View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7107_low_1 (Length: 730)

Name: NF7107_low_1
Description: NF7107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7107_low_1
NF7107_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (46-714)||(31590655-31591323)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 714
Target Start/End: Original strand, 31590655 - 31591323
Alignment:
Q  46 gtgtgcatgtctgtgttagtgcttcataggttatttgaaaatgaatgttggattgattgtgctagttttgtttcttgtgttgtggttagattatgaatat 145  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31590655 gtgtgcatgtctgtgttagagcttcataggttatttgaaaatgaatgttggattgattttgctagttttgtttcttgtgttgtggttagattatgaatat 31590754  T
Q  146 tcactgcatggaattccggaagggagtattgagagggagaaagttaagcatgaagttcacctccgttccgcggaaagacttcgagacctgtgttttaaga 245  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31590755 tcactacatggaattccggaagggagtattgagagggagaaagttaagcatgaagttcacctccgttccgcggaaagacttcgagacctgtgttttaaga 31590854  T
Q  246 atggagggatttatataaagcttggacagcatcttgggcaattggtatatttcggttcaaactgtgtagtcaaattattatgtactcaacacgatatgca 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31590855 atggagggatttatataaagcttggacagcatcttgggcaattggtatatttcggttcaaactgtgcagtcaaattattatgtactcaacacgataggca 31590954  T
Q  346 atgcttagttgtttgattgttcattgtcaatgacaggaatacttagttcctcaagagtatgttcagaccatgagggagtccatgctaaatagatgtccgg 445  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31590955 atgcttagttgtttgtttgtttattgtcaatgacaggaatacttagttcctcaagagtatgttcagaccatgagggagtccatgctaaatagatgtccgg 31591054  T
Q  446 tttcttcgtatgaacaaatatgtgatgtattcaaaaaagagtttggagcaacaccagataaagtatttactatctgtctcattcctcttaataatgtctc 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31591055 tttcttcgtatgaacaaatatgtgatgtattcaagaaagagtttggagcaacaccagataaagtatttactatctgtttcattcctcttaataatgtctc 31591154  T
Q  546 atcttcgcctaattagttttgttattcatgattgcggtttttcttgaaaaattttattgtcgtggtgggtgaatttttgcttctaatatgtaggtatttg 645  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31591155 atcttcgcctaattagttttgttattcatgattgcggtttttcttgaaaaatgttattgtcgtggtgggtgaatttttgcttctaatatgtaggtatttg 31591254  T
Q  646 ccgagtttgatccagttccaatagcaagtgcttcccttgcacaagttcatgtagctcacacacatgatg 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31591255 ccgagtttgatccagttccaatagcaagtgcttcccttgcacaagttcatgtagctcacacacatgatg 31591323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University