttttcctttcaattt 12068698  T
Q  262 gtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaac--aattgtaaaatttatagatg 340  Q
    || ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  12068699 gtacaatatacttaatataaagacaaacattaattagatacaaattaaactaataaaacagaattgtaaaatttattgatg 12068779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 118 - 321
Target Start/End: Original strand, 30487692 - 30487890
Alignment:
Q  118 ccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaa 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   ||     ||||| |||| |||||||||||||||  ||| |||    
T  30487692 ccttttacttgtcaaagactttattttaagcctggtctgacctttttaaaagtctagtct-----attagcctgtctaaaagcctagtttgagttataaa 30487786  T
Q  218 tttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataa 317  Q
    ||||||||||||| | |||||||          | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30487787 tttcaaacagagtttgttcatcattttttttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatatatagataaacactaattagatacaaattaaactaataa 30487886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 58 - 230
Target Start/End: Original strand, 34639741 - 34639915
Alignment:
Q  58 gaccgagccgggctttggttaaataggctaagtctgaa--aaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     ||| ||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  34639741 gaccgagccgggctttgcttaaataggctaggtctagttgaaagttaaggcctaagccttgagcttttacttgtcaaagactttattttaagtctggcct 34639840  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagt 230  Q
    || ||||||||||| ||||||||  ||||||| |||| ||||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  34639841 gacctttttaaaagcctgacctggactattagcctgtctaaaagtttagtttgtgttacgaatttcaaagagagt 34639915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 42472566 - 42472395
Alignment:
Q  119 cttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaat 218  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||     |||  |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  42472566 cttttacctgtgaaaggctttattttaagcatgacctgacctttttaaaag-----cctagcctattagcctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaat 42472472  T
Q  219 ttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaat 295  Q
    |||||| |||| |  |||||| |         |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42472471 ttcaaatagagaccattcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaacatacttaatataaagataaacattaat 42472395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 299 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 42472353 - 42472214
Alignment:
Q  299 atacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatct 396  Q
    ||||| |||||||||||||||||  || | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  42472353 atacacattaaactaataaaacacaatcgcataatttatagatgtatagaaactcaagaataatcatgtctgataacaagaaggatttcaaacttaatat 42472254  T
Q  397 aataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
     |||| ||||||| |  |||||||||| |||| |||||||    
T  42472253 gataatcatacttaactttaggcatattagtaccaagcct 42472214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 326 - 436
Target Start/End: Original strand, 32256570 - 32256680
Alignment:
Q  326 taaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatca 425  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  |||||||  ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |    
T  32256570 taaaatttatagatcgatattaactcaagaataatcatgtccgataacaagaagtatttcaaacttaatctaataatcatacttaaccttaggcatatta 32256669  T
Q  426 gtagcaagcct 436  Q
    ||| |||||||    
T  32256670 gtaccaagcct 32256680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 129 - 210
Target Start/End: Original strand, 19089933 - 19090014
Alignment:
Q  129 tcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgta 210  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  19089933 tcaaagactttattttaagcttggtctgacctttttaaaagcctgacttgacctattagcctgtctaaaagcctaatttgta 19090014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 92 - 241
Target Start/End: Original strand, 38119523 - 38119672
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  ||||| |||||  |||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||||||  ||  |||  |||||||||||    
T  38119523 tgaaaaaaataaagcctaaaccttggtcttttaccggtcaaaggttttattttaagcctgacctgacctttttaaaagcatggtctggtctattagtctg 38119622  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaa 241  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  38119623 tctaaaagtctagtttgtgttacaaatttcaaacaaagtttgttcatcaa 38119672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45571316 - 45571233
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45571316 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45571233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45574983 - 45574900
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45574983 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45574900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45578650 - 45578567
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45578650 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45578567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45582317 - 45582234
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45582317 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45582234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45585984 - 45585901
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45585984 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45585901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45589651 - 45589568
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45589651 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45589568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45593318 - 45593235
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45593318 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45593235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45596985 - 45596902
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45596985 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45596902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45600652 - 45600569
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45600652 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45600569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45604319 - 45604236
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45604319 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45604236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45607986 - 45607903
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45607986 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45607903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45611653 - 45611570
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45611653 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45611570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 45615320 - 45615237
Alignment:
Q  126 ctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| ||||||||    
T  45615320 ctgtcaaagactttattttaagtttggtttgaccttttaaaaagtctgacataacctattagcatgtctaaaagcttagtttgt 45615237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 350
Target Start/End: Original strand, 34639970 - 34640021
Alignment:
Q  301 acaaattaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaact 350  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34639970 acaaattaaactaataaatcacaattgtaaaatttatagatggatataaact 34640021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 203
Target Start/End: Original strand, 12016442 - 12016487
Alignment:
Q  158 tctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagccta 203  Q
    ||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12016442 tctttttcaaagcccgacctaacctattagtctgtttaaaagccta 12016487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 106 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 54739869 - 54739564
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  54739869 cctaagccttggccttttacttgtcaaatgctttattttaagcatggtctggcctttttaaatgtctggcctgacctattagcctgtctaaaagcctagt 54739770  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||| |         |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |    
T  54739769 ttgtattacaaatttcaaacagagtccattcatccatttttctctcttttcaatttgtgtaacatacttaatgtagagataaacattaatcaaatacaca 54739670  T
Q  306 ttaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    |||||||||| |||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  54739669 ttaaactaattaaacacaatcgtaaaatttatagatggatataaactcaagaataatcatgtctgataacaagaaggatttcaaacttaatctgataacc 54739570  T
Q  404 atactt 409  Q
    ||||||    
T  54739569 atactt 54739564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 176 - 438
Target Start/End: Original strand, 9798051 - 9798316
Alignment:
Q  176 ctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatactta 275  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||           |||||||||||||||   |||||    
T  9798051 ctgacctattaacctgtctaaaagcctagtttgtgttacaaatttcaacgagagtttgttcatcaatttttttc---tttcaatttgtgcaatgcactta 9798147  T
Q  276 atatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataa- 372  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  9798148 atatagatataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacataattgtaaaatttatagatggatagaaactaaagaaaaatcatgtttgataat 9798247  T
Q  373 ---cagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
       ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||  ||| ||||||||||||||||    
T  9798248 taacaacaaggatttcaaacgtaatctaataatcatttttgaccttacacatgtcagtagcaagcctta 9798316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 107 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 53200486 - 53200273
Alignment:
Q  107 ctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtt 206  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  53200486 ctaagccttggcgttttacctatcaaagactttattttaagcctggcctgaccttttcaaaagcctagcttgacctattagcctgtctaaaagccttgtt 53200387  T
Q  207 tgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaat 306  Q
    ||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||         |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53200386 tgtgttataaatttcaaacagagtttgttcatcaattttttttccttt-caatttgtgcaacatgcttaatatagagataaacattaattagatacaaat 53200288  T
Q  307 taaactaataaaaca 321  Q
    |||||||||||||||    
T  53200287 taaactaataaaaca 53200273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 340
Target Start/End: Original strand, 44027837 - 44028047
Alignment:
Q  128 gtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacag 227  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||  |||| |||||||||| | ||  ||| |||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||     
T  44027837 gtcaaaggctttattttaagtctgacctgacctttttaaaaatttggtctggcctattagcctgtctaaaagtttagtttgtgttacaaatttcaaacaa 44027936  T
Q  228 agtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaa--acaattg 325  Q
     || | || |||||         ||||| ||||||||||  ||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  44027937 tgtttgtttatcaatttttttc-ctttt-aatttgtgcagtatacttaata--gaaacaaacattaattagatacaaattaaactaataaaacacaattg 44028032  T
Q  326 taaaatttatagatg 340  Q
    |||||||||| ||||    
T  44028033 taaaatttattgatg 44028047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 60 - 157
Target Start/End: Original strand, 9797953 - 9798054
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||    
T  9797953 ccgagccggactttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagccttgaccttttacctatcaaaggctatattttaagcttggtct 9798052  T
Q  156 ga 157  Q
    ||    
T  9798053 ga 9798054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 1071028 - 1070969
Alignment:
Q  110 agccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaag 169  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  1071028 agccttggccttttacctatcaatgactttattttaagtctagactgatctttttaaaag 1070969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 108 - 434
Target Start/End: Original strand, 29442501 - 29442828
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagttt 207  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||  ||  |||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  29442501 taagccttgaccttttacatgtcaaaggctttattttaagtctgtcctgacctttttaaaagtctggtctagcctattagcctgtctaaaaacctagttt 29442600  T
Q  208 gtattacaaatttcaaacagagtcttttc-atcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaat 306  Q
     | ||||||| |||||||| ||| | ||| ||||          | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  29442601 atgttacaaaattcaaacaaagtttgttcgatca--ttttttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaccattaattatatacagat 29442698  T
Q  307 taaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacca 404  Q
    ||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  29442699 taaactaatgaaacacaattctaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacagcaagaatttcaaacttaatctaataatca 29442798  T
Q  405 tacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29442799 tacttgaccttaggcatatcagtagcaagc 29442828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 108 - 438
Target Start/End: Original strand, 27209099 - 27209429
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagttt 207  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  27209099 taagccttgaccttttatatgtcatagactttattttaagtctgacctgacctttttaaaagtctaacctgacctattagcctgtttaaaagtatagttt 27209198  T
Q  208 gtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaatt 307  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||           |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  27209199 gtattacaaatttcaaaaagagtttgttcatcaattttttttc--tttcaatttgtgcaacgtacttaatatagatataaatattaatcagatacaaatt 27209296  T
Q  308 aaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccat 405  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | |  |||||||| |||   |||||||||| |||    
T  27209297 aaactaataaaacacaattgtaaaaattatagatggatagaaactcaagaataatcatgtctaatcaaaacaaggattttaaattcaatctaataatcat 27209396  T
Q  406 acttgagcttaggcatatcagtagcaagcctta 438  Q
    |||| | ||||  |||||||||  |||||||||    
T  27209397 acttaaccttaaacatatcagtgacaagcctta 27209429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 107 - 409
Target Start/End: Original strand, 6627854 - 6628158
Alignment:
Q  107 ctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtt 206  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||| |  | |||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  6627854 ctaagctttgaccttttacttgtcaaagactttattttaagtttgacctgacctttttaaaagttttgcttgacctattagcttgtctaaaagcctagtt 6627953  T
Q  207 tgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaat 306  Q
    |||||||| | ||||||| |||||   |||||| |         ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6627954 tgtattacgagtttcaaatagagttcattcatctatttttctttcttttcaatttgtccaacatacttaatgtagagataaacattaattagatacacat 6628053  T
Q  307 taaactaataaaac--aattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacca 404  Q
    |||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  6628054 taaaataataaaacaaaattgtgaaatttatagatggatataaactcaaaaataatcttgtctgataacaagaagaatttcaaacttaatctgataacca 6628153  T
Q  405 tactt 409  Q
    |||||    
T  6628154 tactt 6628158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 107 - 423
Target Start/End: Original strand, 6635653 - 6635971
Alignment:
Q  107 ctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtt 206  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||| || | |||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  6635653 ctaagctttgaccttttacttgtcaaagactttattttaagtttgacctgacctttttaaaagtttggcttgacctattagcttgtctaaaagcctagtt 6635752  T
Q  207 tgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaat 306  Q
    |||||||| | ||||||| |||||   |||||| |         ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6635753 tgtattacgagtttcaaatagagttcattcatctatttttctttcttttcaatttgtccaacatacttaatgtagagataaacattaattagatacacat 6635852  T
Q  307 taaactaataaaac--aattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacca 404  Q
    |||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||| || |  ||| |||| |||| |||||| |||| ||    
T  6635853 taaaataataaaacaaaattgtgaaatttatagatggatataaactcaagaataatattgtctgaaaagaagaagaatttaaaacttaatcttataatca 6635952  T
Q  405 tacttgagcttaggcatat 423  Q
    ||||| | ||||| |||||    
T  6635953 tacttaaccttagtcatat 6635971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 254 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5938375 - 5938199
Alignment:
Q  254 ttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactc 351  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  5938375 ttcaatttgtgcaacgtacttaatgtagagataaacattaactagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggatagaaactc 5938276  T
Q  352 aagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagta 428  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| || |||||| |||||| |||| ||||| | | ||||||||||| ||||    
T  5938275 aagaataatcatgtttgataacaagaagaatatcaaacttaatctgataatcatacgtaaccttaggcatattagta 5938199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 344
Target Start/End: Original strand, 8109216 - 8109468
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  ||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||  | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  8109216 tgaaaaaactaaggcctaagctttggccttttaccggtcaaaggctttattttaagcttggcctagtttttttaaaagtctgaactgacctattaatctg 8109315  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacat 291  Q
    | |||||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||| | |||||| |         |||||||| ||||||||||||| |||| || || |||||||    
T  8109316 tctaaaagcctagtttatgttacatatttaaaatagagtttattcatccatttttctttcttttcaa-ttgtgcaacatac-taatgtataggtaaacat 8109413  T
Q  292 taattagatacaaattaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggata 344  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8109414 taattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggata 8109468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 108 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 29910001 - 29909702
Alignment:
Q  108 taagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagttt 207  Q
    ||||||||| ||||||| || |  |||  ||| |||||||| | |||||  |||||| ||||||||  |||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  29910001 taagccttggccttttatctcttcaaggttttgttttaagcttcgtctggccttttttaaagtctggtctgacctattagccggtctaaaagcctagttt 29909902  T
Q  208 gtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaatt 307  Q
       ||| |||| ||||| |||||   |||||| |         |||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  29909901 aggttataaatatcaaatagagttcattcatccatttttctttcttttcaatttgtggaacatacttaatgtagaactaaacattaattagatacacatt 29909802  T
Q  308 aaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccat 405  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||  ||||||||||||  |||||| |||| |||    
T  29909801 aaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaata---atgtctgataacaaaaaggatttcaaatttaatctgataatcat 29909705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 279 - 402
Target Start/End: Original strand, 18421563 - 18421686
Alignment:
Q  279 tagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaa 378  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||    
T  18421563 tagagataaatatcaattagatacagattaaactaataaaacaatcataaaatttatagatcgatataaactcaagaataatcaagtttgataataagaa 18421662  T
Q  379 ggatttcaaacctaatctaataac 402  Q
     |||||||||| |||||| |||||    
T  18421663 tgatttcaaacttaatctgataac 18421686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 300 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 14858200 - 14858127
Alignment:
Q  300 tacaaattaaactaataaaacaa--ttgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgata 371  Q
    |||||| |||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||| |||||    
T  14858200 tacaaaataaattaataaaacacagttgtaaaatttatagatggatagaaacactaaaacaatcatgtctgata 14858127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 125 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 14266481 - 14266437
Alignment:
Q  125 cctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaag 169  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  14266481 cctgtcaaaggctttattttaagtctggtctgacctttttaaaag 14266437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 61 - 406
Target Start/End: Original strand, 692822 - 693171
Alignment:
Q  61 cgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacc-tgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||  |||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||  ||| ||    
T  692822 cgagtcgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaagacctaagtcttggccttttaccatgtcaaaggatttattttaagtctggcct 692921  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnctttt 255  Q
    || |||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||           |||    
T  692922 gacctttttaaaagtctggtatgacctattagcctgtttaaaagtctggtctgtgttacaaatttcaaacagagtccgttcatcaatttttttc---ttt 693018  T
Q  256 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaa 353  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  693019 caatttgtgcaacgtacttaatatagaggtaaacattaattagatacaaattaaattaataaaacacaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaa 693118  T
Q  354 gaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccata 406  Q
    |||||||||||| | ||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  693119 gaataatcatgtcttataacaacaaggattttaaacttaatctaataaccata 693171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 106 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 22293499 - 22293167
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| |||||||||||  ||  ||  |||||||| |||| |||||| |||||    
T  22293499 cctaagccttggccttttacctgtcaaatactttattttaagtttggcctgacctttttaaaagcttggtctagcctattagcctgtctaaaagtctagt 22293400  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| | |||||| |         |||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22293399 ttgtgttacaaatttcaaatagagtttattcatccatttttctttcttttcaatttgagcaaggtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaa 22293300  T
Q  306 ttaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||  ||||||||||||| |||||| |||| |    
T  22293299 ttaaactaataaagtacaatcgtaaaatttaaagatggatagaaactcaagaataatcatgtctcatgacaagaaggatttcaaacttaatctgataatc 22293200  T
Q  404 atacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
    || ||| | ||||||||||| |||  |||||||    
T  22293199 attcttaaccttaggcatattagtctcaagcct 22293167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 106 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22300495 - 22300176
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||   ||  |||||||||||  || |||  |||||||| || | ||||||||||||    
T  22300495 cctaaaccttggctttttacctgtcaaaggctttattttaagcctgacatggcctttttaaaagcttggcctagcctattagcctatctaaaagcctagt 22300396  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |         |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22300395 ttgtgttacaaatttcaaatagagtctattcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaaggtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaa 22300296  T
Q  306 ttaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    |||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22300295 ttaaaccaataaagcacaatcgtaaaatttaaagatggatagaaactcaagaatagtcatgtctcatgacaagaaggatttcaaacttaatctgataacc 22300196  T
Q  404 atacttgagcttaggcatat 423  Q
    |||||| | |||||||||||    
T  22300195 atacttaaccttaggcatat 22300176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 177 - 436
Target Start/End: Original strand, 15055381 - 15055644
Alignment:
Q  177 tgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaa 276  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||| |  | |||| |         ||||||||||||| ||||||||||||    
T  15055381 tgacctattactctgtctaaaagcttagtctgtgttacaaatttcaaatagagcccatgcatccatttttctttcttttcaatttgtacaacatacttaa 15055480  T
Q  277 tatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataaca 374  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  15055481 tgtagagataaacattaattaaatacacattaaattaataaaacacaatcgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaatagtcatgtctgataaca 15055580  T
Q  375 gtaaggatttcaaacctaatct--aataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
      ||||||||||||| ||||||   |||||||||||| | |||| |||||| |||| |||||||    
T  15055581 agaaggatttcaaacttaatctgatataaccatacttaaccttatgcatattagtaccaagcct 15055644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 92 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 16166801 - 16166572
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  ||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||  |||  ||||||||||| ||  | || |||||||| |||    
T  16166801 tgaaaaaactaaggcctaaaccttggccttttacctgtccaaggctttattttaagcctgacctggcctttttaaaagcctagcatggcctattagcctg 16166702  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacat 291  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  |||||||         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16166701 tctaaaagcctagtttgtgttataaatttcaaacagagtttactcatcaacttttttttcctttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacat 16166602  T
Q  292 taattagatacaaattaaactaataaaaca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16166601 taattagatacaaattaaactaataaaaca 16166572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 284 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 6139027 - 6138873
Alignment:
Q  284 ataaacattaattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaagga 381  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  6139027 ataaacattaattagatacacatttaactaataaaacacaatcgtaaaattgatggatggatagaaactcaagaataatcatgtctgataacaaaaagga 6138928  T
Q  382 tttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||| | |||| |||||| |||| |||||||    
T  6138927 tttcaaacttgatctgataaccatacttaaccttaagcatatgagtaccaagcct 6138873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 60 - 235
Target Start/End: Original strand, 4127240 - 4127418
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| | ||    ||||||  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  4127240 ccgagtcgggctttgcttaaataggctaggcctagcggaaaaacctaaggcctaagccttggccttttacctgtcaaaggctttattttaagcctggtct 4127339  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtctttt 235  Q
    |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  4127340 ggcctttttaaaagcctgacctgaccaattagcctgtctaaaagcctactttgt-ttacaaatttgaaacatagtttttt 4127418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 355 - 437
Target Start/End: Original strand, 4127432 - 4127514
Alignment:
Q  355 aataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcctt 437  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  4127432 aataatcatgtctgataacaacaaggatttcaaacttaatctactaaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaaacctt 4127514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 293 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 16464043 - 16463894
Alignment:
Q  293 aattagatacaaattaaactaataaaaca--attgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaac- 389  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||  |||| ||||||||     
T  16464043 aattagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatagatgaatataaacacaagagtaatcatgtctgataacatgaagggtttcaaact 16463944  T
Q  390 ---ctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
        |||| | |||| ||||||| | ||||||||||| |||| |||||||    
T  16463943 tagttaatatgataatcatacttaaccttaggcatattagtaccaagcct 16463894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 16464194 - 16464070
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    |||||||||||  |||||| |   |||||||||||| |||||  ||| || | |||||||||||| ||  ||   |||||||||||| ||||||| ||||    
T  16464194 cctaagccttggtcttttatccagcaaagactttatattaagtttggcctaacctttttaaaagtttggtctagtctattagtctgtctaaaagcttagt 16464095  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagt 230  Q
    |||| |||||||||||||| |||||    
T  16464094 ttgtgttacaaatttcaaatagagt 16464070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 6139125 - 6139076
Alignment:
Q  175 cctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaa 224  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  6139125 cctgacatattagcctgtctaaaagcctagtttatgttacaaatttcaaa 6139076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 92 - 436
Target Start/End: Original strand, 35361864 - 35362205
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  |||  ||||||| |||    
T  35361864 tgaaaaaactaaggcctaagccttgaccttttacatgtcaaagactttattttaagtatggtctggcctttttaaaagtctggtctggtctattagcctg 35361963  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacat 291  Q
    | ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| |         ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35361964 tctaaaaccctagtttgtgttacaaatttctaacagagtcgattcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaacatacttaatgtagagataaacat 35362063  T
Q  292 taattagatacaaattaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaac 389  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||      |||||||||    
T  35362064 tagttagatacacattaaactaataaaacacaatcgtaaaatttatatatggatataaactcaagaatattcatgtcttataaca-----aatttcaaac 35362158  T
Q  390 ctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagcct 436  Q
     |||||| |||| ||||||| |  |||||||||| |||| |||||||    
T  35362159 ttaatctgataatcatacttaactttaggcatattagtaccaagcct 35362205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 106 - 423
Target Start/End: Original strand, 13640781 - 13641100
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||   ||  |||||||||||  || |||  |||||||| || | ||||||||||||    
T  13640781 cctaaaccttggctttttacctgtcaaaggctttattttaagcctgacatggcctttttaaaagcttggcctagcctattagcctatctaaaagcctagt 13640880  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |         |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13640881 ttgtgttacaaatttcaaatagagtctattcatccatttttctttcttttcaatttgtgcaaggtacttaatgtagagataaacattaattagatacaaa 13640980  T
Q  306 ttaaactaataaa--acaattgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttgataacagtaaggatttcaaacctaatctaataacc 403  Q
    |||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  13640981 ttaaaccaataaagcacaatcgtaaaatttaaagatggatagaaactcaagaatagtcatgtctcatgacaagaaggatttcaaacttaatctgataacc 13641080  T
Q  404 atacttgagcttaggcatat 423  Q
    |||||| | |||||||||||    
T  13641081 atacttaaccttaggcatat 13641100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 171 - 434
Target Start/End: Original strand, 51126676 - 51126939
Alignment:
Q  171 ctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacat 270  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| | ||||||||         | |||||||||||||||| |    
T  51126676 ctgatctgacctattagcctgtctaaaagcttagtttatgttacaaatttcaaatagagtttgttcatcaattttttt--cctttcaatttgtgcaacgt 51126773  T
Q  271 acttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataaaacaa--ttgtaaaatttatagatggatagaaactcaagaataatcatgtttg 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  51126774 acttaatatagagataaacattaattagatacaggttaaactaatgaaacacagttgtaaaatgtatagatggatataaactcaagaatcatcatgtttg 51126873  T
Q  369 ataacagtaaggatttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  51126874 ataacagcaagaatttcaaacttaatctaataatcatacttgaccttatgcatatcagtagcaagc 51126939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 60 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 40708410 - 40708149
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| | ||    ||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||    
T  40708410 ccgagtcggactttggttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaagcctaagccttggccttttacctgtcaaaggctttattttaagcctggcct 40708311  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnnctttt 255  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||| ||           |||    
T  40708310 gacctttttaaaagtctggcctgacctattaacctgtctaaaagcgtagtttgtgttacaaattttaaacagagtttgttcattaattttttttttcttt 40708211  T
Q  256 caatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataa 317  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40708210 caatttatgcaacgtacttaatatagagataaacattaattagatacaaattaaactaataa 40708149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 107 - 321
Target Start/End: Original strand, 3289085 - 3289300
Alignment:
Q  107 ctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtt 206  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||  ||   |||||||||||  || | ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3289085 ctaagccttgaccttttatttgtcaaagactttattttaagcctgacctagcctttttaaaagcttggcatgacctattagcctgtttaaaagtctagtt 3289184  T
Q  207 tgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatc-aannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 305  Q
    ||| ||| |||||||||||||||| | |||||| |          | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3289185 tgtgttagaaatttcaaacagagtatgttcatcgatttattttttcctttcaatttgtgcaatgtacttaatatagagataaacattaattagatacaaa 3289284  T
Q  306 ttaaactaataaaaca 321  Q
    |||||| |||||||||    
T  3289285 ttaaaccaataaaaca 3289300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 106 - 321
Target Start/End: Original strand, 9856771 - 9856987
Alignment:
Q  106 cctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagt 205  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||   || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||| |    
T  9856771 cctaagcattgaccttttacttgtcaaatactttattttaattctggctcgacctttttaaaagtctgacctgatctattaatctgtctaaaaacctaat 9856870  T
Q  206 ttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcatcaannnnnnnnn-cttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaacattaattagatacaa 304  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| | ||||| ||          | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  9856871 ttgtgttacaaatttcaaatagagtatgttcataaaaaaaaaaaatcctttcaatttgtgcaacgtacttaatatagagatacacattaattatatacaa 9856970  T
Q  305 attaaactaataaaaca 321  Q
    ||||||| |||||||||    
T  9856971 attaaaccaataaaaca 9856987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 13260539 - 13260322
Alignment:
Q  92 tgaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||  ||   || |||||||| |||    
T  13260539 tgaaaaaactaagacctaagtcttggccttttacctgtcaaagactttattttaagtctggcctgacctttttaaaagcatggtatggcctattagcctg 13260440  T
Q  192 tttaaaagcctagtttgtattacaaatttcaaacagagtcttttcat-caannnnnnnnncttttcaatttgtgcaacatacttaatatagagataaaca 290  Q
    | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||  ||         | |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  13260439 tctaaaagcatagtttgtgttacaaatttcaaacagagtatgttcataaaaaaaaaaattcctttcaatttgtgcaacgtacttaatataaatataaaca 13260340  T
Q  291 ttaattagatacaaatta 308  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13260339 ttaattagatacaaatta 13260322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 60 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 12569835 - 12569682
Alignment:
Q  60 ccgagccgggctttggttaaataggctaagtct----gaaaaaattaattcctaagccttgaccttttacctgtcaaagactttattttaagcatggtct 155  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| | ||    ||||||| |||   ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||  ||  ||    
T  12569835 ccgagctgggctttgcttaaataggctaggcctagttgaaaaaactaaggtctaagccttgaccttttacttgttaaaggctttattttaagtctgacct 12569736  T
Q  156 gatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctgtttaaaagcctagtttgt 209  Q
    || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12569735 gacctttttaaaagcctgaccaggcctattagtctgtctaaaagcctagtttgt 12569682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 382 - 434
Target Start/End: Original strand, 8770861 - 8770913
Alignment:
Q  382 tttcaaacctaatctaataaccatacttgagcttaggcatatcagtagcaagc 434  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8770861 tttcaaacttaatctaataaccatacttgaccttaggcatatcagtagcaagc 8770913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 33710982 - 33710927
Alignment:
Q  136 ctttattttaagcatggtctgatctttttaaaagtctgacctgacctattagtctg 191  Q
    |||||||||||  ||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33710982 ctttattttaaatatggcatgacctttttaaaagtctgacctaacctattagtctg 33710927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University